Из Википедии, бесплатной энциклопедии
Перейти к навигации Перейти к поиску

Международный кодекс филогенетической номенклатуры , известный как PhyloCode для краткости, является формальным набором правил , регулирующих филогенетической номенклатуры . Его текущая версия специально разработана для регулирования наименования клад , оставляя управление названиями видов на усмотрение номенклатурных кодов на основе рангов ( ICN , ICZN , ICNB , ICTV ).

PhyloCode ассоциируется с Международным обществом по филогенетической номенклатуры (ISPN). [1] В сопутствующем томе « Филонимы» установлено 300 названий таксонов в соответствии с филокодом , которые служат примерами для тех, кто не знаком с этим кодом. [2] RegNum - это связанная онлайн-база данных для зарегистрированных названий клад. [3]

PhyloCode регулирует филогенетическую номенклатуру, предоставляя правила для решения которых объединение имен и определений считаются установленными, [4] , которые из них будет рассмотрены омонимы [5] или синонимов, [6] и какой из множества синонимов или омонимов будут считается принятым (как правило, зарегистрированный первым; см. ниже). PhyloCode только управляет именованием кладов , [7] не парафилетических или полифилетических групп, и только позволяет использовать экз , виды и апоморфиив качестве спецификаторов (якорей). [8]

Филогенетическая номенклатура [ править ]

Основная статья: Филогенетическая номенклатура

В отличие от ранга на основе номенклатурных кодов ( ICN , МКЗН , ICNB ), то PhyloCode не требует использования рядов , хотя это необязательно позволяет использовать их. [9] [10] Коды на основе ранга определяют таксоны, используя ранг (например, род , семейство и т. Д.) И, во многих случаях, типовой образец или типовой субтаксон . Точное содержание таксона, кроме типа, не определяется кодами на основе ранга.

Напротив, в филогенетической номенклатуре содержание таксонов разграничивается с использованием определения, основанного на филогении (т. Е. Родословной и происхождения) и использующих спецификаторы (например, виды, экземпляры, апоморфии) для обозначения реальных организмов . Формула определения указывает на предка. Таким образом, определенный таксон является этим предком и всеми его потомками. Таким образом, содержание филогенетически определенного таксона основывается на филогенетической гипотезе.

Ниже приведены примеры типов филогенетического определения (заглавные буквы обозначают спецификаторы): [11]

  • На основе узла : «клад, происходящая от самого недавнего общего предка A и B» или «наименее инклюзивная клада, содержащая A и B»
  • На основе ветвей : «клад, состоящая из A и всех организмов или видов, которые имеют более позднего общего предка с A, чем с Z» или «наиболее инклюзивная клада, содержащая A, но не Z». Другой термин для определений такого рода - основанный на основе .
  • На основе апоморфии: «клады, происходящие от первого организма или вида, обладающего апоморфией M, унаследованной от A».

Другие типы определения возможны также, принимая во внимание не только филогенетические отношения и апоморфий организмов , но и является ли или не связанные с ними организмы сохранились .

В следующей таблице приведены примеры филогенетических определений клад, которые также имеют ранги в традиционной номенклатуре. Когда все спецификаторы в определении на основе узлов являются существующими экземплярами или видами, как в следующем определении Mammalia, определяется группа кроны . (Традиционное определение Mammalia менее ограничительно, включая некоторые группы окаменелостей за пределами группы короны.) [12]

ИмяКлассифицироватьТипВозможное филогенетическое определение
TyrannosauridaeСемьяТираннозавр
Осборн 1905		Наименее инклюзивная клада, содержащая Tyrannosaurus rex Osborn 1905, Gorgosaurus libratus Lambe 1914 и Albertosaurus sarcophagus Osborn 1905
МлекопитающиеУчебный классN / AКлад, происходящий от последнего общего предка человека, Homo sapiens Linnaeus 1758, и утконоса, Ornithorhynchus anatinus Shaw 1799.
RodentiaЗаказN / AНаиболее инклюзивная клада, содержащая домовую мышь Mus musculus Linnaeus 1758, но не восточную хлопчатобумажную мышь Sylvilagus floridanus Allen 1890.
Neornithes
(Современные птицы)		ПодклассN / AКлода, происходящая от самого недавнего общего предка существующих представителей наиболее обширной клады, содержащей домашнего воробья Passer domesticus Linnaeus 1758, но не динозавра Stegosaurus armatus Marsh 1887
ТетраподаСуперклассN / AКлад, происходящий от самого раннего предка, от которого Homo sapiens Linnaeus 1758 унаследовал конечности с пальцами рук или ног.

Версии [ править ]

Проект Филокода претерпел несколько изменений. Все старые версии можно найти на сайте . По состоянию на январь 2020 года текущая версия - 5, завершена в январе 2014 года и выпущена 21 января 2019 года.

Организация [ править ]

Как и в случае с другими номенклатурными кодами, правила Филокода организованы в виде статей, которые, в свою очередь, организованы в виде глав. Каждая статья может также содержать примечания, примеры и рекомендации.

Оглавление [ править ]

  • Предисловие (включая цитированную литературу )
  • Преамбула
  • Раздел I. Принципы
  • Раздел II. Правила
    • Глава I. Таксоны ( статьи 1-3)
    • Глава II. Публикация (статьи 4-5)
    • Глава III. Имена (статьи 6-8)
    • Глава IV. Имена кладов (статьи 9-11)
    • Глава V. Выбор установленных названий ( статьи 12-15)
    • Глава VI. Положения для гибридов (ст. 16)
    • Глава VII. Орфография (статьи 17-18)
    • Глава VIII. Авторство имен (ст. 19)
    • Глава IX. Цитирование авторов и регистрационные номера (ст. 20)
    • Глава X. Названия видов (Статья 21)
    • Глава XI. Управление (ст. 22)
  • Глоссарий
  • Столы
  • Приложения
    • Приложение A. Процедуры регистрации и требования к данным
    • Приложение Б. Этический кодекс

Регистрационная база данных [ править ]

После реализации PhyloCode будет связан с регистрационной базой данных , называемой RegNum , в которой будут храниться все имена и определения клад, которые будут считаться приемлемыми. [13] Есть надежда, что это предоставит общедоступный инструмент для связывания названий клад с определениями, которые затем могут быть связаны с наборами субтаксов или образцов через базы данных филогенетических деревьев (такие как TreeBASE ).

Однако, как в настоящее время планируется, наиболее важным использованием RegNum будет решение о том, какой из ряда синонимов или омонимов будет считаться принятым: тот с наименьшим регистрационным номером, за исключением случаев сохранения.

История [ править ]

(Сгущенное из PhyloCode» ы введении. [14] )

PhyloCode вырос из мастерской в Гарвардском университете в августе 1998 года, где были приняты решения о его объема и содержания. Многие участники семинара вместе с несколькими другими людьми, которые впоследствии присоединились к проекту, выступали в качестве консультативной группы. В апреле 2000 г. проект был опубликован в сети, и у научного сообщества были запрошены комментарии.

Второй семинар был проведен в Йельском университете в июле 2002 года, на котором были внесены некоторые изменения в правила и рекомендации Филокода . Время от времени вносились и другие изменения.

Первое международное совещание по филогенетической номенклатуре, которое проходило с 6 июля по 9 июля 2004 года в Париже , Франция , собрало около 70 систематических и эволюционных биологов из 11 стран. [15] Это была первая открытая многодневная конференция, полностью посвященная филогенетической номенклатуре, и на ней была открыта новая ассоциация - Международное общество филогенетической номенклатуры (ISPN). Членство ISPN избирает Комитет по филогенетической номенклатуре. (CPN), которая взяла на себя роль консультативной группы, которая наблюдала за ранними этапами разработки Филокода.

Второе международное совещание по филогенетической номенклатуре проходило с 28 июня 2006 г. по 2 июля 2006 г. в Йельском университете ( Нью-Хейвен , Коннектикут , США). [16]

Третье международное совещание по филогенетической номенклатуре проходило с 21 июля по 22 июля 2008 года в Университете Далхаузи ( Галифакс , Новая Шотландия , Канада). [17]

PhyloCode вступил в силу с публикацией сопутствующего тома Phylonyms в 2020 году [18].

Влияния [ править ]

Теоретической основой PhyloCode была разработана в серии работ де Кейруш и Готье , [19] [20] [21] , который был предопределен ранее предположения , что название таксона может быть определена путем ссылки на часть филогенетического дерева . [22] [23]

Всякий раз , когда это возможно, писатели PhyloCode использовали проект Биокодекса , [24] , которые пытались унифицировать подход ранга на основе в единый кодекс, в качестве модели. Таким образом, организация Филокода , некоторая его терминология и формулировка определенных правил заимствованы из Биокода . Другие правила выводятся из одного или нескольких ранговых кодов, в частности ботанических [25] [26] [27] и зоологических [28] [29] кодов. Однако многие правила Филокодане имеют аналогов в каком-либо кодексе, основанном на таксономических рангах, из-за фундаментальных различий в определениях основ альтернативных систем. Обратите внимание, что Филокод не регулирует названия видов, чьи правила доступности, типизации и т. Д. По-прежнему регулируются необходимым традиционным Кодексом номенклатуры.

Будущее [ править ]

PhyloCode является спорным и вдохновил значительную критику со стороны некоторых систематиков. [30] Хотя Филокод был открыт несколько десятилетий назад, число сторонников повсеместного принятия Филокода все еще невелико. Хотя филонимы были опубликованы весной 2020 года, остается неясным, как код будет реализован и насколько широко он будет соблюдаться. [31] Некоторые сторонники полагают, что это должно быть реализовано, по крайней мере, сначала, как набор правил, сопровождающих связанную регистрационную базу данных RegNum , и что признание научным сообществом может исходить из популяризации RegNum как утилиты для поиска имена и определения клады.

Список опубликованной критики Филокода можно найти на веб-сайте ISPN , как и список опровержений.

Ссылки [ править ]

  1. ^ «Международное общество филогенетической номенклатуры (веб-сайт)» . Phylonames.org . Проверено 7 июля 2010 .
  2. ^ Laurin, M .; Брайант, HN (2009). "Третье собрание Международного общества филогенетической номенклатуры: отчет". Zoologica Scripta . 38 (3): 333–337. DOI : 10.1111 / j.1463-6409.2008.00379.x .
  3. ^ "RegNum" . Музей Флориды . Проверено 4 апреля 2019 года .
  4. ^ "Международный кодекс филогенетической номенклатуры, Версия 4b - Глава II. Публикация" . Ohiou.edu . Проверено 7 июля 2010 .
  5. ^ "Международный кодекс филогенетической номенклатуры, Версия 4b - Статья 13: Омонимия" . ohiou.edu . Проверено 7 июля 2010 .
  6. ^ "Международный кодекс филогенетической номенклатуры Версия 4b, Статья 14: Синонимия" . Ohiou.edu . Проверено 7 июля 2010 .
  7. ^ "Международный кодекс филогенетической номенклатуры, Версия 4b - Правило 1.1" . Ohiou.edu . Проверено 7 июля 2010 .
  8. ^ «Международный кодекс филогенетической номенклатуры, версия 4b - статья 11. Спецификаторы и оговорки» . Ohiou.edu . Проверено 7 июля 2010 .
  9. ^ «Международный кодекс филогенетической номенклатуры, версия 4b - статья 3. Иерархия и ранг» . Ohiou.edu . Проверено 7 июля 2010 .
  10. ^ Хотя обратите внимание, что PhyloCode не разрешает изменять название таксона при изменении его ранга, в то время как коды на основе ранга требуют этого, по крайней мере, для некоторых названий.
  11. ^ «Международный кодекс филогенетической номенклатуры, версия 4b - статья 9. Общие требования для создания названий клад» . Ohiou.edu . Проверено 7 июля 2010 .
  12. ^ Андерсон, Джейсон С. (2002). «Использование общеизвестных имен в филогенетической номенклатуре: ответ Лаурину» (PDF) . Систематическая биология . 51 (5): 822–827. DOI : 10.1080 / 10635150290102447 . PMID 12396594 . Проверено 28 декабря 2011 года .  
  13. ^ «Филокод: статья 8» .
  14. ^ "Международный кодекс филогенетической номенклатуры, Версия 4b - Предисловие" . Ohiou.edu . Проверено 7 июля 2010 .
  15. ^ Laurin, M .; П.Д. Кантино (2004). «Первое международное собрание филогенетической номенклатуры: доклад». Zool. Scr . 33 (5): 475–479. DOI : 10.1111 / j.0300-3256.2004.00176.x .
  16. ^ Laurin, M .; П.Д. Кантино (2007). «Вторая встреча Международного общества филогенетической номенклатуры: отчет». Zool. Scr . 36 : 109–117. DOI : 10.1111 / j.1463-6409.2006.00268.x .
  17. ^ Laurin, M .; Брайант, HN (май 2009 г.). «Третье собрание Международного общества филогенетической номенклатуры: отчет». Zoologica Scripta . 38 (3): 333–337. DOI : 10.1111 / j.1463-6409.2008.00379.x .
  18. ^ de Queiroz. К., Кантино. PD, Готье. JA eds. (2020). Филонимы: дополнение к филокоду . CRC Press Бока-Ратон, Флорида
  19. ^ de Queiroz, K .; Ж. Готье (1990). «Филогения как центральный принцип в таксономии: филогенетические определения названий таксонов». Syst. Zool . Общество систематических биологов. 39 (4): 307–322. DOI : 10.2307 / 2992353 . JSTOR 2992353 . 
  20. ^ de Queiroz, K .; Ж. Готье (1992). «Филогенетическая систематика». Анну. Rev. Ecol. Syst . 23 : 449–480. DOI : 10.1146 / annurev.es.23.110192.002313 .
  21. ^ de Queiroz, K .; Ж. Готье (1994). «К филогенетической системе биологической номенклатуры». Trends Ecol. Evol . 9 (1): 27–31. DOI : 10.1016 / 0169-5347 (94) 90231-3 . PMID 21236760 . 
  22. ↑ Griffiths, Graham CD. «Об основах биологической систематики». Acta biotheoretica 23, вып. 3-4 (1974): 85-131.
  23. ^ Ghiselin, MT (1984). « » Определение «„характер“и другие сомнительные термины». Syst. Zool . Общество систематических биологов. 33 (1): 104–110. DOI : 10.2307 / 2413135 . JSTOR 2413135 . 
  24. ^ Greuter, W .; Д.Л. Хоксворт; Дж. Макнил; А. Мэйо; А. Минелли; PHA Sneath; Би Джей Тиндалл; П. Трехане; П. Таббс (1998). «Проект Биокода (1997 г.): предполагаемые международные правила для научных названий организмов». Таксон . Международная ассоциация таксономии растений (IAPT). 47 (1): 127–150. DOI : 10.2307 / 1224030 . JSTOR 1224030 . 
  25. ^ Greuter, W .; FR Barrie; HM Burdet; WG Chaloner; В. Демулин; Д.Л. Хоксворт; Премьер-министр Йоргенсен; Дж. Макнил; Д.Х. Николсон; ПК Сильва; П. Трехане (1994). Международный кодекс ботанической номенклатуры (Токийский кодекс) . Koeltz Scientific Books, Кенигштайн, Германия. ISBN 1-878762-66-4.
  26. ^ Greuter, W .; FR Barrie; HM Burdet; В. Демулин; Т. С. Филгейрас; Д.Л. Хоксворт; Дж. Макнил; Д.Х. Николсон; ПК Сильва; JE Skog; П. Трехане; NJ Turland (2000). Международный кодекс ботанической номенклатуры (Кодекс Сент-Луиса) . Koeltz Scientific Books, Кенигштайн, Германия.
  27. ^ McNeill, J .; FR Barrie; HM Burdet; В. Демулин; Д.Л. Хоксворт; К. Мархольд; Д.Х. Николсон; Дж. Прадо; ПК Сильва; JE Skog; JH Wiersema; NJ Turland (2006). Международный кодекс ботанической номенклатуры (Венский кодекс) . Гантнер, Руггель, Лихтенштейн. ISBN 3-906166-48-1.
  28. ^ Международная комиссия по зоологической номенклатуре (1985). Международный кодекс зоологической номенклатуры (3-е изд.). Международный фонд зоологической номенклатуры. ISBN 0-85301-006-4.
  29. ^ Международная комиссия по зоологической номенклатуре (1999). Международный кодекс зоологической номенклатуры (4-е изд.). Международный фонд зоологической номенклатуры. ISBN 0-85301-006-4.
  30. ^ Никсон, KC, Карпентер, JM и Стивенсон, DW (2003): Филокод фатально ошибочен, и "линнеевская" система может быть легко исправлена. The Botanical Review no 69 (1): pp111 - ?? 120 статья.
  31. ^ Queiroz, Кевин Де; Кантино, Филип Д .; Готье, Жак А. (27 мая 2020 г.). Филонимы: спутник Филокода . ISBN 9781138332935.

Литература [ править ]

  • Андерсон, Дж. С. (2002). «Использование известных имен в филогенетической номенклатуре: ответ Лаурину» . Syst. Биол . 51 (5): 822–827. DOI : 10.1080 / 10635150290102447 . PMID  12396594 .
  • Баум Д.А.; WS Alverson; Р. Найфелер (1998). «Дуриан под любым другим названием: таксономия и номенклатура основных Мальвалес». Гарвардские документы по ботанике . 3 : 315–330. ISSN  1043-4534 .
  • Бентон, MJ (2000). «Стебли, узлы, венцы и списки без рангов: Линней мертв?» . Биологические обзоры . 75 (4): 633–648. DOI : 10.1111 / j.1469-185X.2000.tb00055.x . ISSN  0006-3231 . PMID  11117201 . S2CID  17851383 . Архивировано из оригинала на 2011-06-05.
  • Кантино, Филип Д. (2000). «Филогенетическая номенклатура: решение некоторых проблем». Таксон . Международная ассоциация таксономии растений (IAPT). 49 (1): 85–93. DOI : 10.2307 / 1223935 . JSTOR  1223935 .
  • Кантино, Филип Д. (2004). «Классификация видов по сравнению с именованием клад». Таксон . Международная ассоциация таксономии растений (IAPT). 53 (3): 795–798. DOI : 10.2307 / 4135453 . JSTOR  4135453 .
  • Карпентер, JM (2003). «Критика чистой глупости». Ботаническое обозрение . 69 (1): 79–92. DOI : 10,1663 / 0006-8101 (2003) 069 [0079: COPF] 2.0.CO; 2 . ISSN  0006-8101 .
  • де Кейро, К. (1992). «Филогенетические определения и таксономическая философия». Биол. Филос . 7 (3): 295–313. DOI : 10.1007 / BF00129972 . S2CID  36728162 .
  • де Кейро, К. (2006). «Филокод и различие между таксономией и номенклатурой» . Syst. Биол . 55 (1): 160–162. DOI : 10.1080 / 10635150500431221 . PMID  16507533 .
  • de Queiroz, K .; П.Д. Кантино (2001). «Филогенетическая номенклатура и Филокод». Бык. Zool. Номенклатурный . 58 : 254–271. ISSN  0007-5167 .
  • de Queiroz, K .; Ж. Готье (1990). «Филогения как центральный принцип в таксономии: филогенетические определения названий таксонов». Syst. Zool . Общество систематических биологов. 39 (4): 307–322. DOI : 10.2307 / 2992353 . JSTOR  2992353 .
  • de Queiroz, K .; Ж. Готье. (1992). «Филогенетическая систематика». Анну. Rev. Ecol. Syst . 23 : 449–480. DOI : 10.1146 / annurev.es.23.110192.002313 . ISSN  0066-4162 .
  • de Queiroz, K .; Ж. Готье (1994). «К филогенетической системе биологической номенклатуры». Trends Ecol. Evol . 9 (1): 27–31. DOI : 10.1016 / 0169-5347 (94) 90231-3 . PMID  21236760 .
  • Dominguez, E .; QD Уиллер (1997). «Таксономическая стабильность - это незнание». Кладистика . 13 (4): 367–372. DOI : 10,1006 / clad.1997.0050 . ISSN  0748-3007 .
  • Донохью, MJ; Дж. А. Готье (2004). «Реализация Филокода». Trends Ecol. Evol . 19 (6): 281–282. DOI : 10.1016 / j.tree.2004.04.004 . PMID  16701272 .
  • Gauthier, J .; К. де Кейруш (2001). «Пернатые динозавры, летающие динозавры, кроновые динозавры и имя« Авес »». В JA Gauthier; Л.Ф. Галл (ред.). Новые взгляды на происхождение и раннюю эволюцию птиц: материалы Международного симпозиума в честь Джона Х. Острома . Нью-Хейвен, Коннектикут, США: Музей естественной истории Пибоди, Йельский университет. С. 7–41 с.
  • Лаурин, М. (2005). "Dites oui au PhyloCode!" (PDF) . Бык. Soc. Пт. Syst . 34 : 25–31. ISSN  1240-3253 . Архивировано из оригинала (полный текст PDF) 2008-08-08.
  • Лаурин, М .; Филип Д. Кантино (2004). «Первое международное совещание по филогенетической номенклатуре: отчет». Zool. Scr . 33 (5): 475–479. DOI : 10.1111 / j.0300-3256.2004.00176.x .
  • Лаурин, М .; К. де Кейруш; Филип Д. Кантино (2006). «Смысл и устойчивость названий таксонов». Zool. Scr . 35 (1): 113–114. DOI : 10.1111 / j.1463-6409.2006.00219.x .
  • Nordal, I .; Б. Стедже (2005). «Письма в редакцию: следует принимать парафилетические таксоны» (PDF) . Таксон . 54 (1): 5–6. DOI : 10.2307 / 25065296 . ISSN  0040-0262 . JSTOR  25065296 . Архивировано из оригинального (PDF полнотекстовые) по 2006-02-28. включая предложение, но без 150 подписавших его сторон
  • Риппель, О. (2006). «Филокод: критическое обсуждение его теоретической основы» . Кладистика . 22 (2): 186–197. DOI : 10.1111 / j.1096-0031.2006.00097.x . S2CID  59463810 .
  • Серено, ПК (1999). «Определения в филогенетической систематике: критика и обоснование» . Syst. Биол . 48 (2): 329–351. DOI : 10.1080 / 106351599260328 . PMID  12066711 .
  • Серено, ПК (2005). «Логические основы филогенетической систематики». Syst. Биол . 54 (4): 595–619. CiteSeerX  10.1.1.541.7233 . DOI : 10.1080 / 106351591007453 . PMID  16109704 .

Внешние ссылки [ править ]

  • Филокод (текущий проект)
  • Международное общество филогенетической номенклатуры
  • Дискуссионный форум Международного общества филогенетической номенклатуры
  • Литература по филогенетической номенклатуре
  • Кристин Соарес, что в имени? , Scientific American , (ноябрь 2004 г.).
  • Филокод дебаты
  • Что, если мы решим переименовать все живое на Земле? , Журнал Discovery , (28.04.2005)