Из Википедии, бесплатной энциклопедии
Перейти к навигации Перейти к поиску
Эта статья о базе данных. Чтобы узнать о сообществе в Соединенных Штатах, см. Кази, Западная Вирджиния .
CAZy
Содержание
Описаниебаза данных углеводно-активных ферментов
Контакт
Исследовательский центрAFMB, Французский национальный центр научных исследований
ЛабораторияГруппа гликогеномики
Первичное цитированиеЛомбард и др. (2014) [1]
Доступ
Веб-сайтhttp://www.cazy.org/
Инструменты
Интернетhttp://research.ahv.dk/cazy

http://mothra.ornl.gov/cgi-bin/cat/cat.cgi

http://csbl.bmb.uga.edu/dbCAN/

CAZy - это база данных по углеводно-активным ферментам (CAZymes). [1] [2] База данных содержит классификацию и связанную информацию о ферментах, участвующих в синтезе, метаболизме и распознавании сложных углеводов , то есть дисахаридов , олигосахаридов , полисахаридов и гликоконъюгатов . В базу данных включены семейства гликозидгидролаз , [3] гликозилтрансфераз , [4] полисахаридных лиаз , [5] эстераз углеводов , [6]и некаталитические модули связывания углеводов . [7] База данных CAZy также включает классификацию окислительно-восстановительных ферментов со вспомогательной активностью, участвующих в расщеплении лигноцеллюлозы . [8]

CAZy была основана в 1999 году для обеспечения онлайн и постоянно обновляемого доступа к классификации семейств CAZymes на основе белковых последовательностей [1], которая была первоначально разработана в начале 1990-х годов для классификации гликозидгидролаз . [9] Новые записи добавляются вскоре после их появления в ежедневных выпусках GenBank . Быстрая эволюция высокопроизводительного секвенирования ДНК привела к продолжающемуся экспоненциальному росту базы данных CAZy, [1] [2] [9], которая теперь охватывает сотни тысяч последовательностей. [10]CAZy продолжает курироваться и развиваться группой гликогеномики AFMB, исследовательского центра, связанного с Французским национальным центром научных исследований и Университетом Экс-Марсель . [11] [12]

База данных CAZy сочетается с CAZypedia , которая была запущена в 2007 году как энциклопедия CAZymes , основанная на вики-сайтах , управляемая исследовательским сообществом . [13]

Классификация [ править ]

CAZy идентифицирует эволюционно родственные семейства гликозилгидролаз, используя классификацию, введенную Бернаром Хенриссатом. [3] [9] [14] Этим семействам даны номера для их идентификации, так, например, семейство гликозилгидролаз 1 содержит ферменты, которые обладают бочкообразной складкой TIM . Эти семьи сгруппированы в 14 различных кланов, имеющих структурное сходство. CAZy содержит 94 семейства ферментов гликозилтрансфераз [4], 22 семейства полисахаридных лизаз [5] и 16 семейств углеводных эстераз.

Ссылки [ править ]

  1. ^ a b c d Ломбард, V .; Golaconda Ramulu, H .; Drula, E .; Коутиньо, премьер-министр; Хенриссат Б. (2014). «База данных по углеводно-активным ферментам (CAZy) за 2013 год» . Исследования нуклеиновых кислот . 42 (D1): D490 – D495. DOI : 10.1093 / NAR / gkt1178 . PMC  3965031 . PMID  24270786 .
  2. ^ a b Cantarel BL, Coutinho PM, Rancurel C, Bernard T, Lombard V, Henrissat B (январь 2009 г.). «База данных по углеводно-активным ферментам (CAZy): экспертный ресурс по гликогеномике» . Nucleic Acids Res . 37 (выпуск базы данных): D233–8. DOI : 10.1093 / NAR / gkn663 . PMC 2686590 . PMID 18838391 .  
  3. ^ a b Henrissat, B .; Дэвис, Г. (1997). «Структурная и последовательная классификация гликозидгидролаз». Текущее мнение в структурной биологии . 7 (5): 637–644. DOI : 10.1016 / S0959-440X (97) 80072-3 . PMID 9345621 . 
  4. ^ а б Коутиньо, PM; Deleury, E .; Дэвис, GJ; Хенриссат, Б. (2003). «Развивающаяся иерархическая семейная классификация гликозилтрансфераз». Журнал молекулярной биологии . 328 (2): 307–317. DOI : 10.1016 / S0022-2836 (03) 00307-3 . PMID 12691742 . 
  5. ^ а б Ломбард, V .; Бернард, Т .; Rancurel, C .; Brumer, H .; Коутиньо, премьер-министр; Хенриссат, Б. (2010). «Иерархическая классификация полисахаридных лиаз для гликогеномики» . Биохимический журнал . 432 (3): 437–444. DOI : 10.1042 / BJ20101185 . PMID 20925655 . 
  6. ^ Накамура, Алин М .; Nascimento, Alessandro S .; Поликарпов, Игорь (2017). «Структурное разнообразие углеводных эстераз» . Биотехнологические исследования и инновации . 1 (1): 35–51. DOI : 10.1016 / j.biori.2017.02.001 .
  7. ^ Армента, Сильвия; Морено-Мендьета, Сильвия; Санчес-Куапио, Заира; Санчес, Серхио; Родригес-Саноха, Ромина (2017). «Достижения молекулярной инженерии углеводсвязывающих модулей». Белки . 85 (9): 1602–1617. DOI : 10.1002 / prot.25327 . PMID 28547780 . 
  8. ^ Levasseur A, E Drula, Lombard V, Коутиньо PM, Henrissat B (март 2013). «Расширение ферментативного репертуара базы данных CAZy для интеграции вспомогательных окислительно-восстановительных ферментов» . Биотехнология Биотопливо . 6 (1): 41. DOI : 10,1186 / 1754-6834-6-41 . PMC 3620520 . PMID 23514094 .  
  9. ^ a b c Дэвис GJ, Sinnott ML (2008). «Сортировка разнообразных: классификации на основе последовательностей углеводно-активных ферментов» (PDF) . Биохимик . 30 (4): 26–32. DOI : 10.1042 / BIO03004026 .
  10. ^ Текущая статистика доступна на каждойстранице раздела « Модуль гликозидгидролазы , гликозилтрансферазы , полисахаридлиазы , углеводной эстеразы , модуля вспомогательной активности и связывания углеводов» .
  11. ^ "О" . CAZy.org . Проверено 3 сентября 2014 года . CS1 maint: обескураженный параметр ( ссылка )
  12. ^ "AFMB UMR 7257 - UMR7257: CNRS - AIX MARSEILLE UNIV" . www.afmb.univ-mrs.fr . Проверено 3 сентября 2014 года . CS1 maint: обескураженный параметр ( ссылка )
  13. ^ Консорциум CAZypedia (2018). «Десять лет CAZypedia: живая энциклопедия углеводно-активных ферментов» . Гликобиология . 28 (1): 3–8. DOI : 10.1093 / glycob / cwx089 . PMID 29040563 . 
  14. ^ Henrissat, B. (1991). «Классификация гликозилгидролаз на основе сходства аминокислотных последовательностей» . Биохимический журнал . 280 (Pt 2): 309–316. DOI : 10.1042 / bj2800309 . PMC 1130547 . PMID 1747104 .  

Внешние ссылки [ править ]

  • «CAZy - База данных углеводно-активных ферментов» . Архитектура и Фонд биологических макромолекул, CNRS, Université de Provence Université de la Méditerranée.
  • "CAZypedia" . Энциклопедия углеводно-активных ферментов .