Halostagnicola larsenii не является подвижен, аэробным , грамотрицательной , стержнеобразной archaeon . [1] Это галофильный , нейтрофильный , хемоорганотроф, выделенный из образцов, взятых из соленого озера в Китае. [1] Этимология имени происходит от hals, греческого halos для соли, stagnum латинского для части стоячей воды, -cola латинского для жителя или обитателя, а Larsenii назван в честь норвежского микробиолога Хельге Ларсена, который был пионером в исследования галофилов . [1]
Halostagnicola larsenii | |
---|---|
Научная классификация | |
Домен: | |
Королевство: | |
Тип: | |
Класс: | |
Заказ: | |
Семья: | |
Род: | |
Биномиальное имя | |
Halostagnicola larsenii Штамм XH-48 Castillo et al. 2006 г. | |
Разновидность | |
|
Открытие
В сентябре 2003 года исследователи из Университета Севильи , Испания , получили образцы донных отложений из озера во Внутренней Монголии , Китай . [1] Озеро Ксилинхолт - чрезвычайно соленое озеро, что обеспечивает оптимальные условия для роста Halostagnicola larsenii . [1] Образцы культивировали в 20% физиологическом растворе. [1] Для культивирования образцов использовали чашки с питательным агаром . [1] Среда содержала хлорид натрия и была оптимизирована до pH 7,5. [1] H. larsenii оптимально растет при 15% NaCl, 37 ° Цельсия и pH 7-8. [1] Он не может расти при температуре выше 50 ° по Цельсию. [1] Была проведена дальнейшая характеристика видов, и Кастильо и др. Предложили идентифицировать штамм XH-48 как новый вид в филуме Halostagnicola . [1]
Характеристика
Морфология
Морфологию определяли с помощью фазово-контрастной оптики с помощью микроскопа Olympus BX41. [1] Клетки Halostagnicola larsenii XH48 имеют ширину 0,5–1,0 мкм и длину 1,0–3,0 мкм. [1] Клетки H. larsenii являются плеоморфными и представляют собой клетки в форме стержня, квадрата или диска. [1] Это отражает способность штамма изменять размер и форму в ответ на изменения в окружающей среде, такие как соленость. [1] Морфология колонии H. larsenii круглая, гладкая, непрозрачная и розового цвета. [1] Липиды полярных эфиров, обнаруженные в его мембране, включают фосфатидилглицерин и фосфатидилглицерометилфосфат. [1] Эти липиды экстрагировали хлороформом и метанолом . [1] Тесты показали, что этот организм является оксидазо- положительным и каталазно- отрицательным. [1]
Метаболизм
Halostagnicola larsenii является галофильным , нейтрофильным , хемоорганотрофом и использует кислород в качестве конечного акцептора электронов. [1] H. larsenii может использовать различные углеводы, такие как фруктоза , глицерин , лактоза , глюкоза , арабиноза , ацетат , рибоза , крахмал , мальтоза , галактоза , рибоза , ксилоза , глутамат и пропионат в качестве субстратов для роста. [1] Ростовые субстраты определялись с использованием среды выделения , которая содержала тестируемый субстрат вместе с дрожжевым экстрактом . [1] Кроме того, H. larsenii подвергается ассимиляционному восстановлению нитрата до нитрита до аммиака . [2] Этот процесс отличается от восстановления нитратов, потому что он происходит в аэробных условиях и использует ферродоксин в качестве донора электронов . [3]
Устойчивость к антибиотикам
H. larsenii устойчив к следующим антибиотикам: ампициллин , хлорамфеникол , эритромицин , гентамицин , налидиксовая кислота , неомицин , пенициллин G , рифампицин , стрептомицин и тетрациклин . [1] Организм чувствителен к бацитрацину и новобиоцину . [1] Чувствительность и устойчивость к антибиотикам определяли с помощью теста диффузии в агаре, в котором бумажные диски, пропитанные антибиотиками, помещали на чашки с агаром. [1]
Экология
Halostagnicola larsenii была первоначально обнаружена в соленом озере во Внутренней Монголии , Китай . [1] Он также был выделен из морской воды каменной ямы на западном побережье Махараштры , Индия . [4] Как правило, галоархеям, таким как H. larsenii, для роста требуется среда с высокой соленостью, и их можно найти в отложениях водной среды, такой как пресноводные озера. [5]
Геномика
В 2014 году полный геном H. larsenii был секвенирован с использованием красителя Illumina HiSeq 2000 Иэном Андерсоном в рамках проекта «Архейское древо жизни», поддерживаемого Объединенным институтом генома . [6] Геном состоит из 2,79 мегаоснований [6] на кольцевой хромосоме с четырьмя кольцевыми плазмидами . [7] Геном включает 4 246 генов, из которых 4 171 гены, кодирующие белки, 19 - псевдогены , 6 генов рРНК и 49 генов тРНК . [6] ОЕ-содержание генома составляет 61%. [6]
В исследовании 2008 года, проведенном Castillo и др., Хромосомная ДНК была выделена с использованием методов Marmur : простого разрушения клеток путем лизиса детергента , экстракции нуклеиновых кислот органическим растворителем и восстановления ДНК путем осаждения этанолом . [1] [8] Последовательность гена рибосомной РНК 16S H. larsenii была изучена с помощью программного обеспечения ARB . [1] Метод соединения соседей был использован для проведения анализа последовательности гена 16s рРНК и определения филогенетических взаимоотношений. [1] Ближайшие соседние виды Natrialba aegypitaca и Natrialba asiatica имели сходство генома 94,5% и 93,3% соответственно. [1] Ключевое отличие от Natrialba состоит в том, что у H. larsenii отсутствуют ключевые основания 403G и 560G. [1]
Рекомендации
- ^ Б с д е е г ч я J к л м п о р а Q R сек т у V ш х у г аа аб переменного объявления ае Castillo, AM, и др. «Halostagnicola larsenii gen. Nov., Sp. Nov., Чрезвычайно галофильный археон из соленого озера во Внутренней Монголии, Китай». Международный журнал систематической и эволюционной микробиологии 56.7 (2006): 1519-1524. PUB MED DOI: 10.1099 / ijs.0.64286-0
- ^ «Метаболизм азота: H. Larsenii». Метаболизм азота: H. Larsenii. KEGG, nd Web. 23 апреля 2015 г.
- ^ Герреро, М.Г. «Ассимиляционное восстановление нитратов». (1985): 170-171.
- ^ Kanekar et al. «Исследование галоархеи Halostagnicola larsenii, выделенной из морской воды каменного карьера, Западное побережье Махараштры, Индия, для производства бактериородопсина (BR)». Журнал прикладной микробиологии. (2014) PUBMED doi: 10.1111 / jam.12784
- ^ Luque, R., et al. «Разнообразие культивируемых галофильных архей, выделенных из Рамбла Салада, Мерсия (Испания)». Экстремофилы 16.2 (2012): 205-213.
- ^ a b c d «Halostagnicola Larsenii XH-48, полный геном». Национальный центр биотехнологической информации. Национальная медицинская библиотека США, nd Web. 01 апреля 2015 г. https://www.ncbi.nlm.nih.gov/nuccore/CP007055
- ^ "KEGG GENOME: Halostagnicola Larsenii." КЕГГ ГЕНОМ: Halostagnicola Larsenii. Np, nd Web. 01 апреля 2015 г. http://www.genome.jp/kegg-bin/show_organism?org=hlr
- ^ Мур, Э. и др. «Упрощенные протоколы приготовления геномной ДНК из бактериальных культур». Руководство по молекулярной микробной экологии 1.1 (1999): 1-15.
Внешние ссылки
- Типовой штамм Halostagnicola larsenii в Bac Dive - база метаданных по бактериальному разнообразию