Из Википедии, бесплатной энциклопедии
  (Перенаправлено с хромосомы 2 (человека) )
Перейти к навигации Перейти к поиску

Слияние предковых хромосом оставило отличительные остатки теломер и рудиментарную центромеру

Хромосома 2 является одним из двадцати трех пар хромосом в организме человека . У людей обычно есть две копии этой хромосомы. Хромосома 2 - вторая по величине хромосома человека, охватывающая более 242 миллионов пар оснований [5] и представляющая почти восемь процентов всей ДНК в клетках человека .

Хромосома 2 содержит кластер генов гомеобокса HOXD . [6]

Эволюция [ править ]

У людей есть только двадцать три пары хромосом, в то время как у всех остальных современных представителей Hominidae есть двадцать четыре пары. [7] (Считается, что у неандертальцев и денисовцев было двадцать три пары.) [7] Человеческая хромосома 2 является результатом полного слияния двух наследственных хромосом. [8] [9] [10]

Доказательства этого включают:

  • Соответствие хромосомы 2 двум хромосомам обезьяны. У ближайшего родственника человека , шимпанзе , последовательности ДНК почти идентичны хромосоме 2 человека, но они находятся в двух отдельных хромосомах. То же самое и с более далекими гориллами и орангутангами . [11] [12]
  • Наличие рудиментарной центромеры . Обычно хромосома имеет только одну центромеру, но в хромосоме 2 есть остатки второй центромеры в области q21.3 – q22.1. [13]
  • Наличие рудиментарных теломер . Обычно они находятся только на концах хромосомы, но в хромосоме 2 есть дополнительные теломерные последовательности в полосе q13, далеко от любого конца хромосомы. [14]

Мы заключаем, что локус, клонированный в космидах c8.1 и c29B, является реликтом древнего слияния теломер-теломер и отмечает точку, в которой слились две предковые хромосомы обезьян, давая начало хромосоме 2 человека.

-  Джейкоб В. Ийдо [14]

Гены [ править ]

Количество генов [ править ]

Ниже приведены некоторые из оценок количества генов человеческой хромосомы 2. Поскольку исследователи используют различные подходы к геном аннотации их предсказания о количестве генов на каждую хромосоме варьироваться. Среди различных проектов совместный проект согласованной последовательности кодирования ( CCDS ) использует чрезвычайно консервативную стратегию. Таким образом, прогноз числа генов CCDS представляет собой нижнюю границу общего числа генов, кодирующих человеческие белки. [15]

Список генов [ править ]

Ниже приведен неполный список генов хромосомы 2 человека. Полный список см. По ссылке в информационном поле справа.

p-arm [ править ]

Неполный список генов, расположенных на p-плече (коротком плече) хромосомы 2 человека:

  • ACTR2 : кодирующий белок, связанный с актином белок 2
  • ADI1 : кодирующий фермент 1,2-дигидрокси-3-кето-5-метилтиопентендиоксигеназу
  • AFF3 : кодирующий белок AF4 / FMR2 член 3 семейства
  • AFTPH : кодирующий белок афтифилин
  • ALMS1
  • ABCG5 и ABCG8 : АТФ-связывающая кассета, подсемейство A, члены 5 и 8
  • SLC35F6 : кодирующий белок Трансмембранный белок SLC35F6
  • ATRAID : кодирующий белок белок 3, связанный с апоптозом
  • CAPG : блокирующий действующий белок
  • CCDC142 : Coiled-Coil Domain, содержащий 142
  • CTLA4 : цитотоксический антиген Т-лимфоцитов 4
  • DHX57 : DExH-бокс-геликаза 57
  • DPYSL5 : дигидропиримидиназа, подобная 5
  • ERLEC1 : лектин 1 эндоплазматического ретикулума
  • EVA1A : кодирующий белок гомолог A Eva-1 (C. elegans)
  • FAM49A : семейство со сходством последовательностей 49 член A
  • FAM98A : Семейство со сходством последовательностей 98, член A
  • FAM136A : Семейство со сходством последовательностей 136, член A
  • FBXO11 : белок F-бокса 11
  • GEN1, кодирующий белок GEN1, эндонуклеазу 5 'лоскута Холлидея
  • GFPT1 : глутамин — фруктозо-6-фосфаттрансаминаза 1
  • GKN1 : гастрокин 1
  • GPATCH11 : домен G-patch, содержащий белок 11
  • GTF2A1L : субъединица 1 общего фактора транскрипции IIA, подобная
  • HADHA : гидроксиацил-кофермент A дегидрогеназа / 3-кетоацил-кофермент A тиолаза / еноил-кофермент A гидратаза (трифункциональный белок), альфа-субъединица
  • HADHB : гидроксиацил-кофермент А дегидрогеназа / 3-кетоацил-кофермент А тиолаза / еноил-кофермент А гидратаза (трифункциональный белок), бета-субъединица
  • HSPC159 : белок, связанный с галектином
  • LEPQTL1 : лептин, сывороточные уровни
  • MEMO1 : медиатор подвижности клеток 1
  • MPHOSPH10 : фосфопротеин М-фазы 10
  • MSH2 : гомолог mutS 2, рак толстой кишки, неполипоз типа 1 ( E. coli )
  • MSH6 : гомолог 6 mutS ( E. coli )
  • MTHFD2 : бифункциональная метилентетрагидрофолатдегидрогеназа / циклогидролаза, митохондриальная
  • MTIF2 : фактор инициации трансляции митохондрий 2
  • NRBP1 : ядерный рецептор-связывающий белок 1
  • ODC1 : орнитиндекарбоксилаза
  • OTOF : otoferlin
  • PARK3, кодирующий белок болезни Паркинсона 3 (аутосомно-доминантный, тельца Леви)
  • PCYOX1 : пренилцистеиноксидаза 1
  • PELI1 : убиквитинлигаза
  • PLGLB2 : родственный плазминогену белок B
  • POLR1A : ДНК-направленная субъединица РНК-полимеразы I RPA1
  • PREPL : подобный пролилэндопептидазе
  • PXDN : гомолог пероксидасина
  • QPCT : глутамилпептид циклотрансфераза
  • RETSAT : полностью транс-ретинол 13,14-редуктаза
  • SH3YL1 : домен, содержащий SH3 и SYLF 1
  • TGOLN2 : интегральный мембранный белок 2 сети Транс-Гольджи
  • THADA : кодирующий белок, связанный с аденомой щитовидной железы.
  • TIA1 : TIA1 цитотоксический связывающий гранулы РНК-связывающий белок
  • TMEM150 : трансмембранный белок 150A
  • TP53I3 : Предполагаемая оксидоредуктаза хинона.
  • ТПО : пероксидаза щитовидной железы
  • TTC7A : семейная множественная атрезия кишечника
  • WBP1 : WW домен-связывающий белок 1
  • WDR35 (IFT121: TULP4) : внутрижгутиковый транспорт 121
  • C2orf16 : неизвестный белок C2orf16

q-arm [ править ]

Неполный список генов, расположенных на q-плече (длинном плече) хромосомы 2 человека:

  • ABCA12 : АТФ-связывающая кассета, подсемейство A (ABC1), член 12
  • ACTR1B : кодирующий белок бета-центрактин
  • AGXT : аланин-глиоксилат аминотрансфераза (оксалоз I; гипероксалурия I; гликоликацидурия; серин-пируват аминотрансфераза)
  • БАС2 : боковой амиотрофический склероз 2 (ювенильный)
  • ALS2CR8 : кодирующий белок Боковой амиотрофический склероз 2 хромосомной области кандидат ген 8 белок, также известный как кальций-фактор ответа (CaRF)
  • ARMC9 : кодирующий белок, содержащий домен LisH, белок ARMC9.
  • B3GNT7 : кодирующий белок UDP-GlcNAc: betaGal бета-1,3-N-ацетилглюкозаминилтрансфераза 7
  • BMPR2 : рецептор костного морфогенетического белка, тип II (серин / треонинкиназа)
  • CCDC88A : белок 88A, содержащий домен спиральной спирали
  • CCDC93 : белок, содержащий домен спиральной спирали 93
  • CCDC138 : белок, содержащий домен спиральной спирали 138
  • CDCA7 : белок 1, связанный с циклом деления клетки
  • CHPF : хондроитинсульфатсинтаза 2
  • COL3A1 : коллаген, тип III, альфа 1 (синдром Элерса-Данлоса, тип IV, аутосомно-доминантный)
  • COL4A3 : коллаген, тип IV, альфа-3 (антиген Goodpasture)
  • COL4A4 : коллаген, тип IV, альфа 4
  • COL5A2 : коллаген, тип V, альфа 2
  • DIS3L2 : митотический контроль DIS3, подобный гомологу 2
  • ECEL1 : фермент, превращающий эндотелин, как 1
  • EPC2 : усилитель гомолога 2 polycomb
  • EPB41L5 : кодирующий белок Полоса белка мембраны эритроцита 4.1, подобная 5
  • ERICH2 : кодирующий белок, богатый глутаматом белок 2
  • FASTKD1 : белок 1, содержащий киназный домен FAST
  • IMP4 : малый ядрышковый рибонуклеопротеин U3
  • INPP1 : инозитолполифосфат-1-фосфатаза
  • INPP4A : инозитолполифосфат-4-фосфатаза типа A
  • ITM2C : интегральный мембранный белок 2C
  • KANSL3 : субъединица 3 регуляторного комплекса NSL KAT8
  • KIAA1211L : неохарактеризованный белок KIAA1211- Like
  • LANCL1 : LanC нравится 1
  • МОЛЛ : МАЛ-подобный белок
  • MGAT5 : маннозил (альфа-1,6 -) - гликопротеин бета-1,6-N-ацетил-глюкозаминилтрансфераза
  • NABP1 : белок, связывающий нуклеиновую кислоту 1
  • NEURL3 : кодирующий белок Neuralized E3 убиквитин, протеин-лигаза 3
  • NCL : нуклеолин
  • NR4A2 : подсемейство ядерных рецепторов 4, группа A, член 2
  • OLA1 : Obg-подобная АТФаза 1
  • PARD3B, кодирующий белок, дефектный по разделению 3 гомолога B
  • PAX3 : парный бокс-ген 3 (синдром Ваарденбурга 1)
  • PAX8 : парный бокс-ген 8
  • POLR1B : ДНК-направленная субъединица РНК-полимеразы I RPA2
  • PRR21 : белок, богатый пролином 21
  • PRSS56 : Предполагаемая сериновая протеаза 56
  • RIF1 : фактор регуляции времени репликации 1
  • RNU4ATAC : РНК, малое ядро U4atac (U12-зависимый сплайсинг)
  • RPL37A : кодирующий белок 60S рибосомный белок L37a
  • SATB2 : Homeobox 2
  • SDPR : сывороточный белок ответа депривации
  • СГОЛ2 : Шугошиноподобный 2
  • SH3BP4 : белок 4, связывающий домен SH3
  • SLC9A4 : семейство носителей растворенного вещества, 9 член A4
  • SLC40A1 : семейство носителей растворенных веществ 40 (транспортер с регулируемым железом), член 1
  • SMPD4 : сфингомиелин фосфодиэстераза 4
  • SP140 : кодирующий белок SP140 белок ядерного тела
  • SPATS2L : связанный со сперматогенезом, богатый серином 2-подобный белок
  • SSB : антиген B синдрома Шегрена
  • SSFA2 : антиген, специфичный для сперматозоидов 2
  • TBR1 : Т- образная коробка , мозг , 1
  • THAP4 : белок 4, содержащий домен THAP
  • TMBIM1 : белок 1, содержащий мотив трансмембранного ингибитора BAX.
  • TNRC15 : PERQ, богатый аминокислотами с белком 2, содержащим домен GYF
  • TSGA10, кодирующий белок, специфичный для семенников 10
  • ТТН : тайтин
  • UBXD2 : белок 4, содержащий домен UBX
  • UXS1 : декарбоксилаза 1 UDP-глюкуроновой кислоты
  • XIRP2 : белок 2, содержащий актин-связывающий повтор Xin
  • ZNF142 : белок цинкового пальца 142

Связанные расстройства и черты характера [ править ]

Следующие заболевания и признаки связаны с генами, расположенными на хромосоме 2:

  • 2p15-16.1 синдром микроделеции
  • Аутизм [22]
  • Синдром Альпорта
  • Синдром Альстрёма
  • Боковой амиотрофический склероз
  • Врожденный гипотиреоз
  • Криглер-Наджар типы I / II
  • Деменция с тельцами Леви
  • Синдром Элерса-Данлоса
  • Синдром Элерса – Данлоса, классический тип
  • Синдром Элерса – Данлоса, сосудистый тип
  • Прогрессирующая оссифицирующая фибродисплазия
  • Синдром Жильбера
  • Ихтиоз арлекинского типа
  • Гемохроматоз
  • Гемохроматоз 4 типа
  • Наследственный неполипозный колоректальный рак
  • Восходящий наследственный спастический паралич с младенческим началом
  • Юношеский первичный боковой склероз
  • Непереносимость лактозы
  • Дефицит длинноцепочечной 3-гидроксиацил-кофермента А-дегидрогеназы
  • Зрелый диабет у молодых 6-го типа
  • Дефицит митохондриального трифункционального белка
  • Несиндромная глухота
  • Первичная гипероксалурия
  • Первичная легочная гипертензия
  • Ситостеролемия (нокаут ABCG5 или ABCG8)
  • Синдром Сенсенбреннера
  • Синестезия
  • Синдром Ваарденбурга

Цитогенетическая полоса [ править ]

Идеограммы G-бэндинга хромосомы 2 человека
Шаблоны G-бэндов хромосомы 2 человека в трех различных разрешениях (400, [23], 550 [24] и 850 [4] ). Длина полосы на этой диаграмме основана на идеограммах из ISCN (2013). [25] Этот тип идеограммы представляет фактическую относительную длину полосы, наблюдаемую под микроскопом в различные моменты митотического процесса . [26]

Ссылки [ править ]

  1. ^ "Сборка генома человека GRCh38 - Консорциум ссылок на геном" . Национальный центр биотехнологической информации . 24 декабря 2013 . Проверено 4 марта 2017 года .
  2. ^ a b "Результаты поиска - 2 [CHR] И" Homo sapiens "[Организм] И (" имеет ccds "[Свойства] И живые [prop]) - Ген" . NCBI . CCDS Release 20 для Homo sapiens . 8 сентября 2016 . Дата обращения 28 мая 2017 .
  3. Том Страчан; Эндрю Рид (2 апреля 2010 г.). Молекулярная генетика человека . Наука о гирляндах. п. 45. ISBN 978-1-136-84407-2.
  4. ^ a b c Страница украшения генома, NCBI. Данные идеограммы для Homo sapience (850 bphs, сборка GRCh38.p3) . Последнее обновление 2014-06-03. Проверено 26 апреля 2017.
  5. ^ Хиллер ; и другие. (2005). «Генерация и аннотация последовательностей DNAD хромосом 2 и 4 человека» . Природа . 434 (7034): 724–31. Bibcode : 2005Natur.434..724H . DOI : 10,1038 / природа03466 . PMID 15815621 . 
  6. ^ Браузер генома Vega Homo sapiens: кластер HoxD на хромосоме 2
  7. ^ а б Мейер М., Кирчер М., Гансог М.Т., Ли Х., Расимо Ф., Маллик С. и др. (Октябрь 2012 г.). «Последовательность генома с высоким охватом архаичного денисовца» . Наука . 338 (6104): 222–6. Bibcode : 2012Sci ... 338..222M . DOI : 10.1126 / science.1224344 . PMC 3617501 . PMID 22936568 .  
  8. ^ Было высказано предположение, что хромосома человека 2 представляет собой слияние двух наследственных хромосом Алеком МакЭндрю; по состоянию на 18 мая 2006 г.
  9. ^ «Хромосома 2 у больших обезьян - YouTube» . www.youtube.com . Проверено 24 июля 2020 .
  10. ^ «Хромосома 2 - Повторная загрузка - YouTube» . www.youtube.com . Проверено 24 июля 2020 .
  11. Юнис и Пракаш; Пракаш, О. (1982). «Происхождение человека: хромосомное живописное наследие». Наука . 215 (4539): 1525–30. Bibcode : 1982Sci ... 215.1525Y . DOI : 10.1126 / science.7063861 . PMID 7063861 . 
  12. ^ Человек и Ape Хромосомы архивации 6 сентября 2017 в Wayback Machine ; по состоянию на 8 сентября 2007 г.
  13. ^ Аварелло; и другие. (1992). «Доказательства наличия предкового альфоидного домена на длинном плече хромосомы 2 человека». Генетика человека . 89 (2): 247–9. DOI : 10.1007 / BF00217134 . PMID 1587535 . S2CID 1441285 .  
  14. ^ a b Ijdo, Джейкоб В .; и другие. (1991). «Происхождение хромосомы 2 человека: исконное слияние теломер-теломер» . Proc. Natl. Акад. Sci. США . 88 (20): 9051–5. Bibcode : 1991PNAS ... 88.9051I . DOI : 10.1073 / pnas.88.20.9051 . PMC 52649 . PMID 1924367 .  
  15. ^ Pertea M, Salzberg SL (2010). «Между курицей и виноградом: оценка количества генов человека» . Genome Biol . 11 (5): 206. DOI : 10.1186 / GB-2010-11-5-206 . PMC 2898077 . PMID 20441615 .  
  16. ^ «Статистика и загрузки для хромосомы 2» . Комитет по номенклатуре генов HUGO . 12 мая 2017 . Дата обращения 19 мая 2017 .
  17. ^ «Хромосома 2: Сводка хромосом - Homo sapiens» . Ансамбль Выпуск 88 . 29 марта 2017 . Дата обращения 19 мая 2017 .
  18. ^ «Человеческая хромосома 2: записи, названия генов и перекрестные ссылки на MIM» . UniProt . 28 февраля 2018 . Проверено 16 марта 2018 .
  19. ^ "Результаты поиска - 2 [CHR] И" Homo sapiens "[Организм] И (" кодирование белка генотипа "[Свойства] И живой [опора]) - Ген" . NCBI . 19 мая 2017 . Дата обращения 20 мая 2017 .
  20. ^ "Результаты поиска - 2 [CHR] И" Homo sapiens "[Организм] И ((" genetype miscrna "[Свойства] ИЛИ" genetype ncrna "[Свойства] ИЛИ" genetype rrna "[Свойства] ИЛИ" genetype trna "[Свойства ] ИЛИ "генотип scrna" [Свойства] ИЛИ "genetype snrna" [Свойства] ИЛИ "genetype snorna" [Свойства]) НЕ "кодирование белка генотипа" [Свойства] И живое [свойство]) - Ген " . NCBI . 19 мая 2017 . Дата обращения 20 мая 2017 .
  21. ^ "Результаты поиска - 2 [CHR] И" Homo sapiens "[Организм] И (" псевдо-генотип "[Свойства] И живой [опора]) - Ген" . NCBI . 19 мая 2017 . Дата обращения 20 мая 2017 .
  22. ^ Сваминатан, Нихил. «Крупнейшее в истории исследование аутизма выявляет двух генетических виновников» . Scientific American . Проверено 25 января 2018 года .
  23. ^ Страница украшения генома, NCBI. Данные идеограммы для Homo sapience (400 ударов в час, сборка GRCh38.p3) . Последнее обновление 2014-03-04. Проверено 26 апреля 2017.
  24. ^ Страница украшения генома, NCBI. Данные идеограммы для Homo sapience (550 bphs, сборка GRCh38.p3) . Последнее обновление 2015-08-11. Проверено 26 апреля 2017.
  25. ^ Международный постоянный комитет по цитогенетической номенклатуре человека (2013). ISCN 2013: Международная система цитогенетической номенклатуры человека (2013) . Медицинские и научные издательства Karger. ISBN 978-3-318-02253-7.
  26. ^ Sethakulvichai, W .; Manitpornsut, S .; Wiboonrat, M .; Lilakiatsakun, W .; Assawamakin, A .; Тонгсима, С. (2012). Оценка разрешающей способности на уровне полосы изображений хромосом человека . В компьютерных наук и Software Engineering (JCSSE), 2012 Международная объединенная конференция по . С. 276–282. DOI : 10.1109 / JCSSE.2012.6261965 . ISBN 978-1-4673-1921-8. S2CID  16666470 .
  27. ^ " p ": короткое плечо; « q »: длинная рука.
  28. ^ Для цитогенетической номенклатуры бэндинга см. Статью locus .
  29. ^ a b Эти значения (начало / конец ISCN) основаны на длине полос / идеограмм из книги ISCN «Международная система цитогенетической номенклатуры человека» (2013). Произвольная единица .
  30. ^ gpos : область, которая положительно окрашивается полосой G , обычно богатая АТ и бедная генами; gneg : область, которая отрицательно окрашивается G-полосами, обычно богатая CG и богатая генами; АСОБ Центромера . var : переменная область; стебель : Стебель.

Внешние ссылки [ править ]

  • Национальные институты здоровья. «Хромосома 2» . Домашний справочник по генетике . Дата обращения 6 мая 2017 .
  • «Хромосома 2» . Информационный архив проекта "Геном человека" 1990–2003 гг . Дата обращения 6 мая 2017 .