Молекула редактор является компьютерной программой для создания и редактирования представлений химических структур .
Редакторы молекул могут манипулировать представлениями химической структуры в смоделированном двумерном или трехмерном пространстве с помощью компьютерной 2D-графики или 3D-компьютерной графики , соответственно. Двумерный вывод используется в качестве иллюстраций или для запросов к химическим базам данных . Трехмерные выходные данные используются для построения молекулярных моделей, обычно как часть пакетов программного обеспечения для молекулярного моделирования .
Молекулярные редакторы баз данных, такие как Leatherface, [1] RECAP, [2] и Molecule Slicer [3], позволяют автоматически изменять большое количество молекул в соответствии с такими правилами, как «депротонировать карбоновые кислоты» или «разрывать экзоциклические связи», которые могут быть указаны пользователем.
Редакторы молекул обычно поддерживают чтение и запись по крайней мере одного формата файла или строчной записи . Примеры каждого включают Molfile и упрощенную спецификацию ввода строки молекулярного ввода (SMILES), соответственно.
Файлы, созданные редакторами молекул, можно отображать с помощью инструментов молекулярной графики .
Автономные программы
Программа | Разработчики) | Лицензия | Платформы | Информация | |
---|---|---|---|---|---|
ACD / ChemSketch | ACD / Labs | Проприетарный | Окна | Химически интеллектуальный интерфейс для рисования, который позволяет рисовать практически любую химическую структуру, включая органические, металлоорганические, полимеры и структуры Маркуша. доступна бесплатная версия | |
Амира (программное обеспечение) | Visage Imaging Zuse Institute в Берлине | Проприетарный | Windows, macOS , Linux | Доступна 14-дневная пробная версия | |
Аскалаф Дизайнер | Гибкая молекула | GNU GPL | Linux, Windows | бесплатное ПО | |
Авогадро | Команда проекта Авогадро | GNU GPL | Linux, macOS, Windows | 3D-редактор молекул, визуализатор | |
BALLView | Команда проекта BALL | GNU GPL - LGPL | Linux, macOS, Windows | просмотрщик, редактор, инструмент моделирования | |
Биоклипс | Разработчики Bioclipse | EPL | кроссплатформенный | Java , Eclipse Rich Client Platform (RCP) на основе | |
ChemDraw | ПеркинЭлмер | Проприетарный | macOS, Windows | Редактировать химические структуры и реакции | |
Денеб | АтельГрафика | Проприетарный | Linux, Windows | Доступна пробная версия; удобный графический пользовательский интерфейс рабочего стола для пакетов SIESTA, VASP, QE и т. д. | |
ChemWindow | Wiley | Проприетарный | Окна | доступны как часть программной среды KnowItAll; Бесплатное ПО для академических исследований и преподавания | |
Габедит | Абдулрахман Аллуш | BSD | Linux, macOS, Windows | 3D-редактор молекул, визуализатор | |
JChemPaint | GNU LGPL | кроссплатформенный | Редактор 2D структурных формул, написанный на Java | ||
Молекулярная операционная среда (MOE) | Группа химических вычислений | Проприетарный | Windows, Linux, Mac; Язык программирования SVL | Платформа для приложений молекулярного моделирования / открытия лекарств с трехмерным построением и редактированием молекулярных эскизов, двухмерным изображением и преобразованием двухмерных изображений в трехмерные. | |
САМСОН | Inria | Проприетарный | Windows, Linux, macOS | Программная платформа для интегрированной вычислительной нанонауки. Настраивается с помощью SAMSON Elements (модули для SAMSON) | |
Спартанский | Wavefunction, Inc. | Проприетарный | Linux, macOS, Windows | ||
XDrawChem | GNU GPL | Linux, macOS, Windows | на основе OpenBabel |
Апплеты Java
Апплет | Разработчики) | Лицензия | Информация |
---|---|---|---|
JChemPaint | GNU LGPL | Апплеты редактора и просмотра | |
Редактор молекул JME | Питер Эртль | Проприетарный | бесплатное ПО от Molinspiration ; Бесплатное ПО для некоммерческого использования |
Встраиваемые редакторы JavaScript
Программа | Разработчик | Настольный браузер IE6-7-8 | Настольный браузер другое | iPad | iPhone | Android | телефон с операционной системой Виндоус | |
---|---|---|---|---|---|---|---|---|
Программа Кекуле | Лаборатория Kekule.js | да | да | Неизвестный | Неизвестный | Неизвестный | Неизвестный | Опубликовано под лицензией MIT |
Смотрите также
- ChemSpider
- Сравнение программного обеспечения для моделирования молекулярной механики
- Программное обеспечение для молекулярного дизайна
Примечания и ссылки
- ^ Кенни, Питер В .; Садовски, Йенс (2005). «Модификация структуры в химических базах данных». Хемоинформатика в открытии лекарств . Методы и принципы медицинской химии. С. 271–285 . DOI : 10.1002 / 3527603743.ch11 . ISBN 9783527307531.
- ^ Льюэлл, Сяо Цин; Джадд, Дункан Б.; Уотсон, Стивен П .; Ханн, Майкл М. (1998). «RECAP-ретросинтетическая комбинаторная процедура анализа: новый мощный метод идентификации привилегированных молекулярных фрагментов с полезными приложениями в комбинаторной химии». Журнал химической информации и компьютерных наук . 38 (3): 511–522. DOI : 10.1021 / ci970429i . PMID 9611787 .
- ^ Вьет, Михал; Сигел, Майлз Дж .; Хиггс, Ричард Э .; Уотсон, Ян А .; Робертсон, Дэниел Х .; Савин, Кеннет А .; Дерст, Грегори Л .; Хипскинд, Филип А. (2004). «Характерные физические свойства и структурные фрагменты продаваемых оральных препаратов». Журнал медицинской химии . 47 (1): 224–232. DOI : 10.1021 / jm030267j . PMID 14695836 .
Внешние ссылки
- Ввод молекулярной структуры в Интернете
- Редактор химической структуры: Bridging Chemistry and Cheminformatics