В молекулярной биологии белковый домен VHS имеет длину примерно 140 остатков . Его название происходит от аббревиатуры V PS-27, H rs и S TAM. Это домен, обычно обнаруживаемый на N-конце многих белков. [1]
VHS | ||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|
Идентификаторы | ||||||||
Символ | VHS | |||||||
Pfam | PF00790 | |||||||
Клан пфам | CL0009 | |||||||
ИнтерПро | IPR002014 | |||||||
УМНАЯ | VHS | |||||||
SCOP2 | 1elk / SCOPe / SUPFAM | |||||||
|
Функция
Считается, что домены VHS очень важны в везикулярном переносе, в частности, способствуют нацеливанию на мембрану и роли распознавания грузов. [1]
Состав
Разрешение кристаллической структуры домена VHS Drosophila Hrs и Tom1 человека показало, что он состоит из восьми спиралей, расположенных в виде двухслойной суперспирали. [2] Существование консервативных участков остатков на поверхности домена предполагает, что домены VHS могут участвовать в распознавании и стыковке белок-белок . В целом, сходство последовательностей среди членов семейства доменов низкое (около 25%).
Классификация
По областям, окружающим домен, VHS-белки можно разделить на 4 группы: [1]
- STAM / EAST / Hbp, которые все имеют общую доменную композицию VHS-SH3-ITAM и несут один или два мотива, взаимодействующих с убиквитином
- Белки с доменом FYVE ( INTERPRO ), С-концом по отношению к VHS, которые также несут один или два мотива, взаимодействующих с убиквитином.
- Белки GGA с доменом состава VHS-GAT (GGA и Tom1) домен гомологии
- Домен VHS сам по себе или в комбинации с доменами, отличными от перечисленных выше. Домен VHS всегда находится на N-конце белков, что позволяет предположить, что такая топология важна для функционирования. Считается, что домен играет общую роль в нацеливании на мембрану / распознавании груза в везикулярном трафике. [3]
Рекомендации
- ^ a b c Лохи О, Пуссу А, Мао Y, Куиочо Ф, Лехто В.П. (2002). «Домен VHS - грузчик пузырьковых линий». FEBS Lett . 513 (1): 19–23. DOI : 10.1016 / s0014-5793 (01) 03287-2 . PMID 11911875 . S2CID 10894998 .
- ^ Мао Ю., Никитенко А., Дуан Х, Ллойд Т. Е., Ву М. Н., Беллен Х., Куиочо Ф. А. (февраль 2000 г.). «Кристаллическая структура тандемных доменов VHS и FYVE Hrs, белка, участвующего в мембранном переносе и передаче сигнала». Cell . 100 (4): 447–56. DOI : 10.1016 / S0092-8674 (00) 80680-7 . PMID 10693761 . S2CID 4979735 .
- ^ Мисра С., Бич Б.М., Херли Дж. Х. (сентябрь 2000 г.). «Структура домена VHS человека Tom1 (мишень myb 1): понимание взаимодействий с белками и мембранами». Биохимия . 39 (37): 11282–90. DOI : 10.1021 / bi0013546 . PMID 10985773 .