Высокопроизводительное секвенирование РНК, выделенной с помощью сшивающей иммунопреципитации ( HITS-CLIP ), представляет собой вариант CLIP [1] для полногеномного картирования белков - сайтов связывания РНК или сайтов модификации РНК in vivo . [2] [3] [4] HITS-CLIP изначально использовался для создания полногеномных карт взаимодействия белок-РНК для нейрон-специфического РНК-связывающего белка и фактора сплайсинга NOVA1 и NOVA2; [3] с тех пор был создан ряд других карт факторов сплайсинга, в том числе для PTB, [5] RbFox2,[6] SFRS1, [7] hnRNP C, [8] и даже модификации мРНК N6-метиладенозина (m6A). [4] [9]
HITS-CLIP РНК-связывающего белка Argonaute был выполнен для идентификации мишеней микроРНК [10] путем декодирования карт взаимодействия микроРНК -мРНК и белок-РНК в мозге мышей [11] [12] , а затем у Caenorhabditis elegans , [10] . 13] эмбриональные стволовые клетки [14] и клетки культуры тканей. [15]
Как новая модификация HITS-CLIP, m6A-CLIP была разработана для точного картирования местоположений N6-метиладенозина (m6A) в мРНК с помощью УФ-сшивки антител m6A с РНК-мишенью. [4] [9] Недавно улучшенная биоинформатика , примененная к Argonaute HITS-CLIP, позволяет идентифицировать сайты связывания с разрешением в один нуклеотид. [16]