Из Википедии, бесплатной энциклопедии
Перейти к навигации Перейти к поиску
UROD
Белок UROD PDB 1jph.png
Доступные конструкции
PDBОртолог поиск: PDBe RCSB
Список идентификационных кодов PDB

1JPH , 1JPI , 1JPK , 1R3Q , 1R3R , 1R3S , 1R3T , 1R3V , 1R3W , 1R3Y , 1URO , 2Q6Z , 2Q71 , 3GVQ , 3GVR , 3GVV , 3GVW , 3GW0 , 3GW3

Идентификаторы
ПсевдонимыUROD , PCT, UPD, уропорфириноген декарбоксилаза
Внешние идентификаторыOMIM : 613521 MGI : 98916 HomoloGene : 320 GeneCards : УБОД
Расположение гена ( человек )
Хромосома 1 (человек)
Chr.Хромосома 1 (человека) [1]
Хромосома 1 (человек)
Геномное расположение UROD
Геномное расположение UROD
Группа1п34.1Начинать45 010 950 п.н. [1]
Конец45 015 575 п.н. [1]
Расположение гена ( Мышь )
Chr.Хромосома 4 (мышь) [2]
Группа4 D1 | 4 53,41 смНачинать116 989 965 п.н. [2]
Конец116 994 413 п.н. [2]
Паттерн экспрессии РНК


Дополнительные данные эталонного выражения
Генная онтология
Молекулярная функция• Связывание с белками GO: 0001948
• лиазная активность
• уропорфириногендекарбоксилазная активность
• карбоксилиазная активность
Сотовый компонент• нуклеоплазма
• цитоплазма
• цитозоль
Биологический процесс• процесс биосинтеза протопорфириногена IX
• процесс биосинтеза порфиринсодержащих соединений
• процесс биосинтеза гема
• процесс метаболизма гема
Источники: Amigo / QuickGO
Ортологи
РазновидностьЧеловекМышь
Entrez

7389

22275

Ансамбль

ENSG00000126088

ENSMUSG00000028684

UniProt

P06132

P70697

RefSeq (мРНК)

NM_000374

NM_009478

RefSeq (белок)

NP_000365

NP_033504

Расположение (UCSC)Chr 1: 45.01 - 45.02 МбChr 4: 116,99 - 116,99 Мб
PubMed поиск[3][4]
Викиданные
Просмотр / редактирование человекаПросмотр / редактирование мыши

Уропорфириноген III декарбоксилазы ( уропорфириноген декарбоксилазы или УБОД ) является ферментом ( ЕС 4.1.1.37 ) , что в организме человека кодируется UROD гена . [5]

Функция [ править ]

Декарбоксилаза уропорфириноген III представляет собой гомодимерный фермент ( PDB : 1URO ), который катализирует пятую стадию биосинтеза гема , которая соответствует отщеплению карбоксильных групп из четырех ацетатных боковых цепей уропорфириногена III с образованием копропорфириногена III :

уропорфириноген III копропорфириноген III + 4 CO 2

Клиническое значение [ править ]

Известно, что мутации и дефицит этого фермента вызывают семейную позднюю кожную порфирию и гепатоэритропоэтическую порфирию . [5]

Механизм [ править ]

Считается, что при низких концентрациях субстрата реакция идет по упорядоченному маршруту с последовательным удалением CO 2 из колец D, A, B и C, тогда как при более высоких уровнях субстрата / фермента, по-видимому, действует случайный путь. Фермент действует как димер в растворе, и ферменты человека и табака были кристаллизованы и растворены с хорошим разрешением.

Реакция, катализируемая UroD

UroD считается необычной декарбоксилазой, поскольку она выполняет декарбоксилирование без вмешательства каких-либо кофакторов, в отличие от подавляющего большинства декарбоксилаз. Недавно было предложено, чтобы его механизм происходил через протонирование субстрата остатком аргинина . [6] Отчет 2008 года продемонстрировал, что некаталитическая скорость реакции UroD составляет 10 -19 с -1 , поэтому при pH 10 ускорение скорости UroD относительно некатализируемой скорости, то есть каталитического мастерства, является наибольшим для любого известного фермента, 6 х 10 24 M −1 . [7]

Предлагаемый механизм реакции декарбоксилазы уропорфириноген III

Ссылки [ править ]

  1. ^ a b c GRCh38: Ensembl, выпуск 89: ENSG00000126088 - Ensembl , май 2017 г.
  2. ^ a b c GRCm38: выпуск Ensembl 89: ENSMUSG00000028684 - Ensembl , май 2017 г.
  3. ^ "Human PubMed Reference:" . Национальный центр биотехнологической информации, Национальная медицинская библиотека США .
  4. ^ «Ссылка на Mouse PubMed:» . Национальный центр биотехнологической информации, Национальная медицинская библиотека США .
  5. ^ а б «Ген Entrez: Уропорфириноген декарбоксилаза UROD» .
  6. ^ Silva PJ, Рамос MJ (2005). «Плотно-функциональное исследование механизмов декарбоксилирования без кофакторов с помощью декарбоксилазы уропорфириноген III». J Phys Chem Б . 109 (38): 18195–200. DOI : 10.1021 / jp051792s . PMID 16853337 . 
  7. ^ Льюис CA, Вулфенден R (ноябрь 2008). «Декарбоксилирование уропорфириногена как ориентир для каталитического мастерства ферментов» . Proc. Natl. Акад. Sci. США . 105 (45): 17328–33. Bibcode : 2008PNAS..10517328L . DOI : 10.1073 / pnas.0809838105 . PMC 2582308 . PMID 18988736 .  

Дальнейшее чтение [ править ]

  • Старейшина Г. Х., Ли Дж. Б., Тови Дж. А. (1978). «Снижение активности печеночной уропорфириноген декарбоксилазы при спорадической поздней кожной порфирии». N. Engl. J. Med . 299 (6): 274–8. DOI : 10.1056 / NEJM197808102990603 . PMID  661926 .
  • де Верней Х., Буржуа Ф., де Рой Ф. и др. (1992). «Характеристика новой мутации (R292G) и делеции в локусе декарбоксилазы уропорфириноген человека у двух пациентов с гепатоэритропоэтической порфирией» . Гм. Genet . 89 (5): 548–52. DOI : 10.1007 / bf00219182 . hdl : 1765/58484 . PMID  1634232 . S2CID  31811381 .
  • Романа М., Грандшамп Б., Дубарт А. и др. (1991). «Идентификация новой мутации, ответственной за гепатоэритропоэтическую порфирию». Евро. J. Clin. Инвестируйте . 21 (2): 225–9. DOI : 10.1111 / j.1365-2362.1991.tb01814.x . PMID  1905636 . S2CID  22358220 .
  • Гарей Дж. Р., Харрисон Л. М., Франклин К. Ф. и др. (1990). «Уропорфириноген декарбоксилаза: мутация сайта сплайсинга вызывает делецию экзона 6 во многих семьях с поздней кожной порфирией» . J. Clin. Инвестируйте . 86 (5): 1416–22. DOI : 10.1172 / JCI114856 . PMC  296884 . PMID  2243121 .
  • Гарей Дж. Р., Хансен Дж. Л., Харрисон Л. М. и др. (1989). «Точечная мутация в кодирующей области уропорфириногендекарбоксилазы, связанная с семейной поздней кожной порфирией» . Кровь . 73 (4): 892–5. DOI : 10.1182 / blood.V73.4.892.892 . PMID  2920211 .
  • Roméo PH, Raich N, Dubart A и др. (1986). «Молекулярное клонирование и нуклеотидная последовательность полной кДНК уропорфириноген декарбоксилазы человека» . J. Biol. Chem . 261 (21): 9825–31. DOI : 10.1016 / S0021-9258 (18) 67589-1 . PMID  3015909 .
  • Дубарт А., Маттей М.Г., Райх Н. и др. (1986). «Отнесение человеческой уропорфириногендекарбоксилазы (URO-D) к полосе p34 хромосомы 1». Гм. Genet . 73 (3): 277–9. DOI : 10.1007 / BF00401245 . PMID  3460962 . S2CID  34478515 .
  • Романа М., Дубарт А., Бопен Д. и др. (1987). «Структура гена уропорфириноген декарбоксилазы человека» . Nucleic Acids Res . 15 (18): 7343–56. DOI : 10.1093 / NAR / 15.18.7343 . PMC  306252 . PMID  3658695 .
  • де Верней Х., Грандшам Б., Бомон С. и др. (1986). «Структурный мутант декарбоксилазы уропорфириноген (Gly281 ---- Glu) в случае порфирии». Наука . 234 (4777): 732–4. Bibcode : 1986Sci ... 234..732D . DOI : 10.1126 / science.3775362 . PMID  3775362 .
  • Робертс А.Г., старейшина Г.Х., Де Саламанка Р.Э. и др. (1995). «Мутация (G281E) гена уропорфириноген-декарбоксилазы человека вызывает как гепатоэритропоэтическую порфирию, так и явную семейную позднюю кожную порфирию: биохимические и генетические исследования на испанских пациентах» . J. Invest. Дерматол . 104 (4): 500–2. DOI : 10.1111 / 1523-1747.ep12605953 . PMID  7706766 .
  • Маруяма К., Сугано С. (1994). «Олиго-кэппинг: простой метод замены кэп-структуры эукариотических мРНК олигорибонуклеотидами». Джин . 138 (1–2): 171–4. DOI : 10.1016 / 0378-1119 (94) 90802-8 . PMID  8125298 .
  • Мегуро К., Фудзита Х, Исида Н. и др. (1994). «Молекулярные дефекты уропорфириногендекарбоксилазы у пациента с легкой гепатоэритропоэтической порфирией». J. Invest. Дерматол . 102 (5): 681–5. DOI : 10.1111 / 1523-1747.ep12374134 . PMID  8176248 .
  • Моран-Хименес М.Дж., Гед С., Романа М. и др. (1996). «Уропорфириноген декарбоксилаза: полная последовательность гена человека и молекулярное исследование трех семейств гепатоэритропоэтической порфирии» . Являюсь. J. Hum. Genet . 58 (4): 712–21. PMC  1914669 . PMID  8644733 .
  • Макманус Дж. Ф., Бегли К. Г., Сасса С., Ратнайк С. (1996). «Пять новых мутаций в гене уропорфириногендекарбоксилазы, выявленные в семьях с кожной порфирией» . Кровь . 88 (9): 3589–600. DOI : 10.1182 / blood.V88.9.3589.bloodjournal8893589 . PMID  8896428 .
  • Судзуки Ю., Ёситомо-Накагава К., Маруяма К. и др. (1997). «Создание и характеристика полноразмерной библиотеки кДНК, обогащенной по 5'-концу». Джин . 200 (1–2): 149–56. DOI : 10.1016 / S0378-1119 (97) 00411-3 . PMID  9373149 .
  • Уитби Ф. Г., Филлипс Дж. Д., Кушнер Дж. П., Хилл С. П. (1998). «Кристаллическая структура уропорфириногендекарбоксилазы человека» . EMBO J . 17 (9): 2463–71. DOI : 10.1093 / emboj / 17.9.2463 . PMC  1170588 . PMID  9564029 .
  • Мендес М., Соркин Л., Россетти М.В. и др. (1998). «Семейная поздняя кожная порфирия: характеристика семи новых мутаций декарбоксилазы уропорфириноген и частота общих аллелей гемохроматоза» . Являюсь. J. Hum. Genet . 63 (5): 1363–75. DOI : 10.1086 / 302119 . PMC  1377546 . PMID  9792863 .
  • Ван Х, Лонг Кью, Марти С.Д. и др. (1998). «Модель рыбок данио для гепатоэритропоэтической порфирии». Nat. Genet . 20 (3): 239–43. DOI : 10,1038 / 3041 . PMID  9806541 . S2CID  28379777 .
  • Макманус Дж. Ф., Бегли К. Г., Сасса С., Ратнайк С. (1999). «Три новые мутации в гене уропорфириногендекарбоксилазы в семейной поздней кожной порфирии. Краткое описание мутации № 237. Онлайн» . Гм. Мутат . 13 (5): 412–413. DOI : 10.1002 / (SICI) 1098-1004 (1999) 13: 5 <412 :: AID-HUMU13> 3.0.CO; 2-N . PMID  10338097 .
  • Кристиансен Л., Гед С., Хомбрадос И. и др. (1999). «Скрининг мутаций в гене уропорфириногендекарбоксилазы с использованием денатурирующего градиентного гель-электрофореза. Идентификация и характеристика шести новых мутаций, связанных с семейным PCT». Гм. Мутат . 14 (3): 222–32. DOI : 10.1002 / (SICI) 1098-1004 (1999) 14: 3 <222 :: AID-HUMU5> 3.0.CO; 2-V . PMID  10477430 .

Внешние ссылки [ править ]

  • Обзор всей структурной информации, доступной в PDB для UniProt : P06132 ( уропорфириноген декарбоксилаза) в PDBe-KB .
Синтез гема - обратите внимание, что некоторые реакции происходят в цитоплазме, а некоторые - в митохондрии (желтый).