Ара́льская флоти́лия[1] — озёрная флотилия флота Российской империи, существовавшая в период 1853—1883 годов на Аральском море.
Флотилия служила одним из «инструментов» научного изучения Средней Азии, наведения внутреннего порядка (замирения) и боевых действий по присоединению Средней Азии, была учреждена в 1847 году и в 1883 году передана из Морского ведомства в Военное[2].
В 1848 году А. И. Бутаков был назначен начальником экспедиции для исследования Аральского моря, для этого в Оренбурге была заложена и построена шхуна «Константин», к лету 1848 года она была доставлена в Раимское укрепление вблизи устья Сыр-Дарьи.
После занятия низовья реки Сырдарья для организации движения по реке были заказаны пароход «Перовский» и паровой баркас «Обручев», которые были доставлены в 1853 году в укрепление Раим в разобранном виде, где были собраны и спущены на воду.
Флотилия создавалась с целью защиты от набегов хивинцев, во избежание их переправ через Сырдарью и возможных грабежей, а также для содействия сухопутным войскам в военных операциях. Помимо этого предполагалось использовать суда флотилии для развития торговли на Аральском море. Появление на водах Средней Азии невиданных до того времени вооружённых паровых судов произвело большое впечатление на местных жителей.
В 1862 году были заказаны и спущены на воду ещё два парохода «Арал» и «Сырдарья», но конструкция всех этих судов не соответствовала местным условиям судоходства, и в 1869 году в Бельгии был заказан новый пароход «Самарканд», специально спроектированный с учётом местных условий. А в 1872 году был доставлен ещё один пароход «Ташкент», оказавшийся, правда, менее удачным, чем предыдущий. Помимо пароходов в состав флотилии в разное время входили 9 барж с подъёмной силой в 55 800 пудов, несколько паромов и других мелких судов различного назначения. Для ремонта судов были построены плавучий док и мастерская. Первоначально флотилия базировалась в Раиме, позже была переведена в Казалинск.