Из Википедии, бесплатной энциклопедии
Перейти к навигации Перейти к поиску

Рекомбинация Cre-Lox - это сайт-специфическая технология рекомбиназы , используемая для выполнения делеций , вставок , транслокаций и инверсий.на определенных участках ДНК клеток. Это позволяет нацеливать модификацию ДНК на определенный тип клеток или запускать конкретный внешний стимул. Он реализован как в эукариотических, так и в прокариотических системах. Система рекомбинации Cre-lox оказалась особенно полезной, чтобы помочь нейробиологам изучать мозг, в котором сложные типы клеток и нейронные цепи объединяются для генерации познания и поведения. NIH Blueprint for Neuroscience Research создал несколько сотен линий мыши с драйверами Cre, которые в настоящее время используются мировым сообществом нейробиологов.

Система состоит из одного фермента, рекомбиназы Cre , который рекомбинирует пару коротких целевых последовательностей, называемых последовательностями Lox . Эта система может быть реализована без добавления каких-либо дополнительных поддерживающих белков или последовательностей. Фермент Cre и исходный сайт Lox, называемый последовательностью LoxP , происходят от бактериофага P1 .

Размещение последовательностей Lox надлежащим образом позволяет генам активироваться, подавляться или заменяться другими генами. На уровне ДНК можно проводить множество манипуляций. Активностью фермента Cre можно управлять так, чтобы он экспрессировался в конкретном типе клеток или запускался внешним стимулом, таким как химический сигнал или тепловой шок. Эти целевые изменения ДНК полезны при отслеживании клеточных клонов и когда мутанты являются летальными, если экспрессируются глобально.

Система Cre-Lox очень похожа по действию и по использованию на систему рекомбинации FLP-FRT . [1]

История [ править ]

Рекомбинация Cre-Lox - это особый тип сайт-специфической рекомбинации, разработанный доктором Брайаном Зауэром и запатентованный DuPont, который действует как в митотических, так и в немитотических клетках и первоначально использовался для активации экспрессии генов в линиях клеток млекопитающих. [2] [3] [4] Впоследствии исследователи в лаборатории доктора Джейми Мартапродемонстрировали, что рекомбинация Cre-Lox может быть использована для удаления последовательностей хромосомной ДНК, фланкированных loxP, с высокой эффективностью в конкретных развивающихся Т-клетках трансгенных животных, при этом авторы предполагают, что этот подход может быть использован для определения функции эндогенных генов в конкретных типах клеток, неизгладимо маркировать предшественники в исследованиях определения судьбы клеток, индуцировать специфические хромосомные перестройки для биологического моделирования и моделирования болезни и определять роль ранних генетических повреждений в поддержании болезни (и фенотипа). [5]

Вскоре после этого исследователи из лаборатории профессора Клауса Раевски сообщили о производстве плюрипотентных эмбриональных стволовых клеток, несущих целевой ген loxP-фланкированный (флоксированный) ген ДНК-полимеразы. [6] Объединив эти достижения в сотрудничестве, лаборатории Drs. В 1994 году Март и Раевски сообщили, что рекомбинация Cre-lox может быть использована для условного нацеливания на гены. [7] Они обнаружили, что ≈50% гена бета-полимеразы ДНК было удалено в Т-клетках на основе блоттинга ДНК. Неясно, имел ли только один аллель в каждой Т-клетке или 50% Т-клеток 100% делецию в обоих аллелях. Исследователи сообщили , так как более эффективный Cre-LOX условного гена мутагенеза в развивающихся Т - клеток в лаборатории Marth в 1995 году [8] Неполное удаление путемCre-рекомбиназа нередко встречается в клетках, когда существуют две копии флоксованных последовательностей, и позволяет формировать и изучать химерные ткани. Было показано, что все типы клеток, испытанные на мышах, подвергаются трансгенной рекомбинации Cre.

Независимо, Джо З. Цзянь стал пионером в использовании системы Cre-loxP для манипулирования генами, зависящими от типа и региона клеток, во взрослом мозге, где могут существовать сотни различных типов нейронов, и почти все нейроны в мозге взрослого человека, как известно, являются посттравматическими. -митотический. [9] Цзянь и его коллеги продемонстрировали, что Cre-опосредованная рекомбинация может происходить в постмитотических пирамидных нейронах переднего мозга взрослых мышей. [10]

Эти разработки привели к широкому использованию условного мутагенеза в биомедицинских исследованиях, охватывающих многие дисциплины, в которых он становится мощной платформой для определения функции генов в конкретных типах клеток и в определенные периоды развития. В частности, четкая демонстрация его полезности в точном определении сложных взаимоотношений между конкретными клетками / цепями и поведением для исследования мозга [11] подтолкнула NIH к инициированию проекта NIH Blueprint for Neuroscience Research Cre-driver в начале 2000 года. [12] [13] На сегодняшний день проект NIH Blueprint for Neuroscience Research Cre создал несколько сотен линий мыши с драйверами Cre, которые в настоящее время используются мировым сообществом нейробиологов.

Обзор [ править ]

Рекомбинация Cre-Lox включает нацеливание на определенную последовательность ДНК и ее сплайсинг с помощью фермента, называемого Cre-рекомбиназой . Рекомбинация Cre-Lox обычно используется для предотвращения гибели эмбрионов, вызванной системной инактивацией многих генов. [14] [15] По состоянию на февраль 2019 года рекомбинация Cre – Lox является мощным инструментом и используется при моделировании трансгенных животных для связывания генотипов с фенотипами. [11] [16] [17]

Система Cre-lox используется в качестве генетического инструмента для управления событиями сайт-специфической рекомбинации в геномной ДНК. Эта система позволила исследователям управлять множеством генетически модифицированных организмов для контроля экспрессии генов, удаления нежелательных последовательностей ДНК и изменения архитектуры хромосом.

Cre белок представляет собой сайт-специфическая ДНК - рекомбиназа , которые могут катализировать рекомбинацию ДНК между специфическими сайтами в молекуле ДНК. Эти сайты, известные как последовательности loxP , содержат сайты специфического связывания для Cre, которые окружают направленную коровую последовательность, где может происходить рекомбинация.

Диаграмма, описывающая, как сайты Lox71 и Lox66 могут быть использованы для объединения двух плазмид в одну непрерывную плазмиду.

Когда клетки, которые имеют сайты loxP в своем геноме, экспрессируют Cre, событие рекомбинации может происходить между сайтами loxP . Белки Cre-рекомбиназы связываются с первой и последней областями длиной 13 пар оснований lox-сайта, образуя димер . Затем этот димер связывается с димером на другом сайте lox с образованием тетрамера . Сайты Lox являются направленными, и два сайта, соединенных тетрамером, имеют параллельную ориентацию. Двухцепочечная ДНК разрезается по обоим сайтам loxP белком Cre. Затем цепи повторно соединяются с помощью ДНК-лигазы в быстром и эффективном процессе. Результат рекомбинации зависит от ориентации сайтов loxP . Для двух сайтов lox на одном плече хромосомы инвертированныйСайты loxP вызовут инверсию промежуточной ДНК, в то время как прямое повторение сайтов loxP вызовет событие делеции. Если сайты loxP находятся на разных хромосомах, возможно, что события транслокации будут катализироваться Cre-индуцированной рекомбинацией. Две плазмиды могут быть соединены с использованием вариантов lox сайтов 71 и 66. [18]

Cre рекомбиназа [ править ]

Белок Cre (кодируемый локусом, первоначально названным "вызывает рекомбинацию", причем в некоторых источниках встречается "рекомбиназа циклизации") [19] [20], состоит из 4 субъединиц и двух доменов: более крупный карбоксильный ( С-концевой ) домен , и меньший амино ( N-концевой ) домен. Общий белок состоит из 343 аминокислот . Область С подобен по структуре к домену в интегразы семейства ферментов , выделенных из фага лямбда . Это также каталитический сайт фермента.

сайт loxP [ править ]

loxP (локус X-over P1) представляет собой сайт на бактериофаге P1, состоящий из 34 п.н.. Сайт включает асимметричную последовательность из 8 пар оснований, вариабельную, за исключением двух средних оснований, между двумя наборами симметричных последовательностей из 13 пар оснований. Точная последовательность указана ниже; «N» обозначает основания, которые могут варьироваться, а строчные буквы обозначают основания, которые были мутированы из дикого типа. Последовательности из 13 п.н. являются палиндромными, а спейсер из 8 п.н. - нет, что придает последовательности loxP определенное направление. Обычно сайты loxP попадают в пары для генетических манипуляций. Если два сайта loxP имеют одинаковую ориентацию, флоксовая последовательность (последовательность, фланкированная двумя сайтами loxP) вырезается; однако, если два сайта loxP находятся в противоположной ориентации, флоксовая последовательность инвертируется. Если существует флоксовая донорная последовательность, донорная последовательность может быть заменена исходной последовательностью. Эта техника называетсяОбмен кассет, опосредованный рекомбиназой, является очень удобным и экономящим время способом генетических манипуляций. Предостережение, однако, заключается в том, что реакция рекомбинации может происходить в обратном направлении, что делает замену кассеты неэффективной. Кроме того, вырезание последовательности может происходить в транс, а не в случае обмена кассеты в цис . Мутанты loxP созданы, чтобы избежать этих проблем. [21]

13бп8bp13бп
ATAACTTCGTATA -NNNTANNN-TATACGAAGTTAT
Примеры альтернативных сайтов loxP [22]
Имя13bp область распознаванияСпейсерная область 8 п.н.13bp область распознавания
Дикого типаATAACTTCGTATAATGTATGCTATACGAAGTTAT
lox 511ATAACTTCGTATAATGTATaCTATACGAAGTTAT
lox 5171ATAACTTCGTATAATGTgTaCTATACGAAGTTAT
lox 2272ATAACTTCGTATAAaGTATcCTATACGAAGTTAT
M2ATAACTTCGTATAАгааАккаTATACGAAGTTAT
M3ATAACTTCGTATAtaaTACCATATACGAAGTTAT
M7ATAACTTCGTATAАгаТАГААTATACGAAGTTAT
M11ATAACTTCGTATAcgaTAccaTATACGAAGTTAT
lox 71TACCGTTCGTATANNNTANNNTATACGAAGTTAT
lox 66ATAACTTCGTATANNNTANNNTATACGAACGGTA

Соединения Холлидея и гомологичная рекомбинация [ править ]

Во время генетической рекомбинации между двумя цепями ДНК образуется соединение Холлидея, а двухцепочечный разрыв в молекуле ДНК оставляет незащищенным конец 3'OH. Этой реакции способствует эндонуклеазная активность фермента. Субстратами для этой реакции обычно являются 5 'фосфатные концы, поэтому остаются протяженные 3' области. Эта 3'-ОН-группа очень нестабильна, и нить, на которой она присутствует, должна найти свой комплемент. Поскольку гомологичная рекомбинация происходит после репликации ДНК, доступны две цепи ДНК, и, таким образом, 3'-группа ОН должна спариваться со своим комплементом, и это происходит с интактной цепью на другом дуплексе. Теперь произошла одна точка пересечения, которая называется промежуточным звеном Холлидея.

Конец 3'OH удлиняется (то есть добавляются основания) с помощью ДНК-полимеразы. Спаривание противоположных цепей - это то, что составляет событие кроссинговера или рекомбинации, которое является общим для всех живых организмов, поскольку генетический материал на одной цепи одного дуплекса спарен с одной цепью другого дуплекса и был удлинен ДНК-полимеразой. . Дальнейшее расщепление промежуточных продуктов Холлидея приводит к образованию гибридной ДНК.

Это дальнейшее расщепление или «ресолвация» осуществляется специальной группой ферментов, называемых резолвазами. RuvC - лишь одна из этих резолваз, выделенных из бактерий и дрожжей.

В течение многих лет считалось, что при образовании промежуточного звена Холлидея точка разветвления соединения (где перекрещиваются нити) будет располагаться в первом сайте расщепления. Миграция точки ветвления на второй сайт расщепления каким-то образом запускала бы вторую половину пути. Эта модель обеспечивает удобное объяснение строгого требования гомологии между рекомбинирующими сайтами, так как миграция ветвей остановится при несовпадении и не позволит произойти обмену второй цепью. Однако в последние годы эта точка зрения подверглась сомнению, и большинство современных моделей рекомбинации Int, Xer и Flp включают только ограниченную миграцию ветвей (1-3 пары оснований промежуточного звена Холлидея), сопряженную с событием изомеризации, которое отвечает за переключение специфичности расщепления цепи.

Рекомбинация, специфичная для сайта [ править ]

Основная статья: Сайт-специфическая рекомбинация

Сайт-специфическая рекомбинация (SSR) включает в себя определенные сайты для каталитического действия специальных ферментов, называемых рекомбиназами. Cre, или циклическая рекомбиназа, является одним из таких ферментов. Таким образом, сайт-специфическая рекомбинация представляет собой ферментно-опосредованное расщепление и лигирование двух определенных дезоксинуклеотидных последовательностей.

Ряд консервативных систем сайт-специфической рекомбинации был описан как у прокариотических, так и у эукариотических организмов. Как правило, эти системы используют один или несколько белков и действуют на уникальные асимметричные последовательности ДНК. Продукты рекомбинации зависят от относительной ориентации этих асимметричных последовательностей. Многие другие белки помимо рекомбиназы участвуют в регуляции реакции. Во время сайт-специфической рекомбинации ДНК, которая вызывает генетическую перестройку в таких процессах, как интеграция и вырезание вируса, а также хромосомная сегрегация, эти ферменты рекомбиназы распознают специфические последовательности ДНК и катализируют взаимный обмен цепями ДНК между этими сайтами.

Механизм действия [ править ]

Модельный эксперимент в области генетики с использованием системы Cre-lox: последовательность преждевременной остановки, присутствующая у флоксованных мышей, удаляется только из клеток, которые экспрессируют рекомбиназу Cre, когда мышей скрещивают вместе.

Инициирование сайт-специфической рекомбинации начинается со связывания рекомбинационных белков с их соответствующими ДНК-мишенями. Отдельная рекомбиназа распознает и связывается с каждым из двух сайтов рекомбинации на двух разных молекулах ДНК или в одной и той же цепи ДНК. В данном конкретном участке ДНК гидроксильная группа тирозина в рекомбиназе атакует фосфатную группу в основной цепи ДНК, используя механизм прямой переэтерификации . Эта реакция связывает белок рекомбиназы с ДНК через фосфотирозиновую связь. Это сохраняет энергию фосфодиэфирной связи, позволяя обращать реакцию без участия высокоэнергетического кофактора.

Расщепление другой цепи также вызывает фосфотирозиновую связь между ДНК и ферментом. В обоих дуплексах ДНК связывание фосфатной группы с остатками тирозина оставляет 3'-группу ОН свободной в основной цепи ДНК. Фактически, комплекс фермент-ДНК представляет собой промежуточную стадию, за которой следует лигирование 3'-ОН-группы одной цепи ДНК с 5'-фосфатной группой другой цепи ДНК, которая ковалентно связана с остатком тирозина; то есть ковалентная связь между 5'-концом и остатком тирозина нарушена. Эта реакция синтезирует соединение Холлидея, о котором говорилось ранее.

Таким образом, противоположные нити ДНК соединяются вместе. Последующее расщепление и повторное соединение заставляют цепи ДНК обмениваться своими сегментами. Белковые взаимодействия приводят к прямому обмену цепями. Энергия не подвергается риску, поскольку связь белок-ДНК компенсирует потерю фосфодиэфирной связи, которая произошла во время расщепления.

Сайт-специфическая рекомбинация также является важным процессом, который вирусы, такие как бактериофаги, применяют для интеграции своего генетического материала в инфицированного хозяина. Вирус, называемый в таком состоянии профагом , достигает этого посредством интеграции и удаления. Точки, где происходят реакции интеграции и удаления, называются сайтами прикрепления (att). Сайт attP на фаге обменивается сегментами с сайтом attB на бактериальной ДНК. Таким образом, они зависят от сайта и встречаются только на соответствующих сайтах att. Интегразы класс ферментов катализирует эту конкретную реакцию.

Эффективность действия [ править ]

Было показано, что два фактора влияют на эффективность удаления Cre на локальных парах. Во-первых, идентичность нуклеотидной последовательности в спейсерной области сайта lox. Сконструированные варианты lox, которые различаются по спейсерной области, имеют тенденцию к разной, но обычно более низкой эффективности рекомбинации по сравнению с loxP дикого типа, предположительно за счет влияния на образование и разрешение промежуточного продукта рекомбинации. [23]

Другой фактор - длина ДНК между парой локонов. Увеличение длины ДНК приводит к снижению эффективности рекомбинации Cre / lox, возможно, за счет регулирования динамики реакции. [24] [25] [26] Генетическое расположение флоксированной последовательности влияет на эффективность рекомбинации, а также, вероятно, влияя на доступность ДНК с помощью Cre-рекомбиназы . [26] Выбор драйвера Cre также важен, поскольку низкая экспрессия рекомбиназы Cre имеет тенденцию приводить к непараллельной рекомбинации. Непараллельная рекомбинация особенно проблематична при картировании судьбы.сценарий, при котором одно событие рекомбинации предназначено для манипулирования исследуемым геном, а другое событие рекомбинации необходимо для активации репортерного гена (обычно кодирующего флуоресцентный белок) для отслеживания клонов клеток . [26] Неспособность активировать оба события рекомбинации одновременно затрудняет интерпретацию результатов картирования клеточных судеб .

Временной контроль [ править ]

Индуцируемая активация Cre достигается с помощью варианта CreER (рецептор эстрогена), который активируется только после доставки тамоксифена . [27] Это достигается путем слияния мутировавшего лиганд-связывающего домена рецептора эстрогена с рекомбиназой Cre, в результате чего Cre специфически активируется тамоксифеном. В отсутствие тамоксифена CreER приведет к перемещению мутированной рекомбиназы в цитоплазму. Белок будет оставаться в этом месте в инактивированном состоянии до тех пор, пока не будет введен тамоксифен. После введения тамоксифена он метаболизируется в 4-гидрокситамоксифен, который затем связывается с ER и приводит к транслокации CreER в ядро, где он затем может расщеплять сайты lox. [28]Важно отметить, что иногда флуоресцентные репортеры могут активироваться в отсутствие тамоксифена из-за утечки нескольких молекул рекомбиназы Cre в ядро, что в сочетании с очень чувствительными репортерами приводит к непреднамеренному маркированию клеток. [29] CreER (T2) был разработан для минимизации тамоксифен-независимой рекомбинации и увеличения чувствительности к тамоксифену.

Условное отслеживание происхождения клеток [ править ]

Клетки изменяют свой фенотип в ответ на многочисленные стимулы окружающей среды и могут потерять экспрессию генов, обычно используемых для обозначения их идентичности, что затрудняет исследование вклада определенных типов клеток в заболевание. Поэтому исследователи часто используют трансгенных мышей, экспрессирующих CreER t2.рекомбиназа, индуцированная введением тамоксифена под контролем промотора гена, который маркирует конкретный интересующий тип клеток, с Cre-зависимым репортером флуоресцентного белка. Рекомбиназа Cre сливается с мутантной формой рецептора эстрогена, которая связывает синтетический эстроген 4-гидрокситамоксифен вместо его природного лиганда 17β-эстрадиола. CreER (T2) находится в цитоплазме и может перемещаться в ядро ​​только после введения тамоксифена, что позволяет строго контролировать рекомбинацию во времени. Кассета флуоресцентного репортера будет содержать промотор, обеспечивающий высокую экспрессию репортера флуоресцентного трансгена (например, промотор CAG), и стоп-кассету, фланкированную loxP, гарантируя, что экспрессия трансгена зависит от Cre-рекомбиназы и репортерной последовательности. После рекомбинации, вызванной Cre,стоп-кассета вырезается, позволяя репортерным генам специфически экспрессироваться в клетках, в которых экспрессия Cre управляется промотором специфичного для клетки маркера. Поскольку удаление стоп-кассеты является постоянным, репортерные гены экспрессируются во всем потомстве, продуцируемом исходными клетками, в которых когда-то был активирован Cre. Такое условное отслеживание клонов оказалось чрезвычайно полезным для эффективной и специфической идентификации клеток гладких мышц сосудов (VSMC) и клеток, производных от VSMC, и было использовано для тестирования эффектов на клетки, производные от VSMC и VSMC.репортерные гены экспрессируются во всем потомстве, продуцируемом исходными клетками, в которых когда-то был активирован Cre. Такое условное отслеживание клонов оказалось чрезвычайно полезным для эффективной и специфической идентификации клеток гладких мышц сосудов (VSMC) и клеток, производных от VSMC, и было использовано для тестирования эффектов на клетки, производные от VSMC и VSMC.репортерные гены экспрессируются во всем потомстве, продуцируемом исходными клетками, в которых когда-то был активирован Cre. Такое условное отслеживание клонов оказалось чрезвычайно полезным для эффективной и специфической идентификации клеток гладких мышц сосудов (VSMC) и клеток, производных от VSMC, и было использовано для тестирования эффектов на клетки, производные от VSMC и VSMC.in vivo. [30] [31] [32] [33] [34] [35]

Естественная функция системы Cre-lox [ править ]

P1 фагом является умеренным фаг , который вызывает либо лизогенный или литический цикл , когда он инфицирует бактерию. В литическом состоянии, как только вирусный геном вводится в клетку-хозяин, производятся вирусные белки, собираются вирионы, и клетка-хозяин лизируется для высвобождения фагов, продолжая цикл. В лизогенном цикле геном фага реплицируется с остальной частью бактериального генома и передается дочерним клеткам при каждом последующем делении клеток. Он может перейти в литический цикл в результате более поздних событий, таких как УФ-излучение или голодание.

Такие фаги, как фаг лямбда, используют свои сайт-специфические рекомбиназы для интеграции своей ДНК в геном хозяина во время лизогении. С другой стороны, ДНК фага P1 существует в хозяине в виде плазмиды . Система Cre-lox выполняет несколько функций в фаге: она превращает ДНК фага в плазмиду, разделяет взаимосвязанные плазмидные кольца, чтобы они передавались обеим дочерним бактериям в равной степени, и может помочь поддерживать количество копий с помощью альтернативных способов репликации. [36]

ДНК фага P1 при попадании в хозяина из вириона имеет форму линейной двухцепочечной молекулы ДНК. Фермент Cre нацелен на сайты loxP на концах этой молекулы и циклизует геном. Это также может иметь место в отсутствие системы Cre lox [37]с помощью других бактериальных и вирусных белков. Плазмида P1 относительно велика (≈90 КБ) и, следовательно, существует в небольшом количестве копий - обычно по одной на клетку. Если две дочерние плазмиды связаны между собой, одна из дочерних клеток хозяина потеряет плазмиду. Система рекомбинации Cre-lox предотвращает эти ситуации, разъединяя кольца ДНК, выполняя два события рекомбинации (связанные кольца -> одно слитое кольцо -> два несвязанных кольца). Также предполагается, что репликация по кругу с последующей рекомбинацией позволит плазмиде увеличить количество копий, когда определенные регуляторы (repA) ограничивают. [36]

Реализация нескольких пар сайтов loxP [ править ]

Множественные варианты loxP, [38] в частности lox2272 и loxN, были использованы исследователями с комбинацией различных Cre действий (переходных или конститутивных) для создания системы « Brainbow », которая позволяет многократно окрашивать мозг мышей четырьмя флуоресцентными белками. .

Другой отчет с использованием двух пар вариантов lox, но посредством регулирования длины ДНК в одной паре, приводит к стохастической активации генов с регулируемым уровнем разреженности. [24]

Примечания и ссылки [ править ]

  1. ^ Turan S, Galla M, Ernst E, Qiao J, Voelkel C, Schiedlmeier B и др. (Март 2011 г.). «Рекомбиназа-опосредованная замена кассет (RMCE): традиционные концепции и текущие проблемы». Журнал молекулярной биологии . 407 (2): 193–221. DOI : 10.1016 / j.jmb.2011.01.004 . PMID  21241707 .
  2. ^ https://patents.google.com/patent/US4959317A/en . Отсутствует или пусто |title=( справка )
  3. Перейти ↑ Sauer B (июнь 1987). «Функциональная экспрессия системы сайт-специфической рекомбинации cre-lox в дрожжах Saccharomyces cerevisiae» . Молекулярная и клеточная биология . 7 (6): 2087–96. DOI : 10.1128 / mcb.7.6.2087 . PMC 365329 . PMID 3037344 .  
  4. Перейти ↑ Sauer B, Henderson N (июль 1988 г.). «Сайт-специфическая рекомбинация ДНК в клетках млекопитающих с помощью рекомбиназы Cre бактериофага P1» . Труды Национальной академии наук Соединенных Штатов Америки . 85 (14): 5166–70. Bibcode : 1988PNAS ... 85.5166S . DOI : 10.1073 / pnas.85.14.5166 . PMC 281709 . PMID 2839833 .  
  5. ↑ Orban PC, Chui D, Marth JD (август 1992). «Тканевая и сайт-специфическая рекомбинация ДНК у трансгенных мышей» . Труды Национальной академии наук Соединенных Штатов Америки . 89 (15): 6861–5. Bibcode : 1992PNAS ... 89.6861O . DOI : 10.1073 / pnas.89.15.6861 . PMC 49604 . PMID 1495975 .  
  6. ^ Gu H, Цзоу YR, Rajewsky K (июнь 1993). «Независимый контроль рекомбинации переключения иммуноглобулинов в отдельных областях переключения, подтвержденный посредством Cre-loxP-опосредованного нацеливания на гены». Cell . 73 (6): 1155–64. DOI : 10.1016 / 0092-8674 (93) 90644-6 . PMID 8513499 . 
  7. ^ Gu H, Marth JD, Орбан PC, Mossmann H, Rajewsky K (июль 1994). «Делеция генного сегмента ДНК-полимеразы бета в Т-клетках с использованием нацеливания на гены, специфичные для определенного типа клеток». Наука . 265 (5168): 103–6. Bibcode : 1994Sci ... 265..103G . DOI : 10.1126 / science.8016642 . PMID 8016642 . 
  8. ^ Hennet T, Hagen FK, Tabak Л.А., Marth JD (декабрь 1995). «Т-клеточная делеция гена полипептидной N-ацетилгалактозаминилтрансферазы путем сайт-направленной рекомбинации» . Труды Национальной академии наук Соединенных Штатов Америки . 92 (26): 12070–4. Bibcode : 1995PNAS ... 9212070H . DOI : 10.1073 / pnas.92.26.12070 . PMC 40298 . PMID 8618846 .  
  9. ^ Цзянь JZ (2016). «Cre-Lox Neurogenetics: 20 лет разностороннего применения в исследованиях и подсчете мозга…» . Границы генетики . 7 : 19. DOI : 10,3389 / fgene.2016.00019 . PMC 4759636 . PMID 26925095 .  
  10. ^ Цзянь Дж. З., Чен Д. Ф., Гербер Д., Том С, Мерсер Э. Х., Андерсон Д. Д. и др. (Декабрь 1996 г.). "Нокаут гена, ограниченного субрегиональным и клеточным типом, в мозге мышей". Cell . 87 (7): 1317–26. DOI : 10.1016 / s0092-8674 (00) 81826-7 . PMID 8980237 . 
  11. ^ a b Цзянь JZ, Huerta PT, Tonegawa S (декабрь 1996 г.). «Существенная роль гиппокампа CA1 NMDA рецептор-зависимой синаптической пластичности в пространственной памяти». Cell . 87 (7): 1327–38. DOI : 10.1016 / s0092-8674 (00) 81827-9 . PMID 8980238 . 
  12. ^ План NIH для нейробиологии: сеть драйверов Cre. http://www.neuroscienceblueprint.nih.gov/factSheet/CreDriver.htm
  13. ^ Проект мозга GENSAT, http://www.gensat.org/index.html
  14. ↑ Shen J, Bronson RT, Chen DF, Xia W, Selkoe DJ, Tonegawa S (май 1997 г.). «Дефекты скелета и ЦНС у мышей с дефицитом пресенилина-1». Cell . 89 (4): 629–39. DOI : 10.1016 / s0092-8674 (00) 80244-5 . PMID 9160754 . 
  15. ^ Li Y, Erzurumlu RS, Chen C, Jhaveri S, Тонегава S (февраль 1994). «Связанные с усами нейронные паттерны не могут развиваться в ядрах ствола тройничного нерва мышей с нокаутом NMDAR1». Cell . 76 (3): 427–37. DOI : 10.1016 / 0092-8674 (94) 90108-2 . PMID 8313466 . 
  16. ^ Feng R, Rampon C, Tang YP, Shrom D, Jin J, Kyin M и др. (Декабрь 2001 г.). «Недостаточный нейрогенез у мышей с нокаутом по пресенилину-1, специфичным для переднего мозга, связан с уменьшением клиренса следов гиппокампа». Нейрон . 32 (5): 911–26. DOI : 10.1016 / s0896-6273 (01) 00523-2 . PMID 11738035 . 
  17. ^ "Cre-Lox Рекомбинация" .
  18. ^ Гесте AR, Прюитт SC (2007). «Скрининг дрожжевого двугибридного партнера по взаимодействию посредством in vivo Cre-опосредованного создания метки двоичного взаимодействия» . Исследования нуклеиновых кислот . 35 (21): e141. DOI : 10.1093 / NAR / gkm894 . PMC 2189736 . PMID 17986461 .  
  19. ^ "Циклизационная рекомбиназа [Escherichia coli] - Белок - NCBI" .
  20. ^ Штернберг N, Гамильтон D (август 1981). "Сайт-специфическая рекомбинация бактериофага P1. I. Рекомбинация между сайтами loxP". Журнал молекулярной биологии . 150 (4): 467–86. DOI : 10.1016 / 0022-2836 (81) 90375-2 . PMID 6276557 . 
  21. ↑ Араки К., Араки М., Ямамура К. (февраль 1997 г.). «Направленная интеграция ДНК с использованием мутантных lox сайтов в эмбриональных стволовых клетках» . Исследования нуклеиновых кислот . 25 (4): 868–72. DOI : 10.1093 / NAR / 25.4.868 . PMC 146486 . PMID 9016639 .  
  22. ^ Missirlis PI, Smailus DE, Холт RA (апрель 2006). «Высокопроизводительный скрининг, идентифицирующий последовательность и характеристики неразборчивости спейсерной области loxP в Cre-опосредованной рекомбинации» . BMC Genomics . 7 : 73. DOI : 10.1186 / 1471-2164-7-73 . PMC 1479339 . PMID 16595017 .  
  23. Перейти ↑ Lee G, Saito I (август 1998). «Роль нуклеотидных последовательностей спейсерной области loxP в Cre-опосредованной рекомбинации». Джин . 216 (1): 55–65. DOI : 10.1016 / s0378-1119 (98) 00325-4 . PMID 9714735 . 
  24. ^ а б Ван С.З., Лю Б.Х., Тао Х.В., Ся К., Чжан Ли (2009). «Генетическая стратегия для стохастической активации генов с регулируемой разреженностью (STARS)» . PLOS One . 4 (1): e4200. Bibcode : 2009PLoSO ... 4.4200W . DOI : 10.1371 / journal.pone.0004200 . PMC 2615212 . PMID 19145242 .  
  25. ^ Чжэн В, шалфей М, Sheppeard Е.А., Jurecic В, Брэдли А (январь 2000 г.). «Разработка хромосом мышей с Cre-loxP: диапазон, эффективность и соматические приложения» . Молекулярная и клеточная биология . 20 (2): 648–55. DOI : 10.1128 / mcb.20.2.648-655.2000 . PMC 85158 . PMID 10611243 .  
  26. ^ a b c Лю Дж, Виллет С.Г., Bankaitis ED, Сюй Y, Райт CV, Гу G (июнь 2013 г.). «Непараллельная рекомбинация ограничивает репортеров на основе Cre-LoxP как точных индикаторов условной генетической манипуляции» . Бытие . 51 (6): 436–42. DOI : 10.1002 / dvg.22384 . PMC 3696028 . PMID 23441020 .  
  27. ^ Walrath JC, Хоуз JJ, Van Dyke T, Райли К. (2010). «Генно-инженерные модели мышей в исследованиях рака» . Достижения в исследованиях рака . 106 : 113–64. DOI : 10.1016 / S0065-230X (10) 06004-5 . ISBN 9780123747716. PMC  3533445 . PMID  20399958 .
  28. Перейти ↑ Kristianto J, Johnson MG, Zastrow RK, Radcliff AB, Blank RD (июнь 2017 г.). «Спонтанная рекомбиназная активность Cre-ERT2 in vivo». Трансгенные исследования . 26 (3): 411–417. DOI : 10.1007 / s11248-017-0018-1 . PMID 28409408 . 
  29. ^ Альварес-Аснар А, Мартинес-Коррал я, Daubel Н, Betsholtz С, Макинен Т, Gaengel К (февраль 2020). «Линии Т2» . Трансгенные исследования . 29 (1): 53–68. DOI : 10.1007 / s11248-019-00177-8 . PMC 7000517 . PMID 31641921 .  
  30. ^ Харман ДЛ, Dobnikar л, Чэппелл Дж, Stokell Б.Г., Долби А, Фут К, и др. (Ноябрь 2019 г.). «Эпигенетическая регуляция гладкомышечных клеток сосудов с помощью диметилирования гистона H3, лизина 9, ослабляет индукцию целевого гена с помощью воспалительных сигналов» . Артериосклероз, тромбоз и биология сосудов . 39 (11): 2289–2302. DOI : 10.1161 / ATVBAHA.119.312765 . PMC 6818986 . PMID 31434493 .  
  31. ↑ Chappell J, Harman JL, Narasimhan VM, Yu H, Foote K, Simons BD и др. (Декабрь 2016 г.). «Обширная пролиферация подмножества дифференцированных, но пластичных, гладкомышечных клеток срединных сосудов способствует формированию неоинтимы в моделях травм и атеросклероза у мышей» . Циркуляционные исследования . 119 (12): 1313–1323. DOI : 10,1161 / CIRCRESAHA.116.309799 . PMC 5149073 . PMID 27682618 .  
  32. ^ Сельдь BP, Hoggatt AM, Бурлак C, Offermanns S (2014). «Ранее дифференцированные клетки гладкой мускулатуры срединных сосудов способствуют формированию неоинтимы после повреждения сосудов» . Сосудистая клетка . 6 (1): 21. DOI : 10,1186 / 2045-824X-6-21 . PMC 4193961 . PMID 25309723 .  
  33. ^ Шанкман Л.С., Гомес Д., Черепанова О.А., Лосось М., Аленкар Г.Ф., Хаскинс Р.М. и др. (Июнь 2015 г.). «KLF4-зависимая фенотипическая модуляция гладкомышечных клеток играет ключевую роль в патогенезе атеросклеротических бляшек» . Природная медицина . 21 (6): 628–37. DOI : 10.1038 / nm.3866 . PMC 4552085 . PMID 25985364 .  
  34. ^ Альбарран-Хуарес J, Каур H, Гримм M, Offermanns S, Wettschureck N (август 2016). «Отслеживание происхождения клеток, вовлеченных в атеросклероз» . Атеросклероз . 251 : 445–453. DOI : 10.1016 / j.atherosclerosis.2016.06.012 . PMID 27320174 . 
  35. ^ Добникар Л., Тейлор А.Л., Чаппелл Дж., Олдах П., Харман Дж. Л., Оертон Э и др. (Ноябрь 2018 г.). «Релевантные для заболевания сигнатуры транскрипции, идентифицированные в отдельных гладкомышечных клетках здоровых сосудов мыши» . Nature Communications . 9 (1): 4567. Bibcode : 2018NatCo ... 9.4567D . DOI : 10.1038 / s41467-018-06891-х . PMC 6212435 . PMID 30385745 .  
  36. ^ a b obocka MB, Rose DJ, Plunkett G, Rusin M, Samojedny A, Lehnherr H, et al. (Ноябрь 2004 г.). «Геном бактериофага Р1» . Журнал бактериологии . 186 (21): 7032–68. DOI : 10.1128 / JB.186.21.7032-7068.2004 . PMC 523184 . PMID 15489417 .  
  37. ^ Штернберга N, Гесс R (1983). «Молекулярная генетика бактериофага Р1». Ежегодный обзор генетики . 17 (1): 123–54. DOI : 10.1146 / annurev.ge.17.120183.001011 . PMID 6364958 . 
  38. ^ Livet Дж, Вайсман Т.А., Кан Н, Проект RW, Лу Дж, Беннис Р., и др. (Ноябрь 2007 г.). «Трансгенные стратегии комбинаторной экспрессии флуоресцентных белков в нервной системе». От редакции («Над головным мозгом»). Природа . 450 (7166): 56–62. Bibcode : 2007Natur.450 ... 56L . DOI : 10,1038 / природа06293 . PMID 17972876 . 

Внешние ссылки [ править ]

  • Знакомство с технологией Cre-lox от «Лаборатории Джексона»