Из Википедии, бесплатной энциклопедии
Перейти к навигации Перейти к поиску
EGR1
Zinc finger DNA complex.png
Доступные конструкции
PDBОртолог поиск: PDBe RCSB
Список идентификационных кодов PDB

4R2A , 4R2C , 4R2D , 4X9J

Идентификаторы
ПсевдонимыEGR1 , AT225, G0S30, KROX-24, NGFI-A, TIS8, ZIF-268, ZNF225, реакция раннего роста 1
Внешние идентификаторыOMIM : 128990 MGI : 95295 HomoloGene : 56394 GeneCards : egr1
Расположение гена ( человек )
Хромосома 5 (человек)
Chr.Хромосома 5 (человека) [1]
Хромосома 5 (человек)
Геномное расположение EGR1
Геномное расположение EGR1
Группа5q31.2Начинать138 465 479 п.н. [1]
Конец138 469 303 п.н. [1]
Паттерн экспрессии РНК
PBB GE EGR1 201694 s at fs.png

PBB GE EGR1 201693 s at fs.png
Дополнительные данные эталонного выражения
Генная онтология
Молекулярная функция• связывания ДНК
• последовательность-специфической ДНК связывания
• РНК - полимеразы регуляторной области ДНК последовательности специфических II связывания
• GO: 0001131, GO: 0001151, GO: 0001130, GO: 0001204 ДНК-связывающий фактор активности транскрипции
• ГО: 0001077, ГО: 0001212 , GO: 0001213, GO: 0001211, GO: 0001205 ДНК-связывающая активность активатора транскрипции, специфическая
для РНК-полимеразы II • связывание ДНК специфической последовательности регуляторной области транскрипции
• связывание с ионом металла
• активность фактора транскрипции, последовательность проксимальной области корового промотора РНК-полимеразы II -специфическое связывание
• Связывание с белком GO: 0001948
• Связывание с гистонацетилтрансферазой
• Связывание с нуклеиновой кислотой
• связывание с полуметилированной ДНК
• связывание с двухцепочечной метилированной ДНК
• связывание с ионами цинка
• специфическое для промотора связывание с хроматином
• GO: 0001200, GO: 0001133, GO: 0001201 ДНК-связывающий фактор транскрипции, РНК-полимераза II- специфический
Сотовый компонент• нуклеоплазма
• ядро клетки
• цитоплазма
Биологический процесс• регуляция апоптотического процесса
• клеточный ответ на органическое вещество
• регуляция транскрипции, ДНК-темплейт
• гломерулярная мезангиальная пролиферация клеток
• негативная регуляция транскрипции с промотора РНК-полимеразы II
• ответ на глюкозу
• транскрипция с промотора РНК-полимеразы II
• сигнальный путь BMP
• транскрипция, ДНК-шаблон
• позитивная регуляция транскрипции, ДНК-шаблон
• ответ на инсулин
• опосредованный интерлейкином-1 сигнальный путь
• клеточный ответ на микофеноловую кислоту
• Дифференцировка Т-клеток
• Путь передачи сигналов интерферона типа I
• положительная регуляция пролиферации мезангиальных клеток клубочков метанефрии
• клеточный ответ на гамма-излучение
• регуляция транскрипции с промотора РНК-полимеразы II в ответ на гипоксию
• дифференцировка клеток скелетных мышц
• клеточный ответ на гепарин
• регуляция сумоилирование белков
• негативная регуляция канонического сигнального пути Wnt
• позитивная регуляция транскрипции с промотора РНК-полимеразы II
• клеточный ответ на интерлейкин-8
• ответ на гипоксию
• реакция на ишемию
• эстральный цикл
• позитивная регуляция процесса биосинтеза гормонов
• регуляция процесса биосинтеза прогестерона
• регуляция транскрипции с промотора РНК-полимеразы II
• позитивная регуляция экспрессии генов
• циркадная регуляция экспрессии генов
• локомоторный ритм
• ритмический процесс
• циркадный температурный гомеостаз
• позитивная регуляция гибели нейронов
• позитивная регуляция активности тау-протеинкиназы
Источники: Amigo / QuickGO
Ортологи
РазновидностьЧеловекМышь
Entrez

1958 г.

13653

Ансамбль

ENSG00000120738

ENSMUSG00000038418

UniProt

P18146

P08046

RefSeq (мРНК)

NM_001964

NM_007913

RefSeq (белок)

NP_001955

NP_031939

Расположение (UCSC)Chr 5: 138,47 - 138,47 Мбн / д
PubMed поиск[2][3]
Викиданные
Просмотр / редактирование человекаПросмотр / редактирование мыши

Egr1 (ранний рост ответа белка 1) , также известный как ZNF268 (цинковый палец белка 268) или NGFI-A (фактор роста нервов , вызванной белком A) представляет собой белок , который у человека кодируется EGR1 гена .

EGR-1 - это фактор транскрипции млекопитающих . Его также называли Крокс-24, ТИС8 и ЗЕНК . Первоначально он был обнаружен у мышей .

Функция [ править ]

Белок, кодируемый этим геном, принадлежит к семейству EGR белков цинковых пальцев типа Cys 2 His 2 . Это ядерный белок, который функционирует как регулятор транскрипции. Продукты генов-мишеней, которые он активирует, необходимы для дифференцировки и митогенеза . Исследования показывают, что это ген-супрессор опухолей . [4]

Он имеет отчетливый паттерн экспрессии в головном мозге, и было показано, что его индукция связана с нейрональной активностью. Несколько исследований предполагают, что он играет роль в пластичности нейронов . [5]

EGR-1 является важным фактором транскрипции в формировании памяти . Он играет важную роль в эпигенетическом репрограммировании нейронов мозга . EGR-1 рекрутирует белок TET1, который инициирует путь деметилирования ДНК . [6] Удаление меток метилирования ДНК позволяет активировать нижестоящие гены. EGR-1 вместе с TET1 используется для программирования распределения сайтов метилирования в ДНК мозга во время развития мозга, при обучении и в долгосрочной пластичности нейронов . Также было обнаружено, что EGR-1 регулирует экспрессию VAMP2 (белка, важного для синаптических экзоцитоз ). [7]

Помимо своей функции в нервной системе, есть существенные доказательства того, что EGR-1 вместе с его паралогом EGR-2 индуцируется при фиброзных заболеваниях, имеет ключевые функции в фибриногенезе и необходим для экспериментально индуцированного фиброза у мышей. [8]

Структура [ править ]

ДНК-связывающий домен EGR-1 состоит из трех доменов с цинковыми пальцами типа Cys 2 His 2 . Аминокислотная структура домена цинкового пальца EGR-1 представлена ​​в этой таблице с использованием однобуквенного аминокислотного кода. Пальцы с 1 по 3 обозначены f1 - f3. Цифры относятся к остаткам (аминокислотам) альфа-спирали (нет нуля). Остатки, помеченные знаком «x», не являются частью цинковых пальцев, а служат для их соединения.

-1123456789ИксИксИксИксИкс
f1MАEEрпYАCпVESCDррFSрSDELТрЧАСяряЧАСТграммQKп
f2FQCАя--CMрNFSрSDЧАСLТТЧАСяАТЧАСТграммEKп
f3FАCDя--CграммрKFАрSDEрKрЧАСТKяЧАСLрQKD

Аминокислотный ключ: аланин (Ala, A), аргинин (Arg, R), аспарагин (Asn, N), аспарагиновая кислота (Asp, D), цистеин (Cys, C), глутаминовая кислота (Glu, E), глутамин ( Gln, Q), глицин (Gly, G), гистидин (His, H), изолейцин (Ile, I), лейцин (Leu, L), лизин (Lys, K), метионин (Met, M), фенилаланин (Phe , F), пролин (Pro, P), серин (Ser, S), треонин (Thr, T), триптофан (Trp, W),Тирозин (Tyr, Y), валин (Val, V)

Кристаллическая структура из ДНК связаны с доменом цинка палец СГП-1 была решена в 1991 году, что в значительной степени автоматизированного раннего исследования в области цинковых пальцев ДНК-связывающих доменов. [9]

Белок EGR-1 человека содержит (в необработанной форме) 543 аминокислоты с молекулярной массой 57,5 кДа , а ген расположен на хромосоме 5 .

Специфичность связывания ДНК [ править ]

EGR-1 связывает последовательность ДНК 5'-GCG TGG GCG-3 '(и подобные 5'-GCG GGG GCG-3'). [10] [11] Позиция 6 f1 связывает 5 'G (первое основание слева); f1 позиция 3 ко второй базе (C); f1 позиция -1 привязывается к третьей позиции (G); f2 позиция 6 до четвертой базы (T); и так далее.

Взаимодействия [ править ]

EGR-1 взаимодействует с:

  • CEBPB , [12]
  • CREB-связывающий белок , [13]
  • EP300 , [13]
  • NAB1 , [14]
  • P53 , [15] и
  • PSMA3 [16]

См. Также [ править ]

  • Цинковый палец

Ссылки [ править ]

  1. ^ a b c GRCh38: Ensembl, выпуск 89: ENSG00000120738 - Ensembl , май 2017 г.
  2. ^ "Human PubMed Reference:" . Национальный центр биотехнологической информации, Национальная медицинская библиотека США .
  3. ^ «Ссылка на Mouse PubMed:» . Национальный центр биотехнологической информации, Национальная медицинская библиотека США .
  4. ^ "Entrez Gene: EGR1 реакция раннего роста 1" .
  5. ^ Knapska E, Качмарек L (2004). «Ген нейрональной пластичности в мозге млекопитающих: Zif286 / Egr1 / NGFI-A / Krox-24 / TIS-8 / ZENK?». Прогресс нейробиологии . 74 (4): 183–211. DOI : 10.1016 / j.pneurobio.2004.05.007 . PMID 15556287 . S2CID 39251786 .  
  6. ↑ Sun Z, Xu X, He J, Murray A, Sun MA, Wei X, Wang X, McCoig E, Xie E, Jiang X, Li L, Zhu J, Chen J, Morozov A, Pickrell AM, Theus MH, Xie H. EGR1 рекрутирует TET1 для формирования метилома мозга во время развития и при активности нейронов. Nat Commun. 2019 29 августа; 10 (1): 3892. DOI: 10.1038 / s41467-019-11905-3. PMID: 31467272
  7. ^ Петерзон D, G Thiel (1996). «Роль белков цинкового пальца Sp1 и zif268 / egr-1 в регуляции транскрипции гена синаптобревина II человека» . Европейский журнал биохимии . 239 (3): 827–34. DOI : 10.1111 / j.1432-1033.1996.0827u.x . PMID 8774732 . 
  8. ↑ Bhattacharyya S, Wu M, Fang F, Tourtellotte W, Feghali-Bostwick C, Varga J (май 2011 г.). «Факторы транскрипции раннего ответа на рост: ключевые медиаторы фиброза и новые мишени для антифиброзной терапии» . Матричная биология . 30 (4): 235–42. DOI : 10.1016 / j.matbio.2011.03.005 . PMC 3135176 . PMID 21511034 .  
  9. ^ Pavletich NP, Pabo CO (май 1991). «Распознавание цинкового пальца-ДНК: кристаллическая структура комплекса Zif268-ДНК при 2,1 А». Наука . 252 (5007): 809–17. DOI : 10.1126 / science.2028256 . PMID 2028256 . S2CID 38000717 .  
  10. ↑ Кристи Б., Натанс Д. (ноябрь 1989 г.). «Сайт связывания ДНК индуцируемого фактором роста белка Zif268» . Труды Национальной академии наук Соединенных Штатов Америки . 86 (22): 8737–41. DOI : 10.1073 / pnas.86.22.8737 . PMC 298363 . PMID 2510170 .  
  11. ^ Swirnoff АГ, Milbrandt J (апрель 1995 г.). «ДНК-связывающая специфичность NGFI-A и родственных факторов транскрипции цинкового пальца» . Молекулярная и клеточная биология . 15 (4): 2275–87. DOI : 10.1128 / mcb.15.4.2275 . PMC 230455 . PMID 7891721 .  
  12. ↑ Zhang F, Lin M, Abidi P, Thiel G, Liu J (ноябрь 2003 г.). «Специфическое взаимодействие Egr1 и c / EBPbeta приводит к транскрипционной активации гена рецептора липопротеинов низкой плотности человека» . Журнал биологической химии . 278 (45): 44246–54. DOI : 10.1074 / jbc.M305564200 . PMID 12947119 . 
  13. ^ a b Сильверман ES, Du J, Williams AJ, Wadgaonkar R, Drazen JM, Collins T (ноябрь 1998 г.). «ЦАМФ-элемент-элемент-связывающий-белок-связывающий белок (CBP) и p300 являются транскрипционными коактиваторами фактора-1 ответа раннего роста (Egr-1)» . Биохимический журнал . 336 (1): 183–9. DOI : 10.1042 / bj3360183 . PMC 1219856 . PMID 9806899 .  
  14. ^ Russo МВт, Sevetson БР, Milbrandt J (июль 1995). «Идентификация NAB1, репрессора транскрипции, опосредованной NGFI-A и Krox20» . Труды Национальной академии наук Соединенных Штатов Америки . 92 (15): 6873–7. DOI : 10.1073 / pnas.92.15.6873 . PMC 41432 . PMID 7624335 .  
  15. Перейти ↑ Liu J, Grogan L, Nau MM, Allegra CJ, Chu E, Wright JJ (апрель 2001). «Физическое взаимодействие между p53 и геном первичного ответа Egr-1». Международный журнал онкологии . 18 (4): 863–70. DOI : 10.3892 / ijo.18.4.863 . PMID 11251186 . 
  16. ↑ Bae MH, Jeong CH, Kim SH, Bae MK, Jeong JW, Ahn MY, Bae SK, Kim ND, Kim CW, Kim KR, Kim KW (октябрь 2002 г.). «Регулирование Egr-1 путем ассоциации с протеасомным компонентом C8» . Biochimica et Biophysica Acta (BBA) - Исследование молекулярных клеток . 1592 (2): 163–7. DOI : 10.1016 / s0167-4889 (02) 00310-5 . PMID 12379479 . 

Дальнейшее чтение [ править ]

  • Heath RG (март 1975 г.). «Функции мозга и поведение. I. Эмоциональные и сенсорные феномены у психотических пациентов и экспериментальных животных». Журнал нервных и психических заболеваний . 160 (3): 159–75. DOI : 10.1097 / 00005053-197503000-00002 . PMID  1090709 . S2CID  23024944 .
  • Сильверман Э.С., Коллинз Т. (март 1999 г.). «Пути транскрипции Egr-1-опосредованного гена в биологии сосудов» . Американский журнал патологии . 154 (3): 665–70. DOI : 10.1016 / S0002-9440 (10) 65312-6 . PMC  1866415 . PMID  10079243 .
  • Адамсон ЭД, Меркола Д. (2002). «Фактор транскрипции Egr1: множественные роли в росте и выживании опухолевых клеток простаты». Биология опухоли . 23 (2): 93–102. DOI : 10.1159 / 000059711 . PMID  12065847 . S2CID  46795197 .
  • Blaschke F, Bruemmer D, Law RE (август 2004 г.). «Egr-1 является основным сосудистым патогенным фактором транскрипции при атеросклерозе и рестенозе». Обзоры в эндокринных и метаболических расстройствах . 5 (3): 249–54. DOI : 10,1023 / Б: REMD.0000032413.88756.ee . PMID  15211096 . S2CID  11968305 .
  • Абдулкадир С.А. (ноябрь 2005 г.). «Механизмы онкогенеза простаты: роль транскрипционных факторов Nkx3.1 и Egr1». Летопись Нью-Йоркской академии наук . 1059 : 33–40. DOI : 10.1196 / annals.1339.018 . PMID  16382041 . S2CID  6774788 .
  • Хачигян Л.М. (февраль 2006 г.). «Ранняя реакция роста-1 в сердечно-сосудистой патобиологии» . Циркуляционные исследования . 98 (2): 186–91. DOI : 10.1161 / 01.RES.0000200177.53882.c3 . PMID  16456111 .

Внешние ссылки [ править ]

  • Zif + 268 + белок, + человек в Национальной медицинской библиотеке США по медицинским предметным рубрикам (MeSH)
  • ФакторБук Эгр -1
  • Обзор всей структурной информации, доступной в PDB для UniProt : P18146 (белок 1 ответа на ранний рост человека) в PDBe-KB .
  • Обзор всей структурной информации, доступной в PDB для UniProt : P08046 (белок 1 ответа раннего роста мыши) в PDBe-KB .