 | Эта статья поднимает множество проблем. Пожалуйста, помогите улучшить его или обсудите эти проблемы на странице обсуждения . ( Узнайте, как и когда удалить эти сообщения-шаблоны ) ( Узнайте, как и когда удалить этот шаблон сообщения )
|
 | |
| Девиз | Ут Просим ( латиница ) |
|---|---|
Девиз на английском языке | Что я могу служить |
| Учредил | 2000 г. |
| Исполнительный директор | Крис Барретт |
| Место расположения | , , |
| Ежегодный исследовательский портфель | 68 миллионов долларов [1] |
| Принадлежности | Технологический институт Вирджинии |
| Интернет сайт | bi.vt.edu |
Институт биокомплексности Технологического института Вирджинии (ранее - Институт биоинформатики Вирджинии ) - это исследовательская организация, специализирующаяся на биоинформатике , вычислительной биологии и системной биологии . В институте работает более 250 сотрудников, в том числе более 50 штатных и научных сотрудников. Исследования в Институте предполагают сотрудничество в различных дисциплинах, таких как математика, информатика, биология, патология растений, биохимия, системная биология, статистика, экономика, синтетическая биология и медицина. Институт разрабатывает атомные и биоинформатические инструменты и базы данных, которые могут быть применены для изучения болезней человека, животных и растений, а также для открытия новых вакцин, лекарств и диагностических целей.
Программы Института поддерживаются различным государственные и частные учреждения , включая Национальные институты здравоохранения , Национальный научный фонд , Министерство обороны США , Министерство сельского хозяйства США и Министерство энергетики США . С момента основания Институт биокомплексов получил более 179 миллионов долларов в качестве заочной поддержки. У него есть исследовательский портфель на сумму 68 миллионов долларов в виде грантов и контрактов. Исполнительным директором института был Крис Барретт.
В 2019 году институт был включен в состав Института наук о жизни Фралина в Технологическом институте Вирджинии после того, как многие преподаватели, в том числе доктор Барретт, были наняты для создания Института биокомплексности и инициативы Университета Вирджинии [2]
История [ править ]
Институт открылся в июле 2000 года в Корпоративном исследовательском центре Virginia Tech ; на короткое время его разместили в Корпусе XI, затем в Корпусе X, пока в 2002 году он не переехал в Корпус XV, который был предназначен для размещения института. [ необходима цитата ] В январе 2005 года он переехал в новое здание на территории главного кампуса Технологического института Вирджинии, названное «Фаза I и II объекта биоинформатики», но сохранило свое существующее пространство в CRC. [ необходима цитата ] В 2011 году Институт перенес свой офис в Национальном столичном регионе в здание Virginia Tech в Арлингтоне, штат Вирджиния . [3]В 2015 году Институт биоинформатики Вирджинии был незаметно переименован и переименован в «Институт биокомплексности». [4] В ноябре 2016 года дом института в главном кампусе Технологического института Вирджинии был посвящен Стегер Холлу в честь бывшего президента Технологического института Вирджинии Чарльза Стегера . [5]
Основные исследовательские подразделения [ править ]
Лаборатории передовых вычислений и информатики посвящены "Политической информатике", включая Лабораторию сетевой динамики и моделирования. Он занимается исследованиями и разработками в области моделирования на основе взаимодействия, моделирования и связанного анализа, экспериментального проектирования и инструментов поддержки принятия решений для понимания крупных биологических, информационных, социальных и технологических систем. Он включает в себя проект Комплексной национальной системы управления инцидентами по разработке системы для предоставления военным США подробной оперативной информации о населении, пострадавшем от возможного кризиса. Он также включает проект «Моделирование динамики заболеваний в больших, подробных, совместно развивающихся сетях», который поддерживает работу по разработке высокопроизводительных компьютерных моделей для исследования очень больших сетей.
Подразделение киберинфраструктуры разрабатывает методы, инфраструктуру и ресурсы, в первую очередь, для исследования инфекционных заболеваний. «Центр интеграции ресурсов патосистем - Центр ресурсов биоинформатики для бактериальных заболеваний» нацелен на объединение информации о патогенах, предоставление ресурсов и инструментов для анализа геномных, протеомных и других данных, полученных в результате исследований инфекционных заболеваний. Он является частью Среднеатлантического регионального центра передового опыта в области биозащиты и исследований возникающих инфекционных заболеваний), который специализируется на исследованиях, направленных на обеспечение быстрой защиты от биотеррора и новых инфекционных заболеваний . В число исследуемых конкретных заболеваний и возбудителей болезней входят сибирская язва , вирус Западного Нила , оспа икриптоспоридиоз Подразделение сотрудничает с Джорджтаунским университетом и социальными и научными системами в Административном центре Национального института аллергии и инфекционных заболеваний, финансируемого Ресурсным центром исследований протеомики (PRC), в рамках исследовательского проекта Biodefense Proteomics Research. Команда помогает проектировать, разрабатывать и поддерживать общедоступный веб-сайт, содержащий данные и технологические протоколы, созданные каждым PRC, а также каталог, в котором перечислены реагенты и продукты, доступные для общественного распространения.
Отдел биологических систем разрабатывает вычислительные методы для изучения биохимических сетей с использованием экспериментальных данных. Он разработал COPASI (Complex Pathway Simulator), программный пакет с открытым исходным кодом, который позволяет пользователям с ограниченным опытом в математике создавать модели и симуляции биохимических сетей. Он также разработал GenoCAD, веб-среду компьютерного проектирования для синтетической биологии.
Подразделение медицинской информатики и систем специализируется на генетике и заболеваниях человека, особенно раковых и неврологических заболеваниях. Он сотрудничает с Carilion Clinics, Медицинской школой Virginia Tech Carilion и научно-исследовательским институтом , а также с другими университетами и государственными учреждениями.
Основные исследовательские лаборатории [ править ]
Лаборатория сетевой динамики и моделирования в ACDIL [ требуется пояснение ] разрабатывает программы для моделирования на основе взаимодействия, моделирования и сопутствующего анализа, экспериментального проектирования и инструментов поддержки принятия решений для понимания больших и сложных систем. Чрезвычайно подробное многомасштабное компьютерное моделирование с высоким разрешением позволяет проводить формальные и экспериментальные исследования этих систем.
Лаборатория социальной аналитики и аналитики решений специализируется на использовании и развитии аналитических технологий в областях политики общественного здравоохранения, национальной и международной политики безопасности, а также государственной и социальной политики.
Лаборатория пищевой иммунологии и молекулярной медицины была основана в 2002 году для исследования фундаментальных механизмов кишечного иммунитета, а также определения биомаркеров и терапевтических мишеней для воспалительных и иммуноопосредованных заболеваний. Центр обнаружил механизм действия, лежащий в основе противовоспалительного действия конъюгированной линолевой кислоты при воспалительном заболевании кишечника, а также сенсибилизирующего и противовоспалительного действия абсцизовой кислоты к инсулину.. Его Центр моделирования иммунитета к кишечным патогенам использует высокопроизводительные вычислительные методы для моделирования и моделирования систем иммунологии человека и помогает иммунологам быстро проводить эксперименты in silico, чтобы сузить экспериментальный дизайн, проверить свои гипотезы и значительно сэкономить время и лабораторные затраты. Эта лаборатория также сотрудничает с Центром глобального здравоохранения Университета Вирджинии, Департаментом гастроэнтерологии и Университетом Северной Каролины в Чапел-Хилл и другими медицинскими школами и возглавляет несколько клинических испытаний на людях по более безопасным методам лечения воспалительных и иммуноопосредованных заболеваний. Недавно он установил партнерские отношения с отделением гастроэнтерологии клиники Карилион для запуска совместной программы трансляционных исследований воспалительных заболеваний кишечника.
Основные объекты и услуги [ править ]
Институт занимает более 130 000 квадратных футов (12 000 м 2 ) в кампусе Технологического института Вирджинии, в том числе более 40 000 квадратных футов (3700 м 2 ) лабораторных помещений, спроектированных с учетом гибкости и предназначенных для размещения вычислительных и лабораторных помещений. Институт занимает 5 000 квадратных футов (460 м 2 ) в Александрии, штат Вирджиния , как часть национального столичного региона Virginia Tech . Инфраструктура института включает основные объекты, которые объединяют возможности генерации данных с высокой пропускной способностью и анализа данных.
Core Computational Facility состоит из трех центров обработки данных, занимающих более 3700 квадратных футов (340 м 2 ), с более чем 250 серверами с общей оперативной памятью более 10,5 терабайт, распределенной по более чем 2650 ядрам процессора. Он имеет сеть хранения данных, содержащую более 1 петабайта диска и 3 петабайта ленты, с возможностью расширения до 50 петабайт.
Лаборатория геномных исследований: имеет 6 500 квадратных футов (600 м 2 ) лабораторных помещений, расположенных в главном здании Института. Он оснащен современными секвенаторами генома Roche GS-FLX , Illumina и Ion Torent . Он включает в себя Национальный центр заказных массивов Affymetrix для индивидуального проектирования микрочипов, обработки проб и аналитических услуг.
Ядро анализа данных: предлагает услугу «под ключ» для анализа -омики и других данных от исходных данных до готовых к рукописи рисунков и текста. Он также обеспечивает сборку и аннотацию последовательности Nexgen; дизайн, анализ и интерпретация микрочипов; анализ данных масс-спектрометрии; данные QC; генерация гипотез; экспериментальная конструкция; статистический анализ данных
Образование и пропаганда [ править ]
Программы K – 12 включают «Детский технический университет» (образовательная исследовательская программа для пробуждения интереса к науке, технологиям, инженерным дисциплинам и математике), студенческий саммит по изменению климата для учителей и студентов и летние стажировки в старших классах.
Программы бакалавриата включают исследовательский опыт для студентов по микробиологии и системной биологии, а также Летний научно-исследовательский институт для иностранных и местных студентов.
Институт является домом для программ магистратуры по геномике, биоинформатике и вычислительной биологии в Технологическом институте Вирджинии и принимает студентов различных технологических факультетов Вирджинии.
Ссылки [ править ]
- ^ https://web.archive.org/web/20151024182741/http://www.vbi.vt.edu/about/ . Архивировано из оригинального 24 -го октября 2015 года . Проверено 31 октября 2015 года . Отсутствует или пусто
|title=( справка ) - ^ " " После ухода директора, Вирджинский технологический институт биокомплекса закрыть, быть поглощенным " " . Проверено 27 октября, 2020 .
- ^ https://web.archive.org/web/20151024182741/http://www.vbi.vt.edu/about/ . Архивировано из оригинального 24 -го октября 2015 года . Проверено 31 октября 2015 года . Отсутствует или пусто
|title=( справка ) - ^ https://vtnews.vt.edu/articles/2015/12/120115-bi-biocomplexity.html . Проверено 3 мая 2017 года . Отсутствует или пусто
|title=( справка ) - ^ https://www.vt.edu/about/buildings/steger.html . Проверено 3 мая 2017 года . Отсутствует или пусто
|title=( справка )
Внешние ссылки [ править ]
- Веб-сайт Института биокомплексности Вирджинии
