Докинг белок-лиганд - это метод молекулярного моделирования . Цель стыковки белок-лиганд - предсказать положение и ориентацию лиганда (небольшой молекулы), когда он связан с белковым рецептором или ферментом. [1] В фармацевтических исследованиях используются методы стыковки для различных целей, в первую очередь для виртуального скрининга больших баз данных доступных химических веществ с целью выбора вероятных кандидатов в лекарства.
Доступно несколько программных приложений стыковки белок-лиганд, которые вычисляют сайт, геометрию и энергию малых молекул или пептидов, взаимодействующих с белками, таких как AutoDock и AutoDock Vina , rDock , FlexAID , Molecular Operating Environment и Glide .
Гибкость белка [ править ]
Вычислительные возможности резко возросли за последние два десятилетия, что сделало возможным использование более сложных и требовательных к вычислительным ресурсам методов в компьютерной разработке лекарств. Тем не менее, проблема гибкости рецепторов в методиках стыковки остается сложной. [2] Основная причина этой трудности - большое количество степеней свободы, которые необходимо учитывать при такого рода расчетах. Однако в большинстве случаев игнорирование этого приводит к плохим результатам стыковки с точки зрения прогнозирования позы привязки в реальных условиях. [3] Использование крупнозернистых моделей белков для решения этой проблемы представляется многообещающим подходом. [2] Крупнозернистые модели часто реализуются в случаебелок-пептидная стыковка , поскольку они часто включают крупномасштабные конформационные переходы белкового рецептора . [4]
См. Также [ править ]
Ссылки [ править ]
- ^ Тейлор, RD; Евсбери, штат Пенсильвания; Эссекс, JW (2002-03-01). «Обзор методов стыковки белков и малых молекул». Журнал компьютерного молекулярного дизайна . 16 (3): 151–166. DOI : 10,1023 / A: 1020155510718 . ISSN 1573-4951 . PMID 12363215 .
- ^ a b Antunes, Dinler A; Девор, Дидье; Кавраки, Лидия Э (28.09.2015). «Понимание проблем гибкости белков при разработке лекарств» (PDF) . Мнение эксперта об открытии лекарств . 10 (12): 1301–1313. DOI : 10.1517 / 17460441.2015.1094458 . hdl : 1911/88215 . ISSN 1746-0441 . PMID 26414598 .
- ^ Cerqueira, NMFSA; Бюстгальтеры NF; Фернандес, Пенсильвания; Рамос, MJ (2009-07-10). «MADAMM: многоступенчатая стыковка с автоматическим протоколом молекулярного моделирования». Белки: структура, функции и биоинформатика . 74 (1): 192–206. DOI : 10.1002 / prot.22146 . PMID 18618708 .
- ^ Ciemny, Maciej; Курчинский, Матеуш; Камель, Кароль; Колинский, Анджей; Алам, Навсад; Шулер-Фурман, Ора; Кмесик, Себастьян (2018-05-04). «Белок-пептидный докинг: возможности и проблемы» . Открытие наркотиков сегодня . 23 (8): 1530–1537. DOI : 10.1016 / j.drudis.2018.05.006 . ISSN 1359-6446 . PMID 29733895 .
Внешние ссылки [ править ]
- BioLiP , обширная база данных взаимодействий лиганд-белок
| Эта статья по фармакологии незавершена . Вы можете помочь Википедии, расширив ее . |
