• GO: 0001077, GO: 0001212, GO: 0001213, GO: 0001211, GO: 0001205 Активность ДНК-связывающего активатора транскрипции, специфично для РНК-полимеразы II • GO: 0000980 Связывание ДНК с последовательностью цис-регуляторной области РНК-полимеразы II • GO : связывание белка 0001948 • связывание нуклеиновой кислоты • связывания ДНК • связывания одноцепочечной ДНК • связывание РНК • кадгерин связывания • домен белка специфического связывания • связывания белков идентичны
Сотовый компонент
• цитоплазма • мембрана • очаговая адгезия • ядро клетки • сплайсосома каталитического этапа 2 • проекция клетки • ядерный хроматин • внеклеточная экзосома • подосомы • сплайсосомальный комплекс • соединение клеток • внеклеточный матрикс • нуклеоплазма • стрессовая гранула
Биологический процесс
• позитивная регуляция рецептор-опосредованного эндоцитоза • регуляция транскрипции с промотора РНК-полимеразы II • негативная регуляция сплайсинга мРНК через сплайсосомы • регуляция внутреннего апоптотического сигнального пути в ответ на повреждение ДНК медиатором класса p53 • регуляция транскрипции, шаблонная ДНК • транскрипции ДНК-шаблонных • GO: 0022415 вирусный процесс • обработка РНК • мРНК обработка • регулирование липопротеинов низкой плотности частиц зазора • сплайсинга мРНК, через сплайсосома • трансдукции сигнала • позитивная регуляция транскрипции с промотора РНК-полимеразы II • негативная регуляция апоптотического процесса • сплайсинг РНК • транскрипция с промотора РНК-полимеразы II • метаболический процесс РНК
Гетерогенный ядерная рибонуклеопротеиновый К (также белок К ) представляет собой белок , который у человека кодируется HNRNPK гена . [5] Он обнаружен в ядре клетки, которое связывается с пре- мессенджерской РНК (мРНК) в качестве компонента гетерогенных рибонуклеопротеиновых частиц . Обезьяний гомолог известен как белка H16 . Оба белка связываются с одноцепочечной ДНК, а также с РНК и могут стимулировать активность РНК-полимеразы II , белка, ответственного за транскрипцию большинства генов.. Относительное сродство белков к ДНК и РНК варьируется в зависимости от условий раствора и обратно коррелирует, так что условия, способствующие сильному связыванию ДНК, приводят к слабому связыванию РНК. [6]
Домены связывающего РНК белка в других белках, которые подобны домену связывания РНК белка K, называются доменами K-гомологии или KH .
Белок K был предметом исследования в связи с колоректальным раком , в котором РНК редактирования событий индуцируя экспрессию в качестве изоформы , содержащей точечную мутацию был обнаружен быть специфическими для раковых клеток. [7]
СОДЕРЖАНИЕ
1 Функция
2 Клиническое значение
2.1 Синдром Окамото
2.2 Рак крови
3 взаимодействия
4 Человеческие белки, содержащие домен KH
5 ссылки
6 Дальнейшее чтение
7 Внешние ссылки
Функция [ править ]
Этот ген принадлежит к подсемейству повсеместно экспрессируемых гетерогенных ядерных рибонуклеопротеидов (hnRNP). HnRNPs представляют собой РНК-связывающие белки , и они образуют комплекс с гетерогенной ядерной РНК (hnRNA). Эти белки связаны с пре-мРНК в ядре и, по-видимому, влияют на процессинг пре-мРНК и другие аспекты метаболизма и транспорта мРНК . Хотя все hnRNP присутствуют в ядре, некоторые, кажется, перемещаются между ядром и цитоплазмой.
Белки hnRNP обладают отчетливыми свойствами связывания нуклеиновых кислот. Белок, кодируемый этим геном, расположен в нуклеоплазме и имеет три повтора доменов KH, которые связываются с РНК. Он отличается от других белков hnRNP своим предпочтением связывания; он прочно связывается с поли (С). Считается, что этот белок также играет роль в развитии клеточного цикла. Для этого гена описано множество альтернативно сплайсированных вариантов транскриптов, но полностью описаны только три варианта. [8]
Мутации в обеих копиях HNRNPK смертельны для эмбрионов у мышей. Мыши с обеими нокаутированными копиями гена погибают до 14-го дня эмбрионального развития . [9]
Клиническое значение [ править ]
Синдром Окамото [ править ]
Мутации в HNRNPK вызывают синдром Окамото , также известный как синдром Ау-Кляйна. [10]
Рак крови [ править ]
Делеции в области, охватывающей HNRNPK , были обнаружены в клетках острого миелоидного лейкоза примерно в 2% случаев. Кроме того, у большинства мышей, у которых был искусственно отключен один из генов HNRNPK , развился миелоидный рак , у третьей - лимфоидный рак, а у 4% - гепатоцеллюлярная карцинома . Мыши также были меньше по размеру, имели менее развитые органы и имели более высокую постнатальную смертность (30%). Средняя продолжительность жизни выживших мышей была менее 50% от продолжительности жизни мышей дикого типа. Изъяны в HNRNPK по всей видимости, в частности , снизить уровни p42 изоформы из CEBPA, который является фактором транскрипции, участвующим в дифференцировке определенных клеток крови , а также p21 (ингибитор циклинзависимой киназы 1), который участвует в приостановке развития клеток для восстановления ДНК . [11]
Сверхэкспрессия HNRNPK также, по-видимому, способствует развитию рака посредством другого механизма, включающего трансляцию, а не транскрипцию . [11]
^ a b c GRCh38: Ensembl, выпуск 89: ENSG00000165119 - Ensembl , май 2017 г.
^ a b c GRCm38: выпуск Ensembl 89: ENSMUSG00000021546 - Ensembl , май 2017 г.
^ "Human PubMed Reference:" . Национальный центр биотехнологической информации, Национальная медицинская библиотека США .
^ «Ссылка на Mouse PubMed:» . Национальный центр биотехнологической информации, Национальная медицинская библиотека США .
^ Dejgaard K, Leffers H, Rasmussen HH, Madsen P, Kruse TA, Gesser B и др. (Февраль 1994 г.). «Идентификация, молекулярное клонирование, экспрессия и картирование хромосом семейства трансформационных белков hnRNP-K, полученных путем альтернативного сплайсинга». Журнал молекулярной биологии . 236 (1): 33–48. DOI : 10.1006 / jmbi.1994.1116 . PMID 8107114 .
^ Гайяр C, Cabannes E, F Strauss (октябрь 1994). «Идентичность РНК-связывающего белка K частиц hnRNP с белком H16, специфическим для последовательности одноцепочечным ДНК-связывающим белком» . Исследования нуклеиновых кислот . 22 (20): 4183–6. DOI : 10.1093 / NAR / 22.20.4183 . PMC 331915 . PMID 7524036 .
^ Klimek-Tomczak K, Mikula M, Dzwonek A, Paziewska A, Karczmarski J, Hennig E, et al. (Февраль 2006 г.). «Редактирование мРНК белка hnRNP K в колоректальной аденокарциноме и окружающей слизистой оболочке» . Британский журнал рака . 94 (4): 586–92. DOI : 10.1038 / sj.bjc.6602938 . PMC 2361188 . PMID 16404425 .
↑ Gallardo M, Lee HJ, Zhang X, Bueso-Ramos C, Pageon LR, McArthur M и др. (Октябрь 2015 г.). «hnRNP K является гаплонедостаточным опухолевым супрессором, который регулирует программы пролиферации и дифференцировки при гематологических злокачественных новообразованиях» . Раковая клетка . 28 (4): 486–499. DOI : 10.1016 / j.ccell.2015.09.001 . PMC 4652598 . PMID 26412324 .
^ Ссылка, Genetics Home. «Синдром Ау-Клайна» . Домашний справочник по генетике . Проверено 30 ноября 2019 .
^ а б Галлардо М., Ли Х. Дж., Чжан Х, Буэсо-Рамос С., Пейджон Л. Р., МакАртур М. и др. (Октябрь 2015 г.). «hnRNP K является гаплонедостаточным опухолевым супрессором, который регулирует программы пролиферации и дифференцировки при гематологических злокачественных новообразованиях» . Раковая клетка . 28 (4): 486–499. DOI : 10.1016 / j.ccell.2015.09.001 . PMC 4652598 . PMID 26412324 .
^ Ostareck-Ледерер A, Ostareck DH, Стаканчики C Нейбауэра G, Bomsztyk K, Superti-Furga G, Hentze МВт (июль 2002). «c-Src-опосредованное фосфорилирование hnRNP K управляет активацией трансляции специфически подавленных мРНК» . Молекулярная и клеточная биология . 22 (13): 4535–43. DOI : 10.1128 / mcb.22.13.4535-4543.2002 . PMC 133888 . PMID 12052863 .
^ Чен HC, Лин WC, Tsay YG, Ли SC, Chang CJ (октябрь 2002). «РНК-геликаза DDX1, взаимодействующая с поли (A) РНК и гетерогенным ядерным рибонуклеопротеином K» . Журнал биологической химии . 277 (43): 40403–9. DOI : 10.1074 / jbc.M206981200 . PMID 12183465 .
^ a b c Kim JH, Hahm B, Kim YK, Choi M, Jang SK (май 2000 г.). «Белок-белковое взаимодействие между hnRNPs, перемещающимися между ядром и цитоплазмой». Журнал молекулярной биологии . 298 (3): 395–405. DOI : 10.1006 / jmbi.2000.3687 . PMID 10772858 .
^ Ян JP, Reddy TR Чыонг KT, Suhasini M, Вонг-Стаал F (октябрь 2002). «Функциональное взаимодействие Sam68 и гетерогенного ядерного рибонуклеопротеина К» . Онкоген . 21 (47): 7187–94. DOI : 10.1038 / sj.onc.1205759 . PMID 12370808 .
^ Кот J, Boisvert FM, Буланже MC, Bedford MT, Richard S (январь 2003). «Связывающий РНК белок Sam68 является субстратом in vivo для белка аргинин-N-метилтрансферазы 1» . Молекулярная биология клетки . 14 (1): 274–87. DOI : 10.1091 / mbc.E02-08-0484 . PMC 140244 . PMID 12529443 .
Перейти ↑ Wada K, Inoue K, Hagiwara M (август 2002). «Идентификация метилированных белков с помощью протеина аргинин N-метилтрансферазы 1, PRMT1, с новой стратегией клонирования экспрессии». Biochimica et Biophysica Acta (BBA) - Исследование молекулярных клеток . 1591 (1–3): 1–10. DOI : 10.1016 / s0167-4889 (02) 00202-1 . PMID 12183049 .
Дальнейшее чтение [ править ]
Бомштык К., Денисенко О., Островский Дж. (Июнь 2004 г.). «hnRNP K: один белок - несколько процессов». BioEssays . 26 (6): 629–38. DOI : 10.1002 / bies.20048 . PMID 15170860 . S2CID 22108788 .
Матунис MJ, Майкл WM, Dreyfuss G (январь 1992 г.). «Характеристика и первичная структура поли (C) -связывающего гетерогенного ядерного рибонуклеопротеинового комплекса K белка» . Молекулярная и клеточная биология . 12 (1): 164–71. DOI : 10,1128 / MCB.12.1.164 . PMC 364080 . PMID 1729596 .
Weng Z, Thomas SM, Rickles RJ, Taylor JA, Brauer AW, Seidel-Dugan C, et al. (Июль 1994 г.). «Идентификация SH3-связывающих белков Src, Fyn и Lyn: значение для функции SH3-доменов» . Молекулярная и клеточная биология . 14 (7): 4509–21. DOI : 10,1128 / MCB.14.7.4509 . PMC 358823 . PMID 7516469 .
Bustelo XR, Suen KL, Michael WM, Dreyfuss G, Barbacid M (март 1995 г.). «Ассоциация протоонкогенного продукта vav с поли (rC) -специфическими РНК-связывающими белками» . Молекулярная и клеточная биология . 15 (3): 1324–32. DOI : 10,1128 / MCB.15.3.1324 . PMC 230356 . PMID 7862126 .
Хоберт О., Джаллал Б., Шлессингер Дж., Ульрих А. (август 1994 г.). «Новый сигнальный путь, предложенный опосредованным SH3-доменом взаимодействием p95vav / гетерогенного рибонуклеопротеина К». Журнал биологической химии . 269 (32): 20225–8. PMID 8051112 .
Aasheim HC, Loukianova T, Deggerdal A, Smeland EB (март 1994). «Тканеспецифическая экспрессия и структура кДНК человеческого транскрипта, кодирующего связывающий нуклеиновую кислоту [олиго (dC)] белок, родственный пре-мРНК-связывающему белку K» . Исследования нуклеиновых кислот . 22 (6): 959–64. DOI : 10.1093 / NAR / 22.6.959 . PMC 307915 . PMID 8152927 .
Баканович Р. Дж., Познер Дж. Б., Дарнелл РБ (октябрь 1993 г.). «Nova, паранеопластический антиген Ri, гомологичен РНК-связывающему белку и специфически экспрессируется в развивающейся двигательной системе». Нейрон . 11 (4): 657–72. DOI : 10.1016 / 0896-6273 (93) 90077-5 . PMID 8398153 . S2CID 22554933 .
Микелотти Э. Ф., Микелотти Г. А., Аронсон А. И., Левенс Д. (май 1996 г.). «Гетерогенный ядерный рибонуклеопротеин К - фактор транскрипции» . Молекулярная и клеточная биология . 16 (5): 2350–60. DOI : 10,1128 / MCB.16.5.2350 . PMC 231223 . PMID 8628302 .
Баннелл С.К., Генри П.А., Коллури Р., Кирххаузен Т., Риклс Р.Дж., Берг Л.Дж. (октябрь 1996 г.). «Идентификация лигандов 3 домена гомологии Itk / Tsk Src» . Журнал биологической химии . 271 (41): 25646–56. DOI : 10.1074 / jbc.271.41.25646 . PMID 8810341 .
Томмеруп Н., Лефферс Х (март 1996 г.). «Присвоение генов, содержащих KH-бокс человека, посредством гибридизации in situ: HNRNPK картируется в 9q21.32-q21.33, PCBP1 в 2p12-p13, а PCBP2 в 12q13.12-q13.13, дистальнее FRA12A». Геномика . 32 (2): 297–8. DOI : 10.1006 / geno.1996.0121 . PMID 8833161 .
Кай Н., Мишина М., Яги Т. (июнь 1997 г.). «Молекулярное клонирование Fyn-ассоциированных молекул в центральной нервной системе мышей». Журнал неврологических исследований . 48 (5): 407–24. DOI : 10.1002 / (SICI) 1097-4547 (19970601) 48: 5 <407 :: AID-JNR3> 3.0.CO; 2-I . PMID 9185665 .
Миау Л.Х., Чанг СиДжей, Шен Б.Дж., Цай У.Х., Ли С.К. (апрель 1998 г.). «Идентификация гетерогенного ядерного рибонуклеопротеина K (hnRNP K) как репрессора активации гена, опосредованного C / EBPbeta» . Журнал биологической химии . 273 (17): 10784–91. DOI : 10.1074 / jbc.273.17.10784 . PMID 9553145 .
Се Т.Ю., Мацумото М., Чжоу Х.С., Шнайдер Р., Хван С.Б., Ли А.С., Лай М.М. (июль 1998 г.). «Основной белок вируса гепатита С взаимодействует с гетерогенным ядерным рибонуклеопротеином К» . Журнал биологической химии . 273 (28): 17651–9. DOI : 10.1074 / jbc.273.28.17651 . PMID 9651361 .
Шуллери Д.С., Островски Дж., Денисенко О.Н., Стемпка Л., Шнырева М., Сузуки Х. и др. (Май 1999 г.). «Регулируемое взаимодействие протеинкиназы Cdelta с гетерогенным ядерным белком рибонуклеопротеина К» . Журнал биологической химии . 274 (21): 15101–9. DOI : 10.1074 / jbc.274.21.15101 . PMID 10329716 .
Бабер Дж. Л., Либутти Д., Левенс Д., Тяндра Н. (июнь 1999 г.). «Высокоточная структура решения C-концевого домена KH гетерогенного ядерного рибонуклеопротеина K, фактора транскрипции c-myc» . Журнал молекулярной биологии . 289 (4): 949–62. DOI : 10.1006 / jmbi.1999.2818 . PMID 10369774 .
Wadd S, Bryant H, Filhol O, Scott JE, Hsieh TY, Everett RD, Clements JB (октябрь 1999 г.). «Многофункциональный белок IE63 вируса простого герпеса взаимодействует с гетерогенным рибонуклеопротеином К и с казеинкиназой 2» . Журнал биологической химии . 274 (41): 28991–8. DOI : 10.1074 / jbc.274.41.28991 . PMID 10506147 .
Венейблс Дж. П., Эллиотт Д. Д., Макарова О. В., Макаров Е. М., Кук Х. Дж., Eperon IC (март 2000 г.). «RBMY, вероятный фактор сперматогенеза человека, и другие белки hnRNP G взаимодействуют с Tra2beta и влияют на сплайсинг» . Молекулярная генетика человека . 9 (5): 685–94. DOI : 10.1093 / HMG / 9.5.685 . PMID 10749975 .
Ким Дж. Х., Хам Б., Ким Ю. К., Чой М., Чан С. К. (май 2000 г.). «Белок-белковое взаимодействие между hnRNPs, перемещающимися между ядром и цитоплазмой». Журнал молекулярной биологии . 298 (3): 395–405. DOI : 10.1006 / jmbi.2000.3687 . PMID 10772858 .
Шнырева М., Шуллери Д.С., Сузуки Х., Хигаки Ю., Бомштык К. (май 2000 г.). «Взаимодействие двух многофункциональных белков. Гетерогенный ядерный рибонуклеопротеин К и Y-бокс-связывающий белок» . Журнал биологической химии . 275 (20): 15498–503. DOI : 10.1074 / jbc.275.20.15498 . PMID 10809782 .
Внешние ссылки [ править ]
Обзор всей структурной информации, доступной в PDB для UniProt : P61978 (Гетерогенный ядерный рибонуклеопротеин K человека (HNRPK)) в PDBe-KB .
vтеPDB галерея
1j5k : КОМПЛЕКС ДОМЕНА KH3 HNRNP K С ОДИНОЧНЫМ ОЛИГОНУКЛЕОТИДОМ 10MER ДНК
1хм : C-TERMINAL KH ДОМЕН HNRNP K (KH3)
1zzi : Анализ кристаллической структуры третьего домена KH hnRNP K в комплексе с оцДНК
1zzj : Структура третьего домена KH hnRNP K в комплексе с 15-мерной оцДНК.
1zzk : Кристаллическая структура третьего домена KH hnRNP K при разрешении 0,95A.