• ДНК - связывающая • нуклеотид связывания • связывания двухцепочечной ДНК теломерной • теломерной ДНК - связывающая • GO: 0008026 хеликазной активности • лиазы активность 5'-дезоксирибоза-5-фосфата • ГО: 0004003 ДНК хеликаз активность • гидролазы активность, действующий на ангидридах кислот • белок С-конец связывания • GO: связывание белка 0001948 • гидролазы активность • АТФ связывания • убиквитин лигазы белка связывания • двухцепочечной ДНК связывания • повреждения связывания ДНК • РНК связывания • Активность активатора фермента GO: 0010577 • Связывание макромолекулярного комплекса GO: 0032403 • Связывание концов ДНК
Сотовый компонент
• цитоплазма • цитозоль • комплекс крышки ядерных теломер • мембрана • клеточная мембрана • нуклеоплазма • хромосома • ядрышко • негомологичный комплекс соединения концов • ядерная хромосома, теломерная область • ядро клетки • внеклеточная область • просвет секреторной гранулы • комплекс белок-ДНК • Ku70: Ku80 комплекс • макромолекулярный комплекс • место повреждения ДНК • рибонуклеопротеин
Биологический процесс
• рекомбинация ДНК • регуляция транскрипции по шаблону ДНК • регуляция пролиферации гладкомышечных клеток • транскрипция по шаблону ДНК • клеточный ответ на стимул повреждения ДНК • позитивная регуляция нейрогенеза • дифференцировка гемопоэтических стволовых клеток • восстановление двухцепочечных разрывов • негативная регуляция образования t-круга • установление интегрированного латентного периода провируса • клеточная пролиферация • негативная регуляция транскрипции, ДНК-шаблон • позитивная регуляция выработки интерферона I типа • реакция на лекарство • гиперосмотическая реакция на соленость клеток • восстановление ДНК • раскручивание дуплекса ДНК • развитие мозга • клеточный ответ на жирную кислоту • восстановление двухцепочечного разрыва посредством негомологичного соединения концов • дегрануляция нейтрофилов • клеточный ответ на гамма-излучение • клеточный ответ на рентгеновское излучение • поддержание теломер • регуляция поддержания теломер • положительная регуляция поддержания теломер через теломеразу • GO: 0048554 положительное регулирование каталитической активности • положительная регуляция активности протеинкиназы • положительная регуляция активности теломеразы • локализация белка в хромосоме, теломерной области • клеточный ответ на фактор ингибирования лейкемии • активация врожденного иммунного ответа • процесс иммунной системы • врожденная иммунная система
Источники: Amigo / QuickGO
Ортологи
Разновидность
Человек
Мышь
Entrez
7520
22596
Ансамбль
ENSG00000079246
ENSMUSG00000026187
UniProt
P13010
P27641
RefSeq (мРНК)
NM_021141
NM_009533 NM_001357519 NM_001357520
RefSeq (белок)
NP_066964
NP_033559 NP_001344448 NP_001344449
Расположение (UCSC)
Chr 2: 216.11 - 216.21 Мб
Chr 1: 72.31 - 72.39 Мб
PubMed поиск
[3]
[4]
Викиданные
Просмотр / редактирование человека
Просмотр / редактирование мыши
Ku80 является белком , который, в организме человека, кодируется XRCC5 геном . [5] Вместе Ku70 и Ku80 составляют гетеродимер Ku , который связывается с ДНК двухцепочечного перерыва концы и необходимо для не-гомологичного конечного присоединения (NHEJ) пути в репарации ДНК . Это также необходимо для рекомбинации V (D) J , которая использует путь NHEJ для обеспечения разнообразия антигенов в иммунной системе млекопитающих .
Помимо своей роли в NHEJ, Ku необходим для поддержания длины теломер и подавления субтеломерного гена. [6]
Первоначально Ku был идентифицирован, когда у пациентов с системной красной волчанкой были обнаружены высокие уровни аутоантител к белку. [7]
СОДЕРЖАНИЕ
1 Номенклатура
2 Эпигенетическая репрессия
3 Старение
4 Клиническое значение
4.1 Дефицит рака
5 взаимодействий
6 Ссылки
7 Дальнейшее чтение
8 Внешние ссылки
Номенклатура [ править ]
Ku80 упоминается под несколькими именами, включая:
Аутоантигенный белок р80 волчанки Ku
АТФ-зависимая ДНК-геликаза 2 субъединица 2
Восстановление с помощью рентгеновских лучей в дополнение к восстановлению дефектов в клетках китайского хомячка 5
Рентгеноремонтный кросс-комплемент 5 (XRCC5)
Эпигенетическая репрессия [ править ]
Уровень экспрессии белка Ku80 может быть подавлен эпигенетическим гиперметилированием промоторной области гена XRCC5, кодирующего Ku80. [8] В исследовании 87 совпадающих пар первичных опухолей немелкоклеточной карциномы легкого и близлежащей нормальной ткани легкого, 25% опухолей имели потерю гетерозиготности в локусе XRCC5, и аналогичный процент опухолей имел гиперметилирование промоторная область XRCC5 . Низкая экспрессия белка Ku80 была в значительной степени связана с низкой экспрессией мРНК и гиперметилированием промотора XRCC5, но не с LOH гена. [8]
Старение [ править ]
Мутанты мышей с гомозиготными дефектами Ku80 обнаруживают раннее начало старения . [9] [10] У мышей Ku80 (- / -) наблюдалась патология, связанная со старением (остеопения, атрофическая кожа, гепатоцеллюлярная дегенерация, гепатоцеллюлярные включения, очаги гиперпластичности печени и возрастная смертность). Кроме того, мыши Ku80 (- / -) демонстрируют сильно уменьшенную продолжительность жизни и размер. Потеря только одного аллеля Ku80 у Ku (- / +) гетерозиготных мышей вызывает ускоренное старение скелетных мышц, хотя постнатальный рост является нормальным. [11] Анализ уровня белка Ku80 у человека, коровы и мыши показал, что уровни Ku80 сильно различаются между видами, и что эти уровни сильно коррелируют с продолжительностью жизни видов . [12] Эти результаты предполагают, что NHEJ-путь репарации ДНК, опосредованный Ku80, играет значительную роль в репарации двухцепочечных разрывов, которые в противном случае вызывали бы раннее старение (см. Теорию старения повреждений ДНК ).
Клиническое значение [ править ]
Редкий микросателлитный полиморфизм в этом гене связан с раком у пациентов с различной радиочувствительностью . [5]
Дефицит рака [ править ]
Дефицит экспрессии гена репарации ДНК увеличивает риск рака (см. Недостаточная репарация ДНК при канцерогенезе ). Было обнаружено, что экспрессия белка Ku80 недостаточна при меланоме. [13] Кроме того, низкая экспрессия Ku80 была обнаружена в 15% случаев аденокарциномы и 32% плоскоклеточного немелкоклеточного рака легких , и это коррелировало с гиперметилированием промотора XRCC5 . [8]
Ku80, по-видимому, является одним из 26 различных белков репарации ДНК, которые эпигенетически подавляются при различных формах рака (см. Эпигенетика рака ).
^ a b c GRCh38: Ensembl, выпуск 89: ENSG00000079246 - Ensembl , май 2017 г.
^ a b c GRCm38: выпуск Ensembl 89: ENSMUSG00000026187 - Ensembl , май 2017 г.
^ "Human PubMed Reference:" . Национальный центр биотехнологической информации, Национальная медицинская библиотека США .
^ «Ссылка на Mouse PubMed:» . Национальный центр биотехнологической информации, Национальная медицинская библиотека США .
^ а б «Ген Entrez: XRCC5 рентгеновская репарация, дополняющая дефектную репарацию в клетках китайского хомячка 5 (повторное соединение двухцепочечного разрыва; Ku аутоантиген, 80 кДа)» .
^ Бултон SJ, Джексон SP (март 1998). «Компоненты Ku-зависимого негомологичного пути соединения концов участвуют в поддержании длины теломера и сайленсинге теломеров» . EMBO J . 17 (6): 1819–28. DOI : 10.1093 / emboj / 17.6.1819 , PMC 1170529 . PMID 9501103 .
^ "Ген Entrez: XRCC6 рентгеновское восстановление, дополняющее дефектное восстановление в клетках китайского хомячка 6 (аутоантиген Ku, 70 кДа)" .
^ a b c Ли MN, Tseng RC, Hsu HS, Chen JY, Tzao C, Ho WL, Wang YC (2007). «Эпигенетическая инактивация генов контроля хромосомной стабильности BRCA1, BRCA2 и XRCC5 при немелкоклеточном раке легкого» . Clin. Cancer Res . 13 (3): 832–8. DOI : 10.1158 / 1078-0432.CCR-05-2694 . PMID 17289874 .
^ Vogel Н, Лим Д. С., Karsenty G, Файнгольд М, Р Хасти (1999). «Делеция Ku86 вызывает раннее начало старения у мышей» . Proc. Natl. Акад. Sci. США . 96 (19): 10770–5. DOI : 10.1073 / pnas.96.19.10770 . PMC 17958 . PMID 10485901 .
^ Рейлинг Э., Долле М.Э., Юсеф С.А., Ли М., Нагараджа Б., Рудберген М., де С П, де Брюин А., Хоймейкерс Дж. Х., Видж Дж, ван Стиг Х, Хэсти П. (2014). «Прогероидный фенотип дефицита Ku80 преобладает над дефицитом ДНК-PKCS» . PLOS ONE . 9 (4): e93568. DOI : 10.1371 / journal.pone.0093568 . PMC 3989187 . PMID 24740260 .
^ Didier Н, Hourdé С, Amthor Н, Марацци G, Сассун D (2012). «Потеря единственного аллеля Ku80 приводит к дисфункции предшественников и ускоренному старению скелетных мышц» . EMBO Mol Med . 4 (9): 910–23. DOI : 10.1002 / emmm.201101075 . PMC 3491824 . PMID 22915554 .
^ Лорензини A, Джонсон FB, Оливер A, Трезини M, Smith JS, Hdeib M, Sell C, Cristofalo VJ, Stamato TD (2009). «Значительная корреляция долголетия видов с распознаванием двухцепочечных разрывов ДНК, но не с длиной теломер» . Мех. Aging Dev . 130 (11–12): 784–92. DOI : 10.1016 / j.mad.2009.10.004 . PMC 2799038 . PMID 19896964 .
^ Korabiowska МЫ, Tscherny М, Stachura J, Бергер Н, Кордон-Кардо С, U Бринк (2002). «Дифференциальная экспрессия ДНК негомологичных белков Ku70 и Ku80 при прогрессировании меланомы» . Мод. Патол . 15 (4): 426–33. DOI : 10.1038 / modpathol.3880542 . PMID 11950917 .
^ a b Гелл Д., Джексон SP (сентябрь 1999 г.). «Картирование белок-белковых взаимодействий внутри ДНК-зависимого протеинкиназного комплекса» . Nucleic Acids Res . 27 (17): 3494–502. DOI : 10.1093 / NAR / 27.17.3494 . PMC 148593 . PMID 10446239 .
↑ Джин С., Харбанда С., Майер Б., Куфе Д., Уивер Д. Т. (октябрь 1997 г.). «Связывание Ku и c-Abl в области гомологии киназы каталитической субъединицы ДНК-зависимой протеинкиназы» . J. Biol. Chem . 272 (40): 24763–6. DOI : 10.1074 / jbc.272.40.24763 . PMID 9312071 .
^ a b c Matheos D, Ruiz MT, Price GB, Zannis-Hadjopoulos M (октябрь 2002 г.). «Ku-антиген, ориджин-специфический связывающий белок, который связывается с белками репликации, необходим для репликации ДНК млекопитающих». Биохим. Биофиз. Acta . 1578 (1–3): 59–72. DOI : 10.1016 / s0167-4781 (02) 00497-9 . PMID 12393188 .
^ a b Барлев Н.А., Полторацкий В., Оуэн-Хьюз Т., Инь С., Лю Л., Уоркман Дж. Л., Бергер С.Л. (март 1998 г.). «Подавление активности гистонацетилтрансферазы GCN5 посредством связывания бромодомена и фосфорилирования Ku-ДНК-зависимым протеинкиназным комплексом» . Мол. Клетка. Биол . 18 (3): 1349–58. DOI : 10.1128 / mcb.18.3.1349 . PMC 108848 . PMID 9488450 .
^ Ян CR, Yeh S, Лесков K, Odegaard E, Hsu HL, Chang C, Кинселла TJ, Chen DJ, Бутман DA (май 1999). «Выделение Ku70-связывающих белков (KUBs)» . Nucleic Acids Res . 27 (10): 2165–74. DOI : 10.1093 / NAR / 27.10.2165 . PMC 148436 . PMID 10219089 .
↑ Song K, Jung D, Jung Y, Lee SG, Lee I (сентябрь 2000 г.). «Взаимодействие Ku70 человека с TRF2» . FEBS Lett . 481 (1): 81–5. DOI : 10.1016 / s0014-5793 (00) 01958-X . PMID 10984620 . S2CID 22753893 .
↑ Ko L, Cardona GR, Chin WW (май 2000 г.). «Белок, связывающий рецептор тироидного гормона, белок, содержащий мотив LXXLL, функционирует как общий коактиватор» . Proc. Natl. Акад. Sci. США . 97 (11): 6212–7. DOI : 10.1073 / pnas.97.11.6212 . PMC 18584 . PMID 10823961 .
Перейти ↑ Ko L, Chin WW (март 2003 г.). «Коактиватор ядерного рецептора, рецептор-связывающий белок тироидного гормона (TRBP) взаимодействует с ассоциированной с ним ДНК-зависимой протеинкиназой и стимулирует его» . J. Biol. Chem . 278 (13): 11471–9. DOI : 10.1074 / jbc.M209723200 . PMID 12519782 .
^ Охты S, Shiomi Y, Сугимото К, С Obuse, Tsurimoto T (октябрь 2002 г.). «Протеомический подход к идентификации белков, связывающих ядерный антиген пролиферирующих клеток (PCNA), в лизатах клеток человека. Идентификация человеческого комплекса CHL12 / RFCs2-5 как нового белка, связывающего PCNA» . J. Biol. Chem . 277 (43): 40362–7. DOI : 10.1074 / jbc.M206194200 . PMID 12171929 .
^ Balajee AS, Geard CR (март 2001). «Образование связанного с хроматином комплекса PCNA, вызванное повреждением ДНК, происходит независимо от продукта гена ATM в клетках человека» . Nucleic Acids Res . 29 (6): 1341–51. DOI : 10.1093 / NAR / 29.6.1341 . PMC 29758 . PMID 11239001 .
^ Шильд-Полтер C, папа L, Гиффин W, Кочан JC, Ngsee JK, Трайков-Андонов M, Hache RJ (май 2001). «Связывание Ku-антигена с гомеодоменными белками способствует их фосфорилированию ДНК-зависимой протеинкиназой» . J. Biol. Chem . 276 (20): 16848–56. DOI : 10.1074 / jbc.M100768200 . PMID 11279128 .
Перейти ↑ O'Connor MS, Safari A, Liu D, Qin J, Songyang Z (июль 2004 г.). «Белковый комплекс человека Rap1 и модуляция длины теломер» . J. Biol. Chem . 279 (27): 28585–91. DOI : 10.1074 / jbc.M312913200 . PMID 15100233 .
^ Chai W, Ford LP, Lenertz L, Райт WE, Shay JW (декабрь 2002). «Человеческий Ku70 / 80 физически связывается с теломеразой через взаимодействие с hTERT» . J. Biol. Chem . 277 (49): 47242–7. DOI : 10.1074 / jbc.M208542200 . PMID 12377759 .
^ Адам л, Bandyopadhyay D, Кумар R (январь 2000 г.). «Передача сигналов интерферона-альфа способствует перераспределению p95Vav из ядра в цитоплазму и образованию мультисубъединичного комплекса, включающего Vav, Ku80 и Tyk2». Биохим. Биофиз. Res. Commun . 267 (3): 692–6. DOI : 10.1006 / bbrc.1999.1978 . PMID 10673353 .
^ Кармакар P, Сноуден CM, Рамсден Д.А., Бор В.А. (август 2002). «Гетеродимер Ku связывается с обоими концами белка Вернера, и функциональное взаимодействие происходит на N-конце Вернера» . Nucleic Acids Res . 30 (16): 3583–91. DOI : 10.1093 / NAR / gkf482 . PMC 134248 . PMID 12177300 .
^ Li B, Comai L (сентябрь 2000). «Функциональное взаимодействие между Ku и белком синдрома Вернера в процессинге конца ДНК» . J. Biol. Chem . 275 (37): 28349–52. DOI : 10,1074 / jbc.C000289200 . PMID 10880505 .
Дальнейшее чтение [ править ]
Койке М (2003). «Димеризация, транслокация и локализация белков Ku70 и Ku80» . J. Radiat. Res . 43 (3): 223–36. DOI : 10,1269 / jrr.43.223 . PMID 12518983 .
Chen DJ, Park MS, Кэмпбелл E, Oshimura M, Liu P, Zhao Y, White BF, Siciliano MJ (1992). «Присвоение гена репарации двухцепочечных разрывов ДНК человека (XRCC5) хромосоме 2». Геномика . 13 (4): 1088–94. DOI : 10.1016 / 0888-7543 (92) 90023-L . PMID 1505945 .
Ведриховски А., Хензель В., Хьюстон Л., Паслидис Н., Эллерсон Д., Макрей М., Сеонг Д., Ховард О. М., Дейссерот А. (1992). «Идентификация белков, связывающихся с интерферон-индуцируемыми энхансерами транскрипции в гемопоэтических клетках». J. Biol. Chem . 267 (7): 4533–40. PMID 1537839 .
Jeggo PA, Hafezparast M, Thompson AF, Broughton BC, Kaur GP, Zdzienicka MZ, Athwal RS (1992). «Локализация гена репарации ДНК (XRCC5), участвующего в повторном соединении двухцепочечного разрыва с хромосомой 2 человека» . Proc. Natl. Акад. Sci. США . 89 (14): 6423–7. DOI : 10.1073 / pnas.89.14.6423 . PMC 49513 . PMID 1631138 .
Knuth MW, Gunderson SI, Thompson NE, Strasheim LA, Burgess RR (1990). «Очистка и характеристика белка 1, связывающего элемент проксимальной последовательности, белка, активирующего транскрипцию, родственного Ku и TREF, который связывает элемент проксимальной последовательности промотора U1 человека». J. Biol. Chem . 265 (29): 17911–20. PMID 2211668 .
Stuiver MH, Coenjaerts FE, van der Vliet PC (1990). «Аутоантиген Ku неотличим от NF IV, белка, образующего мультимерные комплексы белок-ДНК» . J. Exp. Med . 172 (4): 1049–54. DOI : 10,1084 / jem.172.4.1049 . PMC 2188621 . PMID 2212941 .
Мимори Т., Охосон И., Хама Н., Сува А., Акизуки М., Хомма М., Гриффит А. Дж., Хардин Дж. А. (1990). «Выделение и характеристика кДНК, кодирующей белок субъединицы 80 кДа человеческого аутоантигена Ku (p70 / p80), распознаваемый аутоантителами от пациентов с синдромом перекрытия склеродермии-полимиозита» . Proc. Natl. Акад. Sci. США . 87 (5): 1777–81. DOI : 10.1073 / pnas.87.5.1777 . PMC 53566 . PMID 2308937 .
Янева М., Вэнь Дж, Аяла А, Кук Р. (1989). «Аминокислотная последовательность, полученная из кДНК 86-кДа субъединицы Ku-антигена». J. Biol. Chem . 264 (23): 13407–11. PMID 2760028 .
Genersch E, Eckerskorn C, Lottspeich F, Herzog C, Kühn K, Pöschl E (1995). «Очистка последовательности-специфичного фактора транскрипции CTCBF, участвующего в контроле генов человеческого коллагена IV: субъединицы с гомологией с антигеном Ku» . EMBO J . 14 (4): 791–800. DOI : 10.1002 / j.1460-2075.1995.tb07057.x . PMC 398145 . PMID 7882982 .
Тутея Н., Тутежа Р., Очем А., Танежа П., Хуанг Н. В., Симонситс А., Сусич С., Рахман К., Марусич Л., Чен Дж. (1994). «ДНК-геликаза II человека: новый фермент, раскручивающий ДНК, идентифицированный как аутоантиген Ku» . EMBO J . 13 (20): 4991–5001. DOI : 10.1002 / j.1460-2075.1994.tb06826.x . PMC 395441 . PMID 7957065 .
Le Romancer M, Reyl-Desmars F, Cherifi Y, Pigeon C, Bottari S, Meyer O, Lewin MJ (1994). «Субъединица 86 кДа аутоантигена Ku представляет собой рецептор соматостатина, регулирующий активность протеинфосфатазы-2A». J. Biol. Chem . 269 (26): 17464–8. PMID 8021251 .
Цао К.П., Питт С., Лешик Дж., Барил Э.Ф. (1994). «ДНК-зависимая АТФаза из клеток HeLa родственна аутоантигену Ku человека». Биохимия . 33 (28): 8548–57. DOI : 10.1021 / bi00194a021 . PMID 8031790 .
Taccioli GE, Gottlieb TM, Blunt T, Priestley A, Demengeot J, Mizuta R, Lehmann AR, Alt FW, Jackson SP, Jeggo PA (1994). «Ku80: продукт гена XRCC5 и его роль в репарации ДНК и рекомбинации V (D) J». Наука . 265 (5177): 1442–5. DOI : 10.1126 / science.8073286 . PMID 8073286 .
Чен DJ, Маррон Б.Л., Нгуен Т., Стакхаус М., Чжао Ю., Сицилиано М.Дж. (1994). «Региональное отнесение гена репарации ДНК человека (XRCC5) к 2q35 с помощью рентгеновского гибридного картирования». Геномика . 21 (2): 423–7. DOI : 10.1006 / geno.1994.1287 . PMID 8088837 .
Маруяма К., Сугано С. (1994). «Олиго-кэппинг: простой метод замены кэп-структуры эукариотических мРНК олигорибонуклеотидами». Джин . 138 (1–2): 171–4. DOI : 10.1016 / 0378-1119 (94) 90802-8 . PMID 8125298 .
Качмарский В., Хан С.А. (1993). «Ku-белок аутоантигена волчанки связывает TAR-РНК ВИЧ-1 in vitro». Биохим. Биофиз. Res. Commun . 196 (2): 935–42. DOI : 10.1006 / bbrc.1993.2339 . PMID 8240370 .
Блант Т., Такчиоли Г.Е., Пристли А., Хафезпараст М., Макмиллан Т., Лю Дж., Коул С.К., Уайт Дж., Альт Ф.В., Джексон С.П. (1996). «Контиг YAC, включающий ген репарации ДНК XRCC5 (Ku80) и комплементацию дефектных клеток слиянием протопластов YAC». Геномика . 30 (2): 320–8. DOI : 10.1006 / geno.1995.9871 . PMID 8586433 .
Уорриар Н., Пейдж Н., Говиндан М.В. (1996). «Экспрессия гена рецептора глюкокортикоидов человека и взаимодействие ядерных белков с элементом контроля транскрипции» . J. Biol. Chem . 271 (31): 18662–71. DOI : 10.1074 / jbc.271.31.18662 . PMID 8702520 .
Мён К., Хе DM, Ли SE, Хендриксон EA (1997). «KARP-1: новый белок лейциновой молнии, экспрессируемый из аутоантигенного локуса Ku86, участвует в контроле активности ДНК-зависимой протеинкиназы» . EMBO J . 16 (11): 3172–84. DOI : 10.1093 / emboj / 16.11.3172 . PMC 1169935 . PMID 9214634 .
Джин С., Харбанда С., Майер Б., Куфе Д., Уивер Д. Т. (1997). «Связывание Ku и c-Abl в области гомологии киназы каталитической субъединицы ДНК-зависимой протеинкиназы» . J. Biol. Chem . 272 (40): 24763–6. DOI : 10.1074 / jbc.272.40.24763 . PMID 9312071 .
Внешние ссылки [ править ]
PDBe-KB предоставляет обзор всей структурной информации, доступной в PDB для перекрестно комплементарного белка репарации рентгеновскими лучами человека 5
vтеPDB галерея
1jeq : Кристаллическая структура гетеродимера Ku
1jey : Кристаллическая структура гетеродимера Ku, связанного с ДНК
1q2z : 3D-структура решения C-концевой области Ku86