| Ретровирусная аспартилпротеаза | |||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
 Димер протеазы ВИЧ-1 выделен белым и серым цветом, пептидный субстрат - черным, а боковые цепи активного центра аспартата - красным. ( PDB : 1KJF ) | |||||||||
| Идентификаторы | |||||||||
| Условное обозначение | RVP | ||||||||
| Pfam | PF00077 | ||||||||
| ИнтерПро | IPR001995 | ||||||||
| ПРОФИЛЬ | PDOC00128 | ||||||||
| МЕРОПЫ | A2 | ||||||||
| SCOP2 | 1ida / SCOPe / SUPFAM | ||||||||
| OPM суперсемейство | 100 | ||||||||
| Белок OPM | 2q63 | ||||||||
| Мембранома | 532 | ||||||||
| |||||||||
Ретровирусные аспартилпротеазы или ретропепсины представляют собой однодоменные аспартилпротеазы из ретровирусов , ретротранспозонов и баднавирусов ( вирусов дцДНК растений ). Эти протеазы обычно являются частью более крупного полипротеина pol или gag . Ретровирусные протеазы гомологичны одному домену двухдоменных эукариотических аспартил протеаз, таких как пепсины , катепсины и ренины ( Pfam PF00026 ; MEROPS A1). Ретропепсины являются членами MEROPS A2, клан AA. Все известные члены являются эндопептидазами..
Фермент активен только как гомодимер , так как каждый из них соответствует половине эукариотического двухлепесткового фермента. Каждая из двух частей вносит один каталитический аспартильный остаток. [1]
Ретровирусная аспартил протеаза синтезируется как часть полипротеина POL, который содержит аспартил протеазу , обратную транскриптазу , РНКазу H и интегразу . Полипротеин POL подвергается специфическому ферментативному расщеплению с образованием зрелых белков.
Не все ретровирусные аспартилпротеазы, полученные из pol, являются ретропепсинами в строгом смысле слова. Спумапепсин от пенистого вируса достаточно расходится, чтобы получить собственное семейство, MEROPS A9. Многие другие примеры можно найти в клане AA.
Белки человека, содержащие этот домен [ править ]
DDI1 ; DDI2 ; ERVK6 ;
Ссылки [ править ]
- Перейти ↑ Pettit SC, Everitt LE, Choudhury S, Dunn BM, Kaplan AH (август 2004 г.). «Первоначальное расщепление предшественника вируса иммунодефицита человека типа 1 GagPol его активированной протеазой происходит по внутримолекулярному механизму» . Журнал вирусологии . 78 (16): 8477–85. DOI : 10,1128 / JVI.78.16.8477-8485.2004 . PMC 479095 . PMID 15280456 .
См. Также [ править ]
- Протеаза ВИЧ-1
