Parhyale hawaiensis является Н. амфипода Ракообразных видовкоторые используются в развитии и генетических анализов. Он классифицируется как новый модельный организм, так как основные биологические методы, необходимые для изучения организма, уже установлены.
Parhyale hawaiensis | |
---|---|
Взрослый самец | |
Кормление кусочком моркови | |
Научная классификация | |
Королевство: | |
Тип: | |
Подтип: | |
Класс: | |
Заказ: | |
Семья: | |
Род: | |
Разновидность: | P. hawaiensis |
Биномиальное имя | |
Parhyale hawaiensis Дана , 1853 г. |
Среда обитания
P. hawaiensis - это детритовое животное, которое имеет циркумтропическое , всемирное, приливное и мелководное морское распространение [1] [2] и может встречаться как комплекс видов . [3] Сообщается, что он встречается в больших популяциях (более 3000 на квадратный метр) на разлагающемся материале листьев мангрового дерева в среде, подверженной быстрым изменениям солености . [4] Способность переносить быстрые температурные и осмотические изменения позволяет этому виду процветать в типичных лабораторных условиях. Это устойчивый вид, и его рассматривают для аквакультуры. [5]
Жизненный цикл
Самки производят эмбрионы каждые 2 недели по достижении половой зрелости . Эмбриогенез относительно короткий, длится около 10 дней при температуре 26 ° C (79 ° F). Самки обычно вынашивают зародыши в брюшной выводковой сумке . Тщательное изучение эмбрионального развития P. hawaiensis позволило получить наиболее подробную систему стадий для всех ракообразных. [7] Полный эмбриогенез был разделен на 30 отдельных стадий, которые легко идентифицировать у живых животных или с помощью общих молекулярных маркеров в фиксированных образцах. Птенцы обладают полным набором сегментов и придатков, которые морфологически сходны с таковыми у взрослых животных.
Генетические исследования
P. hawaiensis используется в генетических исследованиях, потому что яйцами и эмбрионами легко манипулировать. Эмбрионы можно быстро и легко удалить из выводкового мешка и содержать в морской воде. Яйца можно собирать и выводить по отдельности, а зрелых животных впоследствии можно использовать в попарных вязках сестра-брат или мать-сын для создания инбредных линий.
Оплодотворенные яйца достаточно велики, чтобы относительно легко выполнять микроинъекции [8] и изоляцию бластомеров [9] . Развивающиеся эмбрионы P. hawaiensis являются прозрачными, что позволяет проводить как подробный микроскопический анализ in situ, так и использовать флуоресцентно меченые индикаторные молекулы в живых эмбрионах. Раннее расщепление является холобластическим (тотальным), что позволяет исследовать судьбы отдельных ранних клеток посредством экспериментальных манипуляций. [7] [8] [9]
Транскрипт из P. hawaiensis первоначально был создан с помощью Пиросеквенирования техники. [10] Этот ресурс доступен для бесплатного скачивания . Последующие, более полные транскриптомы были получены с использованием секвенирования Illumina. Данные транскриптома могут быть использованы для создания зондов in situ и других экспериментальных инструментов. Геном доступен в NCBI.
Геном из P. hawaiensis доступен и секвенировали с использованием Illumina короткие чтения последовательности. [11] Эта первая версия ( V3.0 ) генома была недавно заменена более последовательной версией, созданной секвенированием в Чикаго с помощью платформы Dovetail. Новая версия Phaw_5.0 доступна на NCBI.
Рекомендации
- ^ Кларенс Рэймонд Шумейкер (1956). «Наблюдения за амфиподами рода Parhyale ». Труды Национального музея США . 106 (3372): 345–358. DOI : 10.5479 / si.00963801.106-3372.345 .
- ^ Дж. Л. Барнард (1965). «Морские амфиподы атоллов в Микронезии». Труды Национального музея США . 117 (3516): 459–551. DOI : 10.5479 / si.00963801.117-3516.459 .
- ^ Алан А. Майерс (1985). «Мелководье, коралловые рифы и мангровые заросли Amphipoda (Gammaridea) Фиджи» (PDF) . Записи Австралийского музея . Дополнение 5: 1–143.
- ^ С. Поовачиранон, К. Бото и Н. Дюк (1986). «Исследования пищевых предпочтений и измерения скорости приема пищи мангровыми амфиподами Parhyale hawaiensis (Dana)». Журнал экспериментальной морской биологии и экологии . 98 (1–2): 129–140. DOI : 10.1016 / 0022-0981 (86) 90078-X .
- ^ Варгас-Абундес, Хорхе Артуро; Лопес-Васкес, Умберто Иван; Маскаро, Майте; Мартинес-Морено, Джемма Летисия; Симоэс, Нуно (10 февраля 2021 г.). «Морские амфиподы как новая живая добыча для декоративной аквакультуры: изучение потенциала Parhyale hawaiensis и Elasmopus pectenicrus» . PeerJ . 9 : e10840. DOI : 10,7717 / peerj.10840 . ISSN 2167-8359 . PMC 7881717 .
- ^ Као Д., Лай А.Г., Стаматаки Э., Розич С., Константинидес Н., Джарвис Э. и др. (2016). «Геном ракообразных Parhyale hawaiensis, модель развития животных, регенерации, иммунитета и переваривания лигноцеллюлозы» . eLife . 5 . DOI : 10.7554 / eLife.20062 . PMC 5111886 . PMID 27849518 .
- ^ а б Уильям Э. Браун; Аливия Л. Прайс; Маттиас Гербердинг; Нипам Х. Патель (2005). «Этапы эмбрионального развития у ракообразных-амфипод, Parhyale hawaiensis » (PDF) . Бытие . 42 (3): 124–149. DOI : 10.1002 / gene.20145 . PMID 15986449 . S2CID 18213916 .
- ^ а б Матиас Гербердинг, Уильям Э. Браун и Нипам Х. Патель (2002). "Анализ клеточного происхождения ракообразных-амфипод Parhyale hawaiensis " . Развитие . 129 (24): 5789–5901. DOI : 10.1242 / dev.00155 . PMID 12421717 .
- ^ а б Кассандра Дж. Экставур (2005). «Судьба изолированных бластомеров в отношении образования зародышевых клеток у ракообразных-амфипод Parhyale hawaiensis » (PDF) . Биология развития . 277 (2): 387–402. DOI : 10.1016 / j.ydbio.2004.09.030 . PMID 15617682 . Архивировано из оригинального (PDF) 26 марта 2012 года . Проверено 4 июля 2011 .
- ^ Виктор Зенг; Карина Вильянуэва; Бен Эвен-Кампен; Фредерик Алвес; Уильям Браун; Кассандра Экставур (2011). « Сборка de novo и характеристика транскриптома материнства и развития для появляющегося модельного ракообразного Parhyale hawaiensis » (PDF) . BMC Genomics . 12 : 581. DOI : 10.1186 / 1471-2164-12-581 . PMC 3282834 . PMID 22118449 .
- ^ Као Д., Лай А.Г., Стаматаки Э., Розич С., Константинидес Н., Джарвис Э; и другие. (2016). «Геном ракообразных Parhyale hawaiensis, модель развития животных, регенерации, иммунитета и переваривания лигноцеллюлозы» . eLife . 5 . DOI : 10.7554 / eLife.20062 . PMC 5111886 . PMID 27849518 .CS1 maint: несколько имен: список авторов ( ссылка )
дальнейшее чтение
- Э. Джей Рем; Роберта Л. Ганнибал; Р. Кристал Чоу; Марио А. Варгас-Вила; Нипам Х. Патель (2009). « Ракообразное Parhyale hawaiensis : новая модель развития членистоногих». Протоколы Колд-Спринг-Харбор . 2009 (1): pdb.emo114. DOI : 10,1101 / pdb.emo114 . PMID 20147009 .