Из Википедии, бесплатной энциклопедии
Перейти к навигации Перейти к поиску
UPF3B
Белок UPF3B PDB 1uw4.png
Доступные конструкции
PDBПоиск человеческого UniProt: PDBe RCSB
Список идентификационных кодов PDB

1UW4 , 2XB2

Идентификаторы
ПсевдонимыUPF3B , HMRX62, MRXS14, RENT3B, UPF3X, Upf3p-X, UPF3BP1, UPF3BP2, UPF3BP3, UPF3 регулятор гомолога B бессмысленных транскриптов (дрожжи), UPF3 регулятор гомолога B бессмысленных транскриптов, регулятор несмыслового распада мсенс-регулятора UPFRB опосредованный распад мРНК, MRX82
Внешние идентификаторыOMIM: 300298 MGI: 1915384 HomoloGene: 11307 GeneCards: UPF3B
Расположение гена (человек)
Х-хромосома (человек)
Chr.Х-хромосома (человека) [1]
Х-хромосома (человек)
Геномное расположение UPF3B
Геномное расположение UPF3B
ГруппаXq24Начинать119 805 311 п.н. [1]
Конец119 852 998 п.н. [1]
Расположение гена (Мышь)
Х-хромосома (мышь)
Chr.Х-хромосома (мышь) [2]
Х-хромосома (мышь)
Геномное расположение UPF3B
Геномное расположение UPF3B
ГруппаX | X A3.3Начинать37 091 678 п.н. [2]
Конец37 110 322 п.н. [2]
Паттерн экспрессии РНК
PBB GE UPF3B 218757 s в формате fs.png
Дополнительные данные эталонного выражения
Генная онтология
Молекулярная функция• связывание с белками GO: 0001948
• связывание мРНК
• структурный компонент ядерной поры GO: 0005487
• связывание нуклеиновых кислот
• связывание РНК
Сотовый компонент• комплекс экзон-экзонный переход
• нуклеоплазма
• центр организации микротрубочек
• ядрышко
• ядро клетки
• цитоплазма
• цитозоль
Биологический процесс• сплайсинг мРНК посредством сплайсосомы
• прекращение транскрипции РНК-полимеразы II
• транспорт мРНК
• экспорт мРНК из ядра
• позитивная регуляция трансляции
• транскрибируемый ядром мРНК катаболический процесс, нонсенс-опосредованный распад
• процессинг 3'-конца мРНК
• экспорт РНК из ядра
• транспорт
Источники: Amigo / QuickGO
Ортологи
РазновидностьЧеловекМышь
Entrez

65109

68134

Ансамбль

ENSG00000125351

ENSMUSG00000036572

UniProt

Q9BZI7

н / д

RefSeq (мРНК)

NM_023010
NM_080632

NM_026573

RefSeq (белок)

NP_075386
NP_542199

н / д

Расположение (UCSC)Chr X: 119,81 - 119,85 МбChr X: 37.09 - 37.11 Мб
PubMed поиск[3][4]
Викиданные
Просмотр / редактирование человекаПросмотр / редактирование мыши

Регулятор нонсенс транскриптов 3B это белок , который в организме человека кодируется UPF3B гена . [5] [6] [7]

Этот ген кодирует белок, который является частью мультибелкового комплекса после сплайсинга, участвующего как в ядерном экспорте мРНК, так и в надзоре за мРНК. Кодируемый белок является одним из двух функциональных гомологов дрожжевого Upf3p. Наблюдение за мРНК обнаруживает экспортированные мРНК с усеченными открытыми рамками считывания и инициирует нонсенс-опосредованный распад мРНК (NMD). Когда трансляция заканчивается выше последнего соединения экзон-экзон, это запускает NMD для разрушения мРНК, содержащей преждевременные стоп-кодоны. Этот белок связывается с мРНК и остается связанным после ядерного экспорта, действуя как ядерно-цитоплазматический челночный белок. Он образует с Y14 комплекс, который специфически связывается на 20 нуклеотидов выше экзон-экзонных соединений. Этот ген расположен на длинном плече хромосомы X. Для этого гена были обнаружены два варианта сплайсинга, кодирующие разные изоформы. [7]

Взаимодействия [ править ]

Было показано, что UPF3B взаимодействует с UPF2 [6] [8] [9] [10] и UPF1 . [6] [9] [11]

Ссылки [ править ]

  1. ^ a b c GRCh38: Ensembl, выпуск 89: ENSG00000125351 - Ensembl , май 2017 г.
  2. ^ a b c GRCm38: выпуск Ensembl 89: ENSMUSG00000036572 - Ensembl , май 2017 г.
  3. ^ "Human PubMed Reference:" . Национальный центр биотехнологической информации, Национальная медицинская библиотека США .
  4. ^ «Ссылка на Mouse PubMed:» . Национальный центр биотехнологической информации, Национальная медицинская библиотека США .
  5. ^ Серин G, Gersappe A, Black JD, Aronoff R, Maquat LE (январь 2001). «Идентификация и характеристика человеческих ортологов белка Upf2 Saccharomyces cerevisiae и белка Upf3 (Caenorhabditis elegans SMG-4)» . Mol Cell Biol . 21 (1): 209–23. DOI : 10.1128 / MCB.21.1.209-223.2001 . PMC 88795 . PMID 11113196 .  
  6. ^ a b c Lykke-Andersen J, Shu MD, Steitz JA (февраль 2001 г.). «Человеческие белки Upf нацелены на мРНК для нонсенс-опосредованного распада при связывании ниже терминационного кодона». Cell . 103 (7): 1121–31. DOI : 10.1016 / S0092-8674 (00) 00214-2 . PMID 11163187 . 
  7. ^ а б «Ген Entrez: UPF3B UPF3 регулятор бессмысленных транскриптов гомолог B (дрожжи)» .
  8. ^ Ленер, Бен; Сандерсон Кристофер М. (июль 2004 г.). «Каркас взаимодействия белков для деградации мРНК человека» . Genome Res . 14 (7): 1315–23. DOI : 10.1101 / gr.2122004 . ISSN 1088-9051 . PMC 442147 . PMID 15231747 .   
  9. ^ a b Лежен, Фабрис; Ли Сяоцзе; Maquat Lynne E (сентябрь 2003 г.). «Нонсенс-опосредованный распад мРНК в клетках млекопитающих включает декапирование, деаденилирование и экзонуклеолитическую активность». Мол. Cell . 12 (3): 675–87. DOI : 10.1016 / S1097-2765 (03) 00349-6 . ISSN 1097-2765 . PMID 14527413 .  
  10. ^ Lykke-Андерсен, Jens (декабрь 2002). «Идентификация человеческого комплекса decapping, связанного с белками hUpf в нонсенс-опосредованном распаде» . Мол. Клетка. Биол . 22 (23): 8114–21. DOI : 10.1128 / MCB.22.23.8114-8121.2002 . ISSN 0270-7306 . PMC 134073 . PMID 12417715 .   
  11. ^ Шелл, Томас; Кехер Томас; Вильм Матиас; Серафин Бертран; Кулозик Андреас Э; Хентце Маттиас W (август 2003 г.). «Комплексы между опосредованным нонсенсом фактором пути распада мРНК человека upf1 (белок сдвига рамки 1 вверх) и основными факторами распада мРНК, опосредованным нонсенсом в клетках HeLa» . Biochem. Дж . 373 (Pt 3): 775–83. DOI : 10.1042 / BJ20021920 . ISSN 0264-6021 . PMC 1223536 . PMID 12723973 .   

Дальнейшее чтение [ править ]

  • Кросс С.Х., Чарльтон Дж. А., Нан X, Берд А. П. (1994). «Очистка CpG-островков с использованием колонки для связывания метилированной ДНК». Nat. Genet . 6 (3): 236–44. DOI : 10.1038 / ng0394-236 . PMID  8012384 .
  • Уилсон К.Ф., Фортес П., Сингх США и др. (1999). «Комплекс, связывающий ядерный кэп, является новой мишенью для передачи сигнала, связанного с рецептором фактора роста» . J. Biol. Chem . 274 (7): 4166–73. DOI : 10.1074 / jbc.274.7.4166 . PMID  9933612 .
  • Ким В.Н., Катаока Н., Дрейфус Г. (2001). «Роль нонсенс-опосредованного фактора распада hUpf3 в зависимом от сплайсинга комплексе экзон-экзонного соединения». Наука . 293 (5536): 1832–6. DOI : 10.1126 / science.1062829 . PMID  11546873 .
  • Lykke-Andersen J, Shu MD, Steitz JA (2001). «Связь положения экзон-экзонных соединений с аппаратом наблюдения мРНК с помощью белка RNPS1». Наука . 293 (5536): 1836–9. DOI : 10.1126 / science.1062786 . PMID  11546874 .
  • Lejeune F, Ishigaki Y, Li X, Maquat LE (2002). «Комплекс соединения экзонов выявляется на мРНК, связанной с CBP80, но не с eIF4E, в клетках млекопитающих: динамика ремоделирования мРНП» . EMBO J . 21 (13): 3536–45. DOI : 10,1093 / emboj / cdf345 . PMC  126094 . PMID  12093754 .
  • Ликке-Андерсен Дж (2003). «Идентификация человеческого комплекса decapping, связанного с белками hUpf в нонсенс-опосредованном распаде» . Мол. Клетка. Биол . 22 (23): 8114–21. DOI : 10.1128 / MCB.22.23.8114-8121.2002 . PMC  134073 . PMID  12417715 .
  • Strausberg RL, Feingold EA, Grouse LH, et al. (2003). «Создание и первоначальный анализ более 15 000 полноразмерных последовательностей кДНК человека и мыши» . Proc. Natl. Акад. Sci. США . 99 (26): 16899–903. DOI : 10.1073 / pnas.242603899 . PMC  139241 . PMID  12477932 .
  • Чиу С.Ю., Серин Г., Охара О, Макват Л.Е. (2003). «Характеристика человеческого Smg5 / 7a: белка, сходного с Caenorhabditis elegans SMG5 и SMG7, который функционирует в дефосфорилировании Upf1» . РНК . 9 (1): 77–87. DOI : 10,1261 / rna.2137903 . PMC  1370372 . PMID  12554878 .
  • Геринг Н.Х., Ной-Йилик Г., Шелл Т. и др. (2003). «Y14 и hUpf3b образуют комплекс, активирующий NMD». Мол. Cell . 11 (4): 939–49. DOI : 10.1016 / S1097-2765 (03) 00142-4 . PMID  12718880 .
  • Шелл Т., Кохер Т., Вильм М. и др. (2003). «Комплексы между опосредованным нонсенсом фактором пути распада мРНК человека upf1 (белок сдвига рамки 1 вверх) и основными факторами распада мРНК, опосредованным нонсенсом в клетках HeLa» . Biochem. Дж . 373 (Pt 3): 775–83. DOI : 10.1042 / BJ20021920 . PMC  1223536 . PMID  12723973 .
  • Lejeune F, Li X, Maquat LE (2003). «Нонсенс-опосредованный распад мРНК в клетках млекопитающих включает декапирование, деаденилирование и экзонуклеолитическую активность». Мол. Cell . 12 (3): 675–87. DOI : 10.1016 / S1097-2765 (03) 00349-6 . PMID  14527413 .
  • Ота Т., Сузуки Ю., Нисикава Т. и др. (2004). «Полное секвенирование и характеристика 21 243 полноразмерных кДНК человека» . Nat. Genet . 36 (1): 40–5. DOI : 10,1038 / нг1285 . PMID  14702039 .
  • Кадлец Дж, Изаурральде Э, Кьюсак С (2004). «Структурная основа взаимодействия между нонсенс-опосредованными факторами распада мРНК UPF2 и UPF3». Nat. Struct. Мол. Биол . 11 (4): 330–7. DOI : 10.1038 / nsmb741 . PMID  15004547 .
  • Ленер Б, Сандерсон CM (2004). «Каркас взаимодействия белков для деградации мРНК человека» . Genome Res . 14 (7): 1315–23. DOI : 10.1101 / gr.2122004 . PMC  442147 . PMID  15231747 .
  • Андерсен Дж. С., Лам Ю. В., Леунг А. К. и др. (2005). «Ядерная динамика протеома». Природа . 433 (7021): 77–83. DOI : 10,1038 / природа03207 . PMID  15635413 .
  • Ким Ю.К., Фурик Л., Desgroseillers L, Maquat LE (2005). «Staufen1 млекопитающих рекрутирует Upf1 на специфические 3'UTR мРНК, чтобы вызвать распад мРНК». Cell . 120 (2): 195–208. DOI : 10.1016 / j.cell.2004.11.050 . PMID  15680326 .
  • Геринг Н.Х., Кунц Дж. Б., Ной-Йилик Г. и др. (2005). «Компоненты комплекса экзон-соединения определяют различные пути нонсенс-опосредованного распада мРНК с различными требованиями к кофактору». Мол. Cell . 20 (1): 65–75. DOI : 10.1016 / j.molcel.2005.08.012 . PMID  16209946 .
  • Kunz JB, Neu-Yilik G, Hentze MW и др. (2006). «Функции hUpf3a и hUpf3b в нонсенс-опосредованном распаде и трансляции мРНК» . РНК . 12 (6): 1015–22. DOI : 10,1261 / rna.12506 . PMC  1464862 . PMID  16601204 .