| SPATS1 | |||||||||||||||||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| Идентификаторы | |||||||||||||||||||||||||
| Псевдонимы | SPATS1 , DDIP, SPATA8, SRSP1, богатый серином, связанный со сперматогенезом 1 | ||||||||||||||||||||||||
| Внешние идентификаторы | MGI : 1918270 HomoloGene : 12376 GeneCards : SPATS1 | ||||||||||||||||||||||||
| |||||||||||||||||||||||||
| |||||||||||||||||||||||||
| Ортологи | |||||||||||||||||||||||||
| Разновидность | Человек | Мышь | |||||||||||||||||||||||
| Entrez | |||||||||||||||||||||||||
| Ансамбль | |||||||||||||||||||||||||
| UniProt | |||||||||||||||||||||||||
| RefSeq (мРНК) | |||||||||||||||||||||||||
| RefSeq (белок) |
|
| |||||||||||||||||||||||
| Расположение (UCSC) | Chr 6: 44,34 - 44,38 Мб | Chr 17: 45.44 - 45.48 Мб | |||||||||||||||||||||||
| PubMed поиск | [3] | [4] | |||||||||||||||||||||||
| Викиданные | |||||||||||||||||||||||||
| |||||||||||||||||||||||||
Сперматогенез, связанный с богатым серином 1 ( SPATS1 ), представляет собой белок, который у человека кодируется геном SPATS1 . Он также известен под псевдонимами: белок, взаимодействующий с доменом Disheveled-DEP ( DDIP ), связанный со сперматогенезом 8 ( SPATA8 ) и богатый серином сперматогенный белок 1 ( SRSP1 ). [5] Общее представление о его химической структуре, субклеточной локализации, экспрессии и сохранности известно. Исследования показывают, что SPATS1 может играть роль в каноническом пути передачи сигналов Wnt и в первой сперматогенной волне .
Джин [ править ]
Ген человека SPATS1 содержит 1150 нуклеотидов, кодирующих 300 аминокислот. Он расположен на положительной цепи хромосомы 6 в области 21p1. [5] На данный момент нет известных одиночных нуклеотидных полиморфизмов (SNP), которые оказались бы клинически значимыми. [6]
Белок [ править ]
Структура [ править ]
Белок в его самой длинной форме имеет 8 экзонов. Существует еще одна возможная изоформа , но экспериментальное подтверждение отсутствует - возможно, из-за того, что она продуцируется на низких уровнях из-за незрелого стоп-кодона. [7] Биоинформатический анализ предполагает, что белок не имеет трансмембранной структуры и состоит как из альфа-спиралей, так и из бета-листов. Для изоэлектрических точек SPATS1 были противоречивые цифры . Некоторые источники сообщили, что 6,68, а два других предположили, что это выше, 7,04 и 7,47. [8] [9] [10]
Субклеточное расположение [ править ]
Исследования показали, что большая часть экспрессии находится в цитоплазме клетки, но есть также свидетельства экспрессии в ядре. [11] Экспрессия в ядре может быть подтверждена тем фактом, что крысиный гомолог гена SPATS1, как было экспериментально обнаружено, имеет вероятный сигнал двухчастной ядерной локализации . [12] Кроме того, биоинформатические инструменты идентифицировали сигнал двусторонней ядерной локализации с высокой вероятностью в человеческом белке в аминокислотах 174–191. [13]
Посттрансляционные модификации [ править ]
Биоинформатический анализ предполагает, что он претерпевает несколько посттрансляционных модификаций. Более правдоподобные предлагают сайт модификации GPI в аминокислоте 280, сайты N-гликозилирования в аминокислотах 49 и 229 и сайт фосфорилирования у аминокислоты 113. Существует 85 предполагаемых сайтов фосфорилирования, 23 из которых имеют 80% или выше вероятность. [14] Экспериментально подтверждено только то, что расположено у аминокислоты 113. [5] Также высока вероятность наличия мотива SASRP1, который охватывает аминокислоты 51 - 288. [15]
Взаимодействие с белками [ править ]
Возможные взаимодействующие белки перечислены в таблице ниже. Обратите внимание, что эти белки не были экспериментально подтверждены для взаимодействия с SPATS1. Вместо этого их потенциал взаимодействия определялся путем изучения
при совпадении шаблонов и текстового майнинга. [16]
| Сокращение | Название белка | Функция | Счет |
|---|---|---|---|
| ZNF683 | белок цинковых пальцев 683 | может участвовать в регуляции транскрипции | 0,633 |
| TMC5 | трансмембранный канал типа 5 | вероятный ионный канал | 0,624 |
| GTSF1L | специфический для гаметоцитов фактор 1, подобный | неизвестный | 0,567 |
| TMEM225 | трансмембранный белок 225 | скорее всего подавляет фосфат 1 (PP1) в сперматозоидах через привязку к каталитической субъединице PPP1CC | 0,566 |
| SPATA3 | связанный со сперматогенезом 3 | неизвестный | 0,537 |
| FAM71F1 | семья со сходством последовательностей 71 участник F1 | неизвестный | 0,535 |
| C9orf139 | хромосома 9 открытое чтение кадр 139 | неизвестный | 0,477 |
| SPACA4 | акросома сперматозоида ассоциированная 4 | белок мембраны поверхности сперматозоидов, который может быть участвует в сперматозоиде - плазматическая мембрана яйцеклетки адгезия и слияние во время оплодотворения | 0,472 |
| SCML4 | секс-гребешок на протеине, похожем на срединные ноги 4 | Белки PcG, которые действуют, образуя множественные белки комплексы, которые необходимы для обслуживания транскрипционно репрессивное состояние гомеотического гены на протяжении всего развития | 0,457 |
Выражение [ править ]
Регламент [ править ]
Было обнаружено, что экспрессия этого белка значительно снижается в зрелом возрасте по сравнению с уровнями экспрессии, измеренными у плода. [11] Исследования показали некоторые колебания во время периода беременности, но в целом они остаются относительно высокими. Также были доказательства высокого уровня экспрессии до 28 дня после родов. [17]
Местоположение [ править ]
Экспрессия этого белка была обнаружена в перитубулярных миоидных клетках , гоноцитах , пахитеновых сперматоцитах, сперматогониях , миоидных клетках и клетках Сертоли . [11]
Мозг мыши проявил экспрессию в различных областях мозга, включая гипофиз, префронтальную кору, лобную долю, мозжечок и теменную долю. [18] Самый высокий уровень экспрессии был обнаружен в семенниках, следующий по величине - в трахее. Гистограмма содержания белка, которая сравнивает содержание желаемого протеина с другими протеинами, показывает, что SPATS1 находится на более низком уровне экспрессии. [5]
Функция [ править ]
Специфическая функция SPATS1 все еще изучается. Исследования показали, что он может играть роль в инициации первой сперматогенной волны, а также в первом мейотическом делении самцов . [11] Другое исследование предполагает, что он действует как негативный регулятор канонического пути передачи сигналов Wnt . [12] В нескольких исследованиях на микроаари изучались эффекты отключения различных белков и ферментов и связанные с этим эффекты на экспрессию SPATS1. Также изучались эпигентные факторы, в частности метилирование гистонов. Влияние нокаута на фенотипы также изучалось в нескольких исследованиях. [5]
Сохранение [ править ]
Белок SPATS1 консервативен у видов уже на стадии Oxytricha trifallax . Ортологи этого белка не обнаружены ни у архей, ни у бактерий. У птиц также не обнаружено ортологов . [19] Среди млекопитающих и других близких ортологов в кодирующей области наблюдается высокий уровень сохранности. Существует консервативность среди удаленных ортологов в некодирующих областях, включая промотор, 5 'UTR и 3' UTR. Эти убеждения поддерживаются либо одним и тем же нуклеотидом, либо химически подобным нуклеотидом. [20] Ниже приводится таблица ортологов с указанием процента сходства и даты их расхождения. [19] [21]
| Ортолог | Сходство последовательности с Homo sapien | Идентичность последовательности для Homo sapiens | Дата расхождения (MYA) |
|---|---|---|---|
| Pongo abelii | 95,70% | 95,00% | 15,2 |
| Heterocephalus glaber | 58,30% | 52,00% | 88 |
| Pteropus alecto | 71,30% | 66,90% | 94 |
| Bos taurus | 50,70% | 47,70% | 94 |
| Bos mutus | 64,10% | 58,80% | 94 |
| Balaenoptera acutorostrata scammoni | 80,30% | 74,00% | 94 |
| Loxodonta africana | 67,20% | 61,00% | 102 |
| Sarcophilus harrisii | 48,20% | 37,50% | 160 |
| Орниторинчус анатинус | 49,20% | 39,90% | 169 |
| Гавиалис гангетический | 45,40% | 36,70% | 320 |
| Анолис каролиненсис | 48,30% | 34,10% | 320 |
| Пелодискус китайский | 45,90% | 33,40% | 320 |
| Nanorana parkeri | 43,10% | 30,30% | 353 |
| Стронгилоцентротус пурпуратус | 33,60% | 25,60% | 627 |
| Nematostella vectensis | 28,30% | 25,20% | 685 |
| Branchiostoma belcheri | 36,50% | 29,20% | 699 |
| Crassostrea gigas | 35,00% | 27,00% | 758 |
| Lottia gigantea | 32,70% | 26,20% | 758 |
| Oxytricha trifallax | 31,80% | 20,40% | 1781 |
Ссылки [ править ]
- ^ a b c GRCh38: Ensembl, выпуск 89: ENSG00000249481 - Ensembl , май 2017 г.
- ^ a b c GRCm38: выпуск Ensembl 89: ENSMUSG00000023935 - Ensembl , май 2017 г.
- ^ "Human PubMed Reference:" . Национальный центр биотехнологической информации, Национальная медицинская библиотека США .
- ^ «Ссылка на Mouse PubMed:» . Национальный центр биотехнологической информации, Национальная медицинская библиотека США .
- ^ a b c d e «Сперматогенез, связанный с богатым серином 1 (SPATS1) человека Homo sapiens, мРНК - нуклеотид - NCBI» . www.ncbi.nlm.nih.gov . Проверено 20 февраля 2017 .
- ^ "dbSNP Short Genetic Variations" . NCBI . Проверено 23 апреля 2017 года .
- ^ "UniProtKB - Q496A3 (SPAS1_HUMAN)" . UniProt . Проверено 2 мая 2017 года .
- ^ "Калькулятор изоэлектрической точки белка" .
- ^ "Вычислить инструмент pI / Mw" . 28 апреля 2017 г.
- ^ «Рассчитать молекулярный вес и изоэлектрическую точку» . 28 апреля 2017 г.
- ^ a b c d Capoano CA, Wettstein R, Kun A, Geisinger A (2010). «Spats 1 (Srsp1) по-разному экспрессируется во время развития семенников крысы». Паттерны экспрессии генов . 10 (1): 1–8. DOI : 10.1016 / j.gep.2009.11.006 . PMID 19948251 .
- ^ а б Чжан Х, Чжан Х, Чжан И, Нг СС, Рен Ф, Ван И, Дуань И, Чен Л, Чжай И, Го Q, Чанг З (ноябрь 2010 г.). «Белок, взаимодействующий с доменом Disheveled-DEP (DDIP), ингибирует передачу сигналов Wnt, способствуя деградации TCF4 и разрушая комплекс TCF4 / бета-катенин». Сотовая связь . 22 (11): 1753–60. DOI : 10.1016 / j.cellsig.2010.06.016 . PMID 20603214 .
- ^ "Motif Scan" .
- ^ «Expasy: Proteomics Tools» .
- ^ "ExPASY: Инструмент ресурсов биоинформатики" .
- ^ "STRING Protein - инструмент взаимодействия с белками" .
- ^ "Профили GEO" .
- ^ "Аллен Мозг" .
- ^ a b "Протеиновый взрыв NCBI" .
- ^ "Верстак биологии" .
- ^ "TimeTree" .
