Из Википедии, бесплатной энциклопедии
Перейти к навигации Перейти к поиску

Гетерогенность опухоли описывает наблюдение, что разные опухолевые клетки могут проявлять различные морфологические и фенотипические профили, включая клеточную морфологию, экспрессию генов, метаболизм, подвижность, пролиферацию и метастатический потенциал. [1] Это явление происходит как между опухолями (межопухолевая гетерогенность), так и внутри опухолей (внутриопухолевая гетерогенность). Минимальный уровень внутри опухоли неоднородности является простым следствием несовершенства репликации ДНК : всякий раз , когда клетка (нормальный или раковым) делит, несколько мутаций приобретаются [2] -leading к разнообразной популяции раковых клеток. [3]гетерогенность раковых клеток создает серьезные проблемы при разработке эффективных стратегий лечения. Однако исследования в области понимания и характеристики неоднородности могут позволить лучше понять причины и прогрессирование заболевания. В свою очередь, это может привести к созданию более совершенных стратегий лечения, которые включают знания о неоднородности, чтобы обеспечить более высокую эффективность. [4]

Гетерогенность опухоли наблюдалась при лейкозах , [5] груди , [6] простате , [7] [8] [9] толстой кишке , [10] [11] [12] головном мозге , [13] пищеводе , [14] голове и шеи , [15] мочевого пузыря [16] и гинекологических карцином , [17] липосаркома , [18] и множественной миеломы . [19]

Модели неоднородности [ править ]

Для объяснения неоднородности опухолевых клеток используются две модели. Это модель раковых стволовых клеток и модель клональной эволюции . Эти модели не исключают друг друга, и считается, что обе они вносят свой вклад в неоднородность в разной степени в разных типах опухолей. [20]

Способность раковых клеток образовывать опухоли в моделях гетерогенности раковых стволовых клеток и клональной эволюции.

Раковые стволовые клетки [ править ]

Основная статья: раковые стволовые клетки

Модель стволовых клеток рака утверждает , что в популяции опухолевых клеток, есть только небольшое подмножество клеток, которые tumourigenic (способны образовывать опухоли). Эти клетки называются раковыми стволовыми клетками ( РСК ) и отличаются способностью как к самообновлению, так и к дифференцировке в неопухолевое потомство. Модель CSC утверждает, что наблюдаемая гетерогенность между опухолевыми клетками является результатом различий в стволовых клетках, из которых они произошли. Вариабельность стволовых клеток часто вызывается эпигенетическими изменениями, но также может быть результатом клональной эволюции популяции CSC, где полезные генетические мутации могут накапливаться в CSC и их потомстве (см. Ниже). [20]

Данные модели раковых стволовых клеток была продемонстрирована в нескольких типах опухолей , включая лейкозы , [21] [22] глиобластомы , [23] рака молочной железы , [24] и рак простаты . [25]

Однако существование CSC все еще обсуждается. Одна из причин этого заключается в том, что маркеры CSC трудно воспроизводить в нескольких опухолях. Кроме того, в методах определения опухолевого потенциала используются модели ксенотрансплантатов . Эти методы страдают от присущих им ограничений, таких как необходимость контролировать иммунный ответ у трансплантата животного, а также значительные различия в условиях окружающей среды от первичного участка опухоли до участка ксенотрансплантата ( например, отсутствие требуемых экзогенных молекул или кофакторов). [26] Это вызвало некоторые сомнения относительно точности результатов CSC и выводов о том, какие клетки обладают опухолевым потенциалом.

Клональная эволюция [ править ]

Основная статья: Соматическая эволюция рака

Модель клональной эволюции была впервые предложена в 1976 году Питером Ноуэллом . [27] В этой модели опухоли возникают из одной мутировавшей клетки, накапливая дополнительные мутации по мере развития. Эти изменения приводят к появлению дополнительных субпопуляций, и каждая из этих субпопуляций имеет способность делиться и мутировать дальше. Эта гетерогенность может привести к появлению субклонов, которые обладают эволюционным преимуществом перед другими в среде опухоли , и эти субклоны могут со временем стать доминирующими в опухоли. [28] [29] Когда эта модель была предложена, она позволила понять рост опухоли, неэффективность лечения и агрессию опухоли, которая происходит во время естественного процесса образования опухоли.[28]

Разветвленная эволюция с большей вероятностью способствует гетерогенности опухоли.

Эволюция исходной опухолевой клетки может происходить двумя способами:

Линейное расширение [ править ]

Последовательно упорядоченные мутации накапливаются в генах-драйверах, генах- супрессорах опухолей и ферментах репарации ДНК , что приводит к клональной экспансии опухолевых клеток. Линейное расширение с меньшей вероятностью отражает конечную точку злокачественной опухоли [30], поскольку накопление мутаций в гетерогенных опухолях является стохастическим.

Разветвленное расширение [ править ]

Экспансия на несколько субклональных популяций происходит через механизм расщепления. [28] Этот метод больше связан с неоднородностью опухоли, чем с линейным расширением. Приобретение мутаций является случайным в результате увеличения геномной нестабильности с каждым последующим поколением. Долговременное накопление мутаций может обеспечить селективное преимущество на определенных этапах прогрессирования опухоли. Микроокружение опухоли может также способствовать расширению опухоли, так как она способна изменять селективное давление , что опухолевые клетки подвергаются воздействию. [30]

Типы и причины неоднородности [ править ]

Между опухолевыми клетками наблюдались множественные типы гетерогенности, обусловленные как генетической, так и негенетической изменчивостью. [31]

Генетическая неоднородность [ править ]

Генетическая гетерогенность является общей чертой опухолевых геномов и может происходить из нескольких источников. Некоторые виды рака возникают, когда экзогенные факторы вызывают мутации, такие как ультрафиолетовое излучение (рак кожи) и табак (рак легких). Более распространенным источником является геномная нестабильность, которая часто возникает, когда в клетках нарушаются ключевые регуляторные пути. Некоторые примеры включают нарушенные механизмы репарации ДНК, которые могут привести к увеличению ошибок репликации, и дефекты в механизме митоза, которые допускают крупномасштабное увеличение или потерю целых хромосом . [32] Кроме того, некоторые виды лечения рака могут еще больше увеличить генетическую изменчивость ( например, лечение темозоломидом).и другие химиотерапевтические препараты). [33] [34]

Мутационная гетерогенность опухоли относится к вариациям частоты мутаций в разных генах и образцах и может быть исследована с помощью MutSig . Этиология мутационных процессов может значительно различаться между образцами опухолей одного и того же или разных типов рака и может проявляться в различных контекстно-зависимых мутационных профилях. Его можно исследовать с помощью мутационных сигнатур COSMIC или MutaGene .

Другая неоднородность [ править ]

Опухолевые клетки также могут демонстрировать гетерогенность между профилями экспрессии. Это часто вызвано лежащими в основе эпигенетическими изменениями. [31] Изменения в сигнатуре экспрессии были обнаружены в различных областях образцов опухоли у человека. Исследователи показали , что мутации , затрагивающие сходящиеся H3K36 метилтрансферазы SETD2 и гистона H3K4 деметилазы KDM5C возникла в пространственно разделенных опухолевых участков. Аналогичным образом, MTOR , ген, кодирующий регуляторную киназу клетки , оказался конститутивно активным, тем самым увеличивая фосфорилирование S6 . Это активное фосфорилирование может служитьбиомаркер светлоклеточной карциномы. [30]

Механохимическая неоднородность - отличительный признак живых эукариотических клеток. Он влияет на регуляцию эпигенетических генов . Гетерогенные динамические механохимические процессы регулируют взаимоотношения внутри группы клеточных поверхностей посредством адгезии . [35] Развитие и распространение опухоли сопровождается изменением гетерогенной хаотической динамики процесса механохимического взаимодействия в группе клеток, включая клетки внутри опухоли, и является иерархической для хозяина раковых больных. [36] Биологические явления механохимической гетерогенности могут быть использованы для дифференциальной диагностики рака желудка у пациентов своспаление в слизистой оболочке желудка [37] , и для повышения активности антиметастатической дендритных клеток на основе вакцин при механическом гетерогенизированные микрочастицы опухолевых клеток используются для их загрузки. [38] Существует также возможный методический подход, основанный на одновременном использовании диагностических методов ультразвуковой визуализации и терапии, в отношении механохимического воздействия на конгломераты наночастиц с лекарствами в опухоли.

Микросреда опухоли [ править ]

Гетерогенность между опухолевыми клетками может быть дополнительно увеличена из-за гетерогенности микроокружения опухоли . Региональные различия в опухоли ( например, доступность кислорода) оказывают различное избирательное давление на опухолевые клетки, что приводит к более широкому спектру доминирующих субклонов в различных пространственных областях опухоли. Влияние микросреды на клональное доминирование также является вероятной причиной гетерогенности между первичными и метастатическими опухолями, наблюдаемой у многих пациентов, а также межопухолевой гетерогенности, наблюдаемой у пациентов с одним и тем же типом опухоли. [39]

Последствия и проблемы [ править ]

Устойчивость к лечению [ править ]

Гетерогенные опухоли могут проявлять различную чувствительность к цитотоксическим препаратам среди разных клональных популяций. Это связано с клональными взаимодействиями, которые могут подавлять или изменять терапевтическую эффективность, что создает проблему для успешного лечения гетерогенных опухолей (и их гетерогенных метастазов). [1]

Применение лекарств при гетерогенных опухолях редко убивает все опухолевые клетки. Первоначальная гетерогенная популяция опухолей может стать узким местом , так что выживут немногие устойчивые к лекарствам клетки (если таковые имеются). Это позволяет популяциям устойчивых опухолей реплицироваться и выращивать новую опухоль с помощью механизма эволюции ветвления (см. Выше). Возникающая в результате репопуляция опухоль гетерогенная и устойчивая к начальному лечению лекарственными препаратами. Повторно заселенная опухоль также может вернуться более агрессивным образом.

Введение цитотоксических лекарственных средств часто приводит к первоначальной усадке опухоли. Это представляет собой разрушение исходных неустойчивых субклональных популяций в гетерогенной опухоли, оставляя только устойчивые клоны. Эти устойчивые клоны теперь обладают селективным преимуществом и могут реплицироваться для повторного заселения опухоли. Репликация, вероятно, будет происходить в результате эволюции ветвления, что способствует гетерогенности опухоли. Повторно заселенная опухоль может оказаться более агрессивной. Это объясняется селективным преимуществом опухолевых клеток в отношении устойчивости к лекарствам.

Медикаментозное лечение вызывает эффект «узкого места», при котором устойчивые субклоны выживут и будут размножаться, чтобы повторно сформировать гетерогенную опухоль.

Открытие биомаркеров [ править ]

Из-за генетических различий внутри и между опухолями биомаркеры, которые могут предсказать ответ на лечение или прогноз, могут не иметь широкого применения. Однако было высказано предположение, что уровень гетерогенности сам по себе может использоваться в качестве биомаркера, поскольку более гетерогенные опухоли могут с большей вероятностью содержать устойчивые к лечению субклоны. [31] Дальнейшие исследования по разработке биомаркеров, объясняющих неоднородность, все еще продолжаются.

Модельные системы [ править ]

В современных модельных системах обычно отсутствует гетерогенность, наблюдаемая при раке человека. [40] Чтобы точно изучить неоднородность опухоли, мы должны разработать более точные доклинические модели. Одна из таких моделей - ксенотрансплантат опухоли, полученный от пациента , - продемонстрировала отличную полезность в сохранении неоднородности опухоли, позволяя при этом детально изучить движущие силы клональной приспособленности. [41] Однако даже эта модель не может охватить всю сложность рака.

Текущие стратегии [ править ]

Хотя проблема выявления, характеристики и лечения неоднородности опухоли все еще активно исследуется, были предложены некоторые эффективные стратегии, включая как экспериментальные, так и вычислительные решения.

Экспериментальный [ править ]

  • Целенаправленный подход: анализ конкретного генетического локуса или набора локусов. Это может происходить путем обнаружения аллельного дисбаланса (ДНК опухоли сравнивают с ДНК зародышевой линии), амплификации хромосомных областей ( FISH ) и / или секвенирования определенных генов. Этот метод используется для отслеживания эволюции конкретной представляющей интерес мутации или для подтверждения мутации, которую исследователи могут заподозрить в опухоли. [1]
    • Преимущество: позволяет анализировать определенные гены ( например, гены-драйверы, супрессоры опухолей). Процесс прост с прямой интерпретацией результатов. FISH и иммунофлуоресценция позволяют сосредоточить внимание на подтипах опухолевых клеток. [1]
    • Недостаток: при ограниченном анализе будут упущены дополнительные важные мутации и паттерны клональной экспансии. Аллельный дисбаланс может быть трудно проверить с помощью микросателлитных маркеров, поэтому требуется проверка независимым методом ( например, FISH). FISH требует большого количества клеток и трудоемок. [1]
  • Полногеномный подход: анализ всего генома в образцах опухолей. Это может быть сделано посредством кариотипирования или сравнительной геномной гибридизации (CGH) для выявления хромосомных аномалий. Секвенирование биопсии опухоли становится все более распространенным явлением. [1]
    • Преимущество: не полагается на предварительные знания для определения вариантов. кариотипирование позволяет выявить области крупных хромосомных аномалий. CGH обеспечивает беспристрастный охват и позволяет обнаруживать мелкомасштабные аллельные дисбалансы (массивы SNP) . Секвенирование позволит выявить любые варианты, которые способствуют гетерогенности опухоли. [1]
    • Недостаток: сложно определить функциональное влияние вариантов ( т.е. нейтральное или патогенное). Ограниченное разрешение. Кариотипирование культивируемых клеток может быть смещено в сторону преимущественного роста выбранных субпопуляций опухолевых клеток. Ограниченное разрешение в обоих методах. [1] Полногеномный подход может генерировать большие объемы данных и быть трудным для интерпретации.
  • Стратегия мультирегионального отбора образцов: обычно требуется несколько послеоперационных образцов опухоли из отдельных областей микродиссекции опухоли. Важно избегать заражения незлокачественных клеток, чтобы обеспечить точное представление экспрессии генов и генетического состава только в опухолевых клетках. Анализ ДНК опухоли в пространственно разделенных областях позволяет построить трехмерную эволюционную модель неоднородности опухоли. [1] Многорегиональная выборка часто используется в сочетании с общегеномным подходом для создания этой трехмерной модели расширения неоднородности.
  • Продольный отбор образцов: в ходе прогрессирования опухоли или прогрессирования лечения в некоторых случаях использовалось получение образцов опухоли в несколько моментов времени. Это было предложено как надежный метод отслеживания клональной эволюции. [34] [42] [43] Однако этот метод оказывается сложным на практике, поскольку требует периодической инвазивной биопсии. Новое исследование использования циркулирующей бесклеточной опухолевой ДНК в крови может предоставить неинвазивный способ выявления биомаркеров на протяжении всего лечения. [44] Продольный отбор образцов, используемый в сочетании с общегеномным подходом, позволит идентифицировать накопленные мутации опухолевых клеток с течением времени. Это, в свою очередь, может идентифицировать ключевые мутации драйвера (наблюдаемые в исходных образцах опухолей).
  • Адаптивная терапия может использоваться для предотвращения дальнейшего роста опухоли путем корректировки дозы лекарства и времени введения лекарства в зависимости от реакции опухоли. Предполагается, что эта стратегия предотвращает доминирование устойчивых вариантов в опухоли. Однако необходимы дополнительные исследования его применимости. [45]

Последовательность [ править ]

  • Можно использовать массовое секвенирование опухоли , при котором ДНК извлекается из смеси опухолевых клеток и анализируется сразу. Наличие гетерогенных популяций опухолей (субклонов) создает дополнительные проблемы, такие как:
    • Невозможность обнаружить мутации в редких субклонах. Поскольку эти мутации будут происходить с низкой частотой в объединенной выборке, они могут быть неотличимы от фонового шума. Однако активно разрабатываются многие вызывающие варианты, специально разработанные для данных о раке и направленные на выявление редких вариантов, присутствующих в более мелких субклональных популяциях. [46] [47] [48] [49] Они обычно используют подобранную нормальную ДНК как средство отличить истинные соматические вариации от вариаций зародышевой линии и фоновой ошибки секвенирования.
    • Невозможность определить, какие субклоны содержат каждую мутацию. Поскольку данные объединены, неясно, какие мутации возникают одновременно и из каких популяций они происходят. Разрабатываются новые инструменты, которые пытаются разрешить клональную структуру с использованием частот аллелей для наблюдаемых мутаций. [50]
  • Одноклеточное секвенирование - это новый метод, который ценен для оценки неоднородности опухоли, поскольку он может характеризовать отдельные опухолевые клетки. Это означает, что полный мутационный профиль нескольких отдельных клеток может быть определен без неоднозначности. В то время как современные технологии затрудняют оценку достаточно большого количества отдельных клеток для получения статистической мощности, данные об одноклеточных опухолях имеют множество преимуществ, в том числе:
    • Возможность построить филогенетическое дерево, показывающее эволюцию популяций опухолей. Используя полногеномные последовательности или псевдопоследовательности на основе SNP из отдельных клеток, можно оценить эволюцию субклонов. Это позволяет идентифицировать популяции, которые сохраняются с течением времени, и может сузить список мутаций, которые потенциально могут дать преимущество роста или устойчивость к лечению для определенных субклонов. [51] Алгоритмы для определения филогении опухоли из данных секвенирования одноклеточной ДНК включают SCITE, [52] OncoNEM, [53] SiFit, [54] SiCloneFit, [55] PhISCS, [56] и PhISCS-BnB. [57]
  • Секвенирование секций может быть выполнено на нескольких участках одной солидной опухоли, а изменение частоты мутаций в секциях может быть проанализировано, чтобы сделать вывод о клональной структуре. Преимущества этого подхода по сравнению с однократным секвенированием включают большую статистическую мощность и доступность более точной информации о пространственном расположении образцов. Последнее можно использовать для определения частоты клонов в срезах и получения информации о том, как опухоль развивается в космосе. Чтобы вывести генотипы клонов и филогенетические деревья, которые моделируют эволюцию опухоли во времени, было разработано несколько вычислительных методов [58] [59] [60], включая Clomial, [61] cloneHD, [62] PhyloWGS, [63] PyClone,[64] Cloe, [65] phyC, [66] Canopy, [67] TargetClone , ddClone, [68] PASTRI, [69] GLClone, [70] TRaIT, [71] WSCUnmix, [72] B-SCITE., [73] ThetA, [74] SIFA, [75] Sclust, [76] SeqClone, [77] CALDER, [78] BAMSE, [79] Meltos, [80] SubMARine, [81] и RNDCLONE. [82]

См. Также [ править ]

  • Мышиные модели метастазов рака груди

Ссылки [ править ]

  1. ^ a b c d e f g h i Марусык, А; Поляк, К (2010). «Неоднородность опухоли: причины и последствия» . Biochimica et Biophysica Acta (BBA) - Обзоры рака . 1805 (1): 105–117. DOI : 10.1016 / j.bbcan.2009.11.002 . PMC  2814927 . PMID  19931353 .
  2. ^ Фогельштейн, Берт; Papadopoulos, N .; Велкулеску, В.Е .; Чжоу, S .; Diaz, LA; Кинзлер, KW (2013). "Пейзажи генома рака" . Наука . 373 (6127): 1546–1556. Bibcode : 2013Sci ... 339.1546V . DOI : 10.1126 / science.1235122 . PMC 3749880 . PMID 23539594 .  
  3. ^ Heppner, GA (1984). «Неоднородность опухоли». Исследования рака . 44 (6): 2259–2265. PMID 6372991 . 
  4. ^ Рейтер, Йоханнес G; Макохон-Мур, Элвин П.; Джеральд, Джеффри М; Хейде, Александр; Аттие, Марк А.; Кохутек, Захари А; Tokheim, Collin J; Браун, Алексия; ДеБласио, Рейн; Ниязов, Юлиана; Цукер, Аманда; Карчин, Рэйчел; Кинзлер, Кеннет В.; Якобуцио-Донахью, Кристина А; Фогельштейн, Берт; Новак, Мартин А. (2018). «Минимальная функциональная гетерогенность гена-водителя среди нелеченных метастазов» . Наука . 361 (6406): 1033–1037. DOI : 10.1126 / science.aat7171 . PMC 6329287 . PMID 30190408 .  
  5. ^ Кэмпбелл, П.Дж.; Pleasance, ED; Стивенс, П.Дж.; Дикс, Е; Ранс, R; Гудхед, я; Следует, GA; Зеленый, AR; Futreal, PA; Страттон, MR (2008). «Субклональные филогенетические структуры рака, выявленные с помощью сверхглубокого секвенирования» . Труды Национальной академии наук . 105 (35): 13081–13086. Bibcode : 2008PNAS..10513081C . DOI : 10.1073 / pnas.0801523105 . PMC 2529122 . PMID 18723673 .  
  6. ^ Шипицин, М; Кэмпбелл, LL; Argani, P; Weremowicz, S; Bloushtain-Qimron, N; Яо, Дж; Никольская, Т; Серебряная, Т; Бероухим, Р; Ху, М; Галушка, МК; Сукумар, S; Паркер, Л. М.; Андерсон, KS; Харрис, LN; Гарбер, Дж. Э .; Ричардсон, Алабама; Schnitt, SJ; Никольский, У; Гельман, RS; Поляк, К (2007). «Молекулярное определение неоднородности опухоли молочной железы». Раковая клетка . 11 (3): 259–273. DOI : 10.1016 / j.ccr.2007.01.013 . PMID 17349583 . 
  7. ^ Макинтош, Калифорния; Стоуэр, М; Reid, N; Мейтленд, штат Нью-Джерси (1998). «Точная микродиссекция рака простаты человека выявляет генотипическую гетерогенность». Исследования рака . 58 (1): 23–28. PMID 9426051 . 
  8. ^ Альварадо, C; Beitel, LK; Сиркар, К; Априкян, А; Трифиро, М; Готтлиб, Б. (2005). «Соматический мозаицизм и рак: микрогенетическое исследование роли гена рецептора андрогена в раке простаты» . Исследования рака . 65 (18): 8514–8518. DOI : 10.1158 / 0008-5472.CAN-05-0399 . PMID 16166332 . 
  9. ^ Кониши, N; Hiasa, Y; Мацуда, H; Тао, М; Цузуки, Т; Хаяси, я; Китахори, Y; Сираиси, Т; Yatani, R; Симадзаки, Дж. (1995). «Внутриопухолевая клеточная гетерогенность и изменения онкогена ras и гена супрессора опухоли p53 в карциноме простаты человека» . Американский журнал патологии . 147 (4): 1112–1122. PMC 1871010 . PMID 7573356 .  
  10. ↑ Гонсалес-Гарсия, я; Solé, RV; Коста, Дж. (2002). «Динамика метапопуляции и пространственная неоднородность при раке» . Труды Национальной академии наук . 99 (20): 13085–13089. Bibcode : 2002PNAS ... 9913085G . DOI : 10.1073 / pnas.202139299 . PMC 130590 . PMID 12351679 .  
  11. ^ Самовиц, WS; Слэттери, ML (1999). «Региональная воспроизводимость микросателлитной нестабильности при спорадическом колоректальном раке». Гены, хромосомы и рак . 26 (2): 106–114. DOI : 10.1002 / (SICI) 1098-2264 (199910) 26: 2 <106 :: AID-GCC2> 3.0.CO; 2-F . PMID 10469448 . 
  12. ^ Джаретти, Вт; Монако, Р; Pujic, N; Рапалло, А; Нигро, S; Гейдо, Э (1996). «Внутриопухолевая гетерогенность мутаций K-ras2 в колоректальных аденокарциномах: ассоциация со степенью анеуплоидии ДНК» . Американский журнал патологии . 149 (1): 237–245. PMC 1865212 . PMID 8686748 .  
  13. ^ Heppner, GH (1984). «Неоднородность опухоли». Исследования рака . 44 (6): 2259–2265. PMID 6372991 . 
  14. ^ Maley, CC; Галипо, ПК; Финли, JC; Wongsurawat, VJ; Ли, Х; Санчес, Калифорния; Полсон, Т.Г.; Blount, PL; Риски, РА; Рабинович, П.С.; Рид, Б.Дж. (2006). «Генетическое клональное разнообразие предсказывает прогрессирование аденокарциномы пищевода». Генетика природы . 38 (4): 468–473. DOI : 10.1038 / ng1768 . PMID 16565718 . 
  15. ^ Калифано, Дж; Van Der Riet, P; Вестра, Вт; Nawroz, H; Clayman, G; Piantadosi, S; Corio, R; Ли, Д; Гринберг, B; Кох, Вт; Сидранский, Д (1996). «Модель генетической прогрессии рака головы и шеи: последствия для полевой канцеризации». Исследования рака . 56 (11): 2488–2492. PMID 8653682 . 
  16. ^ Sauter, G; Moch, H; Гассер, ТК; Михатч, MJ; Вальдман, FM (1995). «Неоднородность хромосомы 17 и числа копий гена erbB-2 при первичном и метастатическом раке мочевого пузыря» . Цитометрия . 21 (1): 40–46. DOI : 10.1002 / cyto.990210109 . PMID 8529469 . 
  17. ^ Fujii, H; Йошида, М; Гонг, ZX; Мацумото, Т; Хамано, Y; Фукунага, М; Hruban, RH; Габриельсон, Э; Шираи, Т. (2000). «Частая генетическая гетерогенность в клональной эволюции гинекологической карциносаркомы и ее влияние на фенотипическое разнообразие». Исследования рака . 60 (1): 114–120. PMID 10646862 . 
  18. ^ Horvai, АЯ; Devries, S; Рой, Р. О'Доннелл, Р. Дж.; Уолдман, Ф (2009). «Сходство в генетических изменениях между парными хорошо дифференцированными и дедифференцированными компонентами дедифференцированной липосаркомы» . Современная патология . 22 (11): 1477–1488. DOI : 10.1038 / modpathol.2009.119 . PMID 19734852 . 
  19. ^ Pantou, D; Rizou, H; Царуха, H; Пули, А; Папанастасиу, К; Стамателлоу, М; Трангас, Т; Пандис, Н. Барди, Г. (2005). «Цитогенетические проявления неоднородности множественной миеломы». Гены, хромосомы и рак . 42 (1): 44–57. DOI : 10.1002 / gcc.20114 . PMID 15495197 . 
  20. ^ а б Шеклтон, М; Кинтана, E; Фирон, ER; Моррисон, SJ (2009). «Неоднородность рака: раковые стволовые клетки против клональной эволюции». Cell . 138 (5): 822–829. DOI : 10.1016 / j.cell.2009.08.017 . PMID 19737509 . 
  21. ^ Лапидот, Т; Sirard, C; Формор, Дж; Мердок, B; Хоанг, Т; Касерес-Кортес, Дж; Минден, М; Патерсон, Б; Калиджури, Массачусетс; Дик, Дж. Э. (1994). «Клетка, инициирующая острый миелоидный лейкоз человека после трансплантации мышам SCID». Природа . 367 (6464): 645–648. Bibcode : 1994Natur.367..645L . DOI : 10.1038 / 367645a0 . PMID 7509044 . 
  22. ^ Ван, JC; Лапидот, Т; Cashman, JD; Doedens, M; Адди, L; Сазерленд, Д.Р .; Nayar, R; Laraya, P; Минден, М; Китинг, А; Карниз, AC; Карнизы, CJ; Дик, Дж. Э. (1998). «Высокий уровень приживления мышей NOD / SCID примитивными нормальными и лейкемическими кроветворными клетками от пациентов с хроническим миелолейкозом в хронической фазе» . Кровь . 91 (7): 2406–2414. DOI : 10.1182 / blood.V91.7.2406 . PMID 9516140 . 
  23. ^ Сингх, СК; Хокинс, C; Кларк, ID; Сквайр, JA; Баяни, Дж; Hide, T; Хенкельман, РМ; Cusimano, MD; Диркс, ПБ (2004). «Идентификация клеток-инициаторов опухоли головного мозга человека». Природа . 432 (7015): 396–401. Bibcode : 2004Natur.432..396S . DOI : 10,1038 / природа03128 . PMID 15549107 . 
  24. ^ Аль-Хадж, М; Wicha, MS; Бенито-Эрнандес, А; Моррисон, SJ; Кларк, MF (2003). «Перспективная идентификация онкогенных клеток рака молочной железы» . Труды Национальной академии наук . 100 (7): 3983–3988. Bibcode : 2003PNAS..100.3983A . DOI : 10.1073 / pnas.0530291100 . PMC 153034 . PMID 12629218 .  
  25. ^ Мейтленд, Нью-Джерси; Коллинз, AT (2008). «Стволовые клетки рака простаты: новая мишень для терапии». Журнал клинической онкологии . 26 (17): 2862–2870. DOI : 10.1200 / JCO.2007.15.1472 . PMID 18539965 . 
  26. ^ Мичем, CE; Моррисон, SJ (2013). «Неоднородность опухоли и пластичность раковых клеток» . Природа . 501 (7467): 328–337. Bibcode : 2013Natur.501..328M . DOI : 10,1038 / природа12624 . PMC 4521623 . PMID 24048065 .  
  27. ^ Ноуэлл, PC (1976). «Клональная эволюция популяций опухолевых клеток». Наука . 194 (4260): 23–28. Bibcode : 1976Sci ... 194 ... 23N . DOI : 10.1126 / science.959840 . PMID 959840 . 
  28. ^ a b c Суантон, C (2012). «Внутриопухолевая неоднородность: эволюция в пространстве и времени» . Исследования рака . 72 (19): 4875–4882. DOI : 10.1158 / 0008-5472.CAN-12-2217 . PMC 3712191 . PMID 23002210 .  
  29. ^ Мерло, LMF; Перец, JW; Рейд, Би Джей; Малей, CC (2006). «Рак как эволюционно-экологический процесс». Обзоры природы Рак . 6 (12): 924–935. DOI : 10.1038 / nrc2013 . PMID 17109012 . 
  30. ^ а б в Герлингер, М; Роуэн, AJ; Хорсвелл, S; Ларкин, Дж; Эндесфельдер, Д; Gronroos, E; Мартинес, П.; Мэтьюз, N; Стюарт, А; Tarpey, P; Варела, я; Филлимор, B; Бегум, S; Макдональд, штат Северная Каролина; Батлер, А; Джонс, Д.; Рейн, К; Латимер, К; Сантос, ЧР; Нохадани, М; Эклунд, AC; Спенсер-Ден, Б. Кларк, G; Пикеринг, L; Штамп, G; Гор, М; Салласи, Z; Вниз, Дж; Futreal, PA; Суантон, С. (2012). «Внутриопухолевая гетерогенность и разветвленная эволюция выявлены с помощью мультирегионального секвенирования» . Медицинский журнал Новой Англии . 366 (10): 883–892. DOI : 10.1056 / NEJMoa1113205 . PMC 4878653 . PMID 22397650 .  
  31. ^ a b c Марусык, А; Альмендро, V; Поляк, К (2012). «Внутриопухолевая гетерогенность: зеркало для рака?». Обзоры природы Рак . 12 (5): 323–334. DOI : 10.1038 / nrc3261 . PMID 22513401 . 
  32. ^ Баррелл, РА; McGranahan, N; Бартек, Дж; Суантон, С. (2013). «Причины и последствия генетической неоднородности в развитии рака». Природа . 501 (7467): 338–345. Bibcode : 2013Natur.501..338B . DOI : 10,1038 / природа12625 . PMID 24048066 . 
  33. ^ Джонсон, BE; Мазор, Т; Hong, C; Барнс, М; Айхара, К; Маклин, CY; Fouse, SD; Ямамото, S; Ueda, H; Тацуно, К; Asthana, S; Jalbert, LE; Нельсон, SJ; Боллен, AW; Густафсон, WC; Charron, E; Вайс, Вашингтон; Смирнов И.В. Песня, JS; Ольшен, А.Б .; Ча, S; Чжао, Y; Мур, РА; Mungall, AJ; Джонс, SJ; Херст, М; Марра, Массачусетс; Сайто, N; Aburatani, H; Мукаса, А (2014). «Мутационный анализ раскрывает происхождение и эволюцию рецидивирующей глиомы, обусловленную терапией» . Наука . 343 (6167): 189–193. Bibcode : 2014Sci ... 343..189J . DOI : 10.1126 / science.1239947 . PMC 3998672 . PMID  24336570 .
  34. ^ a b Ding, L; Лей, TJ; Larson, DE; Миллер, Калифорния; Кобольдт, округ Колумбия; Welch, JS; Ричи, Дж. К.; Янг, Массачусетс; Лампрехт, Т; Маклеллан, доктор медицины; McMichael, JF; Уоллис, JW; Лу, С; Шен, Д; Harris, CC; Дул, диджей; Фултон, РС; Фултон, LL; Чен, К; Шмидт, H; Калицки-Вейзер, Дж; Магрини, VJ; Повар, л; McGrath, SD; Викери, TL; Wendl, MC; Хит, S; Уотсон, Массачусетс; Ссылка, DC; Томассон, MH (2012). «Клональная эволюция при рецидивирующем остром миелоидном лейкозе, выявленном с помощью полногеномного секвенирования» . Природа . 481 (7382): 506–510. Bibcode : 2012Natur.481..506D . DOI : 10,1038 / природа10738 . ЧВК 3267864 . PMID  22237025 .
  35. ^ GMEdelman (1989). «Топобиология». J. Scientific American . 260 (5): 76–88. DOI : 10.1038 / Scientificamerican0589-76 . PMID 2717916 . 
  36. ^ В.Е. Орел; Н. Н. Дзятковская; М.И. Данко; А.В. Романов; Ю.И. Мельник; Ю.А. Гриневич; С.В. Мартыненко (2004). «Пространственный и механоэмиссионный хаос механически деформированных опухолевых клеток» . J. Журнал механики в медицине и биологии . 4 (1): 31–45. DOI : 10.1142 / s0219519404000886 .
  37. ^ В.Е. Орел; А.В. Романов; Дзятковская Н.Н. Ю.И. Мельник (2002). «Устройство и алгоритм оценки механоэмиссонного хаоса в крови больных раком желудка» . J. Медицинская инженерия и физика . 24 (5): 365–371. DOI : 10.1016 / s1350-4533 (02) 00022-X . PMID 12052364 . 
  38. ^ Н. Храновская; В. Орел; Ю. Гриневич; О. Алексеенко; А. Романов; О. Скачкова; Н. Дзятковская; А. Бурлака; С.Лукин (2012). «Механическая гетерогенизация клеток карциномы легких Льюиса может улучшить антиметастатический эффект дендритных клеток». J. Журнал механики в медицине и биологии . 3 (12): 22. DOI : 10,1142 / S0219519411004757 .
  39. ^ Junttila, MR; Де Соваж, FJ (2013). «Влияние неоднородности микросреды опухоли на терапевтический ответ». Природа . 501 (7467): 346–354. Bibcode : 2013Natur.501..346J . DOI : 10,1038 / природа12626 . PMID 24048067 . 
  40. ^ Ауман, Джеймс Тодд; Маклеод, Ховард Л. (01.01.2010). «Клеточные линии колоректального рака не обладают молекулярной гетерогенностью клинических колоректальных опухолей». Клинический колоректальный рак . 9 (1): 40–47. DOI : 10.3816 / ccc.2010.n.005 . PMID 20100687 . 
  41. ^ Кэссиди, Джон В .; Калдас, Карлос; Бруна, Алехандра (2015-08-01). «Поддержание неоднородности опухоли в ксенотрансплантатах опухолей, полученных от пациентов» . Исследования рака . 75 (15): 2963–2968. DOI : 10.1158 / 0008-5472.CAN-15-0727 . ISSN 0008-5472 . PMC 4539570 . PMID 26180079 .   
  42. ^ Bai H, Harmancı AS, Erson-Omay AZ, Li J, Coșkun S, Simon M и др. (Ноя 2015). «Комплексная геномная характеристика злокачественного прогрессирования IDH1-мутантной глиомы» . Генетика природы . 48 (1): 59–66. DOI : 10.1038 / ng.3457 . PMC 4829945 . PMID 26618343 .  
  43. ^ Бедард, PL; Hansen, AR; Ratain, MJ; Сиу, LL (2013). «Неоднородность опухоли в клинике» . Природа . 501 (7467): 355–364. Bibcode : 2013Natur.501..355B . DOI : 10,1038 / природа12627 . PMC 5224525 . PMID 24048068 .  
  44. ^ Доусон, SJ ; Цуй, DW; Муртаза, М; Биггс, Н; Руэда, ОМ; Чин, SF; Даннинг, MJ; Гейл, Д; Форшью, Т; Малер-Араужо, B; Раджан, S; Хамфрей, S; Бекк, Дж; Halsall, D; Уоллис, М; Бентли, Д; Caldas, C; Розенфельд, Н. (2013). «Анализ циркулирующей опухолевой ДНК для мониторинга метастатического рака груди». Медицинский журнал Новой Англии . 368 (13): 1199–1209. DOI : 10.1056 / NEJMoa1213261 . PMID 23484797 . 
  45. ^ Гейтенби, РА; Silva, AS; Gillies, RJ; Frieden, BR (2009). «Адаптивная терапия» . Исследования рака . 69 (11): 4894–4903. DOI : 10.1158 / 0008-5472.CAN-08-3658 . PMC 3728826 . PMID 19487300 .  
  46. ^ Cibulskis, K; Лоуренс, MS; Картер, С.Л .; Сиваченко А; Jaffe, D; Sougnez, C; Габриэль, S; Мейерсон, М; Lander, ES; Гетц, Г. (2013). «Чувствительное обнаружение соматических точечных мутаций в нечистых и гетерогенных образцах рака» . Природа Биотехнологии . 31 (3): 213–219. DOI : 10.1038 / nbt.2514 . PMC 3833702 . PMID 23396013 .  
  47. ^ Кобольдт, округ Колумбия; Чжан, Q; Larson, DE; Шен, Д; Маклеллан, доктор медицины; Lin, L; Миллер, Калифорния; Мардис, ER; Дин, Л; Уилсон, РК (2012). «Var Scan 2: открытие соматической мутации и изменения числа копий при раке путем секвенирования экзома» . Геномные исследования . 22 (3): 568–576. DOI : 10.1101 / gr.129684.111 . PMC 3290792 . PMID 22300766 .  
  48. ^ Сондерс, Коннектикут; Вонг, WS; Свами, S; Бекк, Дж; Мюррей, LJ; Читам, РК (2012). «Стрелка: точный соматический вызов малых вариантов из секвенированных пар опухоль-нормальный образец» . Биоинформатика . 28 (14): 1811–1817. DOI : 10.1093 / биоинформатики / bts271 . PMID 22581179 . 
  49. ^ Картер, SL; Цибульскис, К; Helman, E; Маккенна, А; Шен, H; Зак, Т; Laird, PW; Онофрио, Р. Винклер, Вт; Weir, BA; Бероухим, Р; Пеллман, Д; Левин Д.А.; Lander, ES; Мейерсон, М; Гетц, Г. (2012). «Абсолютная количественная оценка изменений соматической ДНК при раке человека» (PDF) . Природа Биотехнологии . 30 (5): 413–421. DOI : 10.1038 / nbt.2203 . PMC 4383288 . PMID 22544022 .   
  50. ^ Шах, ИП; Рот, А; Гойя, Р. Oloumi, A; Ха, Г; Чжао, Y; Турашвили, Г; Дин, Дж; Це, К; Haffari, G; Башашати, А; Прентис, Л. М.; Khattra, J; Берли, А; Яп, Д; Бернар, V; Макферсон, А; Шуманский, К; Крисан, А; Giuliany, R; Херави-Муссави, А; Рознер, Дж; Проложенный; Бироль, I; Varhol, R; Там, А; Dhalla, N; Цзэн, Т; Ма, К; Чан, СК (2012). «Спектр клональной и мутационной эволюции первичного тройного отрицательного рака молочной железы» . Природа . 486 (7403): 395–399. Bibcode : 2012Natur.486..395S . DOI : 10,1038 / природа10933 . PMC 3863681 . PMID 22495314 .  
  51. ^ Навин, N; Кендалл, Дж; Troge, J; Andrews, P; Роджерс, L; МакИнду, Дж; Повар, К; Степанский, А; Леви, Д; Эспозито, Д; Muthuswamy, L; Красниц, А; Маккомби, WR; Хикс, Дж; Виглер, М. (2011). «Эволюция опухоли на основе секвенирования одной клетки» . Природа . 472 (7341): 90–94. Bibcode : 2011Natur.472 ... 90N . DOI : 10,1038 / природа09807 . PMC 4504184 . PMID 21399628 .  
  52. ^ Ян, Катарина (2016). «Вывод дерева для данных с одной ячейкой» . Геномная биология . 17 : 86. DOI : 10.1186 / s13059-016-0936-x . PMC 4858868 . PMID 27149953 .  
  53. ^ Росс, Эдит (2016). «OncoNEM: вывод эволюции опухоли из данных секвенирования отдельных клеток» . Геномная биология . 17 : 69. DOI : 10.1186 / s13059-016-0929-9 . PMC 4832472 . PMID 27083415 .  
  54. ^ Зафар, Hamim (2017). «SiFit: вывод опухолевых деревьев из данных секвенирования одной клетки в рамках моделей с конечным числом сайтов» . Геномная биология . 18 (1): 178. DOI : 10.1186 / s13059-017-1311-2 . PMC 5606061 . PMID 28927434 .  
  55. ^ Зафар, Hamim (2019). «SiCloneFit: Байесовский вывод популяционной структуры, генотипа и филогении опухолевых клонов на основе данных секвенирования одноклеточного генома» . Геномные исследования . 29 (11): 1847–1859. DOI : 10.1101 / gr.243121.118 . PMC 6836738 . PMID 31628257 .  
  56. ^ Маликич, Салем; Рашиди Мехрабади, Фарид (2019). «PhISCS: комбинаторный подход к реконструкции неполной филогении опухоли посредством комплексного использования одноклеточных данных и данных массового секвенирования» . Геномные исследования . 29 (11): 1860–1877. DOI : 10.1101 / gr.234435.118 . PMID 31628256 . 
  57. ^ Sadeqi Азер, Erfan; Рашиди Мехрабади, Фарид (2020). «PhISCS-BnB: быстрый алгоритм ветвей и границ для идеальной реконструкции филогении опухоли» . Биоинформатика . 36 (Приложение_1): i169 – i176. DOI : 10.1093 / биоинформатики / btaa464 . PMID 32657358 . 
  58. Перейти ↑ Kuipers, Jack (2017). «Достижения в понимании эволюции опухолей с помощью секвенирования одной клетки» . Biochimica et Biophysica Acta (BBA) - Обзоры рака . 1867 (2): 127–138. DOI : 10.1016 / j.bbcan.2017.02.001 . PMC 5813714 . PMID 28193548 .  
  59. Рианна Шварц, Рассел (13 февраля 2017 г.). «Эволюция филогенетики опухолей: принципы и практика» . Природа Обзоры Генетики . 18 (4): 213–229. DOI : 10.1038 / nrg.2016.170 . PMC 5886015 . PMID 28190876 .  
  60. ^ Фарахани, Хоссейн; де Соуза, Камила ЧП; Биллингс, Рэвин; Яп, Дамиан; Шуманский, Карей; Ван, Адриан; Лай, Даниэль; Мес-Массон, Анн-Мари; Апарисио, Самуэль; П. Шах, Сохраб (18 октября 2017 г.). «Разработанные in vitro смеси клеточных линий и надежная оценка вычислительных методов для клонального разложения и продольной динамики при раке» . Научные отчеты . 7 (1): 13467. Bibcode : 2017NatSR ... 713467F . DOI : 10.1038 / s41598-017-13338-8 . PMC 5647443 . PMID 29044127 .  
  61. ^ Зара Habil (2014). «Вывод клональной композиции из нескольких срезов рака груди» . PLOS Вычислительная биология . 10 (7): e1003703. Bibcode : 2014PLSCB..10E3703Z . DOI : 10.1371 / journal.pcbi.1003703 . PMC 4091710 . PMID 25010360 .  
  62. ^ Фишер, Андрей (2014). «Реконструкция с высоким разрешением клонального состава при раке» . Отчеты по ячейкам . 7 (5): 1740–1752. DOI : 10.1016 / j.celrep.2014.04.055 . PMC 4062932 . PMID 24882004 .  
  63. ^ Deshwar, Амит (2015). «Мониторинг прогрессирования хронического лимфоцитарного лейкоза путем секвенирования всего генома выявляет гетерогенные паттерны клональной эволюции» . Геномная биология . 16 : 35. DOI : 10.1186 / s13059-015-0602-8 . PMC 4359439 . PMID 25786235 .  
  64. ^ Рот, Эндрю (2014). «PyClone: ​​статистический вывод о структуре клональной популяции при раке» . Методы природы . 11 (4): 396–398. DOI : 10.1038 / nmeth.2883 . PMC 4864026 . PMID 24633410 .  
  65. ^ Марасс, Франческо (2015). «Филогенетическая модель скрытых признаков для клональной деконволюции». Летопись прикладной статистики . 10 (4): 2377–2404. arXiv : 1604.01715 . DOI : 10.1214 / 16-AOAS986 .
  66. Перейти ↑ Matsui, Yusuke (2016). «phyC: кластеризация эволюционных деревьев рака» . PLOS Вычислительная биология . 13 (5): e1005509. Bibcode : 2017PLSCB..13E5509M . bioRxiv 10.1101 / 069302 . DOI : 10.1371 / journal.pcbi.1005509 . PMC 5432190 . PMID 28459850 .   
  67. ^ Цзян, Ючао; Цю, Ю; Минн, Энди Дж .; Чжан, Нэнси Р. (29 августа 2016 г.). «Оценка внутриопухолевой гетерогенности и отслеживание продольной и пространственной истории эволюции клонов с помощью секвенирования следующего поколения» . Труды Национальной академии наук . 113 (37): E5528–37. DOI : 10.1073 / pnas.1522203113 . PMC 5027458 . PMID 27573852 .  
  68. ^ Салехи, Сохраб (2017). «ddClone: ​​совместный статистический вывод клональных популяций на основе данных секвенирования единичных клеток и массивных опухолей» . Геномная биология . 18 (1): 44. DOI : 10.1186 / s13059-017-1169-3 . PMC 5333399 . PMID 28249593 .  
  69. ^ Satas, Gryte (2017). «Вывод филогении опухоли с использованием выборки по важности с ограничениями по дереву» . Биоинформатика . 33 (14): i152 – i160. DOI : 10.1093 / биоинформатики / btx270 . PMC 5870673 . PMID 28882002 .  
  70. Перейти ↑ Geng, Yu (2017). «Выявление моделей гетерогенности аллельного дисбаланса на вариантах зародышевой линии для вывода клональной архитектуры». Международная конференция по интеллектуальным вычислениям . Конспект лекций по информатике. 10362 : 286–297. DOI : 10.1007 / 978-3-319-63312-1_26 . ISBN 978-3-319-63311-4.
  71. ^ Рамазотти, Даниэле; Граудензи, Алекс; Сано, Лука Де; Антониотти, Марко; Караваганья, Джулио (4 сентября 2017 г.). «Изучение мутационных графиков индивидуальной эволюции опухоли из данных секвенирования с несколькими образцами». bioRxiv 10.1101 / 132183 . 
  72. ^ Роман, Теодор; Се, Лу; Шварц, Рассел; Рафаэль, Бенджамин Дж. (23 октября 2017 г.). «Автоматическая деконволюция структурированных смесей из данных генома гетерогенной опухоли» . PLOS вычислительная биология . 13 (10): e1005815. arXiv : 1604.02487 . Bibcode : 2017PLSCB..13E5815R . DOI : 10.1371 / journal.pcbi.1005815 . PMC 5695636 . PMID 29059177 .  
  73. ^ Маликич, Салем (2017). «Интегративный вывод субклональной эволюции опухоли из данных одноклеточного и массового секвенирования». bioRxiv 10.1101 / 234914 . 
  74. ^ Эспер, Лейла; Махмуди, Ахмад; Рафаэль, Бенджамин Дж. (29 июля 2013 г.). «THetA: вывод внутриопухолевой гетерогенности из данных высокопроизводительного секвенирования ДНК» . Геномная биология . 14 (7): R80. DOI : 10.1186 / GB-2013-14-7-R80 . ISSN 1474-760X . PMC 4054893 . PMID 23895164 .   
  75. Перейти ↑ Zeng, By (2018). «Идентификация субклонов опухоли на основе филогении с использованием байесовской модели распределения признаков». arXiv : 1803.06393 [ stat.AP ].
  76. ^ Цунь, Юпэн; Ян, Цун-По; Ахтер, Виктор; Ланг, Ульрих; Пайфер, Мартин (24 мая 2018 г.). «Анализ числа копий и вывод о субклональных популяциях в геномах рака с использованием Sclust». Протоколы природы . 13 (6): 1488–1501. DOI : 10.1038 / nprot.2018.033 . ISSN 1754-2189 . PMID 29844525 .  
  77. ^ Ван, Сяодун; Огундиджо, Ойетунджи Э. (01.12.2019). «SeqClone: ​​последовательный вывод опухолевых субклонов на основе Монте-Карло» . BMC Bioinformatics . 20 (1): 6. doi : 10.1186 / s12859-018-2562-y . ISSN 1471-2105 . PMC 6320595 . PMID 30611189 .   
  78. ^ Рафаэль, Бенджамин Дж .; Satas, Gryte; Майерс, Мэтью А. (22 января 2019 г.). «Вывод эволюции опухоли из продольных образцов» . bioRxiv : 526814. дои : 10,1101 / 526814 .
  79. ^ Туси, Хосейн; Моейни, Али; Хаджирасулиха, Иман (6 июня 2019 г.). «BAMSE: выбор байесовской модели для вывода филогении опухоли среди множества образцов» . BMC Bioinformatics . 20 (11): 282. DOI : 10,1186 / s12859-019-2824-3 . ISSN 1471-2105 . PMC 6551234 . PMID 31167637 .   
  80. ^ Рикеттс, Камир; Сейдман, Даниэль; Попик, Виктория; Хормоздиари, Ферейдун; Бацоглоу, Серафим; Хаджирасулиха, Иман (4 октября 2019 г.). "Meltos: Реконструкция филогении множественных образцов опухолей для структурных вариантов". Биоинформатика . 36 (4): 1082–1090. DOI : 10.1093 / биоинформатики / btz737 . PMID 31584621 . 
  81. ^ Сандерманн, Линда. «Реконструкция истории эволюции опухолей и деревьев клонов в полиномиальное время с помощью SubMARine» (PDF) . bioRxiv . Проверено 22 июня 2020 .
  82. ^ Чжоу, Тяньцзянь. «RNDCLONE: РЕКОНСТРУКЦИЯ СУБКЛОНА ОПУХОЛИ НА ОСНОВЕ ИНТЕГРАЦИИ ДАННЫХ ПОСЛЕДОВАТЕЛЬНОСТИ ДНК И РНК» (PDF) . Дата обращения 23 августа 2020 .