Из Википедии, бесплатной энциклопедии
Перейти к навигации Перейти к поиску
ПАРН
Протеин PARN PDB 1whv.png
Доступные конструкции
PDBОртолог поиск: PDBe RCSB
Список идентификационных кодов PDB

2A1R , 2A1S , 3CTR

Идентификаторы
ПсевдонимыPARN , DAN, DKCB6, PFBMFT4, поли (A) -специфическая рибонуклеаза
Внешние идентификаторыOMIM : 604212 MGI : 1921358 HomoloGene : 31098 GeneCards : pärn
Расположение гена ( человек )
Хромосома 16 (человек)
Chr.Хромосома 16 (человека) [1]
Хромосома 16 (человек)
Геномное расположение PARN
Геномное расположение PARN
Группа16p13.12Начинать14 435 700 п.н. [1]
Конец14 632 728 п.н. [1]
Расположение гена ( Мышь )
Хромосома 16 (мышь)
Chr.Хромосома 16 (мышь) [2]
Хромосома 16 (мышь)
Геномное расположение PARN
Геномное расположение PARN
Группа16 | 16 A1Начинать13 537 960 п.н. [2]
Конец13 668 170 п.н. [2]
Паттерн экспрессии РНК
PBB GE PARN 203905 в формате fs.png
Дополнительные данные эталонного выражения
Генная онтология
Молекулярная функция• ион металла связывания
• мРНК 3'-UTR связывания
• GO: связывание белка 0001948
• связывание нуклеиновой кислоты
• нуклеазную активность
• экзонуклеазной активности
• гидролазы активность
• протеинкиназы связывания
• связывание катиона
• связывания РНК
• поли (А) -специфические рибонуклеазы активность
• связывание теломеразной РНК
• 3'-5'-экзорибонуклеазная активность
Сотовый компонент• цитоплазма
• цитозоль
• ядрышко
• ядро клетки
Биологический процесс• процесс катаболического мРНКа
• женского поколения гамет
• регулирование стабильности мРНКа
• GO: 0016547 РНК модификации
• Процесс катаболического ядерно-транскрибируются мРНК, нонсенс-опосредованного распад
• ядерная транскрипции мРНК поли (А) хвост укорочение
• гидролиз РНК фосфодиэфирной связи, экзонуклеолитический
• стабилизация теломеразной РНК
• позитивная регуляция поддержания теломер с помощью теломеразы
• позитивная регуляция активности теломеразы
• регуляция локализации теломеразной РНК в тельце Кахаля
• деаденилирование нкРНК
• блок-процессинг 3'-конца snoRNA H / ACA
• катаболический процесс miRNA
• зависимый от полиаденилирования процессинг 3'-конца snoRNA
Источники: Amigo / QuickGO
Ортологи
РазновидностьЧеловекМышь
Entrez

5073

74108

Ансамбль

ENSG00000140694
ENSG00000274829

ENSMUSG00000022685

UniProt

O95453

Q8VDG3

RefSeq (мРНК)

NM_001134477
NM_001242992
NM_002582

NM_028761
NM_001358452
NM_001358453

RefSeq (белок)

NP_001127949
NP_001229921
NP_002573

NP_083037
NP_001345381
NP_001345382

Расположение (UCSC)Chr 16: 14.44 - 14.63 МбChr 16: 13.54 - 13.67 Мб
PubMed поиск[3][4]
Викиданные
Просмотр / редактирование человекаПросмотр / редактирование мыши

Поли (А) -специфический рибонуклеазы (pärn) , также известный как полиаденилированные конкретных рибонуклеазы или deadenylating нуклеазы (ДАН) , представляет собой фермент , который у человека кодируется pärn гена . [5] [6]

Функция [ править ]

Экзонуклеолитическая деградация поли (А) хвоста часто является первым шагом в распаде мРНК эукариот . Аминокислотной последовательности поли (А) -специфические рибонуклеазы имеет гомологию к РНКазы D семейства 3'- экзонуклеазы . Белок, по-видимому, локализован как в ядре, так и в цитоплазме. Он нестабильно связан с полисомами или рибосомными субъединицами. [6] Наследственные мутации в PARN приводят к болезни костного мозга Dyskeratosis Congenita, которая вызывается дефектным процессингом и деградацией теломеразной РНК у пациентов. [7] [8] [9] [10] [11] [12] [13]

Ссылки [ править ]

  1. ^ a b c ENSG00000274829 GRCh38: Ensembl, выпуск 89: ENSG00000140694, ENSG00000274829 - Ensembl , май 2017 г.
  2. ^ a b c GRCm38: выпуск Ensembl 89: ENSMUSG00000022685 - Ensembl , май 2017 г.
  3. ^ "Human PubMed Reference:" . Национальный центр биотехнологической информации, Национальная медицинская библиотека США .
  4. ^ «Ссылка на Mouse PubMed:» . Национальный центр биотехнологической информации, Национальная медицинская библиотека США .
  5. ^ Buiting К, Кёрнер С, Ульриха В, Е Вале, Horsthemke В (май 2000 г.). «Человеческий ген поли (А) -специфической рибонуклеазы (PARN) отображается на 16p13 и имеет усеченную копию в области Прадера-Вилли / Ангельмана на 15q11 → q13». Цитогенетика и клеточная генетика . 87 (1–2): 125–31. DOI : 10.1159 / 000015378 . PMID 10640832 . S2CID 28498478 .  
  6. ^ a b «Ген Entrez: PARN поли (A) -специфическая рибонуклеаза (нуклеаза деаденилирования)» .
  7. ^ Tummala H, Walne A, Collopy L, Cardoso S, de la Fuente J, Lawson S, Powell J, Cooper N, Foster A, Mohammed S, Plagnol V, Vulliamy T, Dokal I (май 2015 г.). «Дефицит поли (A) -специфической рибонуклеазы влияет на биологию теломер и вызывает врожденный дискератоз» . Журнал клинических исследований . 125 (5): 2151–60. DOI : 10.1172 / JCI78963 . PMC 4463202 . PMID 25893599 .  
  8. ^ Dhanraj S, Gunja С.М., Deveau А.П., Nissbeck М, Boonyawat В, Кумбс AJ, Renieri А, Mucciolo М, Marozza А, Buoni S, Тернер л, Ли Н, Джаррар А, Sabanayagam М, Кирби М, Шаго М, Пинто Д., Берман Дж. Н., Шерер С. В., Виртанен А., Дрор Ю. (ноябрь 2015 г.). «Отказ костного мозга и задержка развития, вызванные мутациями поли (A) -специфической рибонуклеазы (PARN)». Журнал медицинской генетики . 52 (11): 738–48. DOI : 10.1136 / jmedgenet-2015-103292 . PMID 26342108 . S2CID 19822046 .  
  9. ↑ Стюарт Б.Д., Чой Дж., Заиди С., Ксинг С., Холохан Б., Чен Р., Чой М., Дхарвадкар П., Торрес Ф., Гирод К.Э., Вайслер Дж., Фицджеральд Дж., Кершоу С., Клесни-Тейт Дж., Магето Ю., Шей Дж. У. , Джи В., Билгувар К., Мане С., Лифтон Р.П., Гарсия К.К. (май 2015 г.). «Секвенирование экзома связывает мутации в PARN и RTEL1 с семейным фиброзом легких и укорочением теломер» . Генетика природы . 47 (5): 512–7. DOI : 10.1038 / ng.3278 . PMC 4414891 . PMID 25848748 .  
  10. Перейти ↑ Shukla S, Schmidt JC, Goldfarb KC, Cech TR, Parker R (апрель 2016 г.). «Ингибирование распада теломеразной РНК устраняет дефицит теломеразы, вызванный дискерином или дефектами PARN» . Структурная и молекулярная биология природы . 23 (4): 286–92. DOI : 10.1038 / nsmb.3184 . PMC 4830462 . PMID 26950371 .  
  11. ^ Цзэн CK, Ван ВЧ, Бернс А.М., Шредер М. Р., Гаспари М, Р Баумана (декабрь 2015). «Обработка теломеразной РНК человека и контроль качества» . Отчеты по ячейкам . 13 (10): 2232–43. DOI : 10.1016 / j.celrep.2015.10.075 . PMID 26628367 . 
  12. ↑ Nguyen D, Grenier St-Sauveur V, Bergeron D, Dupuis-Sandoval F, Scott MS, Bachand F (декабрь 2015 г.). «Зависимый от полиаденилирования путь созревания 3'-конца необходим для синтеза теломеразной РНК человека» . Отчеты по ячейкам . 13 (10): 2244–57. DOI : 10.1016 / j.celrep.2015.11.003 . PMID 26628368 . 
  13. ^ Moon DH, Segal M, Boyraz B, Guinan E, Hofmann I, Каган P, Tai AK, Агарвал S (декабрь 2015). «Поли (A) -специфическая рибонуклеаза (PARN) опосредует созревание 3'-конца компонента теломеразной РНК» . Генетика природы . 47 (12): 1482–8. DOI : 10.1038 / ng.3423 . PMC 4791094 . PMID 26482878 .  

Дальнейшее чтение [ править ]

  • Кёрнер К.Г., Вале Э. (апрель 1997 г.). «Укорочение поли (А) хвоста поли (А) -специфической 3'-экзорибонуклеазой» . Журнал биологической химии . 272 (16): 10448–56. DOI : 10.1074 / jbc.272.16.10448 . PMID  9099687 .
  • Кёрнер CG, Wormington M, Muckenthaler M, Schneider S, Dehlin E, Wahle E (сентябрь 1998 г.). «Деаденилирующая нуклеаза (DAN) участвует в удалении поли (A) хвоста во время мейотического созревания ооцитов Xenopus» . Журнал EMBO . 17 (18): 5427–37. DOI : 10.1093 / emboj / 17.18.5427 . PMC  1170868 . PMID  9736620 .
  • Делин Э., Вормингтон М., Кёрнер К.Г., Вале Э. (март 2000 г.). «Кэп-зависимое деаденилирование мРНК» . Журнал EMBO . 19 (5): 1079–86. DOI : 10.1093 / emboj / 19.5.1079 . PMC  305646 . PMID  10698948 .
  • Мартинес Дж., Рен Ю.Г., Турессон А.С., Хеллман Ю., Астром Дж., Виртанен А. (август 2000 г.). «Фрагмент 54 кДа поли (А) -специфической рибонуклеазы представляет собой олигомерную процессивную и взаимодействующую с кэпом поли (А) -специфическую 3'-экзонуклеазу» . Журнал биологической химии . 275 (31): 24222–30. DOI : 10.1074 / jbc.M001705200 . PMID  10801819 .
  • Гао М., Фриц Д.Т., Форд ЛП, Вилуш Дж. (Март 2000 г.). «Взаимодействие между поли (A) -специфической рибонуклеазой и 5'-кэпом влияет на скорость деаденилирования мРНК in vitro» . Молекулярная клетка . 5 (3): 479–88. DOI : 10.1016 / S1097-2765 (00) 80442-6 . PMC  2811581 . PMID  10882133 .
  • Гао М., Вилуш С.Дж., Пельц С.В., Вилуш Дж. (Март 2001 г.). «Новая активность по удалению мРНК в цитоплазматических экстрактах HeLa регулируется элементами, богатыми AU» . Журнал EMBO . 20 (5): 1134–43. DOI : 10.1093 / emboj / 20.5.1134 . PMC  145468 . PMID  11230136 .
  • Мартинес Дж., Рен Ю.Г., Нильссон П., Эренберг М., Виртанен А. (июль 2001 г.). «Конструкция кэпа мРНК стимулирует скорость удаления поли (А) и усиливает процессивность деградации» . Журнал биологической химии . 276 (30): 27923–9. DOI : 10.1074 / jbc.M102270200 . PMID  11359775 .
  • Copeland PR, Wormington M (июнь 2001 г.). «Механизм и регуляция деаденилирования: идентификация и характеристика Xenopus PARN» . РНК . 7 (6): 875–86. DOI : 10.1017 / S1355838201010020 . PMC  1370141 . PMID  11424938 .
  • Chen CY, Gherzi R, Ong SE, Chan EL, Raijmakers R, Pruijn GJ, Stoecklin G, Moroni C, Mann M, Karin M (ноябрь 2001 г.). «Связывающие белки AU рекрутируют экзосому для разрушения мРНК, содержащих ARE». Cell . 107 (4): 451–64. DOI : 10.1016 / S0092-8674 (01) 00578-5 . PMID  11719186 . S2CID  14817671 .
  • Рен Ю.Г., Мартинес Дж., Виртанен А. (февраль 2002 г.). «Идентификация активного сайта поли (А) -специфической рибонуклеазы с помощью сайт-направленного мутагенеза и Fe (2 +) - опосредованного расщепления» . Журнал биологической химии . 277 (8): 5982–7. DOI : 10.1074 / jbc.M111515200 . PMID  11742007 .
  • Андерсен Дж. С., Лион CE, Фокс А. Х., Люнг А. К., Лам Ю. В., Стин Х, Манн М., Ламонд А. И. (январь 2002 г.) «Направленный протеомный анализ ядрышка человека». Текущая биология . 12 (1): 1–11. DOI : 10.1016 / S0960-9822 (01) 00650-9 . PMID  11790298 . S2CID  14132033 .
  • Scherl A, Couté Y, Déon C, Callé A, Kindbeiter K, Sanchez JC, Greco A, Hochstrasser D, Diaz JJ (ноябрь 2002 г.). «Функциональный протеомный анализ ядрышка человека» . Молекулярная биология клетки . 13 (11): 4100–9. DOI : 10.1091 / mbc.E02-05-0271 . PMC  133617 . PMID  12429849 .
  • Лай В.С., Кеннингтон Е.А., Blackshear PJ (июнь 2003 г.). «Тристетрапролин и члены его семейства могут способствовать бесклеточному деаденилированию мРНК, содержащих AU-богатые элементы, поли (A) рибонуклеазой» . Молекулярная и клеточная биология . 23 (11): 3798–812. DOI : 10.1128 / MCB.23.11.3798-3812.2003 . PMC  155217 . PMID  12748283 .
  • Lejeune F, Li X, Maquat LE (сентябрь 2003 г.). «Нонсенс-опосредованный распад мРНК в клетках млекопитающих включает декапирование, деаденилирование и экзонуклеолитическую активность». Молекулярная клетка . 12 (3): 675–87. DOI : 10.1016 / S1097-2765 (03) 00349-6 . PMID  14527413 .
  • Герзи Р., Ли К.Ю., Бриата П., Вегмюллер Д., Морони С., Карин М., Чен С.Ю. (июнь 2004 г.). «РНК-связывающий белок KH-домена, KSRP, способствует ARE-направленному обороту мРНК, задействуя механизм деградации». Молекулярная клетка . 14 (5): 571–83. DOI : 10.1016 / j.molcel.2004.05.002 . PMID  15175153 .
  • Ленер Б., Сандерсон К.М. (июль 2004 г.). «Структура взаимодействия белков для деградации мРНК человека» . Геномные исследования . 14 (7): 1315–23. DOI : 10.1101 / gr.2122004 . PMC  442147 . PMID  15231747 .
  • Рен Ю.Г., Кирсебом Л.А., Виртанен А. (ноябрь 2004 г.). «Координация ионов двухвалентных металлов в активном центре поли (А) -специфической рибонуклеазы» . Журнал биологической химии . 279 (47): 48702–6. DOI : 10.1074 / jbc.M403858200 . PMID  15358788 .


  • v
  • т
  • е