SUPT5H

Доступные конструкции

Ортолог поиск: PDBe RCSB

Список идентификационных кодов PDB
2DO3 , 2E6Z , 2E70 , 3H7H , 4L1U

Идентификаторы

Псевдонимы

SUPT5H , SPT5, SPT5H, Tat-CT1, гомолог SPT5, субъединица фактора элонгации DSIF

Внешние идентификаторы

OMIM : 602102 MGI : 1202400 HomoloGene : 2384 GeneCards : SUPT5H

Расположение гена ( человек )

Chr.	Хромосома 19 (человека) ^[1]

Группа	19q13.2	Начинать	39 436 156 п.н. ^[1]
Группа	19q13.2	Конец	39 476 670 п.н. ^[1]

Расположение гена ( Мышь )

Chr.	Хромосома 7 (мышь) ^[2]

Группа	7 A3 \| 7 16,68 см	Начинать	28 314 891 п.н. ^[2]
Группа	7 A3 \| 7 16,68 см	Конец	28 338 746 п.н. ^[2]

Паттерн экспрессии РНК

Дополнительные данные эталонного выражения

Генная онтология
Молекулярная функция	• Связывание с белком GO: 0001948 • активность гетеродимеризации белка • связывание с ферментом • связывание с хроматином • связывание РНК • связывание с ДНК • связывание мРНК
Сотовый компонент	• нуклеоплазма • комплекс DSIF • ядро клетки
Биологический процесс	• ремоделирование хроматина • негативная регуляция полиаденилирования мРНК • регуляция транскрипции, ДНК-шаблон • регуляция транскрипции с промотора РНК-полимеразы II • элонгация транскрипции с промотора РНК-полимеразы II • регуляция ДНК-шаблонной транскрипции, удлинение • негативная регуляция транскрипции с РНК промотор полимеразы II • кэпирование мРНК 7-метилгуанозина • транскрипция с промотора РНК-полимеразы II • ответ на органическое вещество • транскрипция, ДНК-шаблон • негативная регуляция транскрипции, построенная по ДНК • позитивная регуляция транскрипции, элонгации с помощью ДНК-шаблона • позитивная регуляция макроаутофагии • шаблонная ДНК-транскрипция, элонгация • репликация одноцепочечной вирусной РНК через промежуточное соединение двухцепочечной ДНК • позитивная регуляция вирусной транскрипции • клеточный цикл • позитивная регуляция транскрипции с помощью РНК-полимеразы II промоутер
Источники: Amigo / QuickGO

Ортологи

Разновидность

Человек

Мышь

Entrez


6829


20924

Ансамбль


ENSG00000196235


ENSMUSG00000003435

UniProt


O00267


O55201

RefSeq (мРНК)

NM_001111020 NM_001130824 NM_001130825 NM_003169 NM_001319990
NM_001319991


NM_013676

RefSeq (белок)

NP_001104490 NP_001124296 NP_001124297 NP_001306919 NP_001306920
NP_003160


NP_038704

Расположение (UCSC)

Chr 19: 39.44 - 39.48 Мб

Chr 7: 28.31 - 28.34 Мб

PubMed поиск

^[3]

^[4]

Викиданные

Просмотр / редактирование человека

Просмотр / редактирование мыши

Транскрипция фактор элонгации Spt5 является белком , который в организме человека кодируется SUPT5H гена . ^[5]^[6]

Взаимодействия [ править ]

Было показано, что SUPT5H взаимодействует с:

CDK9 , ^[7]
Циклинзависимая киназа 7 , ^[7]
HTATSF1 , ^[8]
PIN1 , ^[9]
POLR2A , ^[8]^[10]
PRMT1 ^[11] и
Белок аргининметилтрансфераза 5 . ^[11]

Модельные организмы [ править ]

Модельные организмы использовались в исследовании функции SUPT5H. Линия условно нокаутных мышей под названием Supt5 ^{tm2a (KOMP) Wtsi} была создана в Wellcome Trust Sanger Institute . ^[12] Самцы и самки животных прошли стандартизированный фенотипический скрининг ^[13] для определения эффектов делеции. ^[14]^[15]^[16]^[17] Проведены дополнительные проверки: - Углубленное иммунологическое фенотипирование ^[18]

*Нокаутный* фенотип мыши по *Supt5*
Характерная черта	Фенотип
Все данные доступны на сайте. ^[13]^[18]
Лейкоциты периферической крови 6 недель	Обычный
Гематология 6 недель	Обычный
Гомозиготная жизнеспособность на P14	Аномальный
Рецессивное летальное исследование	Аномальный
Вес тела	Обычный
Неврологическое обследование	Обычный
Сила захвата	Обычный
Дисморфология	Обычный
Косвенная калориметрия	Обычный
Тест толерантности к глюкозе	Обычный
Слуховой ответ ствола мозга	Обычный
DEXA	Обычный
Рентгенография	Обычный
Морфология глаза	Обычный
Клиническая химия	Обычный
Гематология 16 недель	Обычный
Лейкоциты периферической крови 16 недель	Обычный
Вес сердца	Обычный
Сальмонеллезная инфекция	Обычный
Функция цитотоксических Т-клеток	Обычный
Иммунофенотипирование селезенки	Обычный
Иммунофенотипирование брыжеечных лимфатических узлов	Обычный
Иммунофенотипирование костного мозга	Обычный
Состав эпидермального иммунитета	Обычный

Ссылки [ править ]

^ a b c GRCh38: Ensembl, выпуск 89: ENSG00000196235 - Ensembl , май 2017 г.
^ a b c GRCm38: выпуск Ensembl 89: ENSMUSG00000003435 - Ensembl , май 2017 г.
^ "Human PubMed Reference:" . Национальный центр биотехнологической информации, Национальная медицинская библиотека США .
^ «Ссылка на Mouse PubMed:» . Национальный центр биотехнологической информации, Национальная медицинская библиотека США .
^ Chiang PW, Фогель E, Джексон CL, Lieuallen K, G Lennon, Qu X, Ван SQ, Курнит DM (декабрь 1996). «Выделение, секвенирование и картирование человеческого гомолога дрожжевого фактора транскрипции SPT5». Геномика . 38 (3): 421–4. DOI : 10.1006 / geno.1996.0646 . PMID 8975720 .
^ «Ген Entrez: SUPT5H супрессор гомолога Ty 5 (S. cerevisiae)» .
^ a b Гарбер М.Э., Мэйолл Т.П., Зьюсс Е.М., Мейзенхелдер Дж., Томпсон Н.Э., Джонс К.А. (сентябрь 2000 г.). «Автофосфорилирование CDK9 регулирует высокоаффинное связывание комплекса tat-P-TEFb вируса иммунодефицита человека типа 1 с TAR РНК» . Молекулярная и клеточная биология . 20 (18): 6958–69. DOI : 10.1128 / mcb.20.18.6958-6969.2000 . PMC 88771 . PMID 10958691 .
^ a b Ким Дж. Б., Ямагути Ю., Вада Т., Ханда Х, Шарп, Пенсильвания (сентябрь 1999 г.). «Белок Tat-SF1 ассоциируется с белками RAP30 и SPT5 человека» . Молекулярная и клеточная биология . 19 (9): 5960–8. DOI : 10.1128 / mcb.19.9.5960 . PMC 84462 . PMID 10454543 .
^ Лавуа С. Б., Альберт Л., Ханда Н, Винсент М, Bensaude О (сентябрь 2001). «Пептидил-пролилизомераза Pin1 взаимодействует с hSpt5, фосфорилированным Cdk9». Журнал молекулярной биологии . 312 (4): 675–85. DOI : 10.1006 / jmbi.2001.4991 . PMID 11575923 .
↑ Wada T, Takagi T, Yamaguchi Y, Ferdous A, Imai T, Hirose S, Sugimoto S, Yano K, Hartzog GA, Winston F, Buratowski S, Handa H (февраль 1998 г.). «DSIF, новый фактор элонгации транскрипции, который регулирует процессивность РНК-полимеразы II, состоит из гомологов Spt4 и Spt5 человека» . Гены и развитие . 12 (3): 343–56. DOI : 10,1101 / gad.12.3.343 . PMC 316480 . PMID 9450929 .
^ a b Kwak YT, Guo J, Prajapati S, Park KJ, Surabhi RM, Miller B, Gehrig P, Gaynor RB (апрель 2003 г.). «Метилирование SPT5 регулирует его взаимодействие с РНК-полимеразой II и свойства удлинения транскрипции». Молекулярная клетка . 11 (4): 1055–66. DOI : 10.1016 / s1097-2765 (03) 00101-1 . PMID 12718890 .
^ Gerdin AK (2010). «Программа генетики мышей Сэнгера: характеристика мышей с высокой пропускной способностью». Acta Ophthalmologica . 88 : 925–7. DOI : 10.1111 / j.1755-3768.2010.4142.x . S2CID 85911512 .
^ a b «Международный консорциум по фенотипированию мышей» .
^ Skarnes туалет, Розен В, Уэст А.П., Koutsourakis М, Бушелл Вт, Ийер В, Мухика А.О., Томас М, борона Дж, Кокс Т, Джексон D, Северин Дж, Биггс Р, фу Дж, Нефедов М, де - Jong PJ, Стюарт А.Ф., Брэдли А. (июнь 2011 г.). «Ресурс с условным нокаутом для полногеномного исследования функции генов мыши» . Природа . 474 (7351): 337–42. DOI : 10,1038 / природа10163 . PMC 3572410 . PMID 21677750 .
^ Долгин E (июнь 2011). "Библиотека мыши настроена на нокаут" . Природа . 474 (7351): 262–3. DOI : 10.1038 / 474262a . PMID 21677718 .
^ Collins FS, Rossant J, Wurst W (январь 2007). «Мышь по всем причинам». Cell . 128 (1): 9–13. DOI : 10.1016 / j.cell.2006.12.018 . PMID 17218247 . S2CID 18872015 .
^ Белый Ю.К., Gerdin А.К., Карп Н.А., Райдера Е, Булян М, Bussell Ю.Н., Salisbury Дж, Clare S, Ингам штат Нью - Джерси, Podrini С, Houghton R, Estabel J, Боттомли JR, Мелвин Д.Г., Сунтер D, Адамс Северная Каролина, Таннахилл D, Logan DW, Macarthur DG, Flint J, Mahajan VB, Tsang SH, Smyth I, Watt FM, Skarnes WC, Dougan G, Adams DJ, Ramirez-Solis R, Bradley A, Steel KP (июль 2013 г.). «Полногеномное поколение и систематическое фенотипирование мышей с нокаутом открывает новые роли для многих генов» . Cell . 154 (2): 452–64. DOI : 10.1016 / j.cell.2013.06.022 . PMC 3717207 . PMID 23870131 .
^ a b «Консорциум иммунофенотипирования инфекций и иммунитета (3i)» .

Дальнейшее чтение [ править ]

Андерссон Б., Вентланд М.А., Рикафренте Ю.Ю., Лю В., Гиббс Р.А. (апрель 1996 г.). «Метод« двойного адаптера »для улучшения конструкции библиотеки дробовиков». Аналитическая биохимия . 236 (1): 107–13. DOI : 10.1006 / abio.1996.0138 . PMID 8619474 .
Ю. В., Андерссон Б., Уорли К. К., Музни Д. М., Дин Й., Лю В., Рикафренте Д. Ю., Вентланд М. А., Леннон Г., Гиббс Р. А. (апрель 1997 г.). «Крупномасштабное конкатенационное секвенирование кДНК» . Геномные исследования . 7 (4): 353–8. DOI : 10.1101 / gr.7.4.353 . PMC 139146 . PMID 9110174 .
Stachora AA, Schäfer RE, Pohlmeier M, Maier G, Ponstingl H (июнь 1997 г.). «Белок Supt5h человека, предполагаемый модулятор структуры хроматина, обратимо фосфорилируется в митозе». Письма FEBS . 409 (1): 74–8. DOI : 10.1016 / S0014-5793 (97) 00486-9 . PMID 9199507 . S2CID 43730950 .
Вада Т., Такаги Т., Ямагути Ю., Фердоус А., Имаи Т., Хиросе С., Сугимото С., Яно К., Харцог Г.А., Уинстон Ф., Буратовски С., Ханда Х (февраль 1998 г.). «DSIF, новый фактор элонгации транскрипции, который регулирует процессивность РНК-полимеразы II, состоит из гомологов Spt4 и Spt5 человека» . Гены и развитие . 12 (3): 343–56. DOI : 10,1101 / gad.12.3.343 . PMC 316480 . PMID 9450929 .
Wu-Baer F, Lane WS, Gaynor RB (март 1998 г.). «Роль человеческого гомолога дрожжевого фактора транскрипции SPT5 в активации Tat ВИЧ-1». Журнал молекулярной биологии . 277 (2): 179–97. DOI : 10.1006 / jmbi.1997.1601 . PMID 9514752 .
Вада Т., Такаги Т., Ямагути Ю., Ватанабэ Д., Ханда Х (декабрь 1998 г.). «Доказательства того, что P-TEFb смягчает негативный эффект DSIF на РНК-полимеразу II-зависимую транскрипцию in vitro» . Журнал EMBO . 17 (24): 7395–403. DOI : 10.1093 / emboj / 17.24.7395 . PMC 1171084 . PMID 9857195 .
Ямагути Ю., Вада Т., Ватанабэ Д., Такаги Т., Хасэгава Дж., Ханда Х. (март 1999 г.). «Структура и функция человеческого фактора элонгации транскрипции DSIF» . Журнал биологической химии . 274 (12): 8085–92. DOI : 10.1074 / jbc.274.12.8085 . PMID 10075709 .
Ямагути Ю., Такаги Т., Вада Т., Яно К., Фуруя А., Сугимото С., Хасегава Дж., Ханда Х (апрель 1999 г.). «NELF, мультисубъединичный комплекс, содержащий RD, взаимодействует с DSIF для подавления элонгации РНК-полимеразы II». Cell . 97 (1): 41–51. DOI : 10.1016 / S0092-8674 (00) 80713-8 . PMID 10199401 . S2CID 16855257 .
Parada CA, Roeder RG (июль 1999 г.). «Новый комплекс, содержащий РНК-полимеразу II, усиливает транскрипцию ВИЧ-1, усиленную Tat» . Журнал EMBO . 18 (13): 3688–701. DOI : 10.1093 / emboj / 18.13.3688 . PMC 1171446 . PMID 10393184 .
Вен И, Шаткин А. Дж. (Июль 1999 г.). «Фактор элонгации транскрипции hSPT5 стимулирует кэппирование мРНК» . Гены и развитие . 13 (14): 1774–9. DOI : 10.1101 / gad.13.14.1774 . PMC 316881 . PMID 10421630 .
Kim JB, Yamaguchi Y, Wada T, Handa H, Sharp PA (сентябрь 1999 г.). «Белок Tat-SF1 ассоциируется с белками RAP30 и SPT5 человека» . Молекулярная и клеточная биология . 19 (9): 5960–8. DOI : 10.1128 / mcb.19.9.5960 . PMC 84462 . PMID 10454543 .
Иванов Д., Квак Ю.Т., Го Дж., Гейнор РБ (май 2000 г.). «Домены в белке SPT5, которые модулируют его свойства регуляции транскрипции» . Молекулярная и клеточная биология . 20 (9): 2970–83. DOI : 10.1128 / MCB.20.9.2970-2983.2000 . PMC 85557 . PMID 10757782 .
Wada T, Orphanides G, Hasegawa J, Kim DK, Shima D, Yamaguchi Y, Fukuda A, Hisatake K, Oh S, Reinberg D, Handa H (июнь 2000 г.). «FACT снимает опосредованное DSIF / NELF ингибирование удлинения транскрипции и выявляет функциональные различия между P-TEFb и TFIIH». Молекулярная клетка . 5 (6): 1067–72. DOI : 10.1016 / S1097-2765 (00) 80272-5 . PMID 10912001 .
Ping YH, Rana TM (апрель 2001 г.). «DSIF и NELF взаимодействуют с комплексом элонгации РНК-полимеразы II, а Tat ВИЧ-1 стимулирует P-TEFb-опосредованное фосфорилирование РНК-полимеразы II и DSIF во время элонгации транскрипции» . Журнал биологической химии . 276 (16): 12951–8. DOI : 10.1074 / jbc.M006130200 . PMID 11112772 .
Kim JB, Sharp PA (апрель 2001 г.). «Положительный фактор элонгации транскрипции B фосфорилирует hSPT5 и карбоксиконцевой домен РНК-полимеразы II независимо от циклин-зависимой киназы, активирующей киназу» . Журнал биологической химии . 276 (15): 12317–23. DOI : 10.1074 / jbc.M010908200 . PMID 11145967 .
Реннер Д.Б., Ямагути Ю., Вада Т., Ханда Х., Прайс Д.Х. (ноябрь 2001 г.). «Высокоочищенная система контроля элонгации РНК-полимеразы II» . Журнал биологической химии . 276 (45): 42601–9. DOI : 10.1074 / jbc.M104967200 . PMID 11553615 .
Лавуа С.Б., Альберт А.Л., Ханда Х, Винсент М., Бенсауд О. (сентябрь 2001 г.). «Пептидил-пролилизомераза Pin1 взаимодействует с hSpt5, фосфорилированным Cdk9». Журнал молекулярной биологии . 312 (4): 675–85. DOI : 10.1006 / jmbi.2001.4991 . PMID 11575923 .
Bourgeois CF, Ким YK, Черчер MJ, West MJ, Karn J (февраль 2002 г.). «Spt5 взаимодействует с Tat вируса иммунодефицита человека типа 1, предотвращая преждевременное высвобождение РНК на терминаторных последовательностях» . Молекулярная и клеточная биология . 22 (4): 1079–93. DOI : 10.1128 / MCB.22.4.1079-1093.2002 . PMC 134635 . PMID 11809800 .
Ямагути Ю., Инукай Н., Нарита Т., Вада Т., Ханда Х (май 2002 г.). «Доказательства того, что отрицательный фактор элонгации подавляет элонгацию транскрипции посредством связывания с комплексом фактора индуцирования чувствительности DRB / РНК-полимеразы II и РНК» . Молекулярная и клеточная биология . 22 (9): 2918–27. DOI : 10.1128 / MCB.22.9.2918-2927.2002 . PMC 133766 . PMID 11940650 .

[refGRCh38Ensembl-1] GRCh38: Ensembl, выпуск 89: ENSG00000196235 - Ensembl , май 2017 г.

[refGRCm38Ensembl-2] GRCm38: выпуск Ensembl 89: ENSMUSG00000003435 - Ensembl , май 2017 г.

[3] "Human PubMed Reference:" . Национальный центр биотехнологической информации, Национальная медицинская библиотека США .

[4] «Ссылка на Mouse PubMed:» . Национальный центр биотехнологической информации, Национальная медицинская библиотека США .

[pmid8975720-5] Chiang PW, Фогель E, Джексон CL, Lieuallen K, G Lennon, Qu X, Ван SQ, Курнит DM (декабрь 1996). «Выделение, секвенирование и картирование человеческого гомолога дрожжевого фактора транскрипции SPT5». Геномика . 38 (3): 421–4. DOI : 10.1006 / geno.1996.0646 . PMID 8975720 .

[6] «Ген Entrez: SUPT5H супрессор гомолога Ty 5 (S. cerevisiae)» .

[pmid10958691-7] Гарбер М.Э., Мэйолл Т.П., Зьюсс Е.М., Мейзенхелдер Дж., Томпсон Н.Э., Джонс К.А. (сентябрь 2000 г.). «Автофосфорилирование CDK9 регулирует высокоаффинное связывание комплекса tat-P-TEFb вируса иммунодефицита человека типа 1 с TAR РНК» . Молекулярная и клеточная биология . 20 (18): 6958–69. DOI : 10.1128 / mcb.20.18.6958-6969.2000 . PMC 88771 . PMID 10958691 .

[pmid10454543-8] Ким Дж. Б., Ямагути Ю., Вада Т., Ханда Х, Шарп, Пенсильвания (сентябрь 1999 г.). «Белок Tat-SF1 ассоциируется с белками RAP30 и SPT5 человека» . Молекулярная и клеточная биология . 19 (9): 5960–8. DOI : 10.1128 / mcb.19.9.5960 . PMC 84462 . PMID 10454543 .

[pmid11575923-9] Лавуа С. Б., Альберт Л., Ханда Н, Винсент М, Bensaude О (сентябрь 2001). «Пептидил-пролилизомераза Pin1 взаимодействует с hSpt5, фосфорилированным Cdk9». Журнал молекулярной биологии . 312 (4): 675–85. DOI : 10.1006 / jmbi.2001.4991 . PMID 11575923 .

[pmid9450929-10] Wada T, Takagi T, Yamaguchi Y, Ferdous A, Imai T, Hirose S, Sugimoto S, Yano K, Hartzog GA, Winston F, Buratowski S, Handa H (февраль 1998 г.). «DSIF, новый фактор элонгации транскрипции, который регулирует процессивность РНК-полимеразы II, состоит из гомологов Spt4 и Spt5 человека» . Гены и развитие . 12 (3): 343–56. DOI : 10,1101 / gad.12.3.343 . PMC 316480 . PMID 9450929 .

[pmid12718890-11] Kwak YT, Guo J, Prajapati S, Park KJ, Surabhi RM, Miller B, Gehrig P, Gaynor RB (апрель 2003 г.). «Метилирование SPT5 регулирует его взаимодействие с РНК-полимеразой II и свойства удлинения транскрипции». Молекулярная клетка . 11 (4): 1055–66. DOI : 10.1016 / s1097-2765 (03) 00101-1 . PMID 12718890 .

[mgp_reference-12] Gerdin AK (2010). «Программа генетики мышей Сэнгера: характеристика мышей с высокой пропускной способностью». Acta Ophthalmologica . 88 : 925–7. DOI : 10.1111 / j.1755-3768.2010.4142.x . S2CID 85911512 .

[IMPCsearch_ref-13] «Международный консорциум по фенотипированию мышей» .

[pmid21677750-14] Skarnes туалет, Розен В, Уэст А.П., Koutsourakis М, Бушелл Вт, Ийер В, Мухика А.О., Томас М, борона Дж, Кокс Т, Джексон D, Северин Дж, Биггс Р, фу Дж, Нефедов М, де - Jong PJ, Стюарт А.Ф., Брэдли А. (июнь 2011 г.). «Ресурс с условным нокаутом для полногеномного исследования функции генов мыши» . Природа . 474 (7351): 337–42. DOI : 10,1038 / природа10163 . PMC 3572410 . PMID 21677750 .

[mouse_library-15] Долгин E (июнь 2011). "Библиотека мыши настроена на нокаут" . Природа . 474 (7351): 262–3. DOI : 10.1038 / 474262a . PMID 21677718 .

[mouse_for_all_reasons-16] Collins FS, Rossant J, Wurst W (январь 2007). «Мышь по всем причинам». Cell . 128 (1): 9–13. DOI : 10.1016 / j.cell.2006.12.018 . PMID 17218247 . S2CID 18872015 .

[pmid23870131-17] Белый Ю.К., Gerdin А.К., Карп Н.А., Райдера Е, Булян М, Bussell Ю.Н., Salisbury Дж, Clare S, Ингам штат Нью - Джерси, Podrini С, Houghton R, Estabel J, Боттомли JR, Мелвин Д.Г., Сунтер D, Адамс Северная Каролина, Таннахилл D, Logan DW, Macarthur DG, Flint J, Mahajan VB, Tsang SH, Smyth I, Watt FM, Skarnes WC, Dougan G, Adams DJ, Ramirez-Solis R, Bradley A, Steel KP (июль 2013 г.). «Полногеномное поколение и систематическое фенотипирование мышей с нокаутом открывает новые роли для многих генов» . Cell . 154 (2): 452–64. DOI : 10.1016 / j.cell.2013.06.022 . PMC 3717207 . PMID 23870131 .

[iii_ref-18] «Консорциум иммунофенотипирования инфекций и иммунитета (3i)» .

[1]