Рабгеранилгеранилтрансфераза, также известная как (протеин) геранилгеранилтрансфераза II, является одной из трех пренилтрансфераз . Он передает (обычно) два геранилгеранильных группу к цистеину (ов) на С-конце от Rab белков. [2]
Rab-протеин геранилгеранилтрансфераза | ||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|
Идентификаторы | ||||||||
ЕС нет. | 2.5.1.60 | |||||||
Базы данных | ||||||||
IntEnz | Просмотр IntEnz | |||||||
BRENDA | BRENDA запись | |||||||
ExPASy | Просмотр NiceZyme | |||||||
КЕГГ | Запись в KEGG | |||||||
MetaCyc | метаболический путь | |||||||
ПРИАМ | профиль | |||||||
Структуры PDB | RCSB PDB PDBe PDBsum | |||||||
Генная онтология | Amigo / QuickGO | |||||||
|
Rab геранилгеранилтрансфераза, альфа-субъединица | ||||||
---|---|---|---|---|---|---|
Идентификаторы | ||||||
Символ | RABGGTA | |||||
Ген NCBI | 5875 | |||||
HGNC | 9795 | |||||
OMIM | 601905 | |||||
RefSeq | NM_004581 | |||||
UniProt | Q92696 | |||||
Прочие данные | ||||||
Номер ЕС | 2.5.1.60 | |||||
Locus | Chr. 14 q11.2 | |||||
|
Rab геранилгеранилтрансфераза, бета-субъединица | ||||||
---|---|---|---|---|---|---|
Идентификаторы | ||||||
Символ | RABGGTB | |||||
Ген NCBI | 5876 | |||||
HGNC | 9796 | |||||
OMIM | 179080 | |||||
RefSeq | NM_004582 | |||||
UniProt | P53611 | |||||
Прочие данные | ||||||
Номер ЕС | 2.5.1.60 | |||||
Locus | Chr. 1 стр. 31 | |||||
|
- геранилгеранил дифосфат + белок-цистеин S-геранилгеранил-Cys-протеин + дифосфат
С-конец Rab белков различается по длине и последовательности и называется гипервариабельным. Таким образом, Rab-белки не имеют консенсусной последовательности, такой как CAAX-бокс, которую может распознать Rab геранилгеранилтрансфераза. Вместо этого белки Rab связываются с помощью белка сопровождения Rab (REP) в более консервативной области белка Rab и затем представляются геранилгеранилтрансферазе Rab.
После пренилирования Rab-белков липидный якорь (-ы) гарантирует, что Rab больше не растворяются. Следовательно, REP играет важную роль в связывании и солюбилизации геранилгеранильных групп и доставляет белок Rab к соответствующей клеточной мембране.
Реакция
Rab геранилгеранилтрансфераза (RabGGTase; код комиссии по ферментам EC 2.5.1.60) классифицируется как фермент трансфераза; в частности, он входит в семейство протеин-пренилтрансфераз вместе с двумя другими ферментами (протеин-фарнезилтрансфераза и протеин-геранилгеранилтрансфераза типа I). Реакция, катализируемая RabGGTase, кратко описывается следующим образом:
- геранилгеранилдифосфат + протеин-цистеин = S-геранилгеранил-протеин + дифосфат
Эта реакция важна для контроля стыковки и слияния мембран. Исследования на мышах показали, что гены Rab GGTase экспрессируются во всех основных органах взрослого человека, а также в некоторых эмбриональных единицах, включая спинной мозг и печень (Chinpaisal).
«Аутсорсинг» специфичности Rab-геранилгеранилтрансферазы (использование REP для взаимодействия с Rab-белками, которые она пренилирует, как упомянуто выше) является уникальным среди пренилтрансфераз. Rab GGTase «отвечает за наибольшее количество событий пренилирования отдельных белков в клетке» [1], вероятно, из-за этой способности взаимодействовать со многими различными Rab-белками (она может пренилировать любую последовательность, содержащую остаток цистеина).
Исследования in vitro показали, что Rab GGTase может ингибироваться азотсодержащими бисфосфонатными препаратами, такими как ризедронат; однако эффекты таких препаратов, по-видимому, гораздо более ограничены in vivo (Coxon).
Состав
RabGGTase представляет собой гетеродимер, состоящий из альфа- и бета-субъединиц, которые кодируются генами RABGGTA и RABGGTB соответственно. Структура RabGGTase крысы была определена с помощью дифракции рентгеновских лучей (см. Изображение слева) с разрешением 1,80 Å. [1] Вторичная структура RabGGTase в основном состоит из альфа-спиралей ; альфа-субъединица на 74% спиральна без бета-листов , тогда как бета-субъединица на 51% спиральная и на 5% бета-листовая. Всего имеется 28 альфа-спиралей (15 в альфа-субъединице и 13 в бета-субъединице) и 15 очень коротких (не более 4 остатков) бета-листов. Функциональная RabGGTase связывает три иона металла в качестве лиганда: два иона кальция (Ca 2+ ) и ион цинка (Zn 2+ ), каждый из которых взаимодействует с бета-субъединицей.
Смотрите также
- Фарнезилтрансфераза
- Геранилгеранилтрансфераза типа 1 - также называемая геранилгеранилтранфераза 1 или просто геранилгеранилтранфераза
- Пренилирование
Рекомендации
- ^ а б в г PDB : 3DSS ; Guo Z, Wu YW, Das D, Delon C, Cramer J, Yu S, Thuns S, Lupilova N, Waldmann H, Brunsveld L, Goody RS, Alexandrov K, Blankenfeldt W. (сентябрь 2008 г.). «Структуры комплексов RabGGTase-субстрат / продукт обеспечивают понимание эволюции пренилирования белка» . EMBO J . 27 (18): 2444–56. DOI : 10.1038 / emboj.2008.164 . PMC 2543052 . PMID 18756270 .
- ^ Maurer-Stroh S, Washietl S, Eisenhaber F (2003). «Белковые пренилтрансферазы» . Genome Biol . 4 (4): 212. DOI : 10,1186 / GB-2003-4-4-212 . PMC 154572 . PMID 12702202 .
- Коксон, Фрейзер П., Фрэнк Х. Эбетино, Эмили Х. Мулс, Мигель С. Сибра, Чарльз Э. Маккенна и Майкл Дж. Роджерс. Фосфонокарбоксилатные ингибиторы Rabnext term геранилгеранилтрансферазы нарушают пренилирование и мембранную локализацию белков предыдущего termRabnext term в остеокластах in vitro и in vivo. Bone Vol. 37, вып. 3. Сентябрь 2005 г., с. 349-358.
- Чинпайсал, Чатчай, Чи-Хао Ли и Ли-На Вэй. Исследования субъединицы β геранилгеранилтрансферазы мыши Rabnext: структура гена, экспрессия и регуляция. Gene Vol. 184, вып. 2 января 1997 г., стр. 237-43.
- Кейси П.Дж., Seabra MC (1996). «Белковые пренилтрансферазы» . J. Biol. Chem . 271 (10): 5289–92. DOI : 10.1074 / jbc.271.10.5289 . PMID 8621375 .
- Уилсон А.Л., Эрдман Р.А., Кастеллано Ф., Мальтийский Вашингтон (1998). «Пренилирование Rab8 GTPase геранилгеранилтрансферазами типа I и типа II» . Биохим. Дж . 333 (Pt 3): 497–504. DOI : 10.1042 / bj3330497 . PMC 1219609 . PMID 9677305 .
- Чжан Х., Seabra MC, Deisenhofer J (2000). «Кристаллическая структура Rab геранилгеранилтрансферазы при разрешении 2,0 А». Состав. Складывать. Des . 8 (3): 241–51. DOI : 10.1016 / S0969-2126 (00) 00102-7 . PMID 10745007 .
- Тома Н.Х., Никулае А., Гуди Р.С., Александров К. (2001). «Двойное пренилирование с помощью RabGGTase может протекать без диссоциации монопренилированного промежуточного соединения» . J. Biol. Chem . 276 (52): 48631–6. DOI : 10.1074 / jbc.M106470200 . PMID 11591706 .
- Александров К; Никулы, А; Калинин А; Thomä, NH; Сидорович, В; Гуди, RS; Александров, К (2002). «Сборка, очистка и кристаллизация раб геранилгеранилтрансферазы: субстратный комплекс in vitro». Protein Expr. Purif . 25 (1): 23–30. DOI : 10,1006 / prep.2001.1605 . PMID 12071695 .
- Синнотт М. (ред.), Комплексный биологический катализ. Справочник по механизму, т. 1, Academic Press, Сан-Диего, Калифорния, 1998 г., стр. 31-118.
Внешние ссылки
- Rab + геранилгеранилтрансфераза в Национальной медицинской библиотеке США по медицинским предметным рубрикам (MeSH)