Из Википедии, свободной энциклопедии
Перейти к навигации Перейти к поиску

ДНК-гликозилазы - это семейство ферментов, участвующих в эксцизионной репарации оснований , классифицированных под номером ЕС EC 3.2.2. Эксцизионная репарация оснований - это механизм, с помощью которого поврежденные основания в ДНК удаляются и заменяются. ДНК-гликозилазы катализируют первую стадию этого процесса. Они удаляют поврежденное азотистое основание, оставляя сахарно-фосфатный остов нетронутым, создавая апуриновый / апиримидиновый сайт, обычно называемый AP-сайтом . Это достигается путем переворота поврежденного основания из двойной спирали с последующим разрывом N- гликозидной связи . [1]

Гликозилазы были впервые обнаружены у бактерий, а с тех пор были обнаружены во всех сферах жизни. Помимо своей роли в эксцизионной репарации оснований, ферменты ДНК-гликозилазы участвуют в репрессии сайленсинга генов у A. thaliana , N. tabacum и других растений за счет активного деметилирования. Остатки 5-метилцитозина вырезаются и заменяются неметилированными цитозинами, обеспечивая доступ к структуре хроматина ферментов и белков, необходимых для транскрипции и последующей трансляции. [2] [3]

Монофункциональные против бифункциональных гликозилаз [ править ]

Существует два основных класса гликозилаз: монофункциональные и бифункциональные. Монофункциональные гликозилазы обладают только гликозилазной активностью, тогда как бифункциональные гликозилазы также обладают активностью AP-лиазы, которая позволяет им разрезать фосфодиэфирную связь ДНК, создавая однонитевой разрыв без необходимости в AP-эндонуклеазе . β-Удаление АР-сайта гликозилазой-лиазой дает 3 'α, β-ненасыщенный альдегид, соседний с 5' фосфатом, который отличается от продукта расщепления АР-эндонуклеазой. [4] Некоторые гликозилазы-лиазы могут дополнительно осуществлять δ-элиминирование, которое превращает 3 'альдегид в 3' фосфат.

Биохимический механизм [ править ]

Первая кристаллическая структура ДНК-гликозилазы была получена для E. coli Nth. [5] Эта структура показала, что фермент переворачивает поврежденное основание из двойной спирали в карман активного сайта, чтобы вырезать его. С тех пор было обнаружено, что другие гликозилазы следуют той же общей парадигме, включая человеческий UNG, изображенный ниже. Чтобы расщепить N-гликозидную связь, монофункциональные гликозилазы используют активированную молекулу воды, чтобы атаковать углерод 1 субстрата. Вместо этого бифункциональные гликозилазы используют остаток амина в качестве нуклеофила для атаки того же углерода, проходя через промежуточное соединение основания Шиффа .

Типы гликозилаз [ править ]

Решены кристаллические структуры многих гликозилаз. На основании структурного сходства гликозилазы сгруппированы в четыре суперсемейства. Семейства UDG и AAG содержат небольшие компактные гликозилазы, тогда как семейства MutM / Fpg и HhH-GPD включают более крупные ферменты с множественными доменами. [4]

Широкий спектр гликозилаз эволюционировал для распознавания различных поврежденных оснований. В таблице ниже суммированы свойства известных гликозилаз в обычно изучаемых модельных организмах.

Гликозилазы бактерий, дрожжей и человека [6] [7]
Кишечная палочкаB. cereusДрожжи ( S. cerevisiae )ЧеловекТипСубстраты
AlkAAlkEMag1MPG (N-метилпурин ДНК-гликозилаза)монофункциональный3-meA (3-алкиладенин), гипоксантин
UDGUng1UNGмонофункциональныйурацил
FpgOgg1ч OGG1бифункциональный8-oxoG (8-оксогуанин), FapyG
NthNtg1ч NTH1бифункциональныйTg, hoU, hoC, мочевина, FapyG (2,6-диамино-4-гидрокси-5-формамидопиримидин)
Ntg2
NeiНетhNEIL1бифункциональныйTg, hoU, hoC, мочевина, FapyG, FapyA (4,6-диамино-5-формамидопиримидин)
hNEIL2AP site, hoU
hNEIL3неизвестный
MutYНетhMYHмонофункциональныйА: 8-oxoG
НетНетhSMUG1монофункциональныйU, hoU (5-гидроксиурацил), hmU (5-гидроксиметилурацил), fU (5-формилурацил)
НетНетTDGмонофункциональныйT: G неправильная пара
НетНетMBD4монофункциональныйT: G неправильная пара
AlkCAlkCНетНетмонофункциональныйАлкилпурин
AlkDAlkDНетНетмонофункциональныйАлкилпурин

ДНК-гликозилазы можно разделить на следующие категории в зависимости от их субстрата (субстратов):

Урацил ДНК гликозилазы [ править ]

Структура фермента эксцизионной репарации урацил-ДНК-гликозилазы . Остаток урацила показан желтым цветом.

В молекулярной биологии, то белок семейство, урацил-ДНК - гликозилаза (УДГ) представляет собой фермент , который возвращается мутации в ДНК. Наиболее распространенная мутация является дезаминированием из цитозина в урацил . UDG исправляет эти мутации. UDG имеет решающее значение для восстановления ДНК , без него эти мутации могут привести к раку . [8]

Эта запись представляет различные урацил-ДНК-гликозилазы и родственные ДНК-гликозилазы ( EC ), такие как урацил-ДНК-гликозилаза, [9] термофильная урацил-ДНК-гликозилаза, [10] G: T / U-специфическая ДНК-гликозилаза (Mug), [ 11] и одноцепочечной селективной монофункциональной урацил-ДНК-гликозилазы (SMUG1). [12]

Урацил-ДНК-гликозилазы удаляют урацил из ДНК, что может возникнуть либо в результате спонтанного дезаминирования цитозина, либо из-за неправильного включения dU, противоположного dA, во время репликации ДНК . Прототипом этого семейства является UDG E. coli, который был одной из первых обнаруженных гликозилаз. Четыре различные мероприятия урацил-ДНК гликозилазная были идентифицированы в клетках млекопитающих, в том числе Узбекнефтегазу , SMUG1 , TDG и MBD4 . Они различаются по субстратной специфичности и субклеточной локализации. SMUG1 предпочитает одноцепочечную ДНК в качестве субстрата, но также удаляет U из двухцепочечной ДНК. Помимо немодифицированного урацила, SMUG1 может вырезать 5-гидроксиурацил, 5-гидроксиметилурацил и5-формилурацил, содержащий окисленную группу в кольце C5. [13] TDG и MBD4 строго специфичны для двухцепочечной ДНК. TDG может удалять тимингликоль, когда присутствует напротив гуанина, а также производные U с модификациями у углерода 5. Текущие данные свидетельствуют о том, что в клетках человека TDG и SMUG1 являются основными ферментами, ответственными за восстановление неправильных пар U: G, вызванных спонтанное дезаминирование цитозина, тогда как с урацилом, возникающим в ДНК в результате неправильного включения dU, в основном занимается UNG. Считается, что MBD4 корректирует несовпадения T: G, которые возникают в результате дезаминирования 5-метилцитозина до тимина в сайтах CpG. [14] Мыши с мутантами MBD4 развиваются нормально и не проявляют повышенной предрасположенности к раку или снижения выживаемости. Но они приобретают больше мутаций CT в последовательностях CpG в эпителиальных клетках тонкой кишки. [15]

Структура UNG человека в комплексе с ДНК показала, что, как и другие гликозилазы, он переворачивает целевой нуклеотид из двойной спирали в карман активного сайта. [16] UDG претерпевает конформационные изменения из «открытого» несвязанного состояния в «закрытое» состояние, связанное с ДНК. [17]

UDG
Урацил-ДНК-гликозилаза вируса Эпштейна-Барра в комплексе с ugi из pbs-2
Идентификаторы
Условное обозначениеUDG
PfamPF03167
ИнтерПроIPR005122
PROSITEPDOC00121
SCOP21udg / SCOPe / SUPFAM
CDDcd09593
Доступные белковые структуры:
Pfam  структуры / ECOD  
PDBRCSB PDB ; PDBe ; PDBj
PDBsumкраткое изложение структуры

История [ править ]

Линдал был первым, кто наблюдал восстановление урацила в ДНК. UDG был очищен от Escherichia coli , и он гидролизовал N- гликозидную связь, соединяющую основание с дезоксирибозным сахаром основной цепи ДНК. [8]

Функция [ править ]

Функция UDG заключается в удалении мутаций в ДНК, а точнее в удалении урацила.

Структура [ править ]

Эти белки имеют трехслойную альфа / бета / альфа- структуру . Топология полипептида UDG соответствует классическому альфа / бета-белку. Структура состоит в основном из центрального четырехцепочечного, полностью параллельного бета-листа, окруженного с обеих сторон в общей сложности восемью альфа-спиралями, и называется параллельным бета-листом с двойной намоткой. [9]

Механизм [ править ]

Урацил-ДНК-гликозилазы представляют собой ферменты репарации ДНК, которые вырезают остатки урацила из ДНК, расщепляя N-гликозидную связь, инициируя путь эксцизионной репарации оснований . Урацил в ДНК может возникать либо через дезаминирование цитозина с образованием мутагенного U: G mispairs, или путем включения дампа с помощью ДНК - полимеразу с образованием U: A пара . [18] Эти аберрантные остатки урацила являются генотоксичными. [19]

Локализация [ править ]

В эукариотических клетках активность UNG обнаруживается как в ядре, так и в митохондриях . Человек UNG1 белок транспортируется как митохондрии и ядро . [20]

Сохранение [ править ]

Последовательность из гликозилазы урацил-ДНК очень хорошо сохраняется [21] в бактерий и эукариот , а также в вирусы герпеса . Более отдаленные родственные урацил-ДНК-гликозилазы также обнаружены в поксвирусах . [22] N-концевые 77 аминокислот UNG1, по-видимому, необходимы для митохондриальной локализации, но присутствие митохондриального транзитного пептида не было напрямую продемонстрировано. Наиболее консервативная на N-конце область содержит остаток аспарагиновой кислоты. который был предложен на основе рентгеновских структур [23], чтобы действовать как общая основа в каталитическом механизме .

Семья [ править ]

Существует два семейства UDG, названных Семейство 1 и Семейство 2. Семейство 1 активно против урацила в оцДНК и дцДНК. Семейство 2 вырезает урацил из несоответствий с гуанином . [8]

Гликозилазы окисленных оснований [ править ]

8-oxoG ( син ) в паре оснований Хугстина с dA ( анти )

Разнообразные гликозилазы эволюционировали для распознавания окисленных оснований, которые обычно образуются реактивными формами кислорода, образующимися во время клеточного метаболизма. Наиболее частыми повреждениями, образованными на остатках гуанина, являются 2,6-диамино-4-гидрокси-5-формамидопиримидин (FapyG) и 8-оксогуанин . Из-за неправильного спаривания с аденином во время репликации 8-oxoG обладает сильным мутагенным действием, что приводит к трансверсиям G в T. Восстановление этого повреждения инициируется бифункциональной ДНК-гликозилазой OGG1 , которая распознает 8-oxoG в паре с C. hOGG1 - это бифункциональная гликозилаза, которая принадлежит к семейству спираль-шпилька-спираль (HhH). MYHраспознает аденин, неправильно спаренный с 8-oxoG, но удаляет A, оставляя 8-oxoG нетронутым. Мыши с нокаутом OGG1 не показывают увеличения заболеваемости опухолями, но с возрастом накапливают 8-oxoG в печени. [24] Подобный фенотип наблюдается при инактивации MYH, но одновременная инактивация как MYH, так и OGG1 вызывает накопление 8-oxoG во многих тканях, включая легкие и тонкий кишечник. [25] У людей мутации MYH связаны с повышенным риском развития полипов толстой кишки и рака толстой кишки . Помимо OGG1 и MYH, клетки человека содержат три дополнительных ДНК-гликозилазы: NEIL1 , NEIL2 и NEIL3.. Они гомологичны бактериальному Nei, и их присутствие, вероятно, объясняет умеренные фенотипы мышей с нокаутом OGG1 и MYH.

Гликозилазы алкилированных оснований [ править ]

В эту группу входят E. coli AlkA и родственные белки высших эукариот. Эти гликозилазы являются монофункциональными и распознают метилированные основания, такие как 3-метиладенин.

AlkA [ править ]

AlkA относится к 3-метиладенин-ДНК-гликозилазе II . [26]

Патология [ править ]

  • ДНК-гликозилазы, участвующие в эксцизионной репарации оснований (BER), могут быть связаны с риском рака у носителей мутаций BRCA1 и BRCA2 . [27]

Эпигенетические нарушения при раке [ править ]

Эпигенетические изменения (эпимутации) генов ДНК-гликозилазы только недавно начали оцениваться при некоторых формах рака, по сравнению с многочисленными предыдущими исследованиями эпимутаций в генах, действующих в других путях репарации ДНК (таких как MLH1 при репарации ошибочного спаривания и MGMT при прямой реверсии). . [ необходима цитата ] Два примера эпимутаций генов ДНК-гликозилазы, которые происходят при раке, суммированы ниже.

MBD4 [ править ]

Гидролиз цитозина до урацила

MBD4 (белок 4 метил-CpG-связывающего домена) представляет собой гликозилазу, используемую на начальной стадии эксцизионной репарации оснований. Белок MBD4 предпочтительно связывается с полностью метилированными сайтами CpG . [28] Эти измененные основания возникают в результате частого гидролиза цитозина до урацила (см. Изображение) и гидролиза 5-метилцитозина до тимина с образованием пар оснований G: U и G: T. [29] Если неподходящие урацилы или тимины в этих парах оснований не удалить до репликации ДНК, они вызовут переходные мутации . MBD4 специфически катализирует удаление T и U, спаренных с гуанином (G) в сайтах CpG. [30] Это важная функция ремонта, поскольку примерно 1/3 всехвнутригенные мутации одной пары оснований при раке человека происходят в динуклеотидах CpG и являются результатом переходов G: C в A: T. [30] [31] Эти переходы включают наиболее частые мутации при раке человека. Например, почти 50% соматических мутаций гена-супрессора опухолей p53 при колоректальном раке представляют собой переходы G: C в A: T в сайтах CpG. [30] Таким образом, снижение экспрессии MBD4 может вызвать увеличение канцерогенных мутаций.

Выражение MBD4 уменьшается почти во всех колоректальных опухолей за счет метилирования в промоторной области MBD4. [32] Также MBD4 недостаточен из-за мутации примерно в 4% случаев колоректального рака, [33]

Большинство гистологически нормальных полей, окружающих новообразования (аденомы и рак толстой кишки) в толстой кишке, также демонстрируют сниженную экспрессию мРНК MBD4 ( дефект поля ) по сравнению с гистологически нормальной тканью людей, у которых никогда не было новообразований толстой кишки. [32] Это открытие предполагает, что эпигенетическое подавление MBD4 является ранней стадией колоректального канцерогенеза .

В китайской популяции, которая была оценена, полиморфизм MBD4 Glu346Lys был связан примерно с 50% снижением риска рака шейки матки, предполагая, что изменения в MBD4 важны при этом раке. [34]

NEIL1 [ править ]

Nei-like (NEIL) 1 представляет собой ДНК-гликозилазу семейства Nei (которая также содержит NEIL2 и NEIL3). [35] NEIL1 является компонентом комплекса репликации ДНК, необходимого для наблюдения за окисленными основаниями перед репликацией, и, по-видимому, действует как «ловец коров» для замедления репликации до тех пор, пока NEIL1 не сможет действовать как гликозилаза и удалять окислительно поврежденное основание. [35]

Белок NEIL1 распознает (мишени) и удаляет определенные основания, поврежденные окислением, а затем рассекает абазический сайт посредством β, δ элиминации, оставляя 3 'и 5' фосфатные концы. NEIL1 распознает окисленные пиримидины , формамидопиримидины, остатки тимина, окисленные по метильной группе, и оба стереоизомера тимингликоля . [36] Лучшими субстратами для человеческого NEIL1, по-видимому, являются поражения гидантоином , гуанидиногидантоин и спироиминодигидантоин, которые являются продуктами дальнейшего окисления 8-oxoG.. NEIL1 также способен удалять повреждения из одноцепочечной ДНК, а также из пузырьковых и разветвленных структур ДНК. Дефицит NEIL1 вызывает усиление мутагенеза на участке пары 8-оксо-Gua: C, при этом большинство мутаций представляют собой трансверсии G: C в T: A. [37]

Исследование 2004 г. показало, что в 46% случаев первичного рака желудка наблюдается снижение экспрессии мРНК NEIL1 , хотя механизм этого снижения неизвестен. [38] Это исследование также показало, что 4% случаев рака желудка имеют мутации в гене NEIL1. Авторы предположили, что низкая активность NEIL1, возникающая из-за снижения экспрессии и / или мутации гена NEIL1, часто участвует в канцерогенезе желудка.

Скрининг 145 генов репарации ДНК на аберрантное метилирование промотора был проведен на тканях плоскоклеточной карциномы головы и шеи (HNSCC) у 20 пациентов и на образцах слизистой оболочки головы и шеи у 5 пациентов, не страдающих раком. [39] Этот скрининг показал, что ген NEIL1 имел существенно повышенное гиперметилирование, а из 145 оцениваемых генов репарации ДНК NEIL1 имел наиболее существенно различающуюся частоту метилирования. Кроме того, гиперметилирование соответствовало снижению экспрессии мРНК NEIL1. Дальнейшая работа с 135 опухолевыми и 38 нормальными тканями также показала, что 71% образцов ткани HNSCC имели повышенное метилирование промотора NEIL1. [39]

Когда 8 генов репарации ДНК оценивали в опухолях немелкоклеточного рака легкого (NSCLC), 42% были гиперметилированы в промоторной области NEIL1. [40] Это была самая частая аномалия репарации ДНК среди 8 протестированных генов репарации ДНК. NEIL1 также был одним из шести генов репарации ДНК, которые, как было обнаружено, гиперметилированы в их промоторных областях при колоректальном раке . [41]

Ссылки [ править ]

  1. Перейти ↑ Lindahl, T. (1986). «ДНК-гликозилазы в репарации ДНК». Механизмы повреждения и восстановления ДНК . 38 : 335–340. DOI : 10.1007 / 978-1-4615-9462-8_36 . ISBN 978-1-4615-9464-2. PMID  3527146 .
  2. ^ Aguis, F .; Капур, А; Чжу, JK (2006). «Роль гликозилазы / лиазы ROS1 Arabidopsis в активном деметилировании ДНК» . Proc. Natl. Акад. Sci. США . 103 (31): 11796–11801. Bibcode : 2006PNAS..10311796A . DOI : 10.1073 / pnas.0603563103 . PMC 1544249 . PMID 16864782 .  
  3. ^ Цой, CS .; Сано, Х. (2007). «Идентификация генов табака, кодирующих белки, обладающие активностью удаления 5-метилцитозинов из интактной ДНК табака» . Биотехнология растений . 24 (3): 339–344. DOI : 10,5511 / plantbiotechnology.24.339 .
  4. ^ а б Фромм Дж. К., Банерджи А., Вердин Г. Л. (февраль 2004 г.). «Распознавание и катализ ДНК-гликозилазы». Текущее мнение в структурной биологии . 14 (1): 43–9. DOI : 10.1016 / j.sbi.2004.01.003 . PMID 15102448 . 
  5. ^ Го CF, Макри DE, Fisher CL, O'Handley SF, Cunningham RP, Tainer JA (октябрь 1992). «Атомная структура эндонуклеазы III фермента репарации ДНК [4Fe-4S]». Наука . 258 (5081): 434–40. Bibcode : 1992Sci ... 258..434K . DOI : 10.1126 / science.1411536 . PMID 1411536 . 
  6. ↑ Ide H, Kotera M (апрель 2004 г.). «Человеческие ДНК-гликозилазы, участвующие в репарации окислительно поврежденной ДНК» . Биол. Pharm. Бык . 27 (4): 480–5. DOI : 10.1248 / bpb.27.480 . PMID 15056851 . 
  7. ^ Alseth I, Osman F, Korvald H, et al. (2005). «Биохимическая характеристика и взаимодействия пути репарации ДНК Mag1-опосредованной эксцизионной репарации оснований у Schizosaccharomyces pombe» . Nucleic Acids Res . 33 (3): 1123–31. DOI : 10.1093 / NAR / gki259 . PMC 549418 . PMID 15722486 .  
  8. ^ а б в Жемчуг LH (2000). «Структура и функция в суперсемействе урацил-ДНК-гликозилазы». Mutat Res . 460 (3–4): 165–81. DOI : 10.1016 / S0921-8777 (00) 00025-2 . PMID 10946227 . 
  9. ^ a b Mol CD, Arvai AS, Slupphaug G, Kavli B, Alseth I, Krokan HE, Tainer JA (март 1995 г.). «Кристаллическая структура и мутационный анализ урацил-ДНК-гликозилазы человека: структурные основы специфичности и катализа». Cell . 80 (6): 869–78. DOI : 10.1016 / 0092-8674 (95) 90290-2 . PMID 7697717 . S2CID 14851787 .  
  10. ^ Sandigursky M, Франклин WA (май 1999). «Термостабильная урацил-ДНК-гликозилаза из Thermotoga maritima, член нового класса ферментов репарации ДНК». Curr. Биол . 9 (10): 531–4. DOI : 10.1016 / S0960-9822 (99) 80237-1 . PMID 10339434 . S2CID 32822653 .  
  11. ↑ Barrett TE, Savva R, Panayotou G, Barlow T, Brown T, Jiricny J, Pearl LH (январь 1998 г.). "Кристаллическая структура ДНК-гликозилазы, специфичной для несоответствия G: T / U: распознавание несоответствия посредством взаимодействий комплементарной цепи". Cell . 92 (1): 117–29. DOI : 10.1016 / S0092-8674 (00) 80904-6 . PMID 9489705 . S2CID 9136303 .  
  12. Перейти ↑ Buckley B, Ehrenfeld E (октябрь 1987 г.). «Белковый комплекс связывания кэпа в неинфицированных и инфицированных полиовирусом клетках HeLa». J. Biol. Chem . 262 (28): 13599–606. PMID 2820976 . 
  13. ^ Мацубар М, Т Танаки, Terato Н, Омай Е, Izumi S, Katayanagi К, Ида Н (2004). «Мутационный анализ распознавания повреждений и каталитического механизма человеческой гликозилазы ДНК SMUG1» . Nucleic Acids Res . 32 (17): 5291–5302. DOI : 10.1093 / NAR / gkh859 . PMC 521670 . PMID 15466595 .  
  14. Перейти ↑ Wu P, Qiu C, Sohail A, Zhang X, Bhagwat, AS, Xiaodong C. (2003). Ремонт несоответствия в метилированной ДНК. СТРУКТУРА И АКТИВНОСТЬ СПЕЦИФИЧНОГО ТИМИН-ГЛИКОЗИЛАЗНОГО ДОМЕНА МЕТИЛ-CpG-СВЯЗЫВАЮЩЕГО БЕЛКА MBD4. 5285-5291.
  15. ^ Вонг Э; Ян К; Kuraguchi M; Werling U; Авдиевич Э; Fan K; Fazzari M; Джин Би; Brown MC; и другие. (1995). «Инактивация Mbd4 увеличивает мутации перехода C → T и способствует образованию опухолей желудочно-кишечного тракта» . PNAS . 99 (23): 14937–14942. DOI : 10.1073 / pnas.232579299 . PMC 137523 . PMID 12417741 .  
  16. ^ Мол компакт - диск, Arvai А.С., Slupphaug G, Кавли В, Alseth я, Krokan ОН, Tainer JA (1995). «Кристаллическая структура и мутационный анализ урацил-ДНК-гликозилазы человека». Cell . 80 (6): 869–878. DOI : 10.1016 / 0092-8674 (95) 90290-2 . PMID 7697717 . S2CID 14851787 .  
  17. ^ Slupphaug G, CDМоль, Кавли В, Arvai А.С., Krokan ОН, Tainer JA. (1996). Механизм переворота нуклеотидов в структуре урацила человека – ДНК-гликозилаза, связанная с ДНК. 384: 87-92.
  18. ^ Кавли B, Otterlei M, Slupphaug G, Krokan HE (апрель 2007). «Урацил в ДНК - общий мутаген, но нормальный интермедиат в приобретенном иммунитете». Ремонт ДНК (Amst.) . 6 (4): 505–16. DOI : 10.1016 / j.dnarep.2006.10.014 . PMID 17116429 . 
  19. ^ Hagen L; Пенья-Диас Дж; Кавли Б; Otterlei M; Slupphaug G; Крокан Х.Е. (август 2006 г.). «Геномный урацил и болезнь человека». Exp. Cell Res . 312 (14): 2666–72. DOI : 10.1016 / j.yexcr.2006.06.015 . PMID 16860315 . 
  20. ^ Slupphaug G, Маркуссен FH, Olsen LC, Осланд R, Aarsaether Н, Бакка О, Krokan ОН, Helland ДЕ (июнь 1993). «Ядерные и митохондриальные формы урацил-ДНК-гликозилазы человека кодируются одним и тем же геном» . Nucleic Acids Res . 21 (11): 2579–84. DOI : 10.1093 / NAR / 21.11.2579 . PMC 309584 . PMID 8332455 .  
  21. ^ Olsen LC, Aasland R, Wittwer CU, Krokan HE, Helland DE (октябрь 1989 г.). «Молекулярное клонирование человеческой урацил-ДНК-гликозилазы, высококонсервативного фермента репарации ДНК» . EMBO J . 8 (10): 3121–5. DOI : 10.1002 / j.1460-2075.1989.tb08464.x . PMC 401392 . PMID 2555154 .  
  22. Перейти ↑ Upton C, Stuart DT, McFadden G (май 1993). «Идентификация гена поксвируса, кодирующего урацил-ДНК-гликозилазу» . Proc. Natl. Акад. Sci. США . 90 (10): 4518–22. Bibcode : 1993PNAS ... 90.4518U . DOI : 10.1073 / pnas.90.10.4518 . PMC 46543 . PMID 8389453 .  
  23. Перейти ↑ Savva R, McAuley-Hecht K, Brown T, Pearl L (февраль 1995 г.). «Структурные основы специфической эксцизионной репарации оснований с помощью урацил-ДНК-гликозилазы». Природа . 373 (6514): 487–93. Bibcode : 1995Natur.373..487S . DOI : 10.1038 / 373487a0 . PMID 7845459 . S2CID 4315434 .  
  24. ^ Klungland A; Rosewell I; Hollenbach S; Ларсен Э; Дэйли Джи; Epe A; Seeberg E; Lindahl T; Barnes DE; и другие. (1999). «Накопление премутагенных повреждений ДНК у мышей, дефектных в удалении повреждений окислительного основания» . PNAS . 96 (23): 13300–13305. Bibcode : 1999PNAS ... 9613300K . DOI : 10.1073 / pnas.96.23.13300 . PMC 23942 . PMID 10557315 .  
  25. ^ Russo MT, De, Degan P, Parlanti E, Dogliotti E Barnes DE, Lindahl T, Yang H, Miller J. H, Bignami M .; и другие. (2004). «Накопление повреждений окислительного основания 8-гидроксигуанина в ДНК мышей с предрасположенностью к опухолям, дефектных по ДНК-гликозилазам Myh и Ogg1» . Cancer Res . 64 (13): 4411–4414. DOI : 10,1158 / 0008-5472.can-04-0355 . PMID 15231648 . CS1 maint: несколько имен: список авторов ( ссылка )
  26. ^ Мо Е, зал DR, Leiros I, Monsen VT, Тимминса J, McSweeney S (2012). «Структурно-функциональные исследования необычной 3-метиладенин-ДНК-гликозилазы II (AlkA) из Deinococcus radiodurans». Acta Crystallogr D . 68 (6): 703–12. DOI : 10.1107 / S090744491200947X . PMID 22683793 . 
  27. ^ Осорио, А; Милн, Р.Л .; Kuchenbaecker, K; Vaclová, T; Пита, G; Алонсо, Р. Петерлонго, П; Бланко, я; де ла Хойя, М; Дюран, М; Диес, О; Рамон-и-Кахаль, Т. Konstantopoulou, I; Мартинес-Бузас, К. Андрес Конехеро, Р. Суси, П; McGuffog, L; Барроудейл, Д; Ли, А; Swe-Brca; Арвер, Б; Рантала, Дж; Ломан, N; Ehrencrona, H; Olopade, OI; Битти, MS; Домчек, С.М.; Натансон, К; Реббек, TR; и другие. (2014). «ДНК-гликозилазы, участвующие в эксцизионной репарации оснований, могут быть связаны с риском рака у носителей мутаций BRCA1 и BRCA2» . PLOS Genetics . 10 (4): e1004256. DOI : 10.1371 / journal.pgen.1004256 . PMC 3974638 . PMID 24698998  .
  28. ^ Walavalkar, Ninad (2014). «Структура раствора и внутримолекулярный обмен белка 4 метилцитозинсвязывающего домена (MBD4) на ДНК предполагает механизм сканирования на наличие несовпадений mCpG / TpG» . Исследования нуклеиновых кислот . 42 (17): 11218–11232. DOI : 10.1093 / NAR / gku782 . PMC 4176167 . PMID 25183517 .  
  29. ^ Bellacosa A, Drohat AC (август 2015). «Роль эксцизионной репарации оснований в поддержании генетической и эпигенетической целостности сайтов CpG» . Ремонт ДНК . 32 : 33–42. DOI : 10.1016 / j.dnarep.2015.04.011 . PMC 4903958 . PMID 26021671 .  
  30. ^ a b c Sjolund AB, Senejani AG, Sweasy JB (2013). «MBD4 и TDG: многогранные ДНК-гликозилазы с постоянно расширяющейся биологической ролью» . Мутационные исследования . 743–744: 12–25. DOI : 10.1016 / j.mrfmmm.2012.11.001 . PMC 3661743 . PMID 23195996 .  
  31. ↑ Cooper DN, Youssoufian H (февраль 1988 г.). «Динуклеотид CpG и генетическое заболевание человека». Генетика человека . 78 (2): 151–5. DOI : 10.1007 / bf00278187 . PMID 3338800 . S2CID 41948691 .  
  32. ^ a b Ховард Дж. Х., Фролов А., Ценг К. В., Стюарт А., Мидзак А., Маджмундар А., Годвин А., Хеслин М., Беллакоса А., Арнолетти Дж. П. (январь 2009 г.). «Эпигенетическое подавление гена репарации ДНК MED1 / MBD4 при колоректальном раке и раке яичников» . Биология и терапия рака . 8 (1): 94–100. DOI : 10,4161 / cbt.8.1.7469 . PMC 2683899 . PMID 19127118 .  
  33. ^ Tricarico R, Cortellino S, Riccio A, Jagmohan-Changur S, Van der Klift H, Wijnen J, Turner D, Ventura A, Rovella V, Percesepe A, Lucci-Cordisco E, Radice P, Bertario L, Pedroni M, Ponz де Леон М., Манкузо П., Девараджан К., Кай К.К., Кляйн-Сзанто А.Дж., Нери Г., Мёллер П., Виль А., Генуарди М., Фодде Р., Беллакоса А. (октябрь 2015 г.). «Участие инактивации MBD4 в дефектном онкогенезе с репарацией ошибочного спаривания» (PDF) . Oncotarget . 6 (40): 42892–904. DOI : 10.18632 / oncotarget.5740 . PMC 4767479 . PMID 26503472 .   
  34. ↑ Xiong XD, Luo XP, Liu X, Jing X, Zeng LQ, Lei M, Hong XS, Chen Y (2012). «Полиморфизм Glu346Lys MBD4 связан с риском рака шейки матки у населения Китая». Int. J. Gynecol. Рак . 22 (9): 1552–6. DOI : 10.1097 / IGC.0b013e31826e22e4 . PMID 23027038 . S2CID 788490 .  
  35. ^ a b Hegde ML, Hegde PM, Bellot LJ, Mandal SM, Hazra TK, Li GM, Boldogh I, Tomkinson AE, Mitra S (2013). «Пререпликативная репарация окисленных оснований в геноме человека опосредуется ДНК-гликозилазой NEIL1 вместе с белками репликации» . Proc. Natl. Акад. Sci. США . 110 (33): E3090–9. Bibcode : 2013PNAS..110E3090H . DOI : 10.1073 / pnas.1304231110 . PMC 3746843 . PMID 23898192 .  
  36. ^ Немец А. Уоллес SS, Sweasy JB (октябрь 2010). «Вариант основных белков эксцизионной репарации: факторы нестабильности генома» . Семинары по биологии рака . 20 (5): 320–8. DOI : 10.1016 / j.semcancer.2010.10.010 . PMC 3254599 . PMID 20955798 .  
  37. ^ Сузуки Т, Harashima Н, Н Камия (2010). «Влияние основных белков эксцизионной репарации на мутагенез с помощью 8-оксо-7,8-дигидрогуанина (8-гидроксигуанина) в сочетании с цитозином и аденином». Ремонт ДНК (Amst.) . 9 (5): 542–50. DOI : 10.1016 / j.dnarep.2010.02.004 . ЛВП : 2115/43021 . PMID 20197241 . 
  38. ^ Shinmura К, Тао Н, Гото М, Игараши Н, Танигучи Т, Маекав М, Takezaki Т, Сугимура Н (2004). «Инактивирующие мутации гена эксцизионной репарации человеческого основания NEIL1 при раке желудка» . Канцерогенез . 25 (12): 2311–7. DOI : 10.1093 / carcin / bgh267 . PMID 15319300 . 
  39. ^ a b Чайсаингмонгкол Дж, Попанда О, Варта Р., Дайкхофф Дж., Херпель Е, Гейзельхарт Л., Клаус Р., Ласичка Ф, Кампос Б., Оукс С.С., Бермеджо Дж. Л., Херольд-Менде С., Пласс С. «Эпигенетический скрининг генов репарации ДНК человека выявляет аберрантное метилирование промотора NEIL1 при плоскоклеточном раке головы и шеи» . Онкоген . 31 (49): 5108–16. DOI : 10.1038 / onc.2011.660 . PMID 22286769 . 
  40. ^ Ду Н, Вонг NC, Murone С, Т Джон Соломон В, Митчелла PL, Dobrovic А (2014). «Критическая переоценка метилирования промотора гена репарации ДНК в немелкоклеточной карциноме легкого» . Научные отчеты . 4 : 4186. Bibcode : 2014NatSR ... 4E4186D . DOI : 10.1038 / srep04186 . PMC 3935198 . PMID 24569633 .  
  41. ^ Фаркаш С.А., Vymetalkova В, Водичкова л, Водичка Р, Nilsson ТК (апрель 2014). «Изменения в метилировании ДНК в генах, часто мутирующих при спорадическом колоректальном раке, а также в генах репарации ДНК и сигнального пути Wnt / β-катенина». Эпигеномика . 6 (2): 179–91. DOI : 10.2217 / epi.14.7 . PMID 24811787 . 
Эта статья включает текст из общественного достояния Pfam и InterPro : IPR005122

Внешние ссылки [ править ]

  • СМИ, связанные с ДНК-гликозилазой, на Викискладе?
  • ДНК + гликозилазы в медицинских предметных рубриках Национальной медицинской библиотеки США (MeSH)