Из Википедии, бесплатной энциклопедии
Перейти к навигации Перейти к поиску
KDM5D
Белок KDM5D PDB 2E6R.png
Доступные конструкции
PDBОртолог поиск: PDBe RCSB
Список идентификационных кодов PDB

2E6R , 2YQE

Идентификаторы
ПсевдонимыKDM5D , HY, HYA, JARID1D, SMCY, лизиндеметилаза 5D
Внешние идентификаторыOMIM : 426000 MGI : 99780 HomoloGene : 55838 GeneCards : KDM5D
Расположение гена ( человек )
Y-хромосома (человек)
Chr.Y-хромосома (человека) [1]
Y-хромосома (человек)
Геномное расположение KDM5D
Геномное расположение KDM5D
ГруппаYq11.223Начинать19 703 865 п.н. [1]
Конец19 744 939 п.н. [1]
Расположение гена ( Мышь )
Y-хромосома (мышь)
Chr.Y-хромосома (мышь) [2]
Y-хромосома (мышь)
Геномное расположение KDM5D
Геномное расположение KDM5D
ГруппаY | Y A1Начинать897 788 п.н. [2]
Конец956 786 п.н. [2]
Паттерн экспрессии РНК
PBB GE JARID1D 206700 s в формате fs.png
Дополнительные данные эталонного выражения
Генная онтология
Молекулярная функция• гистон-деметилазная активность (специфическая для H3-K4)
• связывание с ДНК
• оксидоредуктазная активность
• диоксигеназная активность
• связывание ионов металлов
• гистон-деметилазная активность
• связывание с андрогеновыми рецепторами
• связывание с белками GO: 0001948
• GO: 0001200, GO: 0001133, GO: 0001201 ДНК -связывающая активность фактора транскрипции, специфическая к РНК-полимеразе II
• GO: 0001078, GO: 0001214, GO: 0001206 ДНК-связывающая активность репрессора транскрипции, специфическая к РНК-полимеразе II
• связывание с хроматином
• активность гистон-деметилазы (специфическая для H3-триметил-K4)
• связывание метилированного гистона
Сотовый компонент• ядро клетки
• нуклеоплазма
• фибриллярный центр
• клеточный компонент
• гистон-метилтрансферазный комплекс
Биологический процесс• деметилирование гистона H3-K4
• окислительно-восстановительный процесс
• процессинг и презентация Т-клеточного антигена
• транскрипция, ДНК-шаблон
• регуляция транскрипции, ДНК-шаблон
• регуляция сигнального пути рецептора андрогена
• организация хроматина
• регуляция транскрипции с помощью РНК-полимеразы II промотор
• негативная регуляция транскрипции с промотора РНК-полимеразы II
• деметилирование гистона H3-K4, специфично
для триметил-H3-K4 • ремоделирование хроматина
Источники: Amigo / QuickGO
Ортологи
РазновидностьЧеловекМышь
Entrez

8284

20592

Ансамбль

ENSG00000012817

ENSMUSG00000056673

UniProt

Q9BY66

Q62240

RefSeq (мРНК)

NM_001146705
NM_001146706
NM_004653

NM_011419

RefSeq (белок)

NP_001140177
NP_001140178
NP_004644

NP_035549

Расположение (UCSC)Chr Y: 19,7 - 19,74 МбChr Y: 0,9 - 0,96 Мб
PubMed поиск[3][4]
Викиданные
Просмотр / редактирование человекаПросмотр / редактирование мыши

Лизин-специфический деметилазы 5D является ферментом , который в организме человека кодируется KDM5D гена . [5] [6] [7] KDM5D принадлежит к суперсемейству альфа-кетоглутарат-зависимых гидроксилаз .

Этот ген кодирует белок, содержащий домены цинковых пальцев . Короткий пептид, полученный из этого белка, является второстепенным антигеном гистосовместимости, который может привести к отторжению трансплантата мужских донорских клеток у женщины-реципиента. [7]

Ссылки [ править ]

  1. ^ a b c GRCh38: Ensembl, выпуск 89: ENSG00000012817 - Ensembl , май 2017 г.
  2. ^ a b c GRCm38: выпуск Ensembl 89: ENSMUSG00000056673 - Ensembl , май 2017 г.
  3. ^ "Human PubMed Reference:" . Национальный центр биотехнологической информации, Национальная медицинская библиотека США .
  4. ^ «Ссылка на Mouse PubMed:» . Национальный центр биотехнологической информации, Национальная медицинская библиотека США .
  5. ^ Froggatt P (февраль 1977). «Основание медицинского отделения« Inst »и его связь с лихорадочной больницей Белфаста» . Ольстерский медицинский журнал . 45 (2): 107–45. PMC 2385577 . PMID 795123 .  
  6. ^ Кент-первых М.Г., Maffitt М, В.Муаллем А, Р Бриско, Шульц Дж, Ekenberg S, Agulnik А.И., Agulnik я, Шрамм Д, Bavister В, Абдул-Mawgood А, VandeBerg J (октябрь 1996 г.). «Последовательность генов и эволюционное сохранение человеческого SMCY». Генетика природы . 14 (2): 128–9. DOI : 10.1038 / ng1096-128 . PMID 8841177 . S2CID 23054699 .  
  7. ^ a b «Энтрез Джин: JARID1D jumonji, AT богатый интерактивный домен 1D» .

Дальнейшее чтение [ править ]

  • Симпсон Э, Скотт Д., Чендлер П. (1997). «Мужской антиген гистосовместимости, HY: история трансплантации, гены иммунного ответа, определение пола и клонирование экспрессии». Ежегодный обзор иммунологии . 15 : 39–61. DOI : 10.1146 / annurev.immunol.15.1.39 . PMID  9143681 .
  • Вольф У (1998). «Повторный визит серологически детектированного антигена HY». Цитогенетика и клеточная генетика . 80 (1–4): 232–5. DOI : 10.1159 / 000014986 . PMID  9678364 . S2CID  25908189 .
  • Агульник А.И., Митчелл М.Дж., Лернер Дж.Л., Вудс Д.Р., Епископ CE (июнь 1994 г.). «Ген Y-хромосомы мыши, кодируемый областью, необходимой для сперматогенеза и экспрессии специфичных для мужчин минорных антигенов гистосовместимости». Молекулярная генетика человека . 3 (6): 873–8. DOI : 10.1093 / HMG / 3.6.873 . PMID  7524912 .
  • Ван В., Медоуз Л. Р., ден Хаан Дж. М., Шерман Н. Э., Чен Ю., Блокланд Е., Шабановиц Дж., Агульник А. И., Хендриксон Р. К., Епископ CE (сентябрь 1995 г.). «Человеческий HY: специфический для мужчин антиген гистосовместимости, полученный из белка SMCY». Наука . 269 (5230): 1588–90. DOI : 10.1126 / science.7667640 . hdl : 1887/2988 . PMID  7667640 .
  • Нагасе Т., Секи Н., Исикава К., Охира М., Каварабаяси И., Охара О, Танака А., Котани Х., Миядзима Н., Номура Н. (октябрь 1996 г.). «Прогнозирование кодирующих последовательностей неидентифицированных генов человека. VI. Кодирующие последовательности 80 новых генов (KIAA0201-KIAA0280), выведенные путем анализа клонов кДНК из линии клеток KG-1 и мозга» . Исследования ДНК . 3 (5): 321–9, 341–54. DOI : 10.1093 / dnares / 3.5.321 . PMID  9039502 .
  • Агульник А.И., Епископ CE, Лернер Ю.Л., Агульник С.И., Соловьев В.В. (февраль 1997 г.). «Анализ частоты мутаций в генах SMCY / SMCX показывает, что эволюция млекопитающих осуществляется самцами». Геном млекопитающих . 8 (2): 134–8. DOI : 10.1007 / s003359900372 . PMID  9060413 . S2CID  8099911 .
  • Rufer N, Wolpert E, Helg C, Tiercy JM, Gratwohl A, Chapuis B, Jeannet M, Goulmy E, Roosnek E (октябрь 1998 г.). «HA-1 и полученный из SMCY пептид FIDSYICQV (HY) являются иммунодоминантными минорными антигенами гистосовместимости после трансплантации костного мозга». Трансплантация . 66 (7): 910–6. DOI : 10.1097 / 00007890-199810150-00016 . PMID  9798702 .
  • Лау Ю.Ф., Чжан Дж. (Апрель 2000 г.). «Анализ экспрессии тридцати одного гена Y-хромосомы при раке простаты человека». Молекулярный канцерогенез . 27 (4): 308–21. DOI : 10.1002 / (SICI) 1098-2744 (200004) 27: 4 <308 :: AID-MC9> 3.0.CO; 2-R . PMID  10747295 .
  • Шен П., Ван Ф., Андерхилл П.А., Франко К., Янг У.Х., Рохас А., Сунг Р., Лин А.А., Хайман Р.В., Воллрат Д., Дэвис Р.У., Кавалли-Сфорца Л.Л., Офнер П.Дж. (июнь 2000 г.). «Популяционные генетические последствия вариации последовательности в четырех генах Y-хромосомы» . Труды Национальной академии наук Соединенных Штатов Америки . 97 (13): 7354–9. DOI : 10.1073 / pnas.97.13.7354 . PMC  16549 . PMID  10861003 .
  • Скалецкий Х, Курода-Кавагути Т, Минкс Пи Джей, Кордум Х.С., Хиллиер Л, Браун LG, Реппинг С, Пынтикова Т, Али Дж, Биери Т, Чинвалла А, Делеханти А, Делеханти К, Дю Х, Фьюелл Дж, Фултон Л, Фултон Р., Грейвс Т., Хоу С.Ф., Латриэль П., Леонард С., Мардис Е., Мопин Р., Макферсон Дж., Майнер Т., Нэш В., Нгуен С., Озерский П., Пепин К., Рок С., Рольфинг Т., Скотт К., Шульц Б. , Стронг К., Тин-Воллам А., Янг С.П., Уотерстон Р.Х., Уилсон Р.К., Розен С., Пейдж, округ Колумбия (июнь 2003 г.). «Специфическая для мужчин область Y-хромосомы человека представляет собой мозаику классов дискретных последовательностей» . Природа . 423 (6942): 825–37. DOI : 10,1038 / природа01722 . PMID  12815422 .
  • Агат Р.Дж., Чхве М., Арнольд А.П. (февраль 2004 г.). «Половые различия в структуре и экспрессии генов половых хромосом CHD1Z и CHD1W в зябликах» . Молекулярная биология и эволюция . 21 (2): 384–96. DOI : 10.1093 / molbev / msh027 . PMID  14660691 .
  • Миклош Д.Б., Ким Х.Т., Миллер К.Х., Го Л., Зорн Э, Ли С.Дж., Хохберг Э.П., Ву СиДжей, Алиеа Э.П., Катлер К., Хо В., Сойфер Р.Дж., Антин Дж. Х., Ритц Дж. (Апрель 2005 г.). «Антительные ответы на второстепенные антигены гистосовместимости HY коррелируют с хронической реакцией« трансплантат против хозяина »и ремиссией заболевания» . Кровь . 105 (7): 2973–8. DOI : 10.1182 / кровь-2004-09-3660 . PMC  1350982 . PMID  15613541 .
  • Пайпер К.П., Макларнон А., Аррази Дж., Хорлок К., Эйнсворт Дж., Килби М.Д., Мартин В.Л., Мосс, Пенсильвания (январь 2007 г.). «Функциональные HY-специфические CD8 + Т-клетки обнаруживаются у большого количества женщин, беременных плодом мужского пола» . Биология размножения . 76 (1): 96–101. DOI : 10.1095 / biolreprod.106.055426 . PMID  16988213 .
  • Ивасе С., Лан Ф., Бейлисс П., де ла Торре-Убьета Л., Уарте М., Ци Х. Х., Ветстайн Дж. Р., Бонни А., Робертс TM, Ши Й. (март 2007 г.). «Х-сцепленный ген умственной отсталости SMCX / JARID1C определяет семейство лизин-4 деметилаз гистона H3». Cell . 128 (6): 1077–88. DOI : 10.1016 / j.cell.2007.02.017 . PMID  17320160 . S2CID  14729302 .
  • Ли М.Г., Норман Дж., Шилатифард А., Шихаттар Р. (март 2007 г.). «Физическая и функциональная ассоциация деметилазы триметил H3K4 и Ring6a / MBLR, поликомб-подобного белка». Cell . 128 (5): 877–87. DOI : 10.1016 / j.cell.2007.02.004 . PMID  17320162 . S2CID  6519228 .

Внешние ссылки [ править ]

  • JARID1D + белок, + человек по медицинским предметным рубрикам Национальной медицинской библиотеки США (MeSH)
  • Обзор всей структурной информации, доступной в PDB для UniProt : Q9BY66 (лизин-специфическая деметилаза 5D) в PDBe-KB .

Эта статья включает текст из Национальной медицинской библиотеки США , который находится в общественном достоянии .


  • v
  • т
  • е