Из Википедии, бесплатной энциклопедии
Перейти к навигации Перейти к поиску
ДНК-топоизомераза II (АТФ-гидролизующий)
Gyr.PNG
Структура 42 кДа фрагмента N-концевой АТФазы и трансдукторных доменов ДНК-гиразы, гомологичной всем другим топоизомеразам типа IIA.
Идентификаторы
ЕС нет.5.6.2.2
Базы данных
IntEnzПросмотр IntEnz
BRENDABRENDA запись
ExPASyПросмотр NiceZyme
КЕГГЗапись в KEGG
MetaCycметаболический путь
ПРИАМпрофиль
Структуры PDB RCSB PDB PDBe PDBsum
Поиск
ЧВКстатьи
PubMedстатьи
NCBIбелки

Тип топоизомеразы II являются топоизомеразы , которые разрезают обе нити ДНК спирали одновременно, чтобы управлять ДНК спутывание и супервитки . Они используют гидролиз АТФ , в отличие от типа I топоизомеразы . В этом процессе эти ферменты изменяют связующее число кольцевой ДНК на ± 2.

Функция [ править ]

После разрезания концы ДНК разделяются, и второй дуплекс ДНК пропускается через разрыв. После пассажа разрезанная ДНК повторно лигируется. Эта реакция позволяет топоизомеразам типа II увеличивать или уменьшать связующее число петли ДНК на 2 единицы и способствует распутыванию хромосом. Для реакций, связанных с увеличением суперспирализации, требуются две молекулы АТФ. Например, ДНК-гираза , топоизомераза типа II, наблюдаемая у E. coli и большинства других прокариот , вводит отрицательные суперспирали и уменьшает число связей на 2. Гираза также способна удалять узлы с бактериальной хромосомы.. Наряду с гиразой большинство прокариот также содержат топоизомеразу второго типа IIA, называемую топоизомеразой IV. Гираза и топоизомераза IV различаются своими С-концевыми доменами, которые, как полагают, определяют субстратную специфичность и функциональность этих двух ферментов. Футпринтинг показывает, что гираза, которая формирует след из 140 пар оснований и обертывает ДНК, вводит отрицательные суперспирали , в то время как топоизомераза IV, которая формирует след из 28 пар оснований, не оборачивает ДНК.

Топоизомераза эукариот типа II не может вводить суперспирали; это может только расслабить их.

Роль топоизомераз типа IIB менее изучена. В отличие от топоизомераз типа IIA, топоизомеразы типа IIB не могут упростить топологию ДНК (см. Ниже), но они имеют несколько общих структурных особенностей с топоизомеразами типа IIA.

Упрощение топологии [ править ]

Топоизомеразы типа IIA важны для разделения запутанных дочерних цепей во время репликации. Считается, что эту функцию выполняет топоизомераза II у эукариот и топоизомераза IV у прокариот. Неспособность разделить эти нити приводит к гибели клеток. Топоизомеразы типа IIA обладают особой способностью релаксировать ДНК до состояния ниже термодинамического равновесия, в отличие от топоизомераз типа IA, IB и IIB. Эта способность, известная как упрощение топологии, была впервые обнаружена Рыбенковым и др. [1]Гидролиз АТФ способствует этому упрощению, но четкий молекулярный механизм этого упрощения все еще отсутствует. Было предложено несколько моделей для объяснения этого явления, в том числе две модели, которые полагаются на способность топоизомераз типа IIA распознавать изогнутые дуплексы ДНК. [2] Биохимия, электронная микроскопия и недавние структуры топоизомеразы II, связанной с ДНК, показывают, что топоизомеразы типа IIA связываются на вершинах ДНК, что подтверждает эту модель.

Классификация [ править ]

Существует два подкласса топоизомераз типа II, типа IIA и IIB.

  • Топоизомеразы типа IIA включают ферменты ДНК-гиразу , эукариотическую топоизомеразу II (топо II) и бактериальную топоизомеразу IV (топо IV). Эти ферменты охватывают все сферы жизни и необходимы для функционирования. [3]
  • Топоизомеразы типа IIB структурно и биохимически различаются и включают единственного члена семейства, топоизомеразу VI (топо VI). Топоизомеразы типа IIB обнаружены у архей и некоторых высших растений.

У некоторых организмов есть две изоформы топоизомеразы II: альфа и бета. При раке топоизомераза II-альфа высоко экспрессируется в сильно пролиферирующих клетках. При некоторых формах рака, таких как опухоли оболочки периферических нервов, высокая экспрессия кодируемого им белка также связана с плохой выживаемостью пациентов.

Два класса топоизомераз обладают схожим механизмом прохождения цепи и доменной структурой (см. Ниже), однако у них также есть несколько важных различий. Топоизомеразы типа IIA образуют двухцепочечные разрывы с выступами из четырех пар оснований, тогда как топоизомеразы типа IIB образуют двухцепочечные разрывы с выступами двух оснований. [4] Кроме того, топоизомеразы типа IIA способны упростить топологию ДНК [1], а топоизомеразы типа IIB - нет. [5]

Структура [ править ]

Тип IIA [ править ]

Схематическая структура гиразы, ориентированной вверх ногами, по сравнению с другими примерами в этой статье.
Структура дрожжевой топоизомеразы II, связанной с 34-мерной дуплексной ДНК с двойным разрывом ( PDB : 2RGR ). Фальца Toprim окрашена в голубой цвет; ДНК окрашена в оранжевый цвет; HTH окрашен в пурпурный цвет; а C-образный вентиль окрашен в фиолетовый цвет. Обратите внимание, что ДНК изогнута на ~ 160 градусов из-за инвариантного изолейцина (Ile833 у дрожжей).

Топоизомеразы типа IIA состоят из нескольких ключевых мотивов:

  • N-концевой домен АТФазы GHKL (для гиразы, Hsp, киназы и MutL),
  • Toprim домен (а укладка россман подкласса), который существует в оба топоизомеразе типа II, типа IA топоизомеразы, и бактериальный праймаз (DNAG),
  • центральное ДНК-связывающее ядро ​​(которое структурно образует структуру в форме сердца), и
  • вариабельный С-концевой домен.

Топоизомеразы эукариотического типа II являются гомодимерами (A 2 ), в то время как прокариотические топоизомеразы типа II являются гетеротетрамерами (A 2 B 2 ). Прокариоты имеют домен АТФазы и складку Toprim на одном полипептиде ( Pfam PF00204 ), в то время как ядро ​​расщепления ДНК и CTD лежит на втором полипептиде ( Pfam PF00521 ). Для гиразы первый полипептид называется GyrB, а второй полипептид называется GyrA. Для topo IV первый полипептид называется ParE, а второй полипептид - ParC. Обе сигнатуры Pfam обнаружены в одноцепочечной эукайотической топоизомеразе.

Структуры N-концевого АТФазного домена гиразы [6] и дрожжевой топоизомеразы II [7] были решены в комплексе с AMPPNP (аналог АТФ), показывая, что два АТФазных домена димеризуются с образованием замкнутой конформации. Для гираза в структуре имеется значительное отверстие посередине, которое, как предполагается, предназначено для размещения Т-образного сегмента.

Связывание домена АТФазы со складкой Toprim представляет собой спиральный элемент, известный как домен-преобразователь. Считается, что этот домен передает состояние нуклеотидов АТФазного домена остальной части белка. Модификации этого домена влияют на активность топоизомеразы, а структурная работа, проделанная группой Verdine, показывает, что состояние АТФ влияет на ориентацию домена-преобразователя. [8]

Центральное ядро ​​белка содержит складку Toprim и ДНК-связывающее ядро, которое содержит домен крылатой спирали (WHD), часто называемый доменом CAP, поскольку он был впервые идентифицирован как похожий на WHD белка-активатора катаболита. Каталитический тирозин находится на этом WHD. Фолда Топрим - это складка Россмана, которая содержит три инвариантных кислотных остатка, которые координируют ионы магния, участвующие в расщеплении ДНК и лигировании ДНК. [9] Структура топрим-фолда и ДНК-связывающего ядра дрожжевой топоизомеразы II была впервые решена Бергером и Вангом [10], а первое ДНК-связывающее ядро ​​гиразы было решено Morais Cabral et al. [11]Структура, решенная Бергером, позволила получить важные сведения о функции фермента. ДНК-связывающее ядро ​​состоит из WHD, который ведет к башенному домену. Область спиральной катушки ведет к С-концевому домену, который формирует основной интерфейс димера для этого кристаллического состояния (часто называемого С-затвором). В то время как исходная структура топоизомеразы II показывает ситуацию, когда WHD разделены на большое расстояние, структура гиразы показывает закрытую конформацию, где WHD близки.

Ядро топоизомеразы II было позже решено в новых конформациях, в том числе Fass et al. [12] и один Донг и др. [13]Структура Fass показывает, что домен Toprim является гибким и что эта гибкость может позволить домену Toprim координироваться с WHD с образованием компетентного комплекса расщепления. В конечном итоге это было подтверждено Dong et al. структура, которая была решена в присутствии ДНК. Эта последняя структура показала, что домен Toprim и WHD образуют комплекс расщепления, очень похожий на комплекс топоизомераз типа IA, и указали, как ДНК-связывание и расщепление могут быть разъединены, а структура показала, что ДНК изогнута на ~ 150 градусов через инвариантный изолейцин (в топоизомеразе II это I833, а в гиразе I172). Этот механизм изгиба очень похож на механизм интеграции фактора хозяина (IHF) и HU, двух архитектурных белков у бактерий. Кроме того, в то время как предыдущие структуры ДНК-связывающего ядра имели закрытый С-гейт,

Совсем недавно было решено несколько структур ДНК-связанных структур в попытке понять как химический механизм расщепления ДНК, так и структурную основу ингибирования топоизомеразы антибактериальными ядами. Первая полная архитектура ДНК-гиразы E. coli была решена с помощью криоэлектронной микроскопии с разрешением, близким к атомному. [14] Нуклеопротеиновый комплекс был захвачен длинным дуплексом ДНК и гепотидацином, новым ингибитором бактериальной топоизомеразы.

С-концевая область прокариотических топоизомераз была определена для нескольких видов. Первая структура C-концевого домена гиразы была решена Corbett et al. [15], а C-концевой домен топоизомеразы IV был решен Corbett et al. [5] Структуры образовали новый бета-ствол, который изгибает ДНК, оборачивая нуклеиновую кислоту вокруг себя. Изгиб ДНК под действием гиразы был предложен в качестве ключевого механизма способности гиразы вводить в ДНК отрицательные суперспирали. Это согласуется с данными следа, которые показывают, что гираза имеет след 140 пар оснований. CTD как гиразы, так и топоизомеразы IV изгибают ДНК, но только гираза вводит отрицательные суперспирали.

В отличие от функции С-концевого домена прокариотических топоизомераз, функция С-концевой области эукариотической топоизомеразы II до сих пор не ясна. Исследования показали, что эта область регулируется фосфорилированием, и это модулирует активность топоизомеразы, однако для изучения этого необходимы дополнительные исследования.

Тип IIB [ править ]

Структура topo VI ( PDB : 2Q2E ) в ориентации аналогична примеру дрожжей. Цепочки окрашены по-разному. Домен Toprim расположен вверху, а домен АТФазы - внизу; каждый образует ворота ДНК.

Организация топоизомераз типа IIB аналогична организации типа IIA, за исключением того, что все типы IIB имеют два гена и образуют гетеротетрамеры. Один ген, названный topo VI-B (так как он похож на gyrB), содержит домен АТФазы, домен-преобразователь ( Pfam PF09239 ) и C-концевой Ig-складчатый домен H2TH ( Pfam PF18000 ). Второй ген, названный topo VI-A ( Pfam PF04406 ), содержит WHD и домен Toprim.

АТФазный домен topo VI B был расшифрован в множественных нуклеотидных состояниях. [16] Он очень похож на домен GHKL topo II и MutL и показывает, что состояние нуклеотидов (АДФ по сравнению с АТФ) влияет на ориентацию домена-преобразователя (и 1MX0).

Строение топо VI-A было решено Bergerat et al. [17], показывающие, что складки HTH и Toprim имели новую конформацию по сравнению с конформацией topo IIA.

Недавно была решена структура комплекса topo VI A / B, показывающая открытую и закрытую конформации, два состояния, которые предсказываются в механизме с двумя воротами (см. Ниже). Эти структуры, одна из которых представляет собой рентгеновскую кристаллическую структуру, а другая - реконструкцию малоуглового рентгеновского рассеяния (SAXS), показывают, что домен АТФазы может быть как открытым, так и закрытым. [18]

Механизм действия [ править ]

Отрывок от берега [ править ]

Топоизомераза типа IIA действует посредством механизма «двух ворот» (хотя это историческое обозначение), механизма, поддерживаемого биохимией [19], а также структурными исследованиями. [20]

Нить ДНК, называемая воротами, или G-сегментами, связана с центральными воротами связывания ДНК (ДНК-воротами). Вторая цепь ДНК, называемая транспортной, или Т-сегментом, захватывается димеризацией N-концевого домена АТФазы (ворота АТФазы), когда две молекулы АТФ связываются. Гидролиз АТФ и высвобождение неорганического фосфата приводит к расщеплению G-сегмента, поскольку каталитические тирозины образуют ковалентную фосфотирозиновую связь с 5'-концом ДНК. Это создает выступ из четырех оснований и двухцепочечный разрыв в G-сегменте. Когда ворота связывания ДНК отделяются, Т-сегмент переносится через G-сегмент. G-сегмент запечатан, что приводит к открытию ворот C-терминала (или C-образного элемента), что позволяет освободить T-сегмент. Выпуск продукта ADP приводит к перезагрузке системы и позволяет захватить второй T-сегмент.

Топоизомеразы типа IIB действуют аналогичным образом, за исключением того, что белок образует выступ из двух оснований в G-сегменте, а С-концевой гейт полностью отсутствует.

Расщепление ДНК [ править ]

В механизме пассажа цепочки расщепление ДНК является ключевым фактором, позволяющим Т-сегменту проходить через G-сегмент. Механизм расщепления ДНК топоизомеразами типа IIA недавно был в центре внимания многих биохимических и структурно-биологических исследований.

Связь [ править ]

Катенация - это процесс, при котором две кольцевые нити ДНК соединяются вместе, как звенья цепи. Это происходит после репликации ДНК, когда две одиночные нити сцеплены и все еще могут реплицироваться, но не могут разделиться на две дочерние клетки. Поскольку топоизомеры типа II разрывают двойную цепь, они могут исправить это состояние (топоизомеразы типа I могут сделать это, только если уже имеется одноцепочечный разрыв), и правильное число хромосом может остаться в дочерних клетках. Линейная ДНК у эукариот настолько длинна, что их можно рассматривать как бесконечные; топоизомеразы типа II необходимы по той же причине.

Запрещение [ править ]

Основная статья: ингибитор топоизомеразы

Небольшие молекулы, нацеленные на топоизомеразу типа II, делятся на два класса: ингибиторы и яды. Из-за их частого присутствия в пролиферирующих эукариотических клетках ингибиторы топоизомераз типа II широко изучаются и используются в качестве противораковых препаратов. [21]

  • Ингибиторы топоизомеразы типа II включают HU-331 , ICRF-187 , ICRF-193 и митиндомид . Эти молекулы действуют путем ингибирования активности АТФазы, действуя как неконкурентные ингибиторы АТФ. Это было показано структурными исследованиями [7] и биохимическими исследованиями, проведенными группой Линдсли.
  • Яды топоизомераз типа II включают доксорубицин , этопозид , новобиоцин , хинолоны (включая ципрофлоксацин ) и тенипозид . Эти небольшие молекулы нацелены на комплекс ДНК-белок. Некоторые из этих молекул приводят к усилению расщепления, тогда как другие, такие как этопозид, ингибируют религирование.

Экспериментальный противоопухолевый препарат m-AMSA (4 '- (9'-акридиниламино) метансульфон-m-анизидид) также ингибирует топоизомеразу 2 типа. [22]

Яды топоизомеразы широко используются как в противораковой, так и в антибактериальной терапии. Хотя антибактериальные соединения, такие как ципрофлоксацин, нацелены на бактериальную гиразу, они не могут ингибировать эукариотические топоизомеразы типа IIA. Кроме того, устойчивые к лекарствам бактерии часто имеют точечную мутацию гиразы (Serine79Alanine в E. coli), которая делает хинолоны неэффективными. [ необходима цитата ] Недавние структурные исследования привели к открытию соединения, которое больше не полагается на этот остаток и, следовательно, имеет эффективность против устойчивых к лекарствам бактерий. [ необходима цитата ]

Гираза бактериофага Т4 [ править ]

Гираза бактериофага (фага) Т4 (топоизмераза типа II) представляет собой мультисубъединичный белок, состоящий из продуктов генов 39, 52 и, вероятно, 60. [23] [24] Он катализирует релаксацию отрицательно или положительно сверхспиральной ДНК и используется в фаге. Репликация ДНК при инфицировании бактериального хозяина E. coli . [25] Белок гена фага 52 имеет гомологию с субъединицей gyrA E. coli гиразы [26], а белок гена 39 фага имеет гомологию с субъединицей gyr B. [27] Поскольку хозяин E. coliДНК-гираза может частично компенсировать потерю продуктов гена фага T4, мутанты, дефектные по генам 39, 52 или 60, не полностью отменяют репликацию фаговой ДНК, а скорее задерживают ее инициацию. [25] Скорость удлинения ДНК при таких мутантных инфекциях не ниже, чем у ДНК дикого типа. [28] Мутанты, дефектные по генам 39, 52 или 60, демонстрируют повышенную генетическую рекомбинацию, а также повышенную мутацию с заменой оснований и делецией, что позволяет предположить, что синтез ДНК, компенсированный хозяином, менее точен, чем управляемый фагом дикого типа. [29] Мутант, дефектный по гену 39, демонстрирует повышенную чувствительность к инактивации ультрафиолетом.облучение на стадии фаговой инфекции после инициации репликации ДНК, когда присутствуют множественные копии фаговой хромосомы . [30] Мутанты, дефектные по генам 39, 52 и 60, имеют пониженную способность выполнять реактивацию множественности, форму рекомбинационной репарации, которая может иметь дело с различными типами повреждений ДНК. [31] Гираза, указанная в геноме неинфицированной E. coli, также, по-видимому, участвует в рекомбинационной репарации, обеспечивая точку инициации для обмена реципрокной цепи, управляемого белком RecA. [32]

Ссылки [ править ]

  1. ^ a b Рыбенков В.В., Ульспергер С, Вологодский А.В., Коззарелли Н.Р. (август 1997 г.). «Упрощение топологии ДНК ниже равновесных значений за счет топоизомераз типа II». Наука . Нью-Йорк, Нью-Йорк 277 (5326): 690–3. DOI : 10.1126 / science.277.5326.690 . PMID  9235892 .
  2. ^ Вологодский А.В., Zhang W, Rybenkov В.В., Podtelezhnikov А.А., Субраманян D, Гриффит JD, Cozzarelli NR (март 2001). «Механизм упрощения топологии ДНК-топоизомеразами II типа» . Труды Национальной академии наук Соединенных Штатов Америки . 98 (6): 3045–9. Bibcode : 2001PNAS ... 98.3045V . DOI : 10.1073 / pnas.061029098 . PMC 30604 . PMID 11248029 .  
  3. ^ Reece RJ, Maxwell A (январь 1991). «ДНК-гираза: структура и функции». Критические обзоры в биохимии и молекулярной биологии . 26 (3–4): 335–75. DOI : 10.3109 / 10409239109114072 . PMID 1657531 . 
  4. ^ Бюлер С, Lebbink JH, BOCs С, Ladenstein Р, Р Фортер (октябрь 2001 г.). «ДНК-топоизомераза VI генерирует АТФ-зависимые двухцепочечные разрывы с двухнуклеотидными выступами» . Журнал биологической химии . 276 (40): 37215–22. DOI : 10.1074 / jbc.M101823200 . PMID 11485995 . S2CID 24354635 .  
  5. ^ a b PDB : 1звт ; Корбетт К.Д., Шеффлер А.Дж., Томсен Н.Д., Бергер Дж.М. (август 2005 г.). «Структурные основы субстратной специфичности ДНК-топоизомеразы IV». Журнал молекулярной биологии . 351 (3): 545–61. DOI : 10.1016 / j.jmb.2005.06.029 . PMID 16023670 . 
  6. ^ Уигли DB, Дэвис GJ, Додсон EJ, Maxwell A, Додсон G (июнь 1991). «Кристаллическая структура N-концевого фрагмента белка ДНК-гиразы B». Природа . 351 (6328): 624–9. Bibcode : 1991Natur.351..624W . DOI : 10.1038 / 351624a0 . PMID 1646964 . S2CID 4373125 .  
  7. ^ a b PDB : 1PVG ; Классен С., Олланд С., Бергер Дж. М. (сентябрь 2003 г.). «Структура области АТФазы топоизомеразы II и ее механизм ингибирования химиотерапевтическим агентом ICRF-187» . Труды Национальной академии наук Соединенных Штатов Америки . 100 (19): 10629–34. Bibcode : 2003PNAS..10010629C . DOI : 10.1073 / pnas.1832879100 . PMC 196855 . PMID 12963818 .  
  8. ^ Вэй H, Ruthenburg AJ, Bechis SK, Verdine GL (ноябрь 2005). «Нуклеотид-зависимое перемещение домена в АТФазном домене топоизомеразы ДНК типа IIA человека» . Журнал биологической химии . 280 (44): 37041–7. DOI : 10.1074 / jbc.M506520200 . PMID 16100112 . S2CID 35186716 .  
  9. ^ Аравиндом L, Leipe DD, Кунин EV (сентябрь 1998). «Топрим - консервативный каталитический домен в топоизомеразах типа IA и II, примазах типа DnaG, нуклеазах семейства OLD и белках RecR» . Исследования нуклеиновых кислот . 26 (18): 4205–13. DOI : 10.1093 / NAR / 26.18.4205 . PMC 147817 . PMID 9722641 .  
  10. ^ PDB : 1BGW ; Бергер Дж. М., Гамблин С. Дж., Харрисон С. К., Ван Дж. К. (январь 1996 г.). «Структура и механизм ДНК-топоизомеразы II». Природа . 379 (6562): 225–32. Bibcode : 1996Natur.379..225B . DOI : 10.1038 / 379225a0 . PMID 8538787 . S2CID 4360011 .  
  11. ^ PDB : 1AB4 ; Мораис Кабрал Дж. Х., Джексон А. П., Смит К. В., Шикотра Н., Максвелл А., Лиддингтон Р. К. (август 1997 г.). «Кристаллическая структура домена разрыва-воссоединения ДНК-гиразы». Природа . 388 (6645): 903–6. Bibcode : 1997Natur.388..903M . DOI : 10.1038 / 42294 . PMID 9278055 . S2CID 4320715 .  
  12. ^ PDB : 1BJT ; Фасс Д., Богден С.Э., Бергер Дж. М. (апрель 1999 г.). «Четвертичные изменения в топоизомеразе II могут направлять ортогональное движение двух цепей ДНК». Структурная биология природы . 6 (4): 322–6. DOI : 10,1038 / 7556 . PMID 10201398 . S2CID 947461 .  
  13. ^ PDB : 2RGR ; Донг К.С., Бергер Дж. М. (декабрь 2007 г.). «Структурная основа для распознавания ворот-ДНК и изгиба топоизомеразами типа IIA». Природа . 450 (7173): 1201–5. Bibcode : 2007Natur.450.1201D . DOI : 10,1038 / природа06396 . PMID 18097402 . S2CID 1756317 .  
  14. ^ Вэнден Брок А, Лотц С, Ортис Дж, Лямур В (октябрь 2019). «Крио-ЭМ структура полного комплекса нуклеопротеидов ДНК-гиразы E. coli» . Nature Communications . 10 (1): 4935. Bibcode : 2019NatCo..10.4935V . DOI : 10.1038 / s41467-019-12914-у . PMC 6821735 . PMID 31666516 .  
  15. ^ PDB : 1SUU ; Корбетт К.Д., Шульцабергер Р.К., Бергер Дж.М. (май 2004 г.). «С-концевой домен ДНК-гиразы А принимает изгибающуюся ДНК складку бета-вертушки» . Труды Национальной академии наук Соединенных Штатов Америки . 101 (19): 7293–8. Bibcode : 2004PNAS..101.7293C . DOI : 10.1073 / pnas.0401595101 . PMC 409912 . PMID 15123801 .  
  16. ^ PDB : 1MU5 ; Корбетт К.Д., Бергер Дж.М. (январь 2003 г.). «Структура субъединицы топоизомеразы VI-B: значение для механизма и эволюции топоизомеразы типа II» . Журнал EMBO . 22 (1): 151–63. DOI : 10,1093 / emboj / cdg008 . PMC 140052 . PMID 12505993 .  
  17. ^ Bergerat А, де Масси B, D, Gadelle Varoutas PC, Николя А, Фортер Р (март 1997 года). «Атипичная топоизомераза II из архей с последствиями для мейотической рекомбинации». Природа . 386 (6623): 414–7. Bibcode : 1997Natur.386..414B . DOI : 10.1038 / 386414a0 . PMID 9121560 . S2CID 4327493 .  
  18. ^ PDB : 2Q2E ; Корбетт К.Д., Бенедетти П., Бергер Дж. М. (июль 2007 г.). «Сборка холофермента и АТФ-опосредованная конформационная динамика топоизомеразы VI». Структурная и молекулярная биология природы . 14 (7): 611–9. DOI : 10.1038 / nsmb1264 . PMID 17603498 . S2CID 2159631 .  
  19. Перейти ↑ Roca J, Wang JC (май 1994). «Транспортировка ДНК с помощью топоизомеразы ДНК типа II: свидетельство в пользу механизма с двумя воротами». Cell . 77 (4): 609–16. DOI : 10.1016 / 0092-8674 (94) 90222-4 . PMID 8187179 . S2CID 19776252 .  
  20. ^ Berger JM, Ван JC (февраль 1996). «Последние разработки в структуре и механизме ДНК-топоизомеразы II». Текущее мнение в структурной биологии . 6 (1): 84–90. DOI : 10.1016 / s0959-440x (96) 80099-6 . PMID 8696977 . 
  21. ^ Альберс В (2014-11-18). Молекулярная биология клетки (Шестое изд.). Нью-Йорк, штат Нью-Йорк. ISBN 978-0-8153-4432-2. OCLC  887605755 .
  22. ^ Willmore Е, де Caux S, Sunter NJ, Tilby MJ, Джексон GH, Остин, штат Калифорния Durkacz BW (июнь 2004 г.). «Новый ингибитор ДНК-зависимой протеинкиназы, NU7026, усиливает цитотоксичность ядов топоизомеразы II, используемых при лечении лейкемии» . Кровь . 103 (12): 4659–65. DOI : 10,1182 / кровь 2003-07-2527 . PMID 15010369 . 
  23. ^ Лю LF, Лю CC, Альбертс BM (октябрь 1979). «ДНК-топоизомераза Т4: новый АТФ-зависимый фермент, необходимый для инициации репликации ДНК бактериофага Т4». Природа . 281 (5731): 456–61. Bibcode : 1979Natur.281..456L . DOI : 10.1038 / 281456a0 . PMID 226889 . S2CID 4343962 .  
  24. ^ Stetler GL, король GJ, Хуан WM (август 1979). «Белки задержки ДНК Т4, необходимые для специфической репликации ДНК, образуют комплекс, обладающий АТФ-зависимой ДНК-топоизомеразной активностью» . Труды Национальной академии наук Соединенных Штатов Америки . 76 (8): 3737–41. Bibcode : 1979PNAS ... 76.3737S . DOI : 10.1073 / pnas.76.8.3737 . PMC 383908 . PMID 226976 .  
  25. ^ a b Маккарти D (январь 1979 г.). «Гираза-зависимая инициация репликации ДНК бактериофага Т4: взаимодействия гиразы Escherichia coli с новобиоцином, кумермицином и продуктами гена задержки ДНК фага». Журнал молекулярной биологии . 127 (3): 265–83. DOI : 10.1016 / 0022-2836 (79) 90329-2 . PMID 372540 . 
  26. ^ Хуанг WM (сентябрь 1986). «52-белковая субъединица ДНК-топоизомеразы Т4 гомологична gyrA-белку гиразы» . Исследования нуклеиновых кислот . 14 (18): 7379–90. PMC 311757 . PMID 3020513 .  
  27. ^ Хуанг WM (октябрь 1986). «Нуклеотидная последовательность гена топоизомеразы ДНК типа II. Ген T4 бактериофага 39» . Исследования нуклеиновых кислот . 14 (19): 7751–65. DOI : 10.1093 / NAR / 14.19.7751 . PMC 311794 . PMID 3022233 .  
  28. ^ Маккарти Д, Миннер С, Бернштейн Н, С Бернштейн (октябрь 1976 г.). «Скорость удлинения ДНК и распределение точек роста фага Т4 дикого типа и янтарного мутанта с задержкой ДНК». Журнал молекулярной биологии . 106 (4): 963–81. DOI : 10.1016 / 0022-2836 (76) 90346-6 . PMID 789903 . 
  29. ↑ Mufti S, Bernstein H (октябрь 1974 г.). «Задерживающие ДНК мутанты бактериофага Т4» . Журнал вирусологии . 14 (4): 860–71. DOI : 10,1128 / JVI.14.4.860-871.1974 . PMC 355592 . PMID 4609406 .  
  30. Перейти ↑ Hyman P (август 1993). «Генетика эффекта Лурия-Латарджета в бактериофаге Т4: доказательства участия множественных путей репарации ДНК» . Генетические исследования . 62 (1): 1–9. DOI : 10.1017 / s0016672300031499 . PMID 8405988 . 
  31. ^ Miskimins R, S Шнайдер, Джонс В, Н Бернштейн (июнь 1982). «Участие топоизомеразы в многократной реактивации фага Т4» . Генетика . 101 (2): 157–77. PMC 1201854 . PMID 6293912 .  
  32. ^ Кассуто E (сентябрь 1984). «Формирование ковалентно замкнутой гетеродуплексной ДНК за счет комбинированного действия гиразы и белка RecA» . Журнал EMBO . 3 (9): 2159–64. DOI : 10.1002 / j.1460-2075.1984.tb02106.x . PMC 557658 . PMID 6092061 .  

Дальнейшее чтение [ править ]

  • Ван Дж.С. (июнь 2002 г.). «Клеточные роли топоизомераз ДНК: молекулярная перспектива». Обзоры природы. Молекулярная клеточная биология . 3 (6): 430–40. DOI : 10.1038 / nrm831 . PMID  12042765 . S2CID  205496065 .

Внешние ссылки [ править ]

  • ДНК + топоизомеразы, + тип + II в Национальной медицинской библиотеке США по медицинским предметным рубрикам (MeSH)