Программное обеспечение для молекулярного дизайна - это известное программное обеспечение для молекулярного моделирования , которое обеспечивает специальную поддержку для разработки молекулярных моделей de novo .
В отличие от обычных программ молекулярного моделирования, например, для молекулярной динамики и квантовой химии , такое программное обеспечение напрямую поддерживает аспекты, связанные с построением молекулярных моделей, в том числе:
- Молекулярная графика
- интерактивный молекулярный рисунок и конформационное редактирование
- построение полимерных молекул, кристаллов и сольватированных систем
- развитие частичных сборов
- оптимизация геометрии
- поддержка различных аспектов силового поля развития
Сравнение программного обеспечения, охватывающего основные аспекты молекулярного дизайна
- 3D - молекулярная графика
- Мышь - рисование молекулы мышью
- Поли - полимерное здание
- ДНК - построение нуклеиновой кислоты
- Пепт - пептидный строительный
- Cryst - кристаллическое здание
- Solv - добавление растворителя
- Q - частичные начисления
- Док - стыковка
- Мин - оптимизация
- ММ - молекулярная механика
- QM - квантовая механика
- FF - поддерживает развитие силового поля
- QSAR - 2D, 3D и групповой QSAR
- FBLD - Дизайн лигандов на основе фрагментов
- FE - приближения свободной энергии
- SN - Космическая навигация
3D | Мышь | Поли | ДНК | Пепт | Кристалл | Solv | Q | Док | Мин. | ММ | QM | FF | QSAR | FBLD | FE | SN | Веб-сайт | Комментарии | |
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
Морское ушко | да | да | да | да | да | да | да | да | Нет | да | да | да | да | Нет | biomolecular-modeling.com | Биомолекулярная графическая среда: построители макромолекул, МД с ускорением на графическом процессоре | |||
ЯНТАРЬ | Нет | Нет | Нет | да | да | Нет | Нет | да | Нет | да | да | Нет | да | Нет | да | ambermd.org | Программа классического молекулярного моделирования | ||
Аскалаф Дизайнер | да | да | да | да | да | да | да | да | Нет | да | да | да | да | Нет | Гибкая молекула | Общий пакет молекулярного моделирования | |||
БОСС | Нет | Нет | Нет | Нет | Нет | Нет | Нет | да | Нет | да | да | да | да | Нет | Йельский университет | Изобретатель OPLS | |||
Discovery Studio | да | да | да | да | да | да | да | да | да | да | да | да | да | да | Dassault Systèmes BIOVIA | Среда моделирования молекул как для малых, так и для макромолекулярных систем | |||
ДОК | Нет | Нет | Нет | Нет | Нет | Нет | Нет | да | да | да | да | Нет | Нет | Нет | Калифорнийский университет | DOCK алгоритм | |||
Firefly (PC GAMESS) | Нет | Нет | Нет | Нет | Нет | Нет | Нет | да | Нет | да | Нет | да | да | Нет | МГУ им. | Программа вычислительной химии ab initio и DFT | |||
FoldX | Нет | Нет | Нет | Нет | Нет | Нет | Нет | да | Нет | да | да | Нет | да | Нет | CRG | Силовое поле для расчета энергии и дизайна белков | |||
Ведущий поиск | Нет | Нет | Нет | Нет | Нет | Нет | Нет | да | да | Нет | да | Нет | Нет | Нет | МолТех | Пакет молекулярной док-станции | |||
Студия материалов | да | да | да | Нет | Нет | да | да | да | да | да | да | да | да | Нет | Dassault Systèmes BIOVIA | Программная среда | |||
Молекулярная операционная среда (MOE) | да | да | да | да | да | да | да | да | да | да | да | да | да | да | да | Группа химических вычислений | Платформа для приложений молекулярного моделирования / открытия лекарств, запрограммированная на научном векторном языке, позволяющая настраивать и разрабатывать приложения | ||
Розетта (RosettaCommons) | Нет | Нет | да | да | да | да | да | да | да | да | да | Нет | да | Нет | RosettaCommons | Программа для моделирования макромолекул. Алгоритмы моделирования и анализа белковых структур. Ключевые достижения в дизайне белков de novo, дизайне ферментов, стыковке лигандов, предсказании структуры | |||
САМСОН | да | да | Нет | Нет | Нет | да | Нет | Нет | да | да | да | да | да | Нет | САМСОН Коннект | Вычислительные нанонауки (науки о жизни, материалы и т. Д.); модульная архитектура, модули называются Элементами; бесплатно | |||
Scigress | да | да | да | Нет | да | да | да | да | да | да | да | да | да | да | Fujitsu | Пакет для молекулярного моделирования общего назначения | |||
Спартанский | да | да | Нет | да | да | Нет | да | да | Нет | да | да | да | Нет | Нет | Волновая функция | Инструмент молекулярного моделирования с молекулярной механикой и квантово-химическими двигателями | |||
Тинкер | Нет | Нет | Нет | Нет | да | Нет | Нет | да | Нет | да | да | Нет | Нет | Нет | Вашингтонский университет | Инструменты для белкового дизайна; бесплатное ПО | |||
Winmostar | да | да | да | Нет | Нет | да | да | да | Нет | да | да | да | да | Нет | X-способность | Программа молекулярного моделирования и визуализации для материаловедения |
Примечания и ссылки
Смотрите также
- Редактор молекул
- Молекулярное моделирование
- Молекулярное моделирование на графических процессорах
- Белковый дизайн
- Дизайн лекарств
- Силовое поле (химия)
- Сравнение реализаций силового поля
- Сравнение программного обеспечения для моделирования нуклеиновых кислот
- Сравнение программного обеспечения для моделирования молекулярной механики
- Список систем молекулярной графики
- Список программ для молекулярного моделирования методом Монте-Карло
- Список программ для моделирования наноструктур
- Компьютерные программы по квантовой химии
- Количественная взаимосвязь структура-активность
Внешние ссылки
- молекулярный дизайн Определение термина ИЮПАК .
- Журнал компьютерного молекулярного дизайна
- Ресурсы по молекулярному моделированию
- Коды моделирования материалов и компьютерного моделирования
- Click2Drug.org Справочник in silico (компьютерных) инструментов для разработки лекарств.
- Журнал химической информации и моделирования
- Журнал вычислительной химии