 | В этой статье отсутствует информация о Rfam SSU_rRNA_eukarya. ( Декабрь 2020 г. ) |
18S рибосомная РНК (сокращенно 18S рРНК ) является частью рибосомальной РНК . Буква S в 18S представляет единицы Сведберга . 18S рРНК представляет собой SSU рРНК , компонент эукариотической малой субъединицы рибосомы ( 40S ). 18S рРНК является структурной РНК для небольшого компонента эукариотических цитоплазматических рибосом и, таким образом, одним из основных компонентов всех эукариотических клеток.
18S рРНК является эукариотическим цитозольным гомологом рибосомальной РНК 16S в прокариотах и митохондриях .
Гены, кодирующие 18S рРНК, называют генами 18S рРНК . Данные о последовательностях этих генов широко используются в молекулярном анализе для реконструкции эволюционной истории организмов, особенно у позвоночных, поскольку их медленная скорость эволюции делает их подходящими для реконструкции древних расхождений.
Использование в филогении [ править ]
Малой субъединицы (SSU) 18S рРНК генов является одним из наиболее часто используемых генов в филогенетических исследованиях и является важным маркером для случайной целевой полимеразной цепной реакции (ПЦР) в скрининге биоразнообразия окружающей среды. [1] В целом последовательности гена рРНК легко доступны благодаря высококонсервативным фланкирующим областям, позволяющим использовать универсальные праймеры . [1]Их повторяющееся расположение в геноме обеспечивает чрезмерное количество матричной ДНК для ПЦР даже в самых маленьких организмах. Ген 18S является частью функционального ядра рибосомы и подвергается одинаковым силам отбора у всех живых существ. Таким образом, когда были опубликованы первые крупномасштабные филогенетические исследования, основанные на последовательностях 18S ( например , Field et al. , 1988) [2], ген был отмечен как главный кандидат на реконструкцию древа жизни многоклеточных животных . [1] 18S последовательности позже предоставили доказательства расщепления клад Ecdysozoa и Lophotrochozoa. (монофилетическая группа организмов, состоящая из общего предка и всех его линейных потомков), что внесло свой вклад в самое недавнее революционное изменение в нашем понимании отношений между метазоа. [1]
Однако во второй половине 2000-х годов и с увеличением числа таксонов, включенных в молекулярные филогении, стали очевидными две проблемы. Во-первых, существуют превалирующие препятствия для секвенирования у представителей определенных таксонов, таких как классы моллюсков Solenogastres и Tryblidia , отдельные таксоны двустворчатых моллюсков и загадочный класс ракообразных Remipedia . [1] Неспособность получить последовательности 18S отдельных таксонов считается обычным явлением, но о ней редко когда-либо сообщают. [1] Во-вторых, в отличие от поначалу больших надежд, 18S не может разрешить узлы на всех таксономических уровнях, и его эффективность значительно варьируется между кладами. Это обсуждалось как эффект быстрой древней радиации в течение коротких периодов времени. В настоящее время считается, что мультигенный анализ дает более надежные результаты для отслеживания событий глубокого ветвления у Metazoa, но 18S все еще широко используется в филогенетическом анализе. [1]
Ссылки [ править ]
Эта статья включает текст CC-By-2.0 из справочника. [1]
- ^ a b c d e f g h Мейер А., Тодт К., Миккельсен Н. Т. и Либ Б. (2010). «Быстро развивающиеся последовательности 18S рРНК из Solenogastres (Mollusca) сопротивляются стандартной амплификации ПЦР и дают новое понимание гетерогенности скорости замены моллюсков». BMC Evolutionary Biology 10 : 70. ‹см. Tfd› doi : 10.1186 / 1471-2148-10-70
- ↑ Field KG, Olsen GJ, Lane DJ, Giovannoni SJ, Ghiselin MT, Raff EC, Pace NR и Raff RA (1988). «Молекулярная филогения животного мира». Наука 239 (4841): 748–753. ‹См. Tfd› doi : 10.1126 / science.3277277 .
