UPF1

Доступные конструкции

Ортолог поиск: PDBe RCSB

Список идентификационных кодов PDB
2GJK , 2GK6 , 2GK7 , 2IYK , 2WJV , 2WJY , 2XZO , 2XZP

Идентификаторы

Псевдонимы

UPF1 , HNORF1, RENT1, pNORF1, smg-2, РНК-геликаза и АТФаза, РНК-геликаза UPF1 и АТФаза

Внешние идентификаторы

OMIM : 601430 MGI : 107995 HomoloGene : 2185 GeneCards : UPF1

Расположение гена ( человек )

Chr.	Хромосома 19 (человека) ^[1]

Группа	19п13.11	Начинать	18 831 959 п.н. ^[1]
Группа	19п13.11	Конец	18 868 230 п.н. ^[1]

Расположение гена ( Мышь )

Chr.	Хромосома 8 (мышь) ^[2]

Группа	8 B3.3 \| 8 34,15 см	Начинать	70 331 525 п.н. ^[2]
Группа	8 B3.3 \| 8 34,15 см	Конец	70 353 278 п.н. ^[2]

Паттерн экспрессии РНК

Дополнительные данные эталонного выражения

Онтология генов
Молекулярная функция	• нуклеотид связывания • связывания ДНК • теломерную ДНК связывания • иона цинка связывания • хроматина связывания • ион металла связывания • GO: 0001948 связывание белка • гидролазы активность • АТФ связывания • ГО: 0008026 хеликаза активность • связывание РНК
Сотовый компонент	• цитозоль • Р-тельца • комплекс экзон- экзонный переход • надсплицеосомный комплекс • нуклеоплазма • хроматин • ядерная хромосома, теломерная область • цитоплазма • ядро клетки
Биологический процесс	• регуляция терминации трансляции • поддержание теломер посредством полуконсервативной репликации • позитивная регуляция катаболического процесса мРНК • экспорт мРНК из ядра • репликация ДНК • транскрибируемый ядерной мРНК катаболический процесс • клеточный ответ на интерлейкин-1 • катаболический процесс ядерно-транскрибируемой мРНК, Зависимый от эндонуклеолитического расщепления распад • катаболический процесс гистоновой мРНК • дозовая компенсация за счет инактивации Х-хромосомы • клеточный ответ на липополисахарид • 3'-UTR-опосредованная дестабилизация мРНК • репарация ДНК • транскрибируемый ядром мРНК катаболический процесс, нонсенс-опосредованный распад • регуляция поддержания теломер • фазовый переход клеточного цикла • вирусный процесс GO: 0022415
Источники: Amigo / QuickGO

Ортологи

Разновидность

Человек

Мышь

Entrez


5976


19704

Ансамбль


ENSG00000005007


ENSMUSG00000058301

UniProt


Q92900


Q9EPU0

RefSeq (мРНК)


NM_002911 NM_001297549


NM_001122829 NM_030680

RefSeq (белок)


NP_001284478 NP_002902 NP_001284478.1


NP_001116301 NP_109605

Расположение (UCSC)

Chr 19: 18.83 - 18.87 Мб

Chr 8: 70.33 - 70.35 Мб

PubMed поиск

^[3]

^[4]

Викиданные

Просмотр / редактирование человека

Просмотр / редактирование мыши

Регулятор нонсенс транскриптов 1 представляет собой белок , который у человека кодируется UPF1 гена . ^[5]^[6]

Функция [ править ]

Этот ген кодирует белка , который является частью поста-сплайсинг белкового комплекса, в экзоне спай комплекса , участвующий в обеих мРНКе ядерного экспорта и наблюдении мРНКа . Наблюдение за мРНК обнаруживает экспортированные мРНК с усеченными открытыми рамками считывания и инициирует нонсенс-опосредованный распад мРНК (NMD). Когда трансляция заканчивается выше последнего соединения экзон-экзон, это запускает NMD для разрушения мРНК, содержащей преждевременные стоп-кодоны. Этот белок находится как в цитоплазме, так и в ядре клетки. ^[7]Когда трансляция заканчивается, он взаимодействует с белком, который является функциональным гомологом дрожжевого Upf2p, чтобы запустить декапирование мРНК. Для этого гена было отмечено использование множественных сайтов полиаденилирования. ^[8]

Взаимодействия [ править ]

Было показано, что UPF1 взаимодействует с:

DCP1A , ^[9]
DCP2 , ^[9]^[10]
СМГ1 , ^[11]
UPF2 , ^[10]^[11]^[12]^[13]^[14]
UPF3A , ^[11]^[12]^[14] и
UPF3B . ^[10]^[12]^[14]

Ссылки [ править ]

^ a b c GRCh38: Ensembl, выпуск 89: ENSG00000005007 - Ensembl , май 2017 г.
^ a b c GRCm38: выпуск Ensembl 89: ENSMUSG00000058301 - Ensembl , май 2017 г.
^ "Human PubMed Reference:" . Национальный центр биотехнологической информации, Национальная медицинская библиотека США .
^ «Ссылка на Mouse PubMed:» . Национальный центр биотехнологической информации, Национальная медицинская библиотека США .
^ Perlick HA, Medghalchi С.М., Спенсер Ф., Kendzior RJ - младший, Dietz HC (ноябрь 1996). «Ортологи млекопитающих дрожжевого регулятора стабильности нонсенс-транскрипта» . Proc Natl Acad Sci USA . 93 (20): 10928–32. DOI : 10.1073 / pnas.93.20.10928 . PMC 38260 . PMID 8855285 .
^ Applequist SE, Selg M, комбинационный C, Джек HM (март 1997). «Клонирование и характеристика HUPF1, человеческого гомолога нонсенс-уменьшающего мРНК белка UPF1 Saccharomyces cerevisiae» . Nucleic Acids Res . 25 (4): 814–21. DOI : 10.1093 / NAR / 25.4.814 . PMC 146496 . PMID 9064659 .
^ Сингх А.К., Чоудхури С.Р., Де С, Чжан Дж., Киссан С., Двиведи В. и др. (Март 2019 г.). Певица RH, Мэнли JL (ред.). «РНК-геликаза UPF1 ассоциируется с мРНК котранскрипционно и требуется для высвобождения мРНК из локусов генов» . eLife . 8 : e41444. DOI : 10.7554 / eLife.41444 . PMID 30907728 .
^ «Entrez Gene: UPF1 UPF1 регулятор гомолога бессмысленных транскриптов (дрожжи)» .
^ а б Ликке-Андерсен Дж (2002). «Идентификация человеческого комплекса декапирования, связанного с белками hUpf в нонсенс-опосредованном распаде» . Мол. Клетка. Биол . 22 (23): 8114–21. DOI : 10.1128 / MCB.22.23.8114-8121.2002 . PMC 134073 . PMID 12417715 .
^ a b c Lejeune F, Li X, Maquat LE (2003). «Нонсенс-опосредованный распад мРНК в клетках млекопитающих включает декапирование, деаденилирование и экзонуклеолитическую активность». Мол. Cell . 12 (3): 675–87. DOI : 10.1016 / S1097-2765 (03) 00349-6 . PMID 14527413 .
^ a b c Ямасита А., Охниши Т., Кашима I, Тая Ю., Оно С (2001). «Человеческий SMG-1, новая протеинкиназа, связанная с фосфатидилинозитол-3-киназой, ассоциируется с компонентами комплекса наблюдения за мРНК и участвует в регуляции нонсенс-опосредованного распада мРНК» . Genes Dev . 15 (17): 2215–28. DOI : 10,1101 / gad.913001 . PMC 312771 . PMID 11544179 .
^ a b c Schell T, Köcher T, Wilm M, Seraphin B, Kulozik AE, Hentze MW (2003). «Комплексы между опосредованным нонсенсом фактором пути распада мРНК человека upf1 (белок сдвига рамки 1 вверх) и основными факторами распада мРНК, опосредованным нонсенсом, в клетках HeLa» . Биохим. Дж . 373 (Pt 3): 775–83. DOI : 10.1042 / BJ20021920 . PMC 1223536 . PMID 12723973 .
^ Mendell JT, Medghalchi SM, Lake RG, Noensie EN, Dietz HC (2000). «Новые ортологи Upf2p предполагают функциональную связь между инициацией трансляции и бессмысленными комплексами наблюдения» . Мол. Клетка. Биол . 20 (23): 8944–57. DOI : 10.1128 / MCB.20.23.8944-8957.2000 . PMC 86549 . PMID 11073994 .
^ a b c Lykke-Andersen J, Shu MD, Steitz JA (2000). «Человеческие белки Upf нацелены на мРНК для нонсенс-опосредованного распада, когда они связаны ниже по потоку от кодона терминации». Cell . 103 (7): 1121–31. DOI : 10.1016 / S0092-8674 (00) 00214-2 . PMID 11163187 . S2CID 18417600 .

Дальнейшее чтение [ править ]

Аззалин CM, Лингнер Дж. (2006). «Двойная жизнь UPF1 в путях стабильности РНК и ДНК» . Клеточный цикл . 5 (14): 1496–8. DOI : 10.4161 / cc.5.14.3093 . PMID 16861888 .
Хорикоши М., Секимидзу К., Натори С. (1984). «Анализ стимулирующего фактора РНК-полимеразы II в комплексе инициации и удлинения». J. Biol. Chem . 259 (1): 608–11. PMID 6200476 .
Нагасе Т., Секи Н., Исикава К. и др. (1997). «Прогнозирование кодирующих последовательностей неидентифицированных генов человека. VI. Кодирующие последовательности 80 новых генов (KIAA0201-KIAA0280), выведенные путем анализа клонов кДНК из линии клеток KG-1 и мозга» . ДНК Res . 3 (5): 321–9, 341–54. DOI : 10.1093 / dnares / 3.5.321 . PMID 9039502 .
Czaplinski K, Ruiz-Echevarria MJ, Paushkin SV, et al. (1998). «Комплекс наблюдения взаимодействует с факторами высвобождения трансляции для усиления терминации и деградации аберрантных мРНК» . Genes Dev . 12 (11): 1665–77. DOI : 10.1101 / gad.12.11.1665 . PMC 316864 . PMID 9620853 .
Пейдж М.Ф., Карр Б., Андерс К.Р. и др. (1999). «SMG-2 представляет собой фосфорилированный белок, необходимый для надзора за мРНК у Caenorhabditis elegans и связанный с Upf1p дрожжей» . Мол. Клетка. Биол . 19 (9): 5943–51. DOI : 10,1128 / MCB.19.9.5943 . PMC 84455 . PMID 10454541 .
Бхаттачарья А., Чаплински К., Трифиллис П. и др. (2000). «Характеристика биохимических свойств продукта гена Upf1 человека, который участвует в нонсенс-опосредованном распаде мРНК» . РНК . 6 (9): 1226–35. DOI : 10.1017 / S1355838200000546 . PMC 1369996 . PMID 10999600 .
Mendell JT, Medghalchi SM, Lake RG, et al. (2000). «Новые ортологи Upf2p предполагают функциональную связь между инициацией трансляции и комплексами бессмысленного наблюдения» . Мол. Клетка. Биол . 20 (23): 8944–57. DOI : 10.1128 / MCB.20.23.8944-8957.2000 . PMC 86549 . PMID 11073994 .
Серин Г., Герсаппе А., Блэк Д. Д. и др. (2001). «Идентификация и характеристика человеческих ортологов белка Upf2 Saccharomyces cerevisiae и белка Upf3 (Caenorhabditis elegans SMG-4)» . Мол. Клетка. Биол . 21 (1): 209–23. DOI : 10.1128 / MCB.21.1.209-223.2001 . PMC 88795 . PMID 11113196 .
Lykke-Andersen J, Shu MD, Steitz JA (2001). «Белки Upf человека нацелены на мРНК для нонсенс-опосредованного распада при связывании ниже по ходу от кодона терминации». Cell . 103 (7): 1121–31. DOI : 10.1016 / S0092-8674 (00) 00214-2 . PMID 11163187 . S2CID 18417600 .
Деннинг Дж., Джеймисон Л., Макват Л. Е. и др. (2001). «Клонирование новой киназы, связанной с фосфатидилинозитолкиназой: характеристика белка наблюдения РНК SMG-1 человека» . J. Biol. Chem . 276 (25): 22709–14. DOI : 10.1074 / jbc.C100144200 . PMID 11331269 .
Ямасита А., Охниши Т., Кашима И. и др. (2001). «Человеческий SMG-1, новая протеинкиназа, связанная с фосфатидилинозитол-3-киназой, ассоциируется с компонентами комплекса наблюдения за мРНК и участвует в регуляции нонсенс-опосредованного распада мРНК» . Genes Dev . 15 (17): 2215–28. DOI : 10,1101 / gad.913001 . PMC 312771 . PMID 11544179 .
Lykke-Andersen J, Shu MD, Steitz JA (2001). «Связь положения экзон-экзонных соединений с аппаратом наблюдения мРНК с помощью белка RNPS1». Наука . 293 (5536): 1836–9. DOI : 10.1126 / science.1062786 . PMID 11546874 . S2CID 389385 .
Карастро Л.М., Тан С.К., Селг М. и др. (2002). «Идентификация дельта-геликазы как бычьего гомолога HUPF1: демонстрация взаимодействия с третьей субъединицей дельта ДНК-полимеразы» . Nucleic Acids Res . 30 (10): 2232–43. DOI : 10.1093 / NAR / 30.10.2232 . PMC 115286 . PMID 12000843 .
Mendell JT, ap Rhys CM, Dietz HC (2002). «Разделение ролей для rent1 / hUpf1 в измененном сплайсинге и распаде бессмысленных транскриптов». Наука . 298 (5592): 419–22. DOI : 10.1126 / science.1074428 . PMID 12228722 . S2CID 46447414 .
Ликке-Андерсен Дж (2003). «Идентификация человеческого комплекса декапирования, связанного с белками hUpf в нонсенс-опосредованном распаде» . Мол. Клетка. Биол . 22 (23): 8114–21. DOI : 10.1128 / MCB.22.23.8114-8121.2002 . PMC 134073 . PMID 12417715 .
Strausberg RL, Feingold EA, Grouse LH, et al. (2003). «Создание и первоначальный анализ более 15 000 полноразмерных последовательностей кДНК человека и мыши» . Proc. Natl. Акад. Sci. США . 99 (26): 16899–903. DOI : 10.1073 / pnas.242603899 . PMC 139241 . PMID 12477932 .
Чиу С.Ю., Серин Г., Охара О, Макват Л.Е. (2003). «Характеристика человеческого Smg5 / 7a: белок, сходный с Caenorhabditis elegans SMG5 и SMG7, который функционирует в дефосфорилировании Upf1» . РНК . 9 (1): 77–87. DOI : 10,1261 / rna.2137903 . PMC 1370372 . PMID 12554878 .
Шелл Т., Кохер Т., Вильм М. и др. (2003). «Комплексы между опосредованным нонсенсом фактором пути распада мРНК человека upf1 (белок сдвига рамки 1 вверх) и основными факторами распада мРНК, опосредованным нонсенсом, в клетках HeLa» . Biochem. Дж . 373 (Pt 3): 775–83. DOI : 10.1042 / BJ20021920 . PMC 1223536 . PMID 12723973 .

Эта статья о гене в хромосоме 19 человека - незавершенная . Вы можете помочь Википедии, расширив ее .

[refGRCh38Ensembl-1] GRCh38: Ensembl, выпуск 89: ENSG00000005007 - Ensembl , май 2017 г.

[refGRCm38Ensembl-2] GRCm38: выпуск Ensembl 89: ENSMUSG00000058301 - Ensembl , май 2017 г.

[3] "Human PubMed Reference:" . Национальный центр биотехнологической информации, Национальная медицинская библиотека США .

[4] «Ссылка на Mouse PubMed:» . Национальный центр биотехнологической информации, Национальная медицинская библиотека США .

[pmid8855285-5] Perlick HA, Medghalchi С.М., Спенсер Ф., Kendzior RJ - младший, Dietz HC (ноябрь 1996). «Ортологи млекопитающих дрожжевого регулятора стабильности нонсенс-транскрипта» . Proc Natl Acad Sci USA . 93 (20): 10928–32. DOI : 10.1073 / pnas.93.20.10928 . PMC 38260 . PMID 8855285 .

[pmid9064659-6] Applequist SE, Selg M, комбинационный C, Джек HM (март 1997). «Клонирование и характеристика HUPF1, человеческого гомолога нонсенс-уменьшающего мРНК белка UPF1 Saccharomyces cerevisiae» . Nucleic Acids Res . 25 (4): 814–21. DOI : 10.1093 / NAR / 25.4.814 . PMC 146496 . PMID 9064659 .

[7] Сингх А.К., Чоудхури С.Р., Де С, Чжан Дж., Киссан С., Двиведи В. и др. (Март 2019 г.). Певица RH, Мэнли JL (ред.). «РНК-геликаза UPF1 ассоциируется с мРНК котранскрипционно и требуется для высвобождения мРНК из локусов генов» . eLife . 8 : e41444. DOI : 10.7554 / eLife.41444 . PMID 30907728 .

[entrez-8] «Entrez Gene: UPF1 UPF1 регулятор гомолога бессмысленных транскриптов (дрожжи)» .

[pmid12417715-9] а б Ликке-Андерсен Дж (2002). «Идентификация человеческого комплекса декапирования, связанного с белками hUpf в нонсенс-опосредованном распаде» . Мол. Клетка. Биол . 22 (23): 8114–21. DOI : 10.1128 / MCB.22.23.8114-8121.2002 . PMC 134073 . PMID 12417715 .

[pmid14527413-10] Lejeune F, Li X, Maquat LE (2003). «Нонсенс-опосредованный распад мРНК в клетках млекопитающих включает декапирование, деаденилирование и экзонуклеолитическую активность». Мол. Cell . 12 (3): 675–87. DOI : 10.1016 / S1097-2765 (03) 00349-6 . PMID 14527413 .

[pmid11544179-11] Ямасита А., Охниши Т., Кашима I, Тая Ю., Оно С (2001). «Человеческий SMG-1, новая протеинкиназа, связанная с фосфатидилинозитол-3-киназой, ассоциируется с компонентами комплекса наблюдения за мРНК и участвует в регуляции нонсенс-опосредованного распада мРНК» . Genes Dev . 15 (17): 2215–28. DOI : 10,1101 / gad.913001 . PMC 312771 . PMID 11544179 .

[pmid12723973-12] Schell T, Köcher T, Wilm M, Seraphin B, Kulozik AE, Hentze MW (2003). «Комплексы между опосредованным нонсенсом фактором пути распада мРНК человека upf1 (белок сдвига рамки 1 вверх) и основными факторами распада мРНК, опосредованным нонсенсом, в клетках HeLa» . Биохим. Дж . 373 (Pt 3): 775–83. DOI : 10.1042 / BJ20021920 . PMC 1223536 . PMID 12723973 .

[pmid11073994-13] Mendell JT, Medghalchi SM, Lake RG, Noensie EN, Dietz HC (2000). «Новые ортологи Upf2p предполагают функциональную связь между инициацией трансляции и бессмысленными комплексами наблюдения» . Мол. Клетка. Биол . 20 (23): 8944–57. DOI : 10.1128 / MCB.20.23.8944-8957.2000 . PMC 86549 . PMID 11073994 .

[pmid11163187-14] Lykke-Andersen J, Shu MD, Steitz JA (2000). «Человеческие белки Upf нацелены на мРНК для нонсенс-опосредованного распада, когда они связаны ниже по потоку от кодона терминации». Cell . 103 (7): 1121–31. DOI : 10.1016 / S0092-8674 (00) 00214-2 . PMID 11163187 . S2CID 18417600 .

[1]