Отрицательный фактор элонгации Е представляет собой белок , который у человека кодируется RDBP гена . [5]
NELFE | |||||||||||||||||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| |||||||||||||||||||||||||
Идентификаторы | |||||||||||||||||||||||||
Псевдонимы | NELFE , D6S45, NELF-E, RD, RDBP, RDP, член комплекса отрицательного фактора удлинения E | ||||||||||||||||||||||||
Внешние идентификаторы | OMIM : 154040 MGI : 102744 HomoloGene : 134736 GeneCards : NELFE | ||||||||||||||||||||||||
| |||||||||||||||||||||||||
| |||||||||||||||||||||||||
| |||||||||||||||||||||||||
| |||||||||||||||||||||||||
Ортологи | |||||||||||||||||||||||||
Разновидность | Человек | Мышь | |||||||||||||||||||||||
Entrez |
|
| |||||||||||||||||||||||
Ансамбль |
|
| |||||||||||||||||||||||
UniProt |
|
| |||||||||||||||||||||||
RefSeq (мРНК) |
|
| |||||||||||||||||||||||
RefSeq (белок) |
|
| |||||||||||||||||||||||
Расположение (UCSC) | Chr 6: 31.95 - 31.96 Мб | Chr 17: 34,85 - 34,86 Мб | |||||||||||||||||||||||
PubMed поиск | [3] | [4] | |||||||||||||||||||||||
Викиданные | |||||||||||||||||||||||||
|
Функция
Белок, кодируемый этим геном, является частью сложного фактора, называемого отрицательным фактором элонгации (NELF), который подавляет элонгацию транскрипта РНК-полимеразы II . Этот белок имеет сходство с ядерными РНК-связывающими белками; однако не было продемонстрировано, что этот белок связывает РНК. Белок содержит ряд чередующихся основных и кислотных остатков, в основном аргинина (R) и аспарагиновой кислоты (D). Ген локализуется в области главного комплекса гистосовместимости ( MHC class III ) на хромосоме 6. [5]
Взаимодействия
Было показано, что RDBP взаимодействует с:
- Кофактор BRCA1 , [6] [7]
- TH1L , [8] [6] и
- WHSC2 . [6]
Рекомендации
- ^ Б с ENSG00000206357, ENSG00000231044, ENSG00000204356, ENSG00000206268, ENSG00000233801 GRCh38: Ensembl выпуск 89: ENSG00000229363, ENSG00000206357, ENSG00000231044, ENSG00000204356, ENSG00000206268, ENSG00000233801 - Ensembl , май 2017
- ^ a b c GRCm38: выпуск Ensembl 89: ENSMUSG00000024369 - Ensembl , май 2017 г.
- ^ "Human PubMed Reference:" . Национальный центр биотехнологической информации, Национальная медицинская библиотека США .
- ^ «Ссылка на Mouse PubMed:» . Национальный центр биотехнологической информации, Национальная медицинская библиотека США .
- ^ а б «Ген Entrez: RDBP RD РНК-связывающий белок» .
- ^ а б в Нарита Т., Ямагути Ю., Яно К., Сугимото С., Чанарат С., Вада Т., Ким Д. К., Хасегава Дж., Омори М., Инукай Н., Эндох М., Ямада Т., Ханда Х (март 2003 г.). «Человеческий фактор элонгации транскрипции NELF: идентификация новых субъединиц и восстановление функционально активного комплекса» . Молекулярная и клеточная биология . 23 (6): 1863–73. DOI : 10.1128 / mcb.23.6.1863-1873.2003 . PMC 149481 . PMID 12612062 .
- ^ Ленер Б., Семпл Д.И., Браун С.Е., Советник Д., Кэмпбелл Р.Д., Сандерсон С.М. (январь 2004 г.). «Анализ высокопроизводительной двугибридной дрожжевой системы и ее использование для прогнозирования функции внутриклеточных белков, кодируемых в области III класса MHC человека». Геномика . 83 (1): 153–67. DOI : 10.1016 / s0888-7543 (03) 00235-0 . PMID 14667819 .
- ^ Юинг Р.М., Чу П., Элизма Ф, Ли Х, Тейлор П., Клими С., МакБрум-Цераевски Л., Робинсон, доктор медицины, О'Коннор Л., Ли М., Тейлор Р., Дхарси М., Хо Й, Хейлбут А., Мур Л., Чжан S, Орнатски O, Бухман YV, Ethier M, Sheng Y, Vasilescu J, Abu-Farha M, Lambert JP, Duewel HS, Stewart II, Kuehl B, Hogue K, Colwill K, Gladwish K, Muskat B, Kinach R, Adams С.Л., Моран М.Ф., Морин Г.Б., Топалоглоу Т., Фигейз Д. (2007). «Крупномасштабное картирование белок-белковых взаимодействий человека с помощью масс-спектрометрии» . Молекулярная системная биология . 3 : 89. DOI : 10.1038 / msb4100134 . PMC 1847948 . PMID 17353931 .
дальнейшее чтение
- Ю. CY (1999). «Молекулярная генетика кластера генов комплемента MHC человека». Экспериментальная и клиническая иммуногенетика . 15 (4): 213–30. DOI : 10.1159 / 000019075 . PMID 10072631 . S2CID 25061446 .
- Стивенс М., Де Клерк Е., Бальзарини Дж. (Сентябрь 2006 г.). «Регуляция транскрипции ВИЧ-1: молекулярные мишени для химиотерапевтического вмешательства» . Обзоры медицинских исследований . 26 (5): 595–625. DOI : 10.1002 / med.20081 . PMC 7168390 . PMID 16838299 .
- Сурови С.С., Хогансон Дж., Госинк Дж., Странк К., Спритц Р.А. (июнь 1990 г.). «Человеческий белок RD тесно связан с ядерными РНК-связывающими белками и является высококонсервативным». Джин . 90 (2): 299–302. DOI : 10.1016 / 0378-1119 (90) 90194-V . PMID 2119325 .
- Speiser PW, Белый ПК (декабрь 1989 г.). «Структура гена RD человека: высококонсервативный ген в районе класса III главного комплекса гистосовместимости». ДНК . 8 (10): 745–51. DOI : 10.1089 / dna.1989.8.745 . PMID 2612324 .
- Леви-Стросс М., Кэрролл М.С., Стейнмец М., Мео Т. (апрель 1988 г.). «Ранее не обнаруженный ген MHC с необычной периодической структурой». Наука . 240 (4849): 201–4. DOI : 10.1126 / science.3353717 . PMID 3353717 .
- Ченг Дж., Мейкон К. Дж., Воланакис Дж. Э. (сентябрь 1993 г.). «Клонирование кДНК и характеристика белка, кодируемого RD, геном, расположенным в области класса III главного комплекса гистосовместимости человека» . Биохимический журнал . 294 (2): 589–93. DOI : 10.1042 / bj2940589 . PMC 1134496 . PMID 8373374 .
- Ли С.Г., Сон К. (июнь 1997 г.). «Геномная организация гена DDX13 человека, расположенного между RD и RP1 в комплексе MHC класса III». Молекулы и клетки . 7 (3): 414–8. PMID 9264031 .
- Бюссов К., Кэхилл Д., Нитфельд В., Бэнкрофт Д., Шерзингер Е., Лехрах Н., Вальтер Г. (ноябрь 1998 г.). «Метод глобальной экспрессии белка и скрининга антител на фильтрах высокой плотности матричной библиотеки кДНК» . Исследования нуклеиновых кислот . 26 (21): 5007–8. DOI : 10.1093 / NAR / 26.21.5007 . PMC 147919 . PMID 9776767 .
- Ян З., Шен Л., Дангел А. В., Ву Л. К., Ю. С. Ю. (ноябрь 1998 г.). «Четыре повсеместно экспрессируемых гена, RD (D6S45) -SKI2W (SKIV2L) -DOM3Z-RP1 (D6S60E), присутствуют между генами компонентов комплемента, факторами B и C4, в области класса III HLA». Геномика . 53 (3): 338–47. DOI : 10.1006 / geno.1998.5499 . PMID 9799600 .
- Ямагути Ю., Такаги Т., Вада Т., Яно К., Фуруя А., Сугимото С., Хасегава Дж., Ханда Х (апрель 1999 г.). «NELF, мультисубъединичный комплекс, содержащий RD, взаимодействует с DSIF для подавления элонгации РНК-полимеразы II». Cell . 97 (1): 41–51. DOI : 10.1016 / S0092-8674 (00) 80713-8 . PMID 10199401 . S2CID 16855257 .
- Ping YH, Rana TM (апрель 2001 г.). «DSIF и NELF взаимодействуют с комплексом элонгации РНК-полимеразы II, а Tat ВИЧ-1 стимулирует P-TEFb-опосредованное фосфорилирование РНК-полимеразы II и DSIF во время элонгации транскрипции» . Журнал биологической химии . 276 (16): 12951–8. DOI : 10.1074 / jbc.M006130200 . PMID 11112772 .
- Ямагути Ю., Инукай Н., Нарита Т., Вада Т., Ханда Х (май 2002 г.). «Доказательства того, что отрицательный фактор элонгации подавляет элонгацию транскрипции посредством связывания с комплексом фактора индуцирования чувствительности DRB / РНК-полимеразы II и РНК» . Молекулярная и клеточная биология . 22 (9): 2918–27. DOI : 10.1128 / MCB.22.9.2918-2927.2002 . PMC 133766 . PMID 11940650 .
- Нарита Т., Ямагути Ю., Яно К., Сугимото С., Чанарат С., Вада Т., Ким Д. К., Хасегава Дж., Омори М., Инукай Н., Эндох М., Ямада Т., Ханда Х (март 2003 г.). «Человеческий фактор элонгации транскрипции NELF: идентификация новых субъединиц и восстановление функционально активного комплекса» . Молекулярная и клеточная биология . 23 (6): 1863–73. DOI : 10.1128 / MCB.23.6.1863-1873.2003 . PMC 149481 . PMID 12612062 .
- Се Т., Роуэн Л., Агуадо Б., Ахерн М.Э., Мадан А., Цинь С., Кэмпбелл Р.Д., Худ Л. (декабрь 2003 г.). «Анализ области класса III главного комплекса гистосовместимости с плотным геном и его сравнение с мышью» . Геномные исследования . 13 (12): 2621–36. DOI : 10.1101 / gr.1736803 . PMC 403804 . PMID 14656967 .
- Ленер Б., Семпл Д.И., Браун С.Е., Советник Д., Кэмпбелл Р.Д., Сандерсон С.М. (январь 2004 г.). «Анализ высокопроизводительной двугибридной дрожжевой системы и ее использование для прогнозирования функции внутриклеточных белков, кодируемых в области III класса MHC человека». Геномика . 83 (1): 153–67. DOI : 10.1016 / S0888-7543 (03) 00235-0 . PMID 14667819 .
- Босолей С.А., Едриховски М., Шварц Д., Элиас Дж. Э., Виллен Дж., Ли Дж., Кон М.А., Кантли Л.С., Гиги С.П. (август 2004 г.). «Широкомасштабная характеристика ядерных фосфопротеинов клеток HeLa» . Труды Национальной академии наук Соединенных Штатов Америки . 101 (33): 12130–5. DOI : 10.1073 / pnas.0404720101 . PMC 514446 . PMID 15302935 .
- Aiyar SE, Sun JL, Blair AL, Moskaluk CA, Lu YZ, Ye QN, Yamaguchi Y, Mukherjee A, Ren DM, Handa H, Li R (сентябрь 2004 г.). «Ослабление транскрипции, опосредованной рецептором эстрогена альфа, за счет стимулированного эстрогеном рекрутирования отрицательного фактора удлинения» . Гены и развитие . 18 (17): 2134–46. DOI : 10,1101 / gad.1214104 . PMC 515291 . PMID 15342491 .
Внешние ссылки
- FactorBook NELFe