Гликопротеин альфа-1-В
Из Википедии, свободной энциклопедии
  (Перенаправлено с A1BG )
Перейти к навигации Перейти к поиску
A1BG
Идентификаторы
ПсевдонимыA1BG , A1B, ABG, GAB, HYST2477, гликопротеин альфа-1-B
Внешние идентификаторыOMIM : 138670 MGI : 2152878 HomoloGene : 11167 GeneCards : A1BG
Местоположение гена ( человек )
Хромосома 19 (человек)
Хр.Хромосома 19 (человек) [1]
Хромосома 19 (человек)
Геномное расположение для A1BG
Геномное расположение для A1BG
Группа19q13.43Начинать58 345 178 п.н. [1]
Конец58 353 492 п.н. [1]
Местоположение гена ( Мышь )
Хромосома 15 (мышь)
Хр.Хромосома 15 (мышь) [2]
Хромосома 15 (мышь)
Геномное расположение для A1BG
Геномное расположение для A1BG
Группа15|15 D1Начинать60 896 859 п.н. [2]
Конец60 923 012 п.н. [2]
Паттерн экспрессии РНК
Бгы
Топ выражен в
  • Правая доля печени
  • печень
  • передняя доля гипофиза
  • гипофиз
  • скорлупа
  • миндалевидное тело
  • миометрий
Дополнительные данные эталонного выражения
БиоGPS
н/д
Генная онтология
Молекулярная функция
  • молекулярная функция
    • Сотовый компонент
    Биологический процесс
    • дегрануляция тромбоцитов
    • дегрануляция нейтрофилов
    • биологический процесс
    Источники: Амиго / QuickGO
    Ортологи
    РазновидностьЧеловекмышь
    Энтрез

    1

    117586

    Ансамбль

    ENSG00000121410

    ENSMUSG00000022347

    ЮниПрот

    P04217

    Q19LI2

    RefSeq (мРНК)

    NM_130786

    NM_001081067

    RefSeq (белок)

    NP_570602

    NP_001074536

    Местоположение (UCSC)Хр 19: 58,35 – 58,35 МбХр 15: 60,9 – 60,92 Мб
    Поиск в пабмеде[3][4]
    Викиданные
    Просмотр/редактирование человекаПросмотр/редактирование мыши

    Гликопротеин альфа-1-В представляет собой белок массой 54,3 кДа у человека, который кодируется геном A1BG .[5] Белок, кодируемый этим геном, представляет собой гликопротеин плазмы с неизвестной функцией. Белок демонстрирует сходство последовательностей с вариабельными областями некоторых белков-членов семейства супергенов иммуноглобулинов . У пациентов с аденокарциномой протоков поджелудочной железы наблюдается гиперэкспрессия A1BG в панкреатическом соке . [6]

    Ген

    Район

    A1BG расположен на отрицательной цепи ДНК хромосомы 19 от 58 858 172 до 58 864 865. [7] Кроме того, A1BG расположен непосредственно рядом с геном ZSCAN22 (58 838 385-58 853 712)) на положительной цепи ДНК, а также с генами ZNF837 (58 878 990 - 58 892 389, комплемент) и ZNF497 (58865723 - 58 874 214, комплемент) на отрицательная нить. [7]

    Выражение

    A1BG экспрессируется на высоких уровнях в печени взрослых и плода . [8] Кроме того, молочная железа имеет примерно вдвое меньше выраженности, чем печень. [8] Следовые количества экспрессии A1BG можно обнаружить в крови , головном мозге , легких , лимфатических узлах , яичниках , семенниках , поджелудочной железе и поджелудочной железе . [8] Опухоли печени демонстрируют повышенный уровень транскриптов A1BG. [8]

    мРНК

    структура мРНК

    Ген содержит 20 различных интронов . [9] Транскрипция дает 15 различных мРНК , 10 вариантов альтернативного сплайсинга и 5 форм без сплайсинга. [9] Существует 4 вероятных альтернативных промотора , 4 неперекрывающихся альтернативных последних экзона и 7 подтвержденных альтернативных сайтов полиаденилирования . [9] мРНК, по-видимому, различаются укорочением 5'-конца, усечением 3'-конца, наличием или отсутствием 4 кассетных экзонов, перекрытием экзонов с разными границами, сплайсингом или сохранением 3 интронов. [9]

    белок

    Характеристики

    Программа статистического анализа белка (SAPS) суперкомпьютера Сан-Диего определила, что гликопротеин альфа-1В имеет 495 аминокислотных остатков, изоэлектрическую точку 5,47 и молекулярную массу 54,3 кДа. Кроме того, предполагается, что в гликопротеине альфа-1В не существует трансмембранных доменов. [10] Согласно NCBI, аминокислотная последовательность MLVVFLLLWGVTWGPVTEA представляет собой сигнальный пептид на N-конце белка, который может функционировать как сигнал импорта эндоплазматического ретикулума. [10]

    Посттрансляционные модификации

    Программа NetAcet 1.0 подсчитала, что первые пять аминокислотных остатков служат сайтом N-ацетилирования. [11] Программа NetGlycate 1.0 предсказала, что лизины, расположенные в остатках 78, 114 и 227, служат точками гликирования. [12] Программа NetNES 1.1 предсказала, что лейцин в остатке 47 является сигналом ядерного экспорта. [13] Программа NetNGlyc 1.0 предсказала четыре сайта N-гликозилирования, два из которых представляют собой высококонсервативные внутренне повторяющиеся последовательности. [14] [15] Программа NetCGlyc1.0 предсказала, что ни один из остатков триптофана не служит сайтом C-маннозилирования. [16]

    Белковые взаимодействия

    Исследование Udby et al. показали, что секреторный белок 3, богатый цистеином, является лигандом гликопротеина альфа-1В в плазме человека, и они предполагают, что комплекс A1BG-CRISP-3 выполняет аналогичную функцию в защите кровообращения от потенциально вредного воздействия свободного CRISP-3. [17]

    Специфическая для пола роль в сердечной функции

    Самки мышей с сердечным условным нокаутом A1BG демонстрируют плохую сердечную функцию, но самцы мышей с таким же нокаутом не страдают. [18]

    Гомология

    Ортологи

    В дополнение к таблице ниже, гликопротеин альфа-1В также сохраняется у белощекого хохлатого гиббона , бабуина , боливийской беличьей обезьяны , овцы , собаки , кабана , китайской землеройки , китайского хомяка , черной летучей лисицы , кролика , морской свинки. , большая панда , корова , крыса и голый землекоп . [19] Кроме того, весьма вероятно, что A1BG в дальнейшем сохраняется во всей кладе млекопитающих .

    Виды родаОбщее название организмаРасхождение с людьми (MYA) [20]Номер доступа к белку NCBIИдентификация последовательностиДлина белкаОбщее название гена
    Человек разумный [21]Человек--NP_570602100%495A1BG
    Пантроглодиты [22]Шимпанзе6.2XP_00114666997,0%501ПРОГНОЗ: Альфа-1В-изоформа 4 гликопротеина
    Пан паниск [23]Бонобо6.3XP_00381667797,0%499A1BG
    горилла горилла горилла [24]Горилла8,8XP_00406165295,0%275ПРОГНОЗ: альфа-1В-гликопротеин
    Понго пигмей [25]Орангутанг15,7XP_00282995395,0%495изоформа 1 альфа-1В-гликопротеина
    Макака мулата [26]Резус макака29,0XM_00110182188,0%351гипотетический белок EGK_11172, частичный
    Каллитрикс джакх [27]мартышка42,6XP_00276261983,0%500A1BG
    Мышечная мышца [28]мышь91,0NP_00107453644,0%512предшественник альфа-1B-гликопротеина
    Фелис катус [29]Кот94,2XP_00399739962,0%481ПРОГНОЗ: альфа-1В-гликопротеин
    Эквус кабаллус [30]Лошадь97,4XP_00149534458,0%568ПРОГНОЗИРОВАНО: альфа-1В-гликопротеиноподобный
    Локсодонта африканская [31]Африканский слон104,7XP_00340672261,0%520ПРОГНОЗИРОВАНО: альфа-1В-гликопротеиноподобный

    Паралоги

    Паралогов для гликопротеина альфа-1В обнаружено не было . [32]

    Гомологичные домены

    Первоначальное выравнивание гликопротеина альфа-1B NCBI Blast показывает, что белок в основном состоит из трех доменов иммуноглобулина . [33] Существует большой сегмент аминокислот с позиции 297 по 400, который не является доменом иммуноглобулина. Однако выравнивание NCBI BLAST только аминокислот с 297 по 400 действительно показывает, что последняя последовательность действительно является четвертым доменом иммуноглобулина. [34] В конечном счете, гликопротеин альфа-1В, по-видимому, в основном состоит из четырех доменов иммуноглобулина.

    Клиническое значение

    Стероидрезистентный нефротический синдром

    Уровень альфа-1-гликопротеина повышается в 11 раз в моче пациентов с стероидрезистентным нефротическим синдромом . [35] A1BG присутствовал у 7/19 пациентов со СРНС и отсутствовал у всех пациентов с стероидчувствительным нефротическим синдромом. [35] Фрагмент A1BG 13,8 кДа обладал высокой дискриминационной способностью в отношении устойчивости к стероидам при педиатрическом нефротическом синдроме, но присутствует только у части пациентов. [35]

    использованная литература

    1. ^ a b c GRCh38: Ensembl, выпуск 89: ENSG00000121410 - Ensembl , май 2017 г.
    2. ^ a b c GRCm38: Ensembl, выпуск 89: ENSMUSG00000022347 - Ensembl , май 2017 г.
    3. ^ "Справочник по PubMed для людей:" . Национальный центр биотехнологической информации, Национальная медицинская библиотека США .
    4. ^ "Справочник по PubMed для мыши:" . Национальный центр биотехнологической информации, Национальная медицинская библиотека США .
    5. ^ «Ген Entrez: гликопротеин альфа-1-B» . Проверено 9 ноября 2012 г. .
    6. ^ Tian M, Cui YZ, Song GH, Zong MJ, Zhou XY, Chen Y, Han JX (2008). «Протеомный анализ идентифицирует MMP-9, DJ-1 и A1BG как сверхэкспрессированные белки в соке поджелудочной железы у пациентов с аденокарциномой протоков поджелудочной железы» . БМК Рак . 8 : 241. doi : 10.1186/1471-2407-8-241 . ПМК 2528014 . PMID 18706098 .  
    7. ^ a b "Гликопротеин A1BG альфа-1-B" . Проверено 10 мая 2013 г.
    8. ^ a b c d "Профиль EST - Hs.529161" . UniGene . Национальный центр биотехнологической информации, Национальная медицинская библиотека США . Проверено 11 мая 2013 г. .
    9. ^ a b c d "AceView: A1BG" . Проверено 11 мая 2013 г.
    10. ^ a b Брендель В., Бухер П., Нурбахш И. Р., Блейсделл Б. Э., Карлин С. (март 1992 г.). «Методы и алгоритмы статистического анализа белковых последовательностей» . проц. Натл. акад. науч. США . 89 (6): 2002–2006. Бибкод : 1992PNAS...89.2002B . doi : 10.1073/pnas.89.6.2002 . ПМС 48584 . PMID 1549558 .  
    11. ^ Кимер Л., Бендцен Дж. Д., Блом Н. (апрель 2005 г.). «NetAcet: предсказание N-концевых сайтов ацетилирования» . Биоинформатика . 21 (7): 1269–1270. doi : 10.1093/биоинформатика/bti130 . PMID 15539450 . 
    12. ↑ Йохансен М.Б., Кимер Л., Брунак С. (сентябрь 2006 г.). «Анализ и прогнозирование гликирования белков млекопитающих» . Гликобиология . 16 (9): 844–53. CiteSeerX 10.1.1.128.831 . doi : 10.1093/гликоб/cwl009 . PMID 16762979 .  
    13. ↑ La Cour T, Kiemer L, Mølgaard A, Gupta R, Skriver K, Brunak S (июнь 2004 г.). «Анализ и прогнозирование сигналов экспорта ядер, богатых лейцином» . Белок англ. Дес. Сел . 17 (6): 527–36. doi : 10.1093/белок/gzh062 . PMID 15314210 . Проверено 10 мая 2013 г. 
    14. ^ Гупта, Р. «Предсказание сайтов N-гликозилирования в белках человека» . Проверено 10 мая 2013 г.
    15. ↑ Хиггинс Д.Г., Блисби А.Дж., Фукс Р. (апрель 1992 г.) . «CLUSTAL V: улучшенное программное обеспечение для множественного выравнивания последовательностей». вычисл. заявл. Бионауч . 8 (2): 189–91. doi : 10.1093/биоинформатика/8.2.189 . PMID 1591615 . 
    16. ^ Юлениус, Карин (2007). «NetCGlyc1.0: Прогнозирование сайтов C-маннозилирования млекопитающих» . Гликобиология . 17 (8): 868–876. doi : 10.1093/гликоб/cwm050 . PMID 17494086 . Проверено 10 мая 2013 г. 
    17. ↑ Удби Л., Соренсен О.Э., Пасс Дж., Джонсен А.Х., Берендт Н., Боррегаард Н., Кьельдсен Л. (октябрь 2004 г.). «Богатый цистеином секреторный белок 3 является лигандом альфа1B-гликопротеина в плазме человека». Биохимия . 43 (40): 12877–86. дои : 10.1021/bi048823e . PMID 15461460 . 
    18. ^ Ши, Вэй; Шэн, Синьлей; Дорр, Керри М.; Хаттон, Джозайя Э .; Эмерсон, Джеймс I .; Дэвис, Хейли А .; Андраде, Тиа Д .; Уоссон, Лорен К.; Греко, Тодд М .; Хашимото, Ютака; Федершпиль, Джоэл Д. (октябрь 2021 г.). «Протеомика сердца выявляет зависящие от половых хромосом различия между мужчинами и женщинами, которые возникают до образования гонад» . Ячейка развития : S1534580721007668. doi : 10.1016/j.devcel.2021.09.022 .
    19. ^ «Результаты NCBI Blast для последовательности белка A1BG» . Проверено 11 мая 2013 г.
    20. Викискладе есть медиафайлы по теме дерева времени .
    21. ^ «Гликопротеин альфа-1-B [Homo sapiens]» . Проверено 11 мая 2013 г.
    22. ^ «ПРОГНОЗИРОВАНО: изоформа 4 альфа-1B-гликопротеина [пантроглодиты]» . NCBI . Проверено 10 мая 2013 г.
    23. ^ «ПРОГНОЗИРОВАНО: альфа-1B-гликопротеин [Pan paniscus]» . Проверено 11 мая 2013 г.
    24. ^ «ПРОГНОЗИРОВАНО: альфа-1B-гликопротеин» . Проверено 10 мая 2013 г.
    25. ^ «Отправить: ПРОГНОЗ: изоформа 1 альфа-1B-гликопротеина [Pongo abelii]» . Проверено 11 мая 2013 г.
    26. ^ «гипотетический белок EGK_11172, частичный [Macaca mulatta]» . Проверено 11 мая 2013 .
    27. ^ «ПРОГНОЗИРОВАНО: альфа-1B-гликопротеин [Callithrix jacchus]» . Проверено 11 мая 2013 .
    28. ^ «Предшественник альфа-1B-гликопротеина [Mus musculus]» . Проверено 11 мая 2013 .
    29. ^ «ПРОГНОЗИРОВАНО: альфа-1B-гликопротеин [Felis catus]» . Проверено 11 мая 2013 .
    30. ^ «ПРОГНОЗИРОВАНО: альфа-1B-гликопротеиноподобный» . Проверено 11 мая 2013 .
    31. ^ «ПРОГНОЗИРОВАНО: альфа-1B-гликопротеиноподобный [Loxodonta africana]» .
    32. ^ "Ген A1BG" . Научный институт Вейсмана . Проверено 10 мая 2013 г.
    33. ^ «Поиск в сохраненном домене NCBI» . Проверено 10 мая 2013 г.
    34. Викискладе есть медиафайлы по теме NCBI Blast . Проверено 10 мая 2013 г.
    35. ^ a b c Пияфани Н., Ма К., Кремен О., Чех К., Грейс К., Мицнефес М., Девараджан П., Беннетт М. Р. (июнь 2011 г.). «Открытие и первоначальная проверка фрагментации гликопротеина α 1-B в качестве дифференциального биомаркера мочи при педиатрическом стероид-резистентном нефротическом синдроме» . Протеомика: клиническое применение . 5 (5–6): 334–42. doi : 10.1002/prca.201000110 . ПМС 7039306 . PMID 21591266 .  

    внешняя ссылка

    • Местоположение генома человека A1BG и страница сведений о гене A1BG в браузере генома UCSC .
    Получено с https://en.wikipedia.org/w/index.php?title=Alpha-1-B_glycoprotein&oldid=1052150284 "
    Contribute a better translation