Из Википедии, бесплатной энциклопедии
Перейти к навигации Перейти к поиску
DNASE1
Dnase1.png
Доступные конструкции
PDBОртолог поиск: PDBe RCSB
Список идентификационных кодов PDB

4AWN

Идентификаторы
ПсевдонимыDNASE1 , DNL1, DRNI, дизоксирибонуклеаза I, дизоксирибонуклеаза 1
Внешние идентификаторыOMIM : 125505 MGI : 103157 HomoloGene : 3826 GeneCards : DNASE1
Расположение гена ( человек )
Хромосома 16 (человек)
Chr.Хромосома 16 (человека) [1]
Хромосома 16 (человек)
Геномное расположение DNASE1
Геномное расположение DNASE1
Группа16p13.3Начинать3 611 728 п.н. [1]
Конец3 680 143 п.н. [1]
Расположение гена ( Мышь )
Хромосома 16 (мышь)
Chr.Хромосома 16 (мышь) [2]
Хромосома 16 (мышь)
Геномное расположение DNASE1
Геномное расположение DNASE1
Группа16 A1 | 16 2,37 смНачинать4 036 942 п.н. [2]
Конец4 040 024 п.н. [2]
Паттерн экспрессии РНК
PBB GE DNASE1 210165 в формате fs.png
Дополнительные данные эталонного выражения
Генная онтология
Молекулярная функция• нуклеазная активность
• эндонуклеазная активность
• активность дезоксирибонуклеазы I
• связывание с актином
• связывание с белком GO: 0001948
• гидролазная активность
• дезоксирибонуклеазная активность
• связывание с ДНК
Сотовый компонент• внеклеточная область
• внеклеточная экзосома
• ядерная оболочка
• ядро клетки
Биологический процесс• катаболический процесс ДНК
• гидролиз фосфодиэфирной связи нуклеиновой кислоты
• апоптотический процесс
• катаболический процесс ДНК, эндонуклеолитический
• активация нейтрофилов, участвующая в иммунном ответе
• регуляция острого воспалительного ответа
• регуляция опосредованной нейтрофилами цитотоксичности
Источники: Amigo / QuickGO
Ортологи
РазновидностьЧеловекМышь
Entrez

1773

13419

Ансамбль

ENSG00000213918

ENSMUSG00000005980

UniProt

P24855

P49183

RefSeq (мРНК)
NM_005223
NM_001351825
NM_001387135
NM_001387139
NM_001387140

NM_001387141

NM_010061
NM_001357143

RefSeq (белок)

NP_005214
NP_001338754

NP_034191
NP_001344072

Расположение (UCSC)Chr 16: 3.61 - 3.68 МбChr 16: 4.04 - 4.04 Мб
PubMed поиск[3][4]
Викиданные
Просмотр / редактирование человекаПросмотр / редактирование мыши

Дезоксирибонуклеаза I (обычно называемая ДНКазой I ) - это эндонуклеаза, кодируемая человеческим геном DNASE1 . [5] ДНКаза I представляет собой нуклеазу, которая расщепляет ДНК преимущественно по фосфодиэфирным связям, смежным с пиримидиновым нуклеотидом , с образованием полинуклеотидов с концевыми 5'-фосфатными концевыми группами со свободной гидроксильной группой в положении 3 ', в среднем с образованием тетрануклеотидов. Он действует на одноцепочечную ДНК, двухцепочечную ДНК и хроматин . В дополнение к его роли в качестве эндонуклеазы управления отходами , было предложено быть одной из дезоксирибонуклеаз.отвечает за фрагментацию ДНК при апоптозе . [6]

ДНКаза I связывается с белком цитоскелета актином . Он связывает мономеры актина с очень высоким (суб-наномолярным) сродством и полимеры актина с более низким сродством. Функция этого взаимодействия неясна. Однако, поскольку актин-связанная ДНКаза I является ферментативно неактивной, комплекс ДНКаза- актин может быть формой хранения ДНКазы I, которая предотвращает повреждение генетической информации.

Этот ген кодирует член семейства ДНКаз. Этот белок хранится в гранулах зимогена ядерной оболочки и функционирует путем эндонуклеолитического расщепления ДНК. Было охарактеризовано по крайней мере шесть аутосомных кодоминантных аллелей, от DNASE1 * 1 до DNASE1 * 6, и последовательность DNASE1 * 2, представленная в этой записи. Мутации в этом гене, а также фактор, инактивирующий его ферментный продукт, были связаны с системной красной волчанкой (СКВ), аутоиммунным заболеванием. [7] [8] рекомбинантная форма этого белка используется для лечения одного из симптомов муковисцидоза гидролиза внеклеточной ДНК в мокроте и снижениях его вязкости. [9]Альтернативные варианты транскрипционного сплайсинга этого гена наблюдались, но не были полностью охарактеризованы. [5]


В геномике [ править ]

В геномике считается, что участки гиперчувствительности к ДНКазе I характеризуются открытым и доступным хроматином; Таким образом, анализ чувствительности к ДНКазе I является широко используемой методологией в геномике для определения того, какие области генома могут содержать активные гены [10]

Специфичность последовательности ДНКазы I [ править ]

Недавно сообщалось, что ДНКаза I демонстрирует некоторые уровни специфичности последовательности, которые могут зависеть от экспериментальных условий. [11] В отличие от других ферментов, обладающих высокой субстратной специфичностью, ДНКаза I определенно не расщепляет с абсолютной специфичностью последовательности. Однако расщепление по сайтам, содержащим C или G на своем 3'-конце, менее эффективно.

Ссылки [ править ]

  1. ^ a b c GRCh38: Ensembl, выпуск 89: ENSG00000213918 - Ensembl , май 2017 г.
  2. ^ a b c GRCm38: выпуск Ensembl 89: ENSMUSG00000005980 - Ensembl , май 2017 г.
  3. ^ "Human PubMed Reference:" . Национальный центр биотехнологической информации, Национальная медицинская библиотека США .
  4. ^ «Ссылка на Mouse PubMed:» . Национальный центр биотехнологической информации, Национальная медицинская библиотека США .
  5. ^ a b «Ген Энтреза: дезоксирибонуклеаза I DNASE1» .
  6. ^ Самедзима, К. & Эрншо, туалет (2005). «Взлом генома: роль нуклеаз в апоптозе». Nat Rev Mol Cell Biol . 6 (9): 677–88. DOI : 10.1038 / nrm1715 . PMID 16103871 . S2CID 13948545 .  
  7. ^ Хаккима А, Fürnrohr Б.Г., Amann К, Laube В, Абедом UA, Бринкман В, Херрмэнн М, Фолль RE, Zychlinsky А (2010). «Нарушение деградации внеклеточной ловушки нейтрофилов связано с волчаночным нефритом» . Proc Natl Acad Sci USA . 107 (21): 9813–8. DOI : 10.1073 / pnas.0909927107 . PMC 2906830 . PMID 20439745 .  
  8. ^ Ясутомо К., Хориучи Т., Кагами С. и др. (2001). «Мутация DNASE1 у людей с системной красной волчанкой». Nat. Genet . 28 (4): 313–4. DOI : 10.1038 / 91070 . PMID 11479590 . S2CID 21277651 .  
  9. ^ Шак S, Каплун ди - джей, Hellmiss Р, и др. (1991). «Рекомбинантная ДНКаза I человека снижает вязкость мокроты при муковисцидозе» . Proc. Natl. Акад. Sci. США . 87 (23): 9188–92. DOI : 10.1073 / pnas.87.23.9188 . PMC 55129 . PMID 2251263 .  
  10. ^ Бойл А.П., Дэвис С., Шульха Х.П., Мельцер П., Маргулис Э.Х., Вен З., Фьюри Т.С., Кроуфорд Г.Э. (2008). «Картирование с высоким разрешением и характеристика открытого хроматина в геноме» . Cell . 132 (2): 311–322. DOI : 10.1016 / j.cell.2007.12.014 . PMC 2669738 . PMID 18243105 .  
  11. ^ Koohy Хаш; Вниз, Thomas A .; Хаббард, Тим Дж .; Мариньо-Рамирес, Леонардо (26 июля 2013 г.). «Наборы данных о доступности хроматина демонстрируют предвзятость из-за специфичности последовательности фермента ДНКазы I» . PLOS ONE . 8 (7): e69853. DOI : 10.1371 / journal.pone.0069853 . PMC 3724795 . PMID 23922824 .  

Дальнейшее чтение [ править ]

  • Лахманн П.Дж. (2003). «Волчанка и дезоксирибонуклеаза». Волчанка . 12 (3): 202–6. DOI : 10.1191 / 0961203303lu357xx . PMID  12708782 . S2CID  43058677 .
  • Ясуда Т., Авазу С., Сато В. и др. (1991). «Человеческая генетически полиморфная дезоксирибонуклеаза: очистка, характеристика и множественность дезоксирибонуклеазы I мочи». J. Biochem . 108 (3): 393–8. DOI : 10.1093 / oxfordjournals.jbchem.a123212 . PMID  2277032 .
  • Киши К., Ясуда Т., Икехара Ю. и др. (1990). «Полиморфизм дезоксирибонуклеазы I (ДНКазы I) в сыворотке крови человека: сходство паттернов среди изоферментов из сыворотки, мочи, почек, печени и поджелудочной железы» . Являюсь. J. Hum. Genet . 47 (1): 121–6. PMC  1683738 . PMID  2349940 .
  • Kabsch W, Mannherz HG, Suck D, et al. (1990). «Атомная структура комплекса актин: ДНКаза I». Природа . 347 (6288): 37–44. DOI : 10.1038 / 347037a0 . PMID  2395459 . S2CID  925337 .
  • Киши К., Ясуда Т., Авазу С., Мизута К. (1989). «Генетический полиморфизм дезоксирибонуклеазы I мочи человека». Гм. Genet . 81 (3): 295–7. DOI : 10.1007 / BF00279009 . PMID  2921043 . S2CID  20420713 .
  • Rosenstreich DL, Tu JH, Kinkade PR, et al. (1988). «Ингибитор интерлейкина 1, полученный из мочи человека. Гомология с дезоксирибонуклеазой I» . J. Exp. Med . 168 (5): 1767–79. DOI : 10.1084 / jem.168.5.1767 . PMC  2189114 . PMID  3263467 .
  • Ясуда Т., Надано Д., Такешита Х. и др. (1995). «Молекулярный анализ третьего аллеля полиморфизма дезоксирибонуклеазы I человека». Аня. Гм. Genet . 59 (Pt 2): 139–47. DOI : 10.1111 / j.1469-1809.1995.tb00737.x . PMID  7625762 . S2CID  43729378 .
  • Ясуда Т., Киши К., Янагава Ю., Ёсида А. (1995). «Структура гена дезоксирибонуклеазы I (ДНКаза I) человека: идентификация нуклеотидной замены, которая порождает его классический генетический полиморфизм». Аня. Гм. Genet . 59 (Pt 1): 1–15. DOI : 10.1111 / j.1469-1809.1995.tb01601.x . PMID  7762978 . S2CID  23914004 .
  • Ясуда Т., Надано Д., Иида Р. и др. (1995). «Хромосомное отнесение гена дезоксирибонуклеазы I человека, DNASE 1 (DNL1) к ​​полосе 16p13.3 с использованием полимеразной цепной реакции». Cytogenet. Cell Genet . 70 (3–4): 221–3. DOI : 10.1159 / 000134038 . PMID  7789176 .
  • Ясуда Т., Надано Д., Такешита Х. и др. (1995). «Молекулярная основа генетического полиморфизма дезоксирибонуклеазы I человека: идентификация нуклеотидной замены, которая порождает четвертый аллель». FEBS Lett . 359 (2–3): 211–4. DOI : 10.1016 / 0014-5793 (95) 00037-A . PMID  7867802 . S2CID  21461181 .
  • Ясуда Т., Надано Д., Тенджо Э. и др. (1996). «Генотипирование полиморфизма дезоксирибонуклеазы I человека с помощью полимеразной цепной реакции». Электрофорез . 16 (10): 1889–93. DOI : 10.1002 / elps.11501601310 . PMID  8586059 . S2CID  35528773 .
  • Иида Р., Ясуда Т., Такешита Х. и др. (1996). «Идентификация нуклеотидной замены, которая генерирует четвертый полиморфный сайт в дезоксирибонуклеазе I человека (ДНКаза I)». Гм. Genet . 98 (4): 415–8. DOI : 10.1007 / s004390050231 . PMID  8792814 . S2CID  6393565 .
  • Иида Р., Ясуда Т., Аояма М. и др. (1998). «Пятый аллель полиморфизма дезоксирибонуклеазы I (ДНКаза I) человека». Электрофорез . 18 (11): 1936–9. DOI : 10.1002 / elps.1150181108 . PMID  9420147 . S2CID  8969865 .
  • Ясуда Т., Такешита Х., Иида Р. и др. (1999). «Новый аллель, DNASE1 * 6, полиморфизма дезоксирибонуклеазы I человека кодирует замену Arg на Cys, ответственную за его нестабильность». Биохим. Биофиз. Res. Commun . 260 (1): 280–3. DOI : 10.1006 / bbrc.1999.0900 . PMID  10381379 .
  • Оливери М., Дага А., Кантони С. и др. (2001). «ДНКаза I опосредует деградацию межнуклеосомной ДНК в человеческих клетках, подвергающихся апоптозу, вызванному лекарствами». Евро. J. Immunol . 31 (3): 743–51. DOI : 10.1002 / 1521-4141 (200103) 31: 3 <743 :: АИД-IMMU743> 3.0.CO; 2-9 . PMID  11241278 .
  • Оттербейн Л. Р., Грасеффа П., Домингес Р. (2001). «Кристаллическая структура несложного актина в состоянии АДФ». Наука . 293 (5530): 708–11. DOI : 10.1126 / science.1059700 . PMID  11474115 . S2CID  12030018 .
  • Ясутомо К., Хориучи Т., Кагами С. и др. (2001). «Мутация DNASE1 у людей с системной красной волчанкой». Nat. Genet . 28 (4): 313–4. DOI : 10.1038 / 91070 . PMID  11479590 . S2CID  21277651 .
  • Ballweber E, Galla M, Aktories K, et al. (2001). «Взаимодействие АДФ-рибозилированного актина с актин-связывающими белками». FEBS Lett . 508 (1): 131–5. DOI : 10.1016 / S0014-5793 (01) 03040-X . PMID  11707283 . S2CID  7241702 .
  • Цуцуми С., Канеко Ю., Асао Т. и др. (2002). «ДНКаза I присутствует в основных клетках желудка человека и крысы». Histochem. Дж . 33 (9–10): 531–5. DOI : 10,1023 / A: 1014999624430 . PMID  12005024 . S2CID  10324827 .

Внешние ссылки [ править ]

  • дезоксирибонуклеаза + I в Национальных медицинских предметных рубриках США (MeSH)