Палочковидный вирус 2 Sulfolobus islandicus , также называемый SIRV2, представляет собой архейный вирус , единственным известным хозяином которого является архея Sulfolobus islandicus . Этот вирус принадлежит к семейству Rudiviridae . [2] Как и другие вирусы этого семейства, он распространен в геотермальной среде. [2]
Айсрудивирус SIRV2 | |
---|---|
Классификация вирусов | |
(без рейтинга): | Вирус |
Царство : | Аднавирия |
Королевство: | Zilligvirae |
Тип: | Талеавирикота |
Класс: | Tokiviricetes |
Заказ: | Ligamenvirales |
Семья: | Rudiviridae |
Род: | Айсрудивирус |
Разновидность: | Айсрудивирус SIRV2 |
Синонимы [1] | |
|
Биология и биохимия
SIRV2 имеет линейный двухцепочечный ДНК-геном. Вирусная ДНК реплицируется 4-мя ДНК-полимеразами хозяина : от Dpo1 до Dpo4. [2]
Вирус имеет морфологию стержневой формы с шириной 23 нанометра (нм) и длиной 900 нм. На обоих концах вируса наблюдались три концевых волокна длиной 28 нм. [3] Концевые волокна опосредуют прикрепление вируса к пили типа 4, в большом количестве присутствующие на поверхности клетки-хозяина. [4] [5]
SIRV2 способен выдерживать добавление 6 молярной (M) мочевины , абсолютного этанола , октанола-2 и 0,1% тритона X-100 при нейтральном pH и 25 градусах Цельсия . [3] Тесты in vitro показали, что SIRV2 все еще способен инфицировать при 70–80 градусах Цельсия и в растворе с pH 3. [6]
В 2011 году было обнаружено, что SIRV2gp19 представляет собой эндонуклеазу одноцепочечной ДНК . Это было доказано путем индуцирования мутации в Motif II белка SIRVgp19 от аминокислоты аспартата до аланина, что привело к потере нуклеазной активности. Этот белок функционален в пределах pH 7-10. В 1971 году было обнаружено, что хлорид магния является кофактором этого белка. [7] [6] Концентрации хлорида натрия выше 100 мМ подавляют SIRV2gp19. [6]
Состав
Трехмерная реконструкция вириона SIRV2 с разрешением ~ 4 ангстрем была получена с помощью криоэлектронной микроскопии. [8] Структура выявила ранее неизвестную форму организации вириона, при которой альфа-спиральный главный капсидный белок SIRV2 оборачивается вокруг ДНК, делая ее недоступной для растворителя. Было обнаружено, что вирусная ДНК полностью находится в А-форме, что предполагает общий механизм с бактериальными спорами для защиты ДНК в наиболее неблагоприятных условиях.
Рекомендации
- ^ «История таксономии ICTV: Icerudivirus SIRV2 » (HTML) . Международный комитет по таксономии вирусов (ICTV) . Дата обращения 14 мая 2021 .
- ^ а б в Мартинес-Альварес, Лаура; Дэн, Линг; Пэн, Сюй (2017-04-19). «Формирование вирусного фокуса репликации в клетках Sulfolobus, инфицированных палочковидным вирусом Rudivirus Sulfolobus islandicus 2» . Журнал вирусологии . 91 (13). DOI : 10.1128 / jvi.00486-17 . ISSN 0022-538X . PMC 5469267 . PMID 28424282 .
- ^ а б Прангишвили, В .; Арнольд, Д .; Гётц, HP; Ziese, D .; Holz, U .; Кристьянссон, I .; Зиллиг, Дж. К. (1999). «Новое семейство вирусов, Rudiviridae: структура, взаимодействие вирус-хозяин и вариабельность генома вирусов SIRV1 и SIRV2» . Генетика . 152 (4): 1387–96. OCLC 678661646 . PMC 1460677 . PMID 10430569 .
- ^ Quemin, ER; Лукас, S; Даум, Б; Quax, TE; Кюльбрандт, Вт; Forterre, P; Albers, SV; Прангишвили, Д; Крупович, М (2013). «Первые сведения о процессе проникновения гипертермофильных вирусов архей» . Журнал вирусологии . 87 (24): 13379–85. DOI : 10,1128 / JVI.02742-13 . PMC 3838266 . PMID 24089554 .
- ^ Ванга, Ф; Цвиркайте-Крупович, В; Крейцбергер, МАБ; Вс, З; де Оливейра, GAP; Осинский, Т; Шерман, Н; DiMaio, F; Wall, JS; Прангишвили, Д; Крупович, М; Эгельман, EH (2019). «Экстенсивно гликозилированного архейного пилуса выживает в экстремальных условиях» . Природная микробиология . 4 (8): 1401–1410. DOI : 10.1038 / s41564-019-0458-х . PMC 6656605 . PMID 31110358 .
- ^ а б в Гарднер, Эндрю Ф .; Прангишвили, Давид; Джек, Уильям Э. (11.06.2011). «Характеристика палочковидного вируса 2 gp19 Sulfolobus islandicus, однонитевой специфической эндонуклеазы» . Экстремофилы . 15 (5): 619–624. DOI : 10.1007 / s00792-011-0385-0 . ISSN 1431-0651 . PMC 3158340 . PMID 21667093 .
- ^ Кушнер, SR; Nagaishi, H .; Templin, A .; Кларк, AJ (1971-04-01). «Генетическая рекомбинация в Escherichia coli: роль экзонуклеазы I» . Труды Национальной академии наук . 68 (4): 824–827. Bibcode : 1971PNAS ... 68..824K . DOI : 10.1073 / pnas.68.4.824 . ISSN 0027-8424 . PMC 389052 . PMID 4927675 .
- ^ DiMaio, F; Yu, X; Rensen, E; Крупович, М; Прангишвили, Д; Эгельман, EH (2015). «Вирусология. Вирус, поражающий гипертермофил, инкапсидирует ДНК А-формы» . Наука . 348 (6237): 914–7. DOI : 10.1126 / science.aaa4181 . PMC 5512286 . PMID 25999507 .