HNRPD

HNRNPD

Доступные конструкции

Ортолог поиск: PDBe RCSB

Список идентификационных кодов PDB
1HD0 , 1HD1 , 1IQT , 1WTB , 1X0F , 2Z5N

Идентификаторы

Псевдонимы

HNRNPD , AUF1, AUF1A, HNRPD, P37, hnRNPD0, гетерогенный ядерный рибонуклеопротеин D

Внешние идентификаторы

OMIM : 601324 MGI : 101947 HomoloGene : 22410 GeneCards : HNRNPD

Расположение гена ( человек )

Chr.	Хромосома 4 (человек) ^[1]

Группа	4q21.22	Начинать	82 352 498 п.н. ^[1]
Группа	4q21.22	Конец	82 374 503 п.н. ^[1]

Расположение гена ( Мышь )

Chr.	Хромосома 5 (мышь) ^[2]

Группа	5 \| 5 E4	Начинать	99 955 935 п.н. ^[2]
Группа	5 \| 5 E4	Конец	99 978 938 п.н. ^[2]

Паттерн экспрессии РНК

Дополнительные данные эталонного выражения

Генная онтология
Молекулярная функция	• связывание теломерная ДНК • GO: 0001948 связывание белка • АТ связывания ДНК • мРНК связывания • гистондеацетилазу связывания • транскрипционный фактор связывания • хроматина связывания • мРНК 3'-UTR АС-обогащенный участок связывания • связывания ДНК • нуклеиновой кислоты связывания • связывания РНК • Связывание с последовательностью ДНК • Связывание с последовательностью двухцепочечной ДНК
Сотовый компонент	• цитоплазма • цитозоль • внеклеточная экзосома • нуклеоплазма • ядро клетки • синапс • рибонуклеопротеин
Биологический процесс	• ответ на электрический стимул • дедифференцировка гепатоцитов • клеточный ответ на аминокислотный стимул • позитивная регуляция транскрипции, ДНК-шаблон • ответ на эстрадиол • стабилизация мРНК • ответ на рапамицин • клеточный ответ на путресцин • развитие мозжечка • негативная регуляция экспрессии генов • Сплайсинг мРНК через сплайсосомы • позитивная регуляция трансляции • процессинг РНК • развитие печени • транскрипция, ДНК-шаблон • регуляция циркадного ритма • ответ на ион кальция • ответ на фосфат натрия • 3'-UTR-опосредованная дестабилизация мРНК • регуляция стабильности мРНК • клеточный ответ на оксид азота • ритмический процесс • клеточный ответ на стимул эстрадиола • развитие мозга • катаболический процесс РНК • циркадная регуляция трансляции • регуляция транскрипции по шаблону ДНК • позитивная регуляция экспрессии генов • ответ на лекарство • транскрипция мРНК с промотора РНК-полимеразы II • положительная регуляция кэпирования теломер • позитивная регуляция активности обратной транскриптазы теломеразной РНК • регуляция поддержания теломер • метаболический процесс РНК
Источники: Amigo / QuickGO

Ортологи

Разновидность

Человек

Мышь

Entrez


3184


11991

Ансамбль


ENSG00000138668


ENSMUSG00000000568

UniProt


Q14103


Q60668

RefSeq (мРНК)


NM_031370 NM_001003810 NM_002138 NM_031369


NM_001077265 NM_001077266 NM_001077267 NM_007516

RefSeq (белок)


NP_001003810 NP_002129 NP_112737 NP_112738


NP_001070733 NP_001070734 NP_001070735 NP_031542

Расположение (UCSC)

Chr 4: 82,35 - 82,37 Мб

Chr 5: 99.96 - 99.98 Мб

PubMed поиск

^[3]

^[4]

Викиданные

Просмотр / редактирование человека

Просмотр / редактирование мыши

Гетерогенный ядерная рибонуклеопротеиновый Д0 (HNRNPD) , также известный как AU-богатый элемент РНК-связывающий белок 1 (AUF1) представляет собой белок , который у человека кодируется HNRNPD гена . ^[5]^[6] Альтернативный сплайсинг этого гена дает четыре варианта транскрипта.

Функция [ править ]

Согласованная вторичная структура и первичная последовательность для мишеней РНК-связывающего белка AUF1.

Этот ген принадлежит к подсемейству повсеместно экспрессируемых гетерогенных ядерных рибонуклеопротеидов (hnRNP). HnRNPs являются белками, связывающими нуклеиновые кислоты, и они образуют комплекс с гетерогенной ядерной РНК (hnRNA). Сайты взаимодействия на РНК часто смещены в сторону определенных мотивов последовательности. ^[7] Эти белки связаны с пре-мРНК в ядре и, по-видимому, влияют на процессинг пре-мРНК и другие аспекты метаболизма и транспорта мРНК. Хотя все hnRNP присутствуют в ядре, некоторые, кажется, перемещаются между ядром и цитоплазмой.. Белки hnRNP обладают отчетливыми свойствами связывания нуклеиновых кислот. Белок, кодируемый этим геном, имеет два повтора квази-RRM-доменов, которые связываются с РНК. Он локализуется как в ядре, так и в цитоплазме. Этот белок участвует в регуляции стабильности мРНК. ^[6]

Взаимодействия [ править ]

Было показано, что HnRNP D взаимодействует с SAFB ^[8] и Hsp27 . ^[9] Также сообщалось, что он взаимодействует с мРНК, такой как мРНК Mef2c. ^[10]

Ссылки [ править ]

^ a b c GRCh38: Ensembl, выпуск 89: ENSG00000138668 - Ensembl , май 2017 г.
^ a b c GRCm38: выпуск Ensembl 89: ENSMUSG00000000568 - Ensembl , май 2017 г.
^ "Human PubMed Reference:" . Национальный центр биотехнологической информации, Национальная медицинская библиотека США .
^ «Ссылка на Mouse PubMed:» . Национальный центр биотехнологической информации, Национальная медицинская библиотека США .
^ Dempsey Л.А., Ли MJ, DePace A, Bray-Уорд P, Maizels N (август 1998). «Локус HNRPD человека отображается на 4q21 и кодирует высококонсервативный белок». Геномика . 49 (3): 378–384. DOI : 10.1006 / geno.1998.5237 . PMID 9615222 .
^ а б «Ген Entrez: HNRPD гетерогенный ядерный рибонуклеопротеин D (AU-богатый элемент, связывающий РНК-связывающий белок 1, 37 кДа)» .
^ Мазан-Mamczarz K, Kuwano Y, Zhan M, Белый EJ, Martindale JL, Лал A, Gorospe M (январь 2009). «Идентификация сигнатуры в мРНК-мишени РНК-связывающего белка AUF1» . Исследования нуклеиновых кислот . 37 (1): 204–14. DOI : 10.1093 / NAR / gkn929 . PMC 2615618 . PMID 19033365 .
^ Arao Y, Курияма R, Каяма F, Kato S (август 2000). «Фактор, связанный с ядерным матриксом, SAF-B, взаимодействует со специфическими изоформами AUF1 / hnRNP D». Arch. Биохим. Биофиз . 380 (2): 228–36. DOI : 10,1006 / abbi.2000.1938 . PMID 10933876 .
^ Sinsimer KS, Gratacós FM, Knapinska AM, Lu J, Krause CD, Wierzbowski AV, Maher LR, Scrudato S, Rivera YM, Gupta S, Turrin DK, De La Cruz MP, Pestka S, Brewer G (сентябрь 2008 г.). «Шаперон Hsp27, новая субъединица белковых комплексов AUF1, участвует в распаде мРНК, опосредованном AU-богатыми элементами» . Мол. Клетка. Биол . 28 (17): 5223–37. DOI : 10.1128 / MCB.00431-08 . PMC 2519747 . PMID 18573886 .
^ Panda AC, Абдельмохсен K, Yoon JH, Martindale JL, Ян X, Curtis J, MercKen EM, боксами DM, Zhang Y, Schneider RJ, Becker KG, де Кабо R, Gorospe M (август 2014). «РНК-связывающий белок AUF1 способствует миогенезу, регулируя уровни экспрессии MEF2C» . Mol Cell Biol . 34 (16): 3106–19. DOI : 10.1128 / MCB.00423-14 . PMC 4135590 . PMID 24891619 .

Дальнейшее чтение [ править ]

Тай Н, Чан С.Х., Рен ЕС (1992). «Идентификация и клонирование нового гетерогенного ядерного рибонуклеопротеина C-подобного белка, который функционирует как активатор транскрипции энхансера вируса гепатита B II» . J. Virol . 66 (12): 6841–8. DOI : 10,1128 / JVI.66.12.6841-6848.1992 . PMC 240284 . PMID 1433497 .
Лахири Д.К., Томас Дж.О. (1986). «Клон кДНК белков hnRNP C и его гомология с одноцепочечным ДНК-связывающим белком UP2» . Nucleic Acids Res . 14 (10): 4077–4094. DOI : 10.1093 / NAR / 14.10.4077 . PMC 339847 . PMID 3754960 .
Кадзита Ю., Накаяма Дж., Аидзава М., Исикава Ф. (1995). «UUAG-специфический связывающий РНК белок, гетерогенный ядерный рибонуклеопротеин D0. Общая модульная структура и связывающие свойства семейства 2xRBD-Gly» . J. Biol. Chem . 270 (38): 22167–75. DOI : 10.1074 / jbc.270.38.22167 . PMID 7673195 .
Zhang W, Wagner BJ, Ehrenman K, Schaefer AW, DeMaria CT, Crater D, DeHaven K, Long L, Brewer G (декабрь 1993 г.). «Очистка, характеристика и клонирование кДНК РНК-связывающего белка, богатого AU, AUF1» . Мол. Клетка. Биол . 13 (12): 7652–65. DOI : 10,1128 / MCB.13.12.7652 . PMC 364837 . PMID 8246982 .
Вагнер Б.Дж., Лонг Л., Рао П.Н., Петтенати М.Дж., Брюэр Г. (июнь 1996 г.). «Локализация и физическое картирование генов, кодирующих A + U-богатый элемент РНК-связывающий белок AUF1 в человеческих хромосомах 4 и X». Геномика . 34 (2): 219–22. DOI : 10.1006 / geno.1996.0269 . PMID 8661052 .
Киледжиан М., ДеМария СТ, Брюер Г., Новик К. (1997). «Идентификация AUF1 (гетерогенный ядерный рибонуклеопротеин D) как компонента комплекса стабильности мРНК альфа-глобина» . Мол. Клетка. Биол . 17 (8): 4870–6. DOI : 10,1128 / MCB.17.8.4870 . PMC 232339 . PMID 9234743 .
Вагнер Б.Дж., ДеМария С.Т., Сан Y, Уилсон Г.М., Брюер Г. (март 1998 г.). «Структура и геномная организация гена AUF1 человека: альтернативный сплайсинг пре-мРНК генерирует четыре изоформы белка». Геномика . 48 (2): 195–202. DOI : 10.1006 / geno.1997.5142 . PMID 9521873 .
Сиоми М.С., Фромонт М., Рейн Дж.С., Ван Л., Ван Ф., Легрейн П., Дрейфус Дж. (Июль 1998 г.). «Функциональное сохранение транспорта в ядерном пути импорта в дивергентных организмах» . Мол. Клетка. Биол . 18 (7): 4141–8. DOI : 10,1128 / MCB.18.7.4141 . PMC 108998 . PMID 9632798 .
Толнай М, Верещагина Л.А., Цокос ГК (1999). «Гетерогенный ядерный рибонуклеопротеин D0B представляет собой ДНК-связывающий белок, специфичный для последовательности» . Биохим. Дж . 338 (2): 417–25. DOI : 10.1042 / 0264-6021: 3380417 . PMC 1220068 . PMID 10024518 .
Нагата Т., Курихара Ю., Мацуда Г., Саеки Дж., Коно Т., Янагида Ю., Исикава Ф., Уэсуги С., Катахира М. (март 1999 г.). «Структура и взаимодействия с РНК N-концевого UUAG-специфичного РНК-связывающего домена hnRNP D0». J. Mol. Биол . 287 (2): 221–37. DOI : 10.1006 / jmbi.1999.2616 . PMID 10080887 .
Лароя Дж., Куэста Р., Брюер Дж., Шнайдер Р. Дж. (1999). «Контроль распада мРНК путем теплового шока-убиквитин-протеасома». Наука . 284 (5413): 499–502. DOI : 10.1126 / science.284.5413.499 . PMID 10205060 .
Blaxall BC, Dwyer-Nield LD, Bauer AK, Bohlmeyer TJ, Malkinson AM, Port JD (июнь 2000 г.). «Дифференциальная экспрессия и локализация мРНК-связывающих белков, мРНК-связывающего белка AU-богатого элемента (AUF1) и антигена Hu R (HuR) в опухолевой ткани легкого». Мол. Канцерогенный . 28 (2): 76–83. DOI : 10.1002 / 1098-2744 (200006) 28: 2 <76 :: АИД-МС3> 3.0.CO; 2-0 . PMID 10900464 .
Мораес К.С., Куарежма А.Дж., Маенсс К., Кобарг Дж. (Январь 2003 г.). «Идентификация и характеристика белков, которые избирательно взаимодействуют с изоформами мРНК-связывающего белка AUF1 (hnRNP D)». Биол. Chem . 384 (1): 25–37. DOI : 10.1515 / BC.2003.004 . PMID 12674497 . S2CID 30993043 .
Арао Й, Курияма Р., Каяма Ф, Като С. (2000). «Фактор, связанный с ядерным матриксом, SAF-B, взаимодействует со специфическими изоформами AUF1 / hnRNP D». Arch. Биохим. Биофиз . 380 (2): 228–236. DOI : 10,1006 / abbi.2000.1938 . PMID 10933876 .
Гроссет С., Чен С.Ю., Сюй Н., Соненберг Н., Жакмен-Саблон Х., Шю А.Б. (сентябрь 2000 г.). «Механизм трансляционно связанного оборота мРНК: взаимодействие между поли (А) хвостом и детерминантой, кодирующей РНК c-fos через белковый комплекс». Cell . 103 (1): 29–40. DOI : 10.1016 / S0092-8674 (00) 00102-1 . PMID 11051545 . S2CID 18135412 .
Катахира М., Миянури Ю., Энокизоно Ю., Мацуда Г., Нагата Т., Исикава Ф., Уэсуги С. (август 2001 г.). «Структура C-концевого РНК-связывающего домена hnRNP D0 (AUF1), его взаимодействия с РНК и ДНК, а также изменение динамики остова при образовании комплекса с ДНК». J. Mol. Биол . 311 (5): 973–88. DOI : 10.1006 / jmbi.2001.4862 . PMID 11531333 .
Lapucci A, Donnini M, Papucci L, Witort E, Tempestini A, Bevilacqua A, Nicolin A, Brewer G, Schiavone N, Capaccioli S (май 2002 г.). «AUF1 представляет собой bcl-2 A + U-богатый связывающий элемент белок, участвующий в дестабилизации мРНК bcl-2 во время апоптоза» . J. Biol. Chem . 277 (18): 16139–46. DOI : 10.1074 / jbc.M201377200 . PMID 11856759 .
Толнай М., Хуанг Ю.Т., Цокос Г.К. (2002). «Протеинкиназа А усиливает, в то время как киназа-3 бета гликогенсинтазы ингибирует активность трансактиваторного домена, кодируемого экзоном 2, гетерогенного ядерного рибонуклеопротеина D иерархическим образом» . Биохим. Дж . 363 (Pt 1): 127–36. DOI : 10.1042 / 0264-6021: 3630127 . PMC 1222459 . PMID 11903055 .
Пиоли П.А., Гамильтон Б.Дж., Коннолли Д.Э., Брюер Г., Ригби В.Ф. (сентябрь 2002 г.). «Лактатдегидрогеназа - это AU-богатый элемент-связывающий белок, который напрямую взаимодействует с AUF1» . J. Biol. Chem . 277 (38): 35738–45. DOI : 10.1074 / jbc.M204002200 . PMID 12107167 .
Щорс К., Ехиели Ф., Кулар Р.К., Котло К.Ю., Брюер Г., Дейсс Л.П. (декабрь 2002 г.). «РНК, ингибирующая гибель клеток (CDIR), происходящая из 3'-нетранслируемой области, связывает AUF1 и белок теплового шока 27» . J. Biol. Chem . 277 (49): 47061–72. DOI : 10.1074 / jbc.M202272200 . PMID 12356764 .

Внешние ссылки [ править ]

PDBe-KB предоставляет обзор всей структурной информации, доступной в PDB для человеческого гетерогенного ядерного рибонуклеопротеина D0 (HNRPD)

[refGRCh38Ensembl-1] GRCh38: Ensembl, выпуск 89: ENSG00000138668 - Ensembl , май 2017 г.

[refGRCm38Ensembl-2] GRCm38: выпуск Ensembl 89: ENSMUSG00000000568 - Ensembl , май 2017 г.

[3] "Human PubMed Reference:" . Национальный центр биотехнологической информации, Национальная медицинская библиотека США .

[4] «Ссылка на Mouse PubMed:» . Национальный центр биотехнологической информации, Национальная медицинская библиотека США .

[pmid9615222-5] Dempsey Л.А., Ли MJ, DePace A, Bray-Уорд P, Maizels N (август 1998). «Локус HNRPD человека отображается на 4q21 и кодирует высококонсервативный белок». Геномика . 49 (3): 378–384. DOI : 10.1006 / geno.1998.5237 . PMID 9615222 .

[entrez-6] а б «Ген Entrez: HNRPD гетерогенный ядерный рибонуклеопротеин D (AU-богатый элемент, связывающий РНК-связывающий белок 1, 37 кДа)» .

[7] Мазан-Mamczarz K, Kuwano Y, Zhan M, Белый EJ, Martindale JL, Лал A, Gorospe M (январь 2009). «Идентификация сигнатуры в мРНК-мишени РНК-связывающего белка AUF1» . Исследования нуклеиновых кислот . 37 (1): 204–14. DOI : 10.1093 / NAR / gkn929 . PMC 2615618 . PMID 19033365 .

[pmid10933876-8] Arao Y, Курияма R, Каяма F, Kato S (август 2000). «Фактор, связанный с ядерным матриксом, SAF-B, взаимодействует со специфическими изоформами AUF1 / hnRNP D». Arch. Биохим. Биофиз . 380 (2): 228–36. DOI : 10,1006 / abbi.2000.1938 . PMID 10933876 .

[pmid18573886-9] Sinsimer KS, Gratacós FM, Knapinska AM, Lu J, Krause CD, Wierzbowski AV, Maher LR, Scrudato S, Rivera YM, Gupta S, Turrin DK, De La Cruz MP, Pestka S, Brewer G (сентябрь 2008 г.). «Шаперон Hsp27, новая субъединица белковых комплексов AUF1, участвует в распаде мРНК, опосредованном AU-богатыми элементами» . Мол. Клетка. Биол . 28 (17): 5223–37. DOI : 10.1128 / MCB.00431-08 . PMC 2519747 . PMID 18573886 .

[10] Panda AC, Абдельмохсен K, Yoon JH, Martindale JL, Ян X, Curtis J, MercKen EM, боксами DM, Zhang Y, Schneider RJ, Becker KG, де Кабо R, Gorospe M (август 2014). «РНК-связывающий белок AUF1 способствует миогенезу, регулируя уровни экспрессии MEF2C» . Mol Cell Biol . 34 (16): 3106–19. DOI : 10.1128 / MCB.00423-14 . PMC 4135590 . PMID 24891619 .

[1]