Из Википедии, бесплатной энциклопедии
Перейти к навигации Перейти к поиску
DNMT3B
Белок DNMT3B PDB 1khc.png
Доступные конструкции
PDBОртолог поиск: PDBe RCSB
Список идентификационных кодов PDB

3QKJ , 3FLG , 5CIU

Идентификаторы
ПсевдонимыDNMT3B , ICF, ICF1, M.HsaIIIB, ДНК (цитозин-5 -) - метилтрансфераза 3 бета, ДНК метилтрансфераза 3 бета
Внешние идентификаторыOMIM : 602900 MGI : 1261819 HomoloGene : 56000 GeneCard : DNMT3B
Расположение гена ( человек )
Хромосома 20 (человек)
Chr.Хромосома 20 (человека) [1]
Хромосома 20 (человек)
Геномное расположение DNMT3B
Геномное расположение DNMT3B
Группа20q11.21Начинать32 762 385 п.н. [1]
Конец32 809 356 п.н. [1]
Расположение гена ( Мышь )
Хромосома 2 (мышь)
Chr.Хромосома 2 (мышь) [2]
Хромосома 2 (мышь)
Геномное расположение DNMT3B
Геномное расположение DNMT3B
Группа2 | 2 H1Начинать153 649 450 п.н. [2]
Конец153 687 730 п.н. [2]
Паттерн экспрессии РНК
PBB GE DNMT3B 220668 s в формате fs.png
Дополнительные данные эталонного выражения
Генная онтология
Молекулярная функция• метилтрансферазы активности
• трансферазной активности
• связывания ДНК
• GO: 0001106 транскрипции корепрессор активность
• ДНК-метилтрансферазы активности
• хроматина связывания
• ион металла связывания
• ГО: 0001948 связывание белка
• ДНК (цитозин-5 -) - метилтрансферазы активность
• ГО: 0001200, GO: 0001133, GO: 0001201 Активность ДНК-связывающего фактора транскрипции, РНК-полимераза II-специфическая
• Связывание гистондеацетилазы
Сотовый компонент• цитоплазма
• внутриклеточная мембраносвязанная органелла
• нуклеоплазма
• ядро клетки
Биологический процесс• ответ на ионизирующее излучение
• метилирование цитозина C-5
• ответ на эстрадиол
• ответ на гипоксию
• клеточный ответ на гипероксию
• отрицательная регуляция транскрипции с промотора РНК-полимеразы II
• ответ на активность
• клеточный ответ на стимул дексаметазона
• ответ на витамин A
• метилирование ДНК
• метилирование
• позитивная регуляция экспрессии генов
• негативная регуляция экспрессии генов, эпигенетика
• позитивная регуляция метилирования гистона H3-K4
• положительная регуляция дифференцировки нейронов
• негативная регуляция метилирования гистона H3-K9
• регуляция экспрессии генов
• ответ на кофеин
• ответ на токсическое вещество
• ответ на лекарство
• ответ на кокаин
Источники: Amigo / QuickGO
Ортологи
РазновидностьЧеловекМышь
Entrez

1789 г.

13436

Ансамбль

ENSG00000088305

ENSMUSG00000027478

UniProt

Q9UBC3

O88509

RefSeq (мРНК)
NM_001207055
NM_001207056
NM_006892
NM_175848
NM_175849

NM_175850

NM_001003960
NM_001003961
NM_001003963
NM_001122997
NM_001271744

NM_001271745
NM_001271746
NM_001271747
NM_010068

RefSeq (белок)
NP_001193984
NP_001193985
NP_008823
NP_787044
NP_787045

NP_787046

NP_001003960
NP_001003961
NP_001003963
NP_001116469
NP_001258673

NP_001258674
NP_001258675
NP_001258676
NP_034198

Расположение (UCSC)Chr 20: 32,76 - 32,81 МбChr 2: 153,65 - 153,69 Мб
PubMed поиск[3][4]
Викиданные
Просмотр / редактирование человекаПросмотр / редактирование мыши

ДНК (цитозин-5 -) - метилтрансферазы 3 бета , является ферментом , который в организме человека в кодируемый DNMT3b гена . [5] Мутации в этом гене связаны с иммунодефицитом, нестабильностью центромеры и синдромом лицевых аномалий . [6]

Функция [ править ]

CpG-метилирование - это эпигенетическая модификация, которая важна для эмбрионального развития , импринтинга и инактивации Х-хромосомы. Исследования на мышах показали, что метилирование ДНК необходимо для развития млекопитающих. Этот ген кодирует ДНК-метилтрансферазу, которая, как полагают, функционирует в метилировании de novo, а не в поддерживающем метилировании. Белок локализуется в основном в ядре, и его экспрессия регулируется в процессе развития. Было описано восемь альтернативно сплайсированных вариантов транскриптов. Полноразмерные последовательности вариантов 4 и 5 не определены. [5]

Клиническое значение [ править ]

Синдром иммунодефицитно-центромерной нестабильности-лицевых аномалий (ICF) является результатом дефектов созревания лимфоцитов в результате аберрантного метилирования ДНК, вызванного мутациями в гене DNMT3B. [6]

Варианты гена также могут способствовать никотиновой зависимости. [7]

Взаимодействия [ править ]

Было показано, что DNMT3B взаимодействует с:

  • CBX5 , [8]
  • DNMT1 , [8] [9]
  • DNMT3A , [8] [9] [10]
  • KIF4A , [11]
  • NCAPG , [11]
  • SMC2 , [11]
  • SUMO1 [12] и
  • UBE2I . [12]

Ссылки [ править ]

  1. ^ a b c GRCh38: Ensembl, выпуск 89: ENSG00000088305 - Ensembl , май 2017 г.
  2. ^ a b c GRCm38: выпуск Ensembl 89: ENSMUSG00000027478 - Ensembl , май 2017 г.
  3. ^ "Human PubMed Reference:" . Национальный центр биотехнологической информации, Национальная медицинская библиотека США .
  4. ^ «Ссылка на Mouse PubMed:» . Национальный центр биотехнологической информации, Национальная медицинская библиотека США .
  5. ^ a b «Ген Entrez: ДНК DNMT3B (цитозин-5 -) - метилтрансфераза 3 бета» .
  6. ^ а б Эрлих М (октябрь 2003 г.). «Синдром ICF, дефицит ДНК-метилтрансферазы 3B и иммунодефицитное заболевание». Клиническая иммунология . 109 (1): 17–28. DOI : 10.1016 / S1521-6616 (03) 00201-8 . PMID 14585272 . 
  7. ^ Hancock DB, Guo Y, Reginsson GW, Gaddis NC, Lutz SM, Sherva R и др. (Октябрь 2017 г.). «Полногеномное исследование ассоциации европейских и афроамериканских предков выявило SNP в DNMT3B, способствующем никотиновой зависимости» . Молекулярная психиатрия . 23 (9): 1911–1919. DOI : 10.1038 / mp.2017.193 . PMC 5882602 . PMID 28972577 .  
  8. ^ a b c Ленертц Б., Уэда Ю., Дерик А.А., Брауншвейг Ю., Перес-Бургос Л., Кубичек С., Чен Т., Ли Е., Йенувейн Т., Петерс А. Х. (июль 2003 г.). «Suv39h-опосредованное метилирование лизина 9 гистона H3 направляет метилирование ДНК в основные сателлитные повторы в перицентрическом гетерохроматине». Текущая биология . 13 (14): 1192–200. DOI : 10.1016 / s0960-9822 (03) 00432-9 . PMID 12867029 . S2CID 2320997 .  
  9. ^ а б Ким Г.Д., Ни Дж., Келесоглу Н., Робертс Р.Дж., Прадхан С. (август 2002 г.). «Сотрудничество и коммуникация между человеческим поддерживающим и de novo ДНК (цитозин-5) метилтрансферазами» . Журнал EMBO . 21 (15): 4183–95. DOI : 10,1093 / emboj / cdf401 . PMC 126147 . PMID 12145218 .  
  10. ^ Ling Y, Sankpal UT, Робертсон А.К., Макналли JG, Карповой T, Robertson KD (2004). «Модификация de novo ДНК-метилтрансферазы 3a (Dnmt3a) с помощью SUMO-1 модулирует ее взаимодействие с гистондеацетилазами (HDAC) и ее способность подавлять транскрипцию» . Исследования нуклеиновых кислот . 32 (2): 598–610. DOI : 10.1093 / NAR / gkh195 . PMC 373322 . PMID 14752048 .  
  11. ^ a b c Geiman TM, Sankpal UT, Робертсон AK, Чен Y, Mazumdar M, Heale JT, Schmiesing JA, Kim W, Yokomori K, Zhao Y, Robertson KD (2004). «Выделение и характеристика нового комплекса ДНК-метилтрансферазы, связывающего DNMT3B с компонентами механизма конденсации митотических хромосом» . Исследования нуклеиновых кислот . 32 (9): 2716–29. DOI : 10.1093 / NAR / gkh589 . PMC 419596 . PMID 15148359 .  
  12. ^ a b Канг ES, Пак CW, Чанг Дж. Х. (декабрь 2001 г.). «Dnmt3b, de novo ДНК-метилтрансфераза, взаимодействует с SUMO-1 и Ubc9 через свою N-концевую область и подлежит модификации с помощью SUMO-1». Сообщения о биохимических и биофизических исследованиях . 289 (4): 862–8. DOI : 10.1006 / bbrc.2001.6057 . PMID 11735126 . 

Дальнейшее чтение [ править ]

  • Wijmenga C, Hansen RS, Gimelli G, Björck EJ, Davies EG, Valentine D, Belohradsky BH, van Dongen JJ, Smeets DF, van den Heuvel LP, Luyten JA, Strengman E, Weemaes C, Pearson PL (декабрь 2000 г.). «Генетическая изменчивость синдрома ICF: доказательства генетической гетерогенности». Мутация человека . 16 (6): 509–17. DOI : 10.1002 / 1098-1004 (200012) 16: 6 <509 :: АИД-HUMU8> 3.0.CO; 2-V . PMID  11102980 .
  • Окано М., Се С., Ли Э ​​(июль 1998 г.). «Клонирование и характеристика семейства новых ДНК (цитозин-5) метилтрансфераз млекопитающих». Генетика природы . 19 (3): 219–20. DOI : 10,1038 / 890 . PMID  9662389 . S2CID  256263 .
  • Робертсон К.Д., Узволджи Э., Лян Дж., Талмадж К., Сумеги Дж., Гонсалес Ф.А., Джонс П.А. (июнь 1999 г.). «Метилтрансферазы ДНК человека (DNMT) 1, 3a и 3b: координируют экспрессию мРНК в нормальных тканях и сверхэкспрессию в опухолях» . Исследования нуклеиновых кислот . 27 (11): 2291–8. DOI : 10.1093 / NAR / 27.11.2291 . PMC  148793 . PMID  10325416 .
  • Се С., Ван З., Окано М., Ногами М., Ли И, Хе У.В., Окумура К., Ли Э ​​(август 1999 г.). «Клонирование, экспрессия и расположение хромосом семейства генов DNMT3 человека». Джин . 236 (1): 87–95. DOI : 10.1016 / S0378-1119 (99) 00252-8 . PMID  10433969 .
  • Окано М., Белл Д.В., Хабер Д.А., Ли Э. (октябрь 1999 г.). «ДНК-метилтрансферазы Dnmt3a и Dnmt3b необходимы для метилирования de novo и развития млекопитающих». Cell . 99 (3): 247–57. DOI : 10.1016 / S0092-8674 (00) 81656-6 . PMID  10555141 . S2CID  15122892 .
  • Hansen RS, Wijmenga C, Luo P, Stanek AM, Canfield TK, Weemaes CM, Gartler SM (декабрь 1999 г.). «Ген ДНК-метилтрансферазы DNMT3B мутирован при синдроме иммунодефицита ICF» . Труды Национальной академии наук Соединенных Штатов Америки . 96 (25): 14412–7. DOI : 10.1073 / pnas.96.25.14412 . PMC  24450 . PMID  10588719 .
  • Xu GL, Bestor TH, Bourc'his D, Hsieh CL, Tommerup N, Bugge M, Hulten M, Qu X, Russo JJ, Viegas-Péquignot E (ноябрь 1999 г.). «Хромосомная нестабильность и синдром иммунодефицита, вызванные мутациями в гене метилтрансферазы ДНК». Природа . 402 (6758): 187–91. DOI : 10,1038 / 46052 . PMID  10647011 . S2CID  4338524 .
  • Хартли Дж. Л., Темпл Г. Ф., Браш Массачусетс (ноябрь 2000 г.). «Клонирование ДНК с использованием сайт-специфической рекомбинации in vitro» . Геномные исследования . 10 (11): 1788–95. DOI : 10.1101 / gr.143000 . PMC  310948 . PMID  11076863 .
  • Фукс Ф., Бюргерс В.А., Годин Н., Касаи М., Кузаридес Т. (май 2001 г.). «Dnmt3a связывает деацетилазы и задействуется репрессором, специфичным для последовательности, чтобы заглушить транскрипцию» . Журнал EMBO . 20 (10): 2536–44. DOI : 10.1093 / emboj / 20.10.2536 . PMC  125250 . PMID  11350943 .
  • Канг Э.С., Пак CW, Чанг Дж.Х. (декабрь 2001 г.). «Dnmt3b, de novo ДНК-метилтрансфераза, взаимодействует с SUMO-1 и Ubc9 через свою N-концевую область и подлежит модификации с помощью SUMO-1». Сообщения о биохимических и биофизических исследованиях . 289 (4): 862–8. DOI : 10.1006 / bbrc.2001.6057 . PMID  11735126 .
  • Rhee I., Bachman KE, Park BH, Jair KW, Yen RW, Schuebel KE, Cui H, Feinberg AP, Lenovo C, Kinzler KW, Baylin SB, Vogelstein B (апрель 2002 г.). «DNMT1 и DNMT3b взаимодействуют, чтобы заглушить гены в раковых клетках человека». Природа . 416 (6880): 552–6. DOI : 10.1038 / 416552a . PMID  11932749 . S2CID  4397868 .
  • Хата К., Окано М., Лей Х., Ли Э. (апрель 2002 г.). «Dnmt3L сотрудничает с семейством Dnmt3 ДНК-метилтрансфераз de novo для создания материнских отпечатков у мышей». Развитие . 129 (8): 1983–93. PMID  11934864 .
  • Больё Н., Морин С., Чут И.К., Роберт М.Ф., Нгуен Х., Маклауд АР (август 2002 г.). «Важная роль ДНК-метилтрансферазы DNMT3B в выживании раковых клеток» . Журнал биологической химии . 277 (31): 28176–81. DOI : 10.1074 / jbc.M204734200 . PMID  12015329 .
  • Сайто Й., Канаи Й., Сакамото М., Сайто Х., Исии Х., Хирохаши С. (июль 2002 г.). «Сверхэкспрессия варианта сплайсинга ДНК-метилтрансферазы 3b, DNMT3b4, связанная с гипометилированием ДНК на перицентромерных сателлитных областях во время гепатоканцерогенеза человека» . Труды Национальной академии наук Соединенных Штатов Америки . 99 (15): 10060–5. DOI : 10.1073 / pnas.152121799 . PMC  126624 . PMID  12110732 .
  • Ким Г.Д., Ни Дж., Келесоглу Н., Робертс Р.Дж., Прадхан С. (август 2002 г.). «Сотрудничество и коммуникация между человеческим поддерживающим и de novo ДНК (цитозин-5) метилтрансферазами» . Журнал EMBO . 21 (15): 4183–95. DOI : 10,1093 / emboj / cdf401 . PMC  126147 . PMID  12145218 .
  • Деплюс Р., Бреннер С., Бюргерс В.А., Путманс П., Кузаридес Т., де Лаунуа Ю., Фукс Ф. (сентябрь 2002 г.). «Dnmt3L является репрессором транскрипции, который рекрутирует гистондеацетилазу» . Исследования нуклеиновых кислот . 30 (17): 3831–8. DOI : 10.1093 / нар / gkf509 . PMC  137431 . PMID  12202768 .
  • Шен Х, Ван Л., Шпиц М.Р., Хун В.К., Мао Л., Вэй Ц. (сентябрь 2002 г.). «Новый полиморфизм промотора цитозиновой ДНК-метилтрансферазы-3B человека связан с повышенным риском рака легких». Исследования рака . 62 (17): 4992–5. PMID  12208751 .
  • Широхзу Х., Кубота Т., Кумазава А., Садо Т., Чидзива Т., Инагаки К., Суетаке I, Таджима С., Вакуи К., Мики Ю., Хаяси М., Фукусима И., Сасаки Х (сентябрь 2002 г.). «Три новые мутации DNMT3B у японских пациентов с синдромом ICF». Американский журнал медицинской генетики . 112 (1): 31–7. DOI : 10.1002 / ajmg.10658 . PMID  12239717 .

Внешние ссылки [ править ]

  • DNMT3b в Национальной медицинской библиотеке США по предметным заголовкам по медицинским предметам (MeSH)
  • EC 2.1.1.37