• развитие глаз • развитие кровеносных сосудов • животного органа морфогенез • регуляция транскрипции ДНК-шаблонный • гомеостаз глюкоза • транскрипция ДНК-шаблонная • Развитие центральной нервной системы • ответ на ранение • дифференцировки клеток • развитие роговицы в камере типа глазе • отрицательным регуляция нейрогенеза • зрительное восприятие • морфогенез радужки • развитие многоклеточного организма • обязательство судьбы нейрона • убиквитинирование белков • негативная регуляция транскрипции с промотора РНК-полимеразы II • установление ориентации митотического веретена • определение клеточной судьбы • миграция нейронов • негативная регуляция фосфорилирования белка • позитивная регуляция пролиферации нейробластов • развитие хрусталика в глазу камерного типа • регионализация • дифференцировка клеток поджелудочной железы типа B • развитие клеток поджелудочной железы A • регуляция транскрипции с промотора РНК-полимеразы II • транскрипция с промотора РНК-полимеразы II • сглаживание сигнального пути • аксоногенез • ведение аксонов • развитие мозга • морфогенез слюнных желез • негативная регуляция пролиферации клеток • регуляция асимметричного деления клеток • спецификация дорсальной / вентральной оси • спецификация переднего / заднего паттерна • формирование дорсального / вентрального паттерна • регуляция экспрессии генов • положительная регуляция экспрессия гена • развитие паллиума • определение судьбы клеток олигодендроцитов • регионализация коры головного мозга • формирование дорсального / вентрального паттерна переднего мозга • обязательство нейрональных клеток к определенному типу нейронов в переднем мозге • формирование границ между передним мозгом и средним мозгом • регуляция транскрипции с промотора РНК-полимеразы II, участвующего в спецификации судьбы моторных нейронов спинного мозга • регуляция транскрипции с промотора РНК-полимеразы II, участвующего в спецификации интернейронов вентрального спинного мозга • регуляция транскрипции с РНК - полимеразой II промотора , участвующим в соматических двигательных нейронах судьбы обязательств • конечный мозг районирование • гипофиз развития • развитие уздечки • трансдукция сигнала участвует в регуляции экспрессии генов • дифференциация кератиноцитов • регулирование миграции клеток • положительная регуляция дифференцировки эпителиальных клеток • передней мозг развития • слезной железа развитие • локализация белка в органеллы • развитие глаз фоторецепторов клеток • Камера типа развитие глаз • клеточной судьба обязательство • негативная регуляция нейронного дифференциации • положительной регуляция транскрипции, ДНК-шаблон • позитивная регуляция транскрипции с промотора РНК-полимеразы II • регуляция времени дифференцировки клеток • эмбриональный морфогенез глаза камерного типа • дифференциация астроцитов • негативная регуляция пролиферации эпителиальных клеток • регуляция нейрогенеза • развитие сетчатки глаза камерного типа • клеточный ответ на фактор ингибирования лейкемии • негативная регуляция пролиферации нервных клеток-предшественников • позитивная регуляция связывания основного промотора
Соединенный коробок белок Pax-6 , также известный как аниридия типа II белок ( AN2 ) или oculorhombin , является белком , который в организме человека кодируется PAX6 геном . [4]
СОДЕРЖАНИЕ
1 Функция
2 Распространение видов
3 изоформы
4 Клиническое значение
5 мутаций
6 См. Также
7 ссылки
8 Дальнейшее чтение
9 Внешние ссылки
Функция [ править ]
У плодовых мух без гена PAX6 нет глаз
PAX6 является членом семейства генов Pax, которые отвечают за перенос генетической информации, которая будет кодировать белок Pax-6. Он действует как ген «главного контроля» для развития глаз и других органов чувств, определенных нервных и эпидермальных тканей, а также других гомологичных структур, обычно происходящих из эктодермальных тканей. [ необходима цитата ] Однако было признано, что для развития глаз необходим набор генов, и поэтому термин "главный управляющий" ген может быть неточным. [5] Pax-6 экспрессируется как фактор транскрипции, когда нервная эктодерма получает комбинацию слабого Sonic hedgehog (SHH).и сильные градиенты передачи сигналов TGF-Beta . Экспрессия сначала наблюдается в переднем мозге, заднем мозге, головной эктодерме и спинном мозге, а затем экспрессируется в среднем мозге. Этот фактор транскрипции наиболее известен своим использованием в межвидовой экспрессии эктопических глаз и имеет медицинское значение, поскольку гетерозиготные мутанты вызывают широкий спектр глазных дефектов, таких как аниридия у людей. [6]
Pax6 служит регулятором координации и формирования паттернов, необходимых для успешного прохождения дифференцировки и пролиферации, обеспечивая успешное осуществление процессов нейрогенеза и окулогенеза. Как фактор транскрипции, Pax6 действует на молекулярном уровне в передаче сигналов и формировании центральной нервной системы. Характерный парный ДНК-связывающий домен Pax6 использует два ДНК-связывающих домена, парный домен (PD) и гомеодомен парного типа.(HD). Эти домены функционируют отдельно посредством использования Pax6 для выполнения молекулярной передачи сигналов, которая регулирует специфические функции Pax6. Примером этого является регуляторное участие HD в формировании хрусталика и сетчатки на протяжении всего окулогенеза, в отличие от молекулярных механизмов контроля, проявляемых в паттернах нейрогенеза в развитии мозга с помощью PD. Домены HD и PD действуют в тесной координации, придавая Pax6 его многофункциональную природу в управлении молекулярной передачей сигналов при формировании ЦНС. Хотя многие функции Pax6 известны, молекулярные механизмы этих функций остаются в значительной степени нерешенными. [7] Высокопроизводительные исследования выявили множество новых генов-мишеней факторов транскрипции Pax6 во время развития хрусталика. [8]Они включают активатор транскрипции BCL9 , недавно идентифицированный, вместе с Pygo2 , как нижестоящие эффекторы функций Pax6. [9]
Распространение видов [ править ]
Изменения Pax6 приводят к сходным фенотипическим изменениям морфологии и функции глаз у широкого круга видов.
Функция белка PAX6 высоко консервативна у билатериальных видов. Напр., PAX6 мыши может запускать развитие глаз у Drosophila melanogaster . Кроме того, мышиный и человеческий PAX6 имеют идентичные аминокислотные последовательности. [10]
Геномная организация локуса PAX6 варьируется у разных видов, включая количество и распределение экзонов , цис-регуляторных элементов и сайтов старта транскрипции , [11] [12], хотя большинство элементов клады Vertebrata действительно выстраиваются в линию друг с другом. [13] [14]Первые работы по геномной организации были выполнены на перепелах, но картина локуса мыши на сегодняшний день является наиболее полной. Он состоит из 3 подтвержденных промоторов (P0, P1, Pα), 16 экзонов и по крайней мере 6 энхансеров. 16 подтвержденных экзонов пронумерованы от 0 до 13 с добавлением экзона α, расположенного между экзонами 4 и 5, и альтернативно сплайсированного экзона 5a. Каждый промотор связан со своим собственным проксимальным экзоном (экзон 0 для P0, экзон 1 для P1), в результате чего транскрипты альтернативно сплайсируются в 5'-нетранслируемой области. [15] По соглашению, экзоны для ортологов других видов называются относительно нумерации человека / мыши, при условии, что организация достаточно хорошо сохраняется. [14]
Считается, что из четырех ортологов Pax6 дрозофилы безглазый (ey) и близнец продуктов гена безглазого (toy) имеют функциональную гомологию с канонической изоформой Pax6 позвоночных, в то время как продукты гена eyegone (eyg) и близнеца eyegone (toe) имеют функциональную гомологию с изоформой Pax6 (5a) позвоночных. Eyeless и eyegone были названы их соответствующих мутантных фенотипов. Эти паралоги также играют роль в развитии всего глазно-усикового диска и, следовательно, в формировании головы. [16] игрушка положительно регулирует выражение глаз . [17]
Изоформы [ править ]
Локус PAX6 позвоночных кодирует по крайней мере три разные изоформы белка , это канонические PAX6, PAX6 (5a) и PAX6 (ΔPD). Канонический белок PAX6 содержит N-концевой спаренный домен, связанный линкерной областью с гомеодоменом парного типа, и богатый пролином / серином / треонином (P / S / T) С-концевой домен. Парный домен и гомеодомен парного типа обладают ДНК-связывающей активностью, тогда как P / S / T-богатый домен обладает функцией трансактивации. PAX6(5a) является продуктом альтернативно сплайсированного экзона 5a, приводящего к вставке 14 остатков в спаренный домен, что изменяет специфичность этой ДНК-связывающей активности. Нуклеотидная последовательность, соответствующая линкерной области, кодирует набор из трех альтернативных стартовых кодонов трансляции, из которых происходит третья изоформа PAX6. Все эти три генных продукта, известные как PAX6 (ΔPD) или беспарные изоформы, не имеют парного домена. Белки без пар обладают молекулярной массой 43, 33 или 32 кДа, в зависимости от конкретного используемого стартового кодона. Функция трансактивации PAX6 приписывается С-концевому P / S / T-богатому домену переменной длины, который простирается до 153 остатков в белках человека и мыши.
Клиническое значение [ править ]
Эксперименты на мышах показывают, что дефицит Pax-6 приводит к уменьшению размера мозга, аномалиям структуры мозга, приводящим к аутизму, отсутствию образования радужной оболочки или тонкой роговице. Нокаут-эксперименты выявили фенотипы безглазых, подтверждающие роль гена в развитии глаз. [6]
Мутации [ править ]
Во время эмбриологического развития ген PAX6, обнаруженный на хромосоме 2, можно увидеть, экспрессируется во многих ранних структурах, таких как спинной мозг, задний мозг, передний мозг и глаза. [18] Мутации гена PAX6 у млекопитающих могут оказывать сильное влияние на фенотип организма. Это можно увидеть у мышей, которые содержат гомозиготные мутации фактора транскрипции длиной 422 аминокислоты, кодируемого PAX6, у которых не развиваются глаза или носовые полости, называемые мышами «маленькие глаза» (PAX10 sey / sey ). [18] [19]Делеция PAX6 вызывает те же аномальные фенотипы, указывающие на то, что мутации вызывают потерю функциональности белка. PAX6 необходим для формирования сетчатки, хрусталика и роговицы из-за его роли в ранней детерминации клеток при формировании предшественников этих структур, таких как зрительный пузырек и вышележащая поверхностная эктодерма. [19] Мутации PAX10 также препятствуют развитию носовой полости из-за сходных структур-предшественников, которые у маленьких глазных мышей не экспрессируют мРНК PAX10. [20] Мыши, лишенные какого-либо функционального pax6, начинают фенотипически дифференцироваться от нормальных эмбрионов мышей примерно на 9-10 день беременности. [21] Полное выяснение точных механизмов и молекулярных компонентов, с помощью которых ген PAX6 влияет на развитие глаз, носа и центральной нервной системы, все еще исследуется, однако изучение PAX6 принесло больше понимания в развитие и генетические сложности этих систем организма млекопитающих.
См. Также [ править ]
Аниридия
Синдром Гиллеспи
Сигурд Змея в Глазе
Ссылки [ править ]
^ a b c GRCh38: Ensembl, выпуск 89: ENSG00000007372 - Ensembl , май 2017 г.
^ "Human PubMed Reference:" . Национальный центр биотехнологической информации, Национальная медицинская библиотека США .
^ «Ссылка на Mouse PubMed:» . Национальный центр биотехнологической информации, Национальная медицинская библиотека США .
↑ Джордан Т., Хэнсон I, Залетаев Д., Ходжсон С., Проссер Дж., Сиврайт А., Хасти Н., ван Хейнинген В. (август 1992 г.). «Ген PAX6 человека мутирован у двух пациентов с аниридией». Генетика природы . 1 (5): 328–32. DOI : 10.1038 / ng0892-328 . PMID 1302030 . S2CID 13736351 .
Перейти ↑ Fernald RD (2004). «Глаза: разнообразие, развитие и эволюция». Мозг, поведение и эволюция . 64 (3): 141–7. DOI : 10.1159 / 000079743 . PMID 15353906 . S2CID 7478862 .
^ а б Дэвис Л.К., Мейер К.Дж., Радд Д.С., Либрант А.Л., Эппинг Е.А., Шеффилд В.К., Вассинк TH (май 2008 г.). «Делеция Pax6 3 'приводит к аниридии, аутизму и умственной отсталости» . Генетика человека . 123 (4): 371–8. DOI : 10.1007 / s00439-008-0484-х . PMC 2719768 . PMID 18322702 .
^ Walcher T, Xie Q, Sun J, Irmler M, Beckers J, Öztürk T, Niessing D, Stoykova A, Cvekl A, Ninkovic J, Götz M (март 2013). «Функциональное вскрытие парного домена Pax6 раскрывает молекулярные механизмы координации нейрогенеза и пролиферации» . Развитие . 140 (5): 1123–36. DOI : 10.1242 / dev.082875 . PMC 3583046 . PMID 23404109 .
^ ВС - J, S Rockowitz, Се Q, поташа-Падан R, D Чжэн, Cvekl А (август 2015). «Идентификация in vivo ДНК-связывающих механизмов Pax6 и реконструкция Pax6-зависимых генных регуляторных сетей во время развития переднего мозга и хрусталика» . Исследования нуклеиновых кислот . 43 (14): 6827–46. DOI : 10.1093 / NAR / gkv589 . PMC 4538810 . PMID 26138486 .
^ Канту С, Зиммер D, G Hausmann, ВАЛЕНТ Т, Moor А, Aguet М, Basler К (сентябрь 2014). «Pax6-зависимая, но независимая от β-катенина, функция белков Bcl9 в развитии хрусталика мыши» . Гены и развитие . 28 (17): 1879–84. DOI : 10,1101 / gad.246140.114 . PMC 4197948 . PMID 25184676 .
^ Геринг WJ, Ikeo K (сентябрь 1999). «Pax 6: овладение морфогенезом и эволюцией глаза». Тенденции в генетике . 15 (9): 371–7. DOI : 10.1016 / S0168-9525 (99) 01776-X . PMID 10461206 .
^ Irvine SQ, Фонсека VC, Zompa MA, Antony R (май 2008). «Цис-регуляторная организация гена Pax6 в асцидии Ciona Кишечник» . Биология развития . 317 (2): 649–59. DOI : 10.1016 / j.ydbio.2008.01.036 . PMC 2684816 . PMID 18342846 .
^ Фабиан Р, Kozmikova I, Kozmik Z, Pantzartzi CN (2015). «События альтернативного сплайсинга Pax2 / 5/8 и Pax6 у базальных хордовых и позвоночных: фокус на парном бокс-домене» . Границы генетики . 6 : 228. DOI : 10,3389 / fgene.2015.00228 . PMC 4488758 . PMID 26191073 .
^ Бхатья S, Монахан Дж, Рави В, Р Готье, Мердок Е, Бреннер S, ван Heyningen В, Venkatesh В, Kleinjan Д.А. (март 2014). «Обзор древних консервативных некодирующих элементов в локусе PAX6 выявляет ландшафт встречно-гребенчатых цис-регуляторных архипелагов» . Биология развития . 387 (2): 214–28. DOI : 10.1016 / j.ydbio.2014.01.007 . PMID 24440152 .
^ a b Рави В., Бхатия С., Готье П., Лоосли Ф., Тай Б. Х., Тай А., Мердок Е., Коутиньо П., ван Хейнинген В., Бреннер С., Венкатеш Б., Кляйнджан Д. А. (2013). «Секвенирование локусов Pax6 у слоновой акулы выявило семейство генов Pax6 в геномах позвоночных, созданное древними дупликациями и расхождениями» . PLOS Genetics . 9 (1): e1003177. DOI : 10.1371 / journal.pgen.1003177 . PMC 3554528 . PMID 23359656 .
^ Anderson TR, Хедлунд E, Карпентер EM (июнь 2002). «Дифференциальная активность промотора Pax6 и экспрессия транскриптов во время развития переднего мозга». Механизмы развития . 114 (1–2): 171–5. DOI : 10.1016 / s0925-4773 (02) 00051-5 . PMID 12175506 . S2CID 15085580 .
^ Чжу J, S Palliyil, Ран С, Кумар JP (июнь 2017 г.). «Drosophila Pax6 способствует развитию всего глазно-усикового диска, тем самым обеспечивая правильное формирование головы взрослых особей» . Труды Национальной академии наук Соединенных Штатов Америки . 114 (23): 5846–5853. DOI : 10.1073 / pnas.1610614114 . PMC 5468661 . PMID 28584125 .
^ Punzo С, S Плаза, Seimiya М, Schnupf Р, Курата S, Jaeger - J, Геринг WJ (август 2004 г.). «Функциональное расхождение между безглазым и близнецом безглазого у Drosophila melanogaster» . Развитие . 131 (16): 3943–53. DOI : 10.1242 / dev.01278 . PMID 15253940 .
^ a b Фройнд С., Хорсфорд Д. Д., Макиннес Р. Р. (1996). «Гены факторов транскрипции и развивающийся глаз: генетическая перспектива» . Молекулярная генетика человека . 5 Спецификация №: 1471–88. DOI : 10.1093 / HMG / 5.Supplement_1.1471 . PMID 8875254 .
^ a b Walther C, Gruss P (декабрь 1991 г.). «Pax-6, мышиный парный бокс-ген, экспрессируется в развивающейся ЦНС». Развитие . 113 (4): 1435–49. PMID 1687460 .
^ Grindley JC, Davidson DR, Hill RE (май 1995). «Роль Pax-6 в развитии глаз и носа». Развитие . 121 (5): 1433–42. PMID 7789273 .
^ Кауфман MH, Chang HH, Шоу JP (июнь 1995). «Черепно-лицевые аномалии у гомозиготных эмбрионов Small Eye (Sey / Sey) и новорожденных мышей» . Журнал анатомии . 186 (3): 607–17. PMC 1167018 . PMID 7559133 .
Дальнейшее чтение [ править ]
Каллаертс П., Гальдер Г., Геринг В. Дж. (1997). «ПАХ-6 в развитии и эволюции». Ежегодный обзор нейробиологии . 20 (1): 483–532. DOI : 10.1146 / annurev.neuro.20.1.483 . PMID 9056723 .
Проссер Дж, ван Хейнинген В. (1998). «Обзор мутаций PAX6». Мутация человека . 11 (2): 93–108. DOI : 10.1002 / (SICI) 1098-1004 (1998) 11: 2 <93 :: AID-HUMU1> 3.0.CO; 2-M . PMID 9482572 .
Хевер А.М., Уильямсон К.А., ван Хейнинген В. (июнь 2006 г.). «Пороки развития глаза: роль PAX6, SOX2 и OTX2». Клиническая генетика . 69 (6): 459–70. DOI : 10.1111 / j.1399-0004.2006.00619.x . PMID 16712695 . S2CID 5676139 .
Глейзер Т., Уолтон Д.С., Маас Р.Л. (ноябрь 1992 г.). «Геномная структура, эволюционное сохранение и мутации аниридии в гене PAX6 человека». Генетика природы . 2 (3): 232–9. DOI : 10.1038 / ng1192-232 . PMID 1345175 . S2CID 26794244 .
Ton CC, Hirvonen H, Miwa H, Weil MM, Monaghan P, Jordan T., van Heyningen V, Hastie ND, Meijers-Heijboer H, Drechsler M (декабрь 1991 г.). «Позиционное клонирование и характеристика парного гена, содержащего бокс и гомеобокс, из области аниридии» (PDF) . Cell . 67 (6): 1059–74. DOI : 10.1016 / 0092-8674 (91) 90284-6 . ЛВП : 2027,42 / 28976 . PMID 1684738 . S2CID 34641827 .
O'Donnell FE, Pappas HR (февраль 1982 г.). «Аутосомно-доминантная фовеальная гипоплазия и пресенильная катаракта. Новый синдром». Архив офтальмологии . 100 (2): 279–81. DOI : 10.1001 / archopht.1982.01030030281009 . PMID 7065945 .
Марта А., Стронг Л.С., Феррелл Р.Э., Сондерс Г.Ф. (1995). «Три новые мутации аниридии в гене PAX6 человека». Мутация человека . 6 (1): 44–9. DOI : 10.1002 / humu.1380060109 . PMID 7550230 . S2CID 33125924 .
Хансон I, Браун А., ван Хейнинген V (июнь 1995 г.). «Новая мутация PAX6 в семейной аниридии» . Журнал медицинской генетики . 32 (6): 488–9. DOI : 10.1136 / jmg.32.6.488 . PMC 1050493 . PMID 7666404 .
Мирзаянс Ф., Пирс В.Г., Макдональд И.М., Уолтер М.А. (сентябрь 1995 г.). «Мутация гена PAX6 у пациентов с аутосомно-доминантным кератитом» . Американский журнал генетики человека . 57 (3): 539–48. PMC 1801269 . PMID 7668281 .
ван Хейнинген V, Литтл П.Ф. (1995). "Отчет четвертого международного семинара по картированию хромосомы 11 человека 1994". Цитогенетика и клеточная генетика . 69 (3–4): 127–58. DOI : 10.1159 / 000133953 . PMID 7698003 .
Auffray C, Behar G, Bois F, Bouchier C, Da Silva C, Devignes MD, Duprat S, Houlgatte R, Jumeau MN, Lamy B (февраль 1995 г.). «[ИЗОБРАЖЕНИЕ: молекулярная интеграция анализа генома человека и его экспрессии]». Comptes Rendus de l'Académie des Sciences, Série III . 318 (2): 263–72. PMID 7757816 .
Марта А., Феррелл Р.Э., Минц-Хиттнер Х., Лион, Лос-Анджелес, Сондерс Г.Ф. (май 1994 г.). «Парные коробочные мутации в семейной и спорадической аниридии предсказывают усеченные белки аниридии» . Американский журнал генетики человека . 54 (5): 801–11. PMC 1918271 . PMID 7909985 .
Глейзер Т., Джепил Л., Эдвардс Дж. Г., Молодой С. Р., Фавор Дж., Маас Р. Л. (август 1994 г.). «Эффект дозировки гена PAX6 в семье с врожденной катарактой, аниридией, анофтальмией и дефектами центральной нервной системы». Генетика природы . 7 (4): 463–71. DOI : 10.1038 / ng0894-463 . PMID 7951315 . S2CID 11622431 .
Эпштейн Дж. А., Глейзер Т., Цай Дж., Джепил Л., Уолтон Д. С., Маас Р. Л. (сентябрь 1994 г.). «Два независимых и взаимодействующих ДНК-связывающих субдомена парного домена Pax6 регулируются альтернативным сплайсингом» . Гены и развитие . 8 (17): 2022–34. DOI : 10,1101 / gad.8.17.2022 . PMID 7958875 .
Дэвис А., Коуэлл Дж. К. (декабрь 1993 г.). «Мутации в гене PAX6 у пациентов с наследственной аниридией». Молекулярная генетика человека . 2 (12): 2093–7. DOI : 10.1093 / HMG / 2.12.2093 . PMID 8111379 .
Hanson IM, Fletcher JM, Jordan T., Brown A, Taylor D, Adams RJ, Punnett HH, van Heyningen V (февраль 1994 г.). «Мутации в локусе PAX6 обнаруживаются при гетерогенных пороках развития переднего сегмента, включая аномалию Петерса». Генетика природы . 6 (2): 168–73. DOI : 10.1038 / ng0294-168 . PMID 8162071 . S2CID 12270847 .
Хансон И.М., Сиврайт А., Хардман К., Ходжсон С., Залетаев Д., Фекете Г., ван Хейнинген В. (июль 1993 г.). «Мутации PAX6 в аниридии». Молекулярная генетика человека . 2 (7): 915–20. DOI : 10,1093 / hmg / 2,7,915 . PMID 8364574 .
Адзума Н., Нишина С., Янагисава Х, Окуяма Т., Ямада М. (июнь 1996 г.). «Миссенс-мутация PAX6 при изолированной фовеальной гипоплазии». Генетика природы . 13 (2): 141–2. DOI : 10,1038 / NG0696-141 . PMID 8640214 . S2CID 22671179 .
Внешние ссылки [ править ]
Белок PAX6 + в предметных рубриках Национальной медицинской библиотеки США (MeSH)
GeneReviews / NCBI / NIH / UW запись об анофтальмии / обзоре микрофтальмии
GeneReviews / NCBI / NIH / UW запись об Aniridia
Записи OMIM на Aniridia
Паттерны экспрессии генов из атласов мозга Аллена
Обзор всей структурной информации, доступной в PDB для UniProt : P26367 ( парный коробчатый белок Pax-6) в PDBe-KB .
vтеPDB галерея
2cue : Структура раствора гомеобокса человеческого парного бокс-белка Pax-6
6pax : КРИСТАЛЛИЧЕСКАЯ СТРУКТУРА ПАРНОГО КОМПЛЕКСА ДОМЕН-ДНК ЧЕЛОВЕКА PAX-6 ВЫЯВЛЯЕТ ОБЩУЮ МОДЕЛЬ ВЗАИМОДЕЙСТВИЙ ПАКС-БЕЛК-ДНК
vтеФакторы транскрипции и внутриклеточные рецепторы
(1) Базовые домены
(1.1) Базовая лейциновая молния ( bZIP )
Активирующий фактор транскрипции
AATF
1
2
3
4
5
6
7
АП-1
c-Fos
FOSB
FOSL1
FOSL2
JDP2
с-июн
JUNB
JunD
БАХ
1
2
BATF
BLZF1
C / EBP
α
β
γ
δ
ε
ζ
CREB
1
3
L1
CREM
ДАД
DDIT3
ГАБПА
GCN4
HLF
MAF
B
F
грамм
K
NFE
2
L1
L2
L3
NFIL3
NRL
NRF
1
2
3
XBP1
(1.2) Базовая спираль-петля-спираль ( bHLH )
Группа А
AS-C
ASCL1
ASCL2
ATOH1
РУКА
1
2
MESP2
Миогенные регуляторные факторы
MyoD
Миогенин
MYF5
MYF6
NeuroD
1
2
Нейрогенины
1
2
3
ОЛИГ
1
2
Paraxis
TCF15
Склераксис
SLC
LYL1
TAL
1
2
Крутить
Группа B
FIGLA
Мой с
c-Myc
l-Myc
n-Myc
MXD4
TCF4
Группа C bHLH- PAS
AhR
AHRR
ARNT
ARNTL
ARNTL2
ЧАСЫ
HIF
1А
EPAS1
3А
NPAS
1
2
3
SIM
1
2
Группа D
BHLH
2
3
9
Pho4
Я БЫ
1
2
3
4
Группа E
HES
1
2
3
4
5
6
7
ПРИВЕТ
1
2
L
Группа F bHLH-COE
EBF1
(1.3) bHLH-ZIP
АП-4
МАКСИМУМ
MXD1
MXD3
MITF
MNT
MLX
MLXIPL
MXI1
Мой с
SREBP
1
2
USF1
(1.4) НФ-1
NFI
А
B
C
Икс
SMAD
R-SMAD
1
2
3
5
9
I-SMAD
6
7
4 )
(1.5) RF-X
RFX
1
2
3
4
5
6
АНК
(1.6) Базовая спираль-пролет-спираль (bHSH)
АП-2
α
β
γ
δ
ε
(2) ДНК-связывающие домены цинкового пальца
(2.1) Ядерный рецептор (Cys 4 )
подсемейство 1
Гормон щитовидной железы
α
β
МАШИНА
FXR
LXR
α
β
PPAR
α
β / δ
γ
PXR
RAR
α
β
γ
ROR
α
β
γ
Rev-ErbA
α
β
VDR
подсемейство 2
КУП-ТФ
( Я
II
Ухо-2
HNF4
α
γ
PNR
RXR
α
β
γ
Рецептор яичка
2
4
TLX
подсемейство 3
Стероидный гормон
Андроген
Эстроген
α
β
Глюкокортикоид
Минералокортикоид
Прогестерон
Связанный с эстрогеном
α
β
γ
подсемейство 4
NUR
NGFIB
NOR1
NURR1
подсемейство 5
LRH-1
SF1
подсемейство 6
GCNF
подсемейство 0
DAX1
SHP
(2.2) Другой Cys 4
GATA
1
2
3
4
5
6
MTA
1
2
3
TRPS1
(2.3) Cys 2 His 2
Общие факторы транскрипции
TFIIA
TFIIB
TFIID
TFIIE
1
2
ТФИИФ
1
2
TFIIH
1
2
4
2I
3А
3C1
3C2
ATBF1
BCL
6
11А
11B
CTCF
E4F1
EGR
1
2
3
4
ERV3
GFI1
GLI- Kruppel семьи
1
2
3
ОТДЫХ
S1
S2
YY1
ИК
1
2
HIVEP
1
2
3
IKZF
1
2
3
ILF
2
3
KLF
1
2
3
4
5
6
7
8
9
10
11
12
13
14
15
17
MTF1
MYT1
OSR1
PRDM9
ПРОДАЖА
1
2
3
4
SP
1
2
4
7
8
TSHZ3
WT1
Zbtb7
7А
7B
ZBTB
11
16
17
20
32
33
40
цинковый палец
3
7
9
10
19
22
24
33B
34
35 год
41 год
43 год
44 год
51
74
143
146
148
165
202
217
219
238
239
259
267
268
281
295
300
318
330
346
350
365
366
384
423
451
452
471
593
638
644
649
655
804A
(2.4) Cys 6
HIVEP1
(2.5) Чередующийся состав
AIRE
DIDO1
GRLF1
ING
1
2
4
ДЖАРИД
1А
1B
1С
1D
2
JMJD1B
(2.6) WRKY
WRKY
(3) Домены спираль-поворот-спираль
(3.1) Гомеодомен
Antennapedia класс Antp
protoHOX Hox-подобный
ParaHox
GSX
1
2
Xlox
PDX1
Cdx
1
2
4
расширенный Hox: Evx1
Evx2
MEOX1
MEOX2
Homeobox
A1
A2
A3
A4
A5
A7
A9
A10
A11
A13
B1
Би 2
B3
B4
B5
B6
B7
B8
B9
B13
C4
C5
C6
C8
C9
C10
C11
C12
C13
D1
D3
D4
D8
D9
D10
D11
D12
D13
GBX1
GBX2
MNX1
metaHOX NK-подобный
BARHL1
BARHL2
BARX1
BARX2
BSX
DBX
1
2
DLX
1
2
3
4
5
6
EMX
1
2
EN
1
2
HHEX
HLX
LBX1
LBX2
MSX
1
2
NANOG
NKX
2-1
2-2
2-3
2-5
3-1
3-2
HMX1
HMX2
HMX3
6-1
6-2
НАТО
TLX1
TLX2
TLX3
VAX1
VAX2
Другой
ARX
CRX
CUTL1
FHL
1
2
3
HESX1
HOPX
LMX
1А
1B
NOBOX
СКАЗКА
IRX
1
2
3
4
5
6
MKX
Я ЕСТЬ
1
2
АТС
1
2
3
PKNOX
1
2
ШЕСТЬ
1
2
3
4
5
PHF
1
3
6
8
10
16
17
20
21А
POU домен
PIT-1
БРН-3 : А
B
C
Фактор транскрипции октамера : 1
2
3/4
6
7
11
SATB2
ZEB
1
2
(3.2) Парная коробка
PAX
1
2
3
4
5
6
7
8
9
PRRX
1
2
PROP1
ФОКС
2А
2B
RAX
SHOX
SHOX2
VSX1
VSX2
Бикоид
GSC
BICD2
OTX
1
2
PITX
1
2
3
(3.3) Головка вилки / крылатая спираль
E2F
1
2
3
4
5
FOX белки
A1
A2
A3
C1
C2
D3
D4
E1
E3
F1
G1
H1
I1
J1
J2
K1
K2
L2
M1
N1
N3
O1
O3
O4
P1
P2
P3
P4
(3.4) Факторы теплового удара
HSF
1
2
4
(3.5) Кластеры триптофана
ELF
2
4
5
EGF
ELK
1
3
4
ERF
ETS
1
2
ЭРГ
СПИБ
ETV
1
4
5
6
FLI1
Факторы регуляции интерферона
1
2
3
4
5
6
7
8
MYB
MYBL2
(3.6) Домен TEA
фактор усиления транскрипции
1
2
3
4
(4) Факторы β-каркаса с малыми контактами канавок
(4.1) Область гомологии Rel
NF-κB
NFKB1
NFKB2
REL
РЕЛА
RELB
NFAT
C1
C2
C3
C4
5
(4.2) СТАТИСТИКА
СТАТИСТИКА
1
2
3
4
5
6
(4.3) p53-подобный
p53 p63 семья p73
p53
TP63
стр. 73
TBX
1
2
3
5
19
21 год
22
TBR1
TBR2
TFT
MYRF
(4.4) Коробка MADS
Mef2
А
B
C
D
SRF
(4.6) ТАТА-связывающие белки
TBP
TBPL1
(4.7) Высокомобильная группа
BBX
HMGB
1
2
3
4
HMGN
1
2
3
4
HNF
1А
1B
SOX
1
2
3
4
5
6
8
9
10
11
12
13
14
15
18
21 год
SRY
SSRP1
TCF / LEF
TCF
1
3
4
LEF1
ТОКС
1
2
3
4
(4.9) Зернистая голова
TFCP2
(4.10) Область холодного удара
CSDA
YBX1
(4.11) Runt
CBF
CBFA2T2
CBFA2T3
RUNX1
RUNX2
RUNX3
RUNX1T1
(0) Другие факторы транскрипции
(0.2) HMGI (Y)
HMGA
1
2
HBP1
(0.3) Карманный домен
Руб.
RBL1
RBL2
(0.5) Факторы, связанные с AP-2 / EREBP
Апетала 2
EREBP
B3
(0.6) Разное
ARID
1А
1B
2
3А
3B
4А
КОЛПАЧОК
ЕСЛИ Я
16
35 год
MLL
2
3
T1
MNDA
NFY
А
B
C
Ро / Сигма
см. также дефицит фактора транскрипции / корегулятора