Из Википедии, бесплатной энциклопедии
Перейти к навигации Перейти к поиску
TRIM21
Белок TRIM21 PDB 2iwg.png
Доступные конструкции
PDBОртолог поиск: PDBe RCSB
Список идентификационных кодов PDB

2IWG

Идентификаторы
ПсевдонимыTRIM21 , RNF81, RO52, Ro / SSA, SSA, SSA1, трехчастный мотив, содержащий 21, трехчастный мотив, содержащий белок 21
Внешние идентификаторыOMIM : 109092 MGI : 106657 HomoloGene : 2365 GeneCards : TRIM21
Расположение гена ( человек )
Хромосома 11 (человек)
Chr.Хромосома 11 (человека) [1]
Хромосома 11 (человек)
Геномное расположение TRIM21
Геномное расположение TRIM21
Группа11п15.4Начинать4 384 897 п.н. [1]
Конец4 393 702 п.н. [1]
Расположение гена ( Мышь )
Хромосома 7 (мышь)
Chr.Хромосома 7 (мышь) [2]
Хромосома 7 (мышь)
Геномное расположение TRIM21
Геномное расположение TRIM21
Группа7 | 7 E3Начинать102 557 921 п.н. [2]
Конец102 565 486 п.н. [2]
Паттерн экспрессии РНК
PBB GE TRIM21 204804 в формате fs.png
Дополнительные данные эталонного выражения
Генная онтология
Молекулярная функция• связывания ДНК
• иона цинка связывания
• ион металла связывания
• GO: связывание белка 0001948
• связывания РНК
• идентичную связывания с белками
• убиквитин-протеин трансферазы активности
• трансферазной активности
Сотовый компонент• цитоплазма
• цитозоль
• комплекс убиквитинлигазы SCF
• P-тельца
• внутриклеточные
• аутофагосома
• цитоплазматический пузырек
• ядро клетки
• нуклеоплазма
• рибонуклеопротеин
Биологический процесс• отрицательное регулирование белка deubiquitination
• ответ на интерферон-гамма
• положительное регулирование аутофагией
• интерферона-гамма-опосредованного сигнального пути
• тримеризации белок
• положительное регулирование проникновение вируса в клетку - хозяина
• позитивной регуляции ДНК связывания активности фактора транскрипции последовательности конкретных
• monoubiquitination белок
• регулирование типа I интерферона производства
• положительной регуляции клеточного цикла
• белок дестабилизация
• белок убиквитинирование
• клеточного цикла
• отрицательная регуляция активности фактора транскрипции NF-kappaB
• аутоубиквитинирование белков
• врожденная иммунная система
• полиубиквитинирование белков
• негативная регуляция вирусной транскрипции
• негативная регуляция высвобождения вируса из клетки-хозяина
Источники: Amigo / QuickGO
Ортологи
РазновидностьЧеловекМышь
Entrez

6737

20821

Ансамбль

ENSG00000132109

ENSMUSG00000030966

UniProt

P19474

Q62191

RefSeq (мРНК)

NM_003141

NM_001082552
NM_009277

RefSeq (белок)

NP_003132

н / д

Расположение (UCSC)Chr 11: 4.38 - 4.39 МбChr 7: 102,56 - 102,57 Мб
PubMed поиск[3][4]
Викиданные
Просмотр / редактирование человекаПросмотр / редактирование мыши

Трехсторонний мотив-содержащий белок , 21 , также известный как E3 убиквитин-лигазы белком TRIM21 , является белком , который в организме человека кодируется TRIM21 гена . [5] [6] Альтернативно сплайсированные варианты транскриптов для этого гена были описаны, но была определена полноразмерная природа только одного. Он выражен в большинстве тканей человека. [7]

Структура [ править ]

TRIM21 является членом семейства трехчастных мотивов (TRIM). Мотив TRIM включает три цинк-связывающих домена, домен RING-пальца , B-бокс типа 1 и цинковый палец B-бокса типа 2 , а также область спиральной спирали . [6]

Функция [ править ]

TRIM21 представляет собой эффектор внутриклеточного антитела во внутриклеточном пути протеолиза, опосредованном антителами . Он распознает домен Fc [8] и связывается с иммуноглобулином G , иммуноглобуином A [9] и иммуноглобулином M на меченных антителами вирионах без оболочки, которые инфицировали клетку. Либо за счет аутоубиквитинирования, либо за счет убиквитинирования кофактора, он затем отвечает за направление вирионов к протеасоме . Сам TRIM21 не разлагается в протеасоме, в отличие от вирусного капсида и связанного антитела. [7]

TRIM21 является частью рибонуклеопротеина RoSSA, который включает один полипептид и одну из четырех малых молекул РНК. Частица RoSSA локализуется как в цитоплазме, так и в ядре. [6]

Клиническое значение [ править ]

RoSSA взаимодействует с аутоантигенами у пациентов с синдромом Шегрена и системной красной волчанкой . [6] Кроме того, неспособность предрасположенных к волчанке макрофагов разрушать иммунные комплексы в лизосомах приводит к утечке аутоантител в цитозоль, которые могут связываться с TRIM21 и усиливать передачу сигналов NF-κB. [10]

TRIM21 можно использовать для нокаута определенных белков с помощью соответствующих им антител, метод, известный как Trim-Away. В этом анализе TRIM21 и антитела доставляются в клетки посредством электропорации , и целевой белок разлагается в течение нескольких минут. [11]

Ссылки [ править ]

  1. ^ a b c GRCh38: Ensembl, выпуск 89: ENSG00000132109 - Ensembl , май 2017 г.
  2. ^ a b c GRCm38: выпуск Ensembl 89: ENSMUSG00000030966 - Ensembl , май 2017 г.
  3. ^ "Human PubMed Reference:" . Национальный центр биотехнологической информации, Национальная медицинская библиотека США .
  4. ^ «Ссылка на Mouse PubMed:» . Национальный центр биотехнологической информации, Национальная медицинская библиотека США .
  5. ^ Frank MB, Ито K, Fujisaku A, Pontarotti P, Маттеи MG, АСЗ BR (январь 1993). «Картирование человеческого гена аутоантигена Ro / SSA 52 кДа на хромосоме 11 человека и его полиморфизмы» . Американский журнал генетики человека . 52 (1): 183–91. PMC 1682114 . PMID 8094596 .  
  6. ^ a b c d "Ген Entrez: TRIM21 трехчастный мотив, содержащий 21" .
  7. ^ a b Маллери Д.Л., Макьюэн В.А., Бидгуд С.Р., Тауэрс Г.Дж., Джонсон С.М., Джеймс Л.К. (ноябрь 2010 г.) «Антитела опосредуют внутриклеточный иммунитет через трехкомпонентный мотив 21 (TRIM21)» . Труды Национальной академии наук Соединенных Штатов Америки . 107 (46): 19985–90. Bibcode : 2010PNAS..10719985M . DOI : 10.1073 / pnas.1014074107 . PMC 2993423 . PMID 21045130 .  
  8. ^ Джеймс LC, Keeble AH, Хан Z, Rhodes DA, Trowsdale J (апрель 2007). «Структурная основа функции белка с трехчастным мотивом, опосредованной PRYSPRY (TRIM)» . Труды Национальной академии наук Соединенных Штатов Америки . 104 (15): 6200–5. Bibcode : 2007PNAS..104.6200J . DOI : 10.1073 / pnas.0609174104 . PMC 1851072 . PMID 17400754 .  
  9. ^ Бидгуд, Сюзанна; Тэм, Джерри; Макьюэн, Уильям; Маллери, Донна; Джеймс, Лео (2014). «Транслокализованный IgA опосредует нейтрализацию и стимулирует врожденный иммунитет внутри инфицированных клеток» . Труды Национальной академии наук Соединенных Штатов Америки . 111 (37): 13463–8. Bibcode : 2014PNAS..11113463B . DOI : 10.1073 / pnas.1410980111 . PMC 4169910 . PMID 25169018 .  
  10. ^ Монтейт AJ, Канг S, Скотт E, Hillman K, Rajfur Z, Jacobson K, Costello MJ, Vilen BJ (апрель 2016 г.). «Дефекты созревания лизосом способствуют активации врожденных сенсоров при системной красной волчанке» . Труды Национальной академии наук Соединенных Штатов Америки . 113 (15): E2142–51. Bibcode : 2016PNAS..113E2142M . DOI : 10.1073 / pnas.1513943113 . PMC 4839468 . PMID 27035940 .  
  11. ^ Клифт D, Мсеуон WA, Лабзин Л.И., Konieczny В, Mogessie В, Джеймс ЛК, Шух М (декабрь 2017 г.). «Метод острой и быстрой деградации эндогенных белков» . Cell . 171 (7): 1692–1706.e18. DOI : 10.1016 / j.cell.2017.10.033 . PMC 5733393 . PMID 29153837 .  

Дальнейшее чтение [ править ]

  • Джонс С.К. (июнь 1992 г.). «Ультрафиолетовое излучение (УФР) индуцирует экспрессию антигена Ro / SSA на клеточной поверхности кератиноцитами человека in vitro: возможный механизм индукции УФИ при поражениях кожной волчанки». Британский журнал дерматологии . 126 (6): 546–53. DOI : 10.1111 / j.1365-2133.1992.tb00098.x . PMID  1610705 . S2CID  24542694 .
  • Ито К., Ито И, Фрэнк МБ (январь 1991 г.). «Белковая гетерогенность рибонуклеопротеинов Ro / SSA человека. Аутоантигены Ro / SSA 52 и 60 кДа кодируются отдельными генами» . Журнал клинических исследований . 87 (1): 177–86. DOI : 10.1172 / JCI114968 . PMC  295020 . PMID  1985094 .
  • Чан Е.К., Хамель Дж. С., Буйон Дж. П., Тан Е. М. (январь 1991 г.). «Молекулярное определение и мотивы последовательности компонента 52 кДа аутоантигена человеческого SS-A / Ro» . Журнал клинических исследований . 87 (1): 68–76. DOI : 10.1172 / JCI115003 . PMC  294993 . PMID  1985112 .
  • Миягава С., Окада Н., Инагаки Ю., Китано Ю., Уэки Х, Сакамото К., Стейнберг М.Л. (март 1988 г.). «Экспрессия антигена SSA / Ro в кератиноцитах человека, трансформированных обезьяньим вирусом 40» . Журнал следственной дерматологии . 90 (3): 342–5. DOI : 10.1111 / 1523-1747.ep12456308 . PMID  2450143 .
  • Чан Е.К., Ди Донато Ф., Хамель Дж.С., Ценг К.Э., Буйон Дж.П. (октябрь 1995 г.). «52 кДа SS-A / Ro: геномная структура и идентификация альтернативно сплайсированного транскрипта, кодирующего новый аутоантиген« лейциновая застежка-молния », экспрессируемый в сердце плода и взрослого» . Журнал экспериментальной медицины . 182 (4): 983–92. DOI : 10,1084 / jem.182.4.983 . PMC  2192297 . PMID  7561701 .
  • Цугу Х., Хоровиц Р., Гибсон Н., Фрэнк М.Б. (декабрь 1994 г.). «Расположение ассоциированного с заболеванием полиморфизма и геномной структуры локуса Ro / SSA 52 кДа человека (SSA1)». Геномика . 24 (3): 541–8. DOI : 10.1006 / geno.1994.1664 . PMID  7713506 .
  • Франк МБ, МакКуббин В.Р., Хелдермон С. (январь 1995 г.) «Экспрессия и связывание ДНК аутоантигена Ro / SSA человека 52 кДа» . Биохимический журнал . 305 (2): 359–62. DOI : 10.1042 / bj3050359 . PMC  1136368 . PMID  7832745 .
  • Маруяма К., Сугано С. (январь 1994 г.). «Олиго-кэппинг: простой метод замены кэп-структуры эукариотических мРНК олигорибонуклеотидами». Джин . 138 (1–2): 171–4. DOI : 10.1016 / 0378-1119 (94) 90802-8 . PMID  8125298 .
  • Кич CL, Гордон Т.П., Маккласки Дж. (Май 1996 г.). «Структурные различия между аутоантигенами 52 кДа Ro человека и мыши, связанные с плохо консервативной активностью аутоантител у разных видов» . Клиническая и экспериментальная иммунология . 104 (2): 255–63. DOI : 10.1046 / j.1365-2249.1996.16726.x . PMC  2200432 . PMID  8625517 .
  • Игараси Т., Ито Ю., Фукунага Ю., Ямамото М. (1996). «Стресс-индуцированная экспрессия на клеточной поверхности и антигенное изменение аутоантигена Ro / SSA». Аутоиммунитет . 22 (1): 33–42. DOI : 10.3109 / 08916939508995297 . PMID  8882420 .
  • Судзуки Ю., Ёситомо-Накагава К., Маруяма К., Суяма А., Сугано С. (октябрь 1997 г.). «Создание и характеристика полноразмерной библиотеки кДНК, обогащенной по 5'-концу». Джин . 200 (1–2): 149–56. DOI : 10.1016 / S0378-1119 (97) 00411-3 . PMID  9373149 .
  • Беплер Дж., О'брайант К.С., Ким Ю.С., Шрайбер Дж., Питтерл Д.М. (январь 1999 г.). «Физическая карта с высоким разрешением 1,4 Мб и контиг хромосомного сегмента 11p15.5 и генов в области супрессора метастазов LOH11A». Геномика . 55 (2): 164–75. DOI : 10.1006 / geno.1998.5659 . PMID  9933563 .
  • Ценг CE, Миранда Э., Ди Донато Ф., Бутждир М., Рашбаум В., Чан Э. К., Буйон Дж. П. (февраль 1999 г.). «Экспрессия мРНК и белков SSA / Ro и SSB / La в сердечных миоцитах человеческого плода, культивируемых с использованием нового применения процедуры Лангендорфа» . Педиатрические исследования . 45 (2): 260–9. DOI : 10.1203 / 00006450-199902000-00018 . PMID  10022600 .
  • Fabini G, Rutjes SA, Zimmermann C, Pruijn GJ, Steiner G (май 2000 г.). «Анализ молекулярного состава комплексов рибонуклеопротеинов Ro. Идентификация новых Y-РНК-связывающих белков» . Европейский журнал биохимии . 267 (9): 2778–89. DOI : 10.1046 / j.1432-1327.2000.01298.x . PMID  10785401 .
  • Куриен Б.Т., Чемберс Т.Л., Томас П.Й., Франк МБ, Скофилд Р.Х. (март 2001 г.). «Аутоантитело к области лейциновой застежки 52 кДа Ro / SSA связывает нативный 60 кДа Ro / SSA: идентификация третичного эпитопа с компонентами из 60 кДа Ro / SSA и 52 кДа Ro / SSA» . Скандинавский журнал иммунологии . 53 (3): 268–76. DOI : 10.1046 / j.1365-3083.2001.00870.x . PMID  11251884 . S2CID  7923255 .
  • Реймонд А., Мерони Дж., Фантоцци А., Мерла Дж., Каир С., Лузи Л., Риганелли Д., Занария Е., Мессали С., Кайнарка С., Гуффанти А., Минуччи С., Пеликчи П. Г., Баллабио А. (май 2001 г.). «Семейство трехчастных мотивов определяет клеточные компартменты» . Журнал EMBO . 20 (9): 2140–51. DOI : 10.1093 / emboj / 20.9.2140 . PMC  125245 . PMID  11331580 .
  • Ди Донато Ф., Чан Е.К., Асканасе А.Д., Миранда-Карус М., Буйон, JP (сентябрь 2001 г.). «Взаимодействие между SSA / Ro 52 кДа и деубиквитинирующим ферментом UnpEL: ключ к действию». Международный журнал биохимии и клеточной биологии . 33 (9): 924–34. DOI : 10.1016 / S1357-2725 (01) 00055-3 . PMID  11461834 .
  • Фукуда-Камитани Т., Камитани Т. (июль 2002 г.). «Убиквитинирование аутоантигена Ro52». Сообщения о биохимических и биофизических исследованиях . 295 (4): 774–8. DOI : 10.1016 / S0006-291X (02) 00750-7 . PMID  12127959 .