Барьер к автоинтеграции фактор 1

BANF1

Доступные конструкции

Ортолог поиск: PDBe RCSB

Список идентификационных кодов PDB
1QCK , 2ODG , 1CI4 , 2BZF , 2EZY , 2EZZ , 2EZX

Идентификаторы

Псевдонимы

BANF1 , BAF, BCRP1, D14S1460, NGPS, фактор барьера для автоинтеграции 1, фактор сборки ядра BAF 1

Внешние идентификаторы

OMIM : 603811 MGI : 1346330 HomoloGene : 2866 GeneCards : BANF1

Расположение гена ( человек )

Chr.	Хромосома 11 (человека) ^[1]

Группа	11q13.1	Начинать	66 002 228 п.н. ^[1]
Группа	11q13.1	Конец	66 004 149 п.н. ^[1]

Расположение гена ( Мышь )

Chr.	Хромосома 19 (мышь) ^[2]

Группа	19 \| 19 А	Начинать	5 364 638 п.н. ^[2]
Группа	19 \| 19 А	Конец	5,367,168 п.н. ^[2]

Паттерн экспрессии РНК

Дополнительные данные эталонного выражения

Генная онтология
Молекулярная функция	• ДНК - связывающий • GO: связывание белка 0001948 • белка С-конец связывания • связывания фермента • белок гомодимеризации активности • белок N-конец связывания • связывающий домен LEM • связывание белка идентичны
Сотовый компонент	• цитоплазма • внеклеточная экзосома • конденсированная хромосома • ядро клетки • хромосома • нуклеоплазма • цитозоль • ядерная оболочка
Биологический процесс	• повторная сборка митотической ядерной оболочки • ответ на вирус • разборка митотической ядерной оболочки • интеграция ДНК • установление интегрированной провирусной латентности • вирусный процесс GO: 0022415 • ядерный транспорт • негативная регуляция репликации вирусного генома • сегрегация хромосом • конденсация хромосом
Источники: Amigo / QuickGO

Ортологи

Разновидность

Человек

Мышь

Entrez


8815


23825

Ансамбль


ENSG00000175334


ENSMUSG00000024844

UniProt


O75531


O54962

RefSeq (мРНК)


NM_003860 NM_001143985


NM_001038231 NM_001286608 NM_011793

RefSeq (белок)


NP_001137457 NP_003851


NP_001033320 NP_001273537 NP_035923

Расположение (UCSC)

Chr 11:66 - 66 Мб

Chr 19: 5,36 - 5,37 Мб

PubMed поиск

^[3]

^[4]

Викиданные

Просмотр / редактирование человека

Просмотр / редактирование мыши

Барьерный к Автоинтеграции фактором является белком , который у человека кодируется BANF1 геном . ^[5]^[6] Он является членом семейства белков факторов барьера для аутоинтеграции .

Функция [ править ]

Белок, кодируемый этим геном, был идентифицирован по его способности защищать ретровирусы от внутримолекулярной интеграции и, следовательно, способствовать межмолекулярной интеграции в геном клетки-хозяина. Эндогенная функция белка неизвестна. Белок образует гомодимер, который располагается в ядре и специфически связывается с хромосомами во время митоза . Этот белок связывается с ДНК неспецифическим образом, и исследования на грызунах показывают, что он также связывается с полипептидом 2 , связанным с ламиной , компонентом ядерной пластинки . ^[6] Он также связывается с доменом LEM, содержащим белки LAP2 , Emerin и MAN1.. Связывающая способность белка с ДНК регулируется концентрацией АТФ. ^[7]

Взаимодействия [ править ]

Фактор 1, препятствующий аутоинтеграции, взаимодействует с тимопоэтином . ^[8]

Клиническая значимость [ править ]

Было показано, что мутации в этом гене вызывают наследственный прогероидный синдром . ^[9]

См. Также [ править ]

Ретровирусная интеграция

Ссылки [ править ]

^ a b c GRCh38: Ensembl, выпуск 89: ENSG00000175334 - Ensembl , май 2017 г.
^ a b c GRCm38: выпуск Ensembl 89: ENSMUSG00000024844 - Ensembl , май 2017 г.
^ "Human PubMed Reference:" . Национальный центр биотехнологической информации, Национальная медицинская библиотека США .
^ «Ссылка на Mouse PubMed:» . Национальный центр биотехнологической информации, Национальная медицинская библиотека США .
↑ Lee MS, Craigie R (март 1998 г.). «Ранее неидентифицированный белок-хозяин защищает ретровирусную ДНК от аутоинтеграции» . Proc Natl Acad Sci USA . 95 (4): 1528–33. DOI : 10.1073 / pnas.95.4.1528 . PMC 19075 . PMID 9465049 .
^ a b «Ген энтреса: барьер BANF1 для фактора аутоинтеграции 1» .
^ Шридхаран S, Kurzawa Н, Вернер Т, Günthner я, шлем D, Huber Вт, Bantscheff М, Савицкий М.М. (март 2019). «Профили растворимости и термостабильности протеома выявляют различные регуляторные роли АТФ» . Nature Communications . 10 (1): 1155. DOI : 10.1038 / s41467-019-09107-у . PMC 6411743 . PMID 30858367 .
↑ Furukawa K (август 1999). «LAP2-связывающий белок 1 (L2BP1 / BAF) является кандидатом в медиатор взаимодействия LAP2-хроматин». J. Cell Sci . 112 (Pt 15): 2485–92. PMID 10393804 .
^ Пуэнте XS, Кесада V, Осорио Ф.Г., Кабанильяс Р., Кадиньянос Дж., Фрайле Дж. М., Ордоньес Г. Р., Пуэнте Д. А., Гутьеррес-Фернандес А., Фанхул-Фернандес М., Леви Н., Фрейхе Дж. М., Лопес-Май-Отин (2011). «Секвенирование экзома и функциональный анализ идентифицируют мутацию BANF1 как причину наследственного прогероидного синдрома» . Являюсь. J. Hum. Genet . 88 (5): 650–6. DOI : 10.1016 / j.ajhg.2011.04.010 . PMC 3146734 . PMID 21549337 .

Дальнейшее чтение [ править ]

Гольдберг М, Харель А, Грюнбаум Y (2000). «Ядерная пластинка: молекулярная организация и взаимодействие с хроматином». Крит. Преподобный Эукариот. Gene Expr . 9 (3–4): 285–93. DOI : 10.1615 / critreveukargeneexpr.v9.i3-4.130 . PMID 10651245 .
Сегура-Тоттен М, Уилсон К.Л. (2004). «BAF: роли в хроматине, структуре ядра и интеграции ретровируса». Trends Cell Biol . 14 (5): 261–6. DOI : 10.1016 / j.tcb.2004.03.004 . PMID 15130582 .
Ван Маэле Б., Дебизер З. (2005). «Интеграция ВИЧ-1: взаимодействие интегразы ВИЧ-1, клеточных и вирусных белков». Обзоры СПИДа . 7 (1): 26–43. PMID 15875659 .
Ван Маэле Б., Буссхотс К., Вандекеркхове Л. и др. (2006). «Клеточные кофакторы интеграции ВИЧ-1». Trends Biochem. Sci . 31 (2): 98–105. DOI : 10.1016 / j.tibs.2005.12.002 . PMID 16403635 .
Ли М.С., Крейги Р. (1994). «Защита ретровирусной ДНК от аутоинтеграции: участие клеточного фактора» . Proc. Natl. Акад. Sci. США . 91 (21): 9823–7. DOI : 10.1073 / pnas.91.21.9823 . PMC 44909 . PMID 7937898 .
Уважаемый PH, Bankier AT, Piper MB (1998). «Метрическая карта HAPPY с высоким разрешением хромосомы 14 человека». Геномика . 48 (2): 232–41. DOI : 10.1006 / geno.1997.5140 . PMID 9521877 .
Линч Р.А., Пайпер М., Банкир А. и др. (1999). «Геномная и функциональная карта области кластера точки разрыва хромосомы 14 t (12; 14) в лейомиоме матки». Геномика . 52 (1): 17–26. DOI : 10.1006 / geno.1998.5406 . PMID 9740667 .
Цай М., Хуанг Й., Чжэн Р. и др. (1998). «Структура раствора клеточного фактора BAF, ответственного за защиту ретровирусной ДНК от аутоинтеграции». Nat. Struct. Биол . 5 (10): 903–9. DOI : 10,1038 / 2345 . PMID 9783751 . S2CID 857675 .
Фурукава К. (1999). «LAP2-связывающий белок 1 (L2BP1 / BAF) является кандидатом в медиатор взаимодействия LAP2-хроматин». J. Cell Sci . 112 (15): 2485–92. PMID 10393804 .
Чжэн Р., Гирландо Р., Ли М.С. и др. (2000). «Фактор барьера для аутоинтеграции (BAF) связывает ДНК в дискретный нуклеопротеидный комплекс более высокого порядка» . Proc. Natl. Акад. Sci. США . 97 (16): 8997–9002. DOI : 10.1073 / pnas.150240197 . PMC 16810 . PMID 10908652 .
Умланд TC, Wei SQ, Craigie R, Davies DR (2000). «Структурные основы связывания ДНК с помощью фактора барьера к аутоинтеграции». Биохимия . 39 (31): 9130–8. DOI : 10.1021 / bi000572w . PMID 10924106 .
Харрис Д., Энгельман А. (2001). «Как структура, так и функция связывания ДНК фактора барьера для аутоинтеграции способствуют восстановлению интеграции ВИЧ типа 1 in vitro» . J. Biol. Chem . 275 (50): 39671–7. DOI : 10.1074 / jbc.M002626200 . PMID 11005805 .
Ли К.К., Харагути Т., Ли Р.С. и др. (2002). «Определенные функциональные домены в Emerin связывают ламин A и ДНК-мостиковый белок BAF». J. Cell Sci . 114 (Pt 24): 4567–73. PMID 11792821 .
Харагути Т., Кодзин Т., Сегура-Тоттен М. и др. (2002). «БАФ требуется для аварийной сборки в ядерную оболочку реформирования». J. Cell Sci . 114 (Pt 24): 4575–85. PMID 11792822 .
Сегура-Тоттен М., Ковальски А.К., Крейги Р., Уилсон К.Л. (2002). «Фактор барьера для автоинтеграции: основные роли в деконденсации хроматина и сборки ядра» . J. Cell Biol . 158 (3): 475–85. DOI : 10,1083 / jcb.200202019 . PMC 2173821 . PMID 12163470 .
Strausberg RL, Feingold EA, Grouse LH, et al. (2003). «Создание и первоначальный анализ более 15 000 полноразмерных последовательностей кДНК человека и мыши» . Proc. Natl. Акад. Sci. США . 99 (26): 16899–903. DOI : 10.1073 / pnas.242603899 . PMC 139241 . PMID 12477932 .
Холаска Дж.М., Ли К.К., Ковальски А.К., Уилсон К.Л. (2003). «Бесклеточный репрессор транскрипции (GCL) и барьер для фактора аутоинтеграции (BAF) конкурируют за связывание с Emerin in vitro» . J. Biol. Chem . 278 (9): 6969–75. DOI : 10.1074 / jbc.M208811200 . PMID 12493765 .
Лин Ч.В., Энгельман А (2003). «Фактор барьера для аутоинтеграции является компонентом функциональных прединтеграционных комплексов вируса иммунодефицита человека типа 1» . J. Virol . 77 (8): 5030–6. DOI : 10,1128 / JVI.77.8.5030-5036.2003 . PMC 152146 . PMID 12663813 .

Внешние ссылки [ править ]

Расположение генома человека BANF1 и страница сведений о гене BANF1 в браузере генома UCSC .

Эта статья о гене в хромосоме 11 человека - незавершенная . Вы можете помочь Википедии, расширив ее .

[refGRCh38Ensembl-1] GRCh38: Ensembl, выпуск 89: ENSG00000175334 - Ensembl , май 2017 г.

[refGRCm38Ensembl-2] GRCm38: выпуск Ensembl 89: ENSMUSG00000024844 - Ensembl , май 2017 г.

[3] "Human PubMed Reference:" . Национальный центр биотехнологической информации, Национальная медицинская библиотека США .

[4] «Ссылка на Mouse PubMed:» . Национальный центр биотехнологической информации, Национальная медицинская библиотека США .

[pmid9465049-5] Lee MS, Craigie R (март 1998 г.). «Ранее неидентифицированный белок-хозяин защищает ретровирусную ДНК от аутоинтеграции» . Proc Natl Acad Sci USA . 95 (4): 1528–33. DOI : 10.1073 / pnas.95.4.1528 . PMC 19075 . PMID 9465049 .

[entrez-6] «Ген энтреса: барьер BANF1 для фактора аутоинтеграции 1» .

[7] Шридхаран S, Kurzawa Н, Вернер Т, Günthner я, шлем D, Huber Вт, Bantscheff М, Савицкий М.М. (март 2019). «Профили растворимости и термостабильности протеома выявляют различные регуляторные роли АТФ» . Nature Communications . 10 (1): 1155. DOI : 10.1038 / s41467-019-09107-у . PMC 6411743 . PMID 30858367 .

[pmid10393804-8] Furukawa K (август 1999). «LAP2-связывающий белок 1 (L2BP1 / BAF) является кандидатом в медиатор взаимодействия LAP2-хроматин». J. Cell Sci . 112 (Pt 15): 2485–92. PMID 10393804 .

[pmid21549337-9] Пуэнте XS, Кесада V, Осорио Ф.Г., Кабанильяс Р., Кадиньянос Дж., Фрайле Дж. М., Ордоньес Г. Р., Пуэнте Д. А., Гутьеррес-Фернандес А., Фанхул-Фернандес М., Леви Н., Фрейхе Дж. М., Лопес-Май-Отин (2011). «Секвенирование экзома и функциональный анализ идентифицируют мутацию BANF1 как причину наследственного прогероидного синдрома» . Являюсь. J. Hum. Genet . 88 (5): 650–6. DOI : 10.1016 / j.ajhg.2011.04.010 . PMC 3146734 . PMID 21549337 .

[1]