Из Википедии, бесплатной энциклопедии
Перейти к навигации Перейти к поиску
NUP98
Белок NUP98 PDB 1ko6.png
Доступные конструкции
PDBОртолог поиск: PDBe RCSB
Список идентификационных кодов PDB

1KO6 , 2Q5X , 2Q5Y , 3MMY , 4OWR , 5A9Q

Идентификаторы
ПсевдонимыNUP98 , ADIR2, NUP196, NUP96, нуклеопорин 98 кДа, нуклеопорин 98
Внешние идентификаторыOMIM : 601021 MGI : 109404 HomoloGene : 35472 GeneCards : NUP98
Расположение гена ( человек )
Хромосома 11 (человек)
Chr.Хромосома 11 (человека) [1]
Хромосома 11 (человек)
Геномное расположение NUP98
Геномное расположение NUP98
Группа11п15.4Начинать3 671 083 п.н. [1]
Конец3,797,792 п.н. [1]
Расположение гена ( Мышь )
Хромосома 7 (мышь)
Chr.Хромосома 7 (мышь) [2]
Хромосома 7 (мышь)
Геномное расположение NUP98
Геномное расположение NUP98
Группа7 E2 | 7 54,71 смНачинать102 119 398 п.н. [2]
Конец102 210 176 п.н. [2]
Паттерн экспрессии РНК
PBB GE NUP98 203194 s в формате fs.png

Дополнительные данные эталонного выражения
Генная онтология
Молекулярная функция• Транспортер активность
• пептидсвязывающий
• GO: связывание 0001948 белок
• последовательность ядерной локализации связывания
• связывания РНК
• пептидазы активность
• серин-типа пептидазы активности
• гидролазы активность
• ГО: 0001105 транскрипции коактиватор активности
• связывание мРНК
• связывание промотор-специфические хроматина
• ГО : 0005487 структурная составляющая ядерной поры
Сотовый компонент• цитозоль
• ядерная мембрана
• ядерную оболочка
• ядерную периферия
• мембрана
• ядерные пор
• ядерного пор наружное кольцо
• корпус ядерного включения
• ядерных пор ядерная корзина
• ядро клетки
• кинетохор
• ядерных пор цитоплазматические волокна
• нуклеоплазма
• внутриклеточная мембранным ограниченные органелл
• ядерная тело
• рибонуклеопротеин
• клетка-хозяин
Биологический процесс• мРНК транспорта
• ядерного порового комплекса в сборе
• Репликация ДНК
• транспортный белок
• GO: 0022415 вирусный процесс
• ядерная организация пор
• посттранскрипционная прикрепление РНК - полимеразы ДНК гена II на периферии ядра
• экспорт РНК из ядра
• теломер привязывать на периферии ядра
• экспорта мРНК из ядра
• импорт белка в ядро
• протеолиз
• позитивная регуляция транскрипции с промотора РНК-полимеразы II
• позитивная регуляция сплайсинга мРНК через сплайсосомы
• транскрипции от РНК - полимеразы II промотор
• цитоплазматический транспорт
• положительное регулирование кислотно-шаблонный транскрипции нуклеиновой
• Регулирование гликолитического процесса
• экспорт тРНК из ядра
• белка сумоилирования
• вирусной транскрипции
• регуляция молчанием генов с помощью микроРНК
• GO: 0046795 внутриклеточный транспорт вируса
• регуляция клеточного ответа на тепло
Источники: Amigo / QuickGO
Ортологи
РазновидностьЧеловекМышь
Entrez

4928

269966

Ансамбль

ENSG00000110713

ENSMUSG00000063550

UniProt

P52948

Q6PFD9

RefSeq (мРНК)

NM_005387
NM_016320
NM_139131
NM_139132

NM_001287164
NM_001287165
NM_001287166
NM_001287167
NM_022979

RefSeq (белок)
NP_005378
NP_057404
NP_624357
NP_624358
NP_001352054

NP_001352055
NP_001352056
NP_001352057
NP_001352058

NP_001274093
NP_001274094
NP_001274095
NP_001274096
NP_075355

Расположение (UCSC)Chr 11: 3.67 - 3.8 МбChr 7: 102.12 - 102.21 Мб
PubMed поиск[3][4]
Викиданные
Просмотр / редактирование человекаПросмотр / редактирование мыши

Ядерный пор сложный белок NUP98-Nup96 является белком , который в организме человека кодируется NUP98 гена . [5]

Функция [ править ]

Опосредованный сигналом ядерный импорт и экспорт осуществляется через комплекс ядерных пор (NPC), который состоит из примерно 30 уникальных белков, известных под общим названием нуклеопоринов. Нуклеопорин 98 кДа генерируется путем биогенеза, который включает синтез и протеолитическое расщепление белка-предшественника 186 кДа. Это расщепление приводит к получению нуклеопорина 98 кДа, а также нуклеопорина 96 кДа, оба из которых локализованы на нуклеоплазматической стороне NPC. Исследования на крысах показывают, что нуклеопорин 98 кДа функционирует как один из нескольких нуклеопоринов сайтов стыковки транспортных субстратов. Было показано, что человеческий ген сливается с несколькими генами после хромосомных транслокаций при остром миелогенном лейкозе (AML) и Т-клеточном остром лимфоцитарном лейкозе (T-ALL). Этот ген является одним из нескольких генов, расположенных в импринтированном генном домене 11p15.5,важная область гена-супрессора опухолей. Изменения в этой области были связаны с синдромом Беквита-Видемана, опухолью Вильмса, рабдомиосаркомой, карциномой коры надпочечников и раком легких, яичников и груди. Альтернативный сплайсинг этого гена приводит к нескольким вариантам транскрипта; однако не все варианты описаны полностью.[6]

Взаимодействия [ править ]

Было показано, что NUP98 взаимодействует с:

  • CREB-связывающий белок , [7]
  • КПНБ1 , [8] [9]
  • NUP88 , [10]
  • RAE1 , [11] и
  • TNPO2 . [12]

Ссылки [ править ]

  1. ^ a b c GRCh38: Ensembl, выпуск 89: ENSG00000110713 - Ensembl , май 2017 г.
  2. ^ a b c GRCm38: выпуск Ensembl 89: ENSMUSG00000063550 - Ensembl , май 2017 г.
  3. ^ "Human PubMed Reference:" . Национальный центр биотехнологической информации, Национальная медицинская библиотека США .
  4. ^ «Ссылка на Mouse PubMed:» . Национальный центр биотехнологической информации, Национальная медицинская библиотека США .
  5. ↑ Арай Й, Хосода Ф, Кобаяши Х, Араи К., Хаяси Й, Камада Н., Канеко Y, Оки М. (июнь 1997 г.). «Хромосомная транслокация inv (11) (p15q22) de novo и миелоидных злокачественных новообразований, связанных с терапией, приводит к слиянию гена нуклеопорина, NUP98, с предполагаемым геном РНК-геликазы, DDX10» . Кровь . 89 (11): 3936–44. DOI : 10.1182 / blood.V89.11.3936 . PMID 9166830 . 
  6. ^ "Энтрез Ген: NUP98 нуклеопорин 98 кДа" .
  7. ↑ Kasper LH, Brindle PK, Schnabel CA, Pritchard CE, Cleary ML, van Deursen JM (январь 1999 г.). «CREB-связывающий белок взаимодействует с нуклеопорин-специфическими повторами FG, которые активируют транскрипцию и опосредуют онкогенность NUP98-HOXA9» . Мол. Клетка. Биол . 19 (1): 764–76. DOI : 10.1128 / mcb.19.1.764 . PMC 83933 . PMID 9858599 .  
  8. ^ Морояну J, Блобель G, Radu A (сентябрь 1997). «Опосредованный RanGTP ядерный экспорт кариоферина альфа включает его взаимодействие с нуклеопорином Nup153» . Proc. Natl. Акад. Sci. США . 94 (18): 9699–704. DOI : 10.1073 / pnas.94.18.9699 . PMC 23253 . PMID 9275187 .  
  9. ^ Bonifaci N, Мороян Дж, Рада А, Блобля G (май 1997 г.). «Кариоферин бета2 опосредует ядерный импорт мРНК-связывающего белка» . Proc. Natl. Акад. Sci. США . 94 (10): 5055–60. DOI : 10.1073 / pnas.94.10.5055 . PMC 24630 . PMID 9144189 .  
  10. ^ Гриффис ER, Сюй S, Пауэрс MA (февраль 2003). «Nup98 локализуется как на ядерной, так и на цитоплазматической сторонах ядерной поры и связывается с двумя различными субкомплексами нуклеопоринов» . Мол. Биол. Cell . 14 (2): 600–10. DOI : 10.1091 / mbc.E02-09-0582 . PMC 149995 . PMID 12589057 .  
  11. ^ Притчард CE, Fornerod M, Kasper LH, ван Deursen JM (апрель 1999). «RAE1 представляет собой фактор экспорта мРНК, который связывается с GLEBS-подобным мотивом NUP98 в комплексе ядерных пор через несколько доменов» . J. Cell Biol . 145 (2): 237–54. DOI : 10,1083 / jcb.145.2.237 . PMC 2133102 . PMID 10209021 .  
  12. ^ Fontoura Б.М., Блобель G, Ясин NR (октябрь 2000). «Нуклеопорин Nup98 представляет собой сайт для обмена GDP / GTP при запуске и прекращении ядерного импорта кариоферина бета 2» . J. Biol. Chem . 275 (40): 31289–96. DOI : 10.1074 / jbc.M004651200 . PMID 10875935 . 

Дальнейшее чтение [ править ]

  • Slape C, Aplan PD (2004). «Роль слияния генов NUP98 в гематологических злокачественных новообразованиях». Лейк. Лимфома . 45 (7): 1341–50. DOI : 10.1080 / 10428190310001659325 . PMID  15359631 . S2CID  20926084 .
  • Мур М.А., Чунг К.Ю., Пласилова М., Шуринга Дж. Дж., Шие Дж. Х., Чжоу П., Моррон Г. (2007). «Нарушение регуляции NUP98 в миелоидном лейкемогенезе». Анна. NY Acad. Sci . 1106 : 114–42. DOI : 10.1196 / анналы.1392.019 . PMID  17442773 . S2CID  25039911 .
  • Раду А., Мур М.С., Блобель Г. (1995). «Домен пептидного повтора нуклеопорина Nup98 функционирует как стыковочный сайт при транспортировке через комплекс ядерных пор». Cell . 81 (2): 215–22. DOI : 10.1016 / 0092-8674 (95) 90331-3 . PMID  7736573 . S2CID  19024872 .
  • Накамура Т., Ларгаэспада Д.А., Ли М.П., ​​Джонсон Л.А., Охьяшики К., Тояма К., Чен С.Дж., Уиллман К.Л., Чен И.М., Фейнберг А.П., Дженкинс Н.А., Коупленд Н.Г., Шонесси Д.Д. (1996). «Слияние гена нуклеопорина NUP98 с HOXA9 путем транслокации хромосомы t (7; 11) (p15; p15) при миелоидном лейкозе человека». Nat. Genet . 12 (2): 154–8. DOI : 10.1038 / ng0296-154 . PMID  8563753 . S2CID  6400265 .
  • Заимствовать Дж., Ширман А.М., Стэнтон В.П., Бехер Р., Коллинз Т., Уильямс А.Дж., Дубе И., Кац Ф., Квонг Ю.Л., Моррис К., Охьяшики К., Тояма К., Роули Дж., Хаусман Д.Е. (1996). «Транслокация t (7; 11) (p15; p15) при остром миелоидном лейкозе сливает гены нуклеопорина NUP98 и гомеопротеина I класса HOXA9». Nat. Genet . 12 (2): 159–67. DOI : 10.1038 / ng0296-159 . PMID  8563754 . S2CID  21252465 .
  • Ху Т, Гуань Т, Джерас Л. (1996). «Молекулярная и функциональная характеристика комплекса p62, сборки гликопротеинов комплекса ядерных пор» . J. Cell Biol . 134 (3): 589–601. DOI : 10,1083 / jcb.134.3.589 . PMC  2120945 . PMID  8707840 .
  • Штутц Ф., Изаурральде Э., Маттай И.В., Росбаш М (1996). «Роль доменов повторов FG нуклеопорина в экспорте белка Rev вируса иммунодефицита человека 1 типа и РНК из ядра» . Мол. Клетка. Биол . 16 (12): 7144–50. DOI : 10.1128 / mcb.16.12.7144 . PMC  231718 . PMID  8943370 .
  • Ясин Н.Р., Блобель Г. (1997). «Клонирование и характеристика человеческого кариоферина бета3» . Proc. Natl. Акад. Sci. США . 94 (9): 4451–6. DOI : 10.1073 / pnas.94.9.4451 . PMC  20743 . PMID  9114010 .
  • Бонифачи Н., Морояну Дж., Раду А., Блобель Г. (1997). «Кариоферин бета2 опосредует ядерный импорт мРНК-связывающего белка» . Proc. Natl. Акад. Sci. США . 94 (10): 5055–60. DOI : 10.1073 / pnas.94.10.5055 . PMC  24630 . PMID  9144189 .
  • Гранди П., Данг Т., Пане Н., Шевченко А., Манн М., Форбс Д., Хёрт Э (1997). «Nup93, позвоночный гомолог дрожжевого грибка Nic96p, образует комплекс с новым 205-кДа белком и необходим для правильной сборки ядерных пор» . Мол. Биол. Cell . 8 (10): 2017–38. DOI : 10.1091 / mbc.8.10.2017 . PMC  25664 . PMID  9348540 .
  • Золотухин А.С., Фельбер Б.К. (1999). «Нуклеопорины nup98 и nup214 участвуют в ядерном экспорте вируса иммунодефицита человека типа 1 Rev» . J. Virol . 73 (1): 120–7. DOI : 10,1128 / JVI.73.1.120-127.1999 . PMC  103815 . PMID  9847314 .
  • Kasper LH, Brindle PK, Schnabel CA, Pritchard CE, Cleary ML, van Deursen JM (1999). «CREB-связывающий белок взаимодействует с нуклеопорин-специфическими повторами FG, которые активируют транскрипцию и опосредуют онкогенность NUP98-HOXA9» . Мол. Клетка. Биол . 19 (1): 764–76. DOI : 10.1128 / mcb.19.1.764 . PMC  83933 . PMID  9858599 .
  • Фонтура Б.М., Блобель Г., Матунис М.Дж. (1999). «Консервативный путь биогенеза нуклеопоринов: протеолитический процессинг 186-килодальтонного предшественника генерирует Nup98 и новый нуклеопорин, Nup96» . J. Cell Biol . 144 (6): 1097–112. DOI : 10.1083 / jcb.144.6.1097 . PMC  2150585 . PMID  10087256 .
  • Притчард К.Э., Форнерод М., Каспер Л.Х., ван Дерсен Дж. М. (1999). «RAE1 представляет собой фактор экспорта мРНК, который связывается с GLEBS-подобным мотивом NUP98 в комплексе ядерных пор через несколько доменов» . J. Cell Biol . 145 (2): 237–54. DOI : 10,1083 / jcb.145.2.237 . PMC  2133102 . PMID  10209021 .
  • Ахуджа Х.Г., Феликс К.А., Аплан П.Д. (1999). «Хромосомная транслокация t (11; 20) (p15; q11), связанная с терапевтическим миелодиспластическим синдромом, приводит к слиянию NUP98-TOP1». Кровь . 94 (9): 3258–61. DOI : 10.1182 / blood.V94.9.3258 . PMID  10556215 .
  • Бачи А., Браун И. К., Родригес Дж. П., Панте Н., Риббек К., фон Коббе С., Кутай Ю., Вильм М., Герлих Д., Кармо-Фонсека М., Изаурральде Е. (2000). «С-концевой домен TAP взаимодействует с комплексом ядерных пор и способствует экспорту специфических CTE-несущих РНК-субстратов» . РНК . 6 (1): 136–58. DOI : 10.1017 / S1355838200991994 . PMC  1369901 . PMID  10668806 .
  • Фонтура Б.М., Блобель Г., Ясин Н.Р. (2000). «Нуклеопорин Nup98 представляет собой сайт для обмена GDP / GTP при запуске и прекращении ядерного импорта кариоферина бета 2» . J. Biol. Chem . 275 (40): 31289–96. DOI : 10.1074 / jbc.M004651200 . PMID  10875935 .
  • Родригес Дж. П., Ситтерлин Д., Бачи А., Ву Х, Вильм М., Кармо-Фонсека М., Изаурральде Е. (2000). «Матричный белок вируса везикулярного стоматита ингибирует экспрессию гена клетки-хозяина, нацеливаясь на нуклеопорин Nup98». Мол. Cell . 6 (5): 1243–52. DOI : 10.1016 / S1097-2765 (00) 00120-9 . PMID  11106761 .
  • Хофманн В., Райхарт Б., Эвальд А., Мюллер Е., Шмитт И., Штаубер Р. Х., Лотцпайх Ф., Йокуш Б. М., Шеер Ю., Хаубер Дж., Дабавалле М. «Требования кофактора для ядерного экспорта Rev response element (RRE) - и конститутивного транспортного элемента (CTE) -содержащих ретровирусных РНК. Неожиданная роль актина» . J. Cell Biol . 152 (5): 895–910. DOI : 10,1083 / jcb.152.5.895 . PMC  2198816 . PMID  11238447 .