Пептидаза_M48 | ||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|
Идентификаторы | ||||||||
Условное обозначение | Пептидаза_M48 | |||||||
Pfam | PF01435 | |||||||
Клан пфам | CL0126 | |||||||
ИнтерПро | IPR001915 | |||||||
МЕРОПЫ | M48 | |||||||
OPM суперсемейство | 394 | |||||||
Белок OPM | 4aw6 | |||||||
Мембранома | 317 | |||||||
|
Пептидаза_M50 | ||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|
Идентификаторы | ||||||||
Условное обозначение | Пептидаза_M50 | |||||||
Pfam | PF02163 | |||||||
Клан пфам | CL0126 | |||||||
ИнтерПро | IPR008915 | |||||||
МЕРОПЫ | M50 | |||||||
OPM суперсемейство | 184 | |||||||
Белок OPM | 3b4r | |||||||
|
Металлопротеиназы или металлопротеиназы , является любой протеазы фермент , чей каталитический механизм включает в себя металл . Примером этого может быть ADAM12, который играет важную роль в слиянии мышечных клеток во время развития эмбриона в процессе, известном как миогенез .
Большинству металлопротеаз требуется цинк , но некоторые используют кобальт . Ион металла координируется с белком через три лиганда . Лиганды, координирующие ион металла, могут варьироваться в зависимости от гистидина , глутамата , аспартата , лизина и аргинина . [ требуется уточнение ] Четвертую координационную позицию занимает лабильная молекула воды.
Обработка хелатирующими агентами, такими как ЭДТА, приводит к полной инактивации. ЭДТА - хелатор металлов, который удаляет цинк, необходимый для жизнедеятельности. Они также ингибируются хелатором ортофенантролин .
Выделяют две подгруппы металлопротеиназ:
В базе данных MEROPS семейства пептидаз сгруппированы по их каталитическому типу, первый символ представляет каталитический тип: A, аспарагиновая; С, цистеин ; G, глутаминовая кислота; М, металло; S, серин ; Т, треонин ; и U, неизвестно. Сериновые, треониновые и цистеиновые пептидазы используют аминокислоту в качестве нуклеофила и образуют промежуточный ацил - эти пептидазы также могут легко действовать как трансферазы . В случае аспарагиновой, глутаминовой и металлопептидаз нуклеофилом является активированная молекула воды . Во многих случаях структурный белок складываетсякоторый характеризует клан или семью, возможно, потерял свою каталитическую активность, но сохранил свою функцию распознавания и связывания белков .
Металлопротеазы являются наиболее разнообразными из четырех основных типов протеаз, на сегодняшний день классифицировано более 50 семейств. В этих ферментах двухвалентный катион , обычно цинк, активирует молекулу воды. Ион металла удерживается на месте аминокислотными лигандами, обычно их три. Известными металлическими лигандами являются гистидин, глутамат, аспартат или лизин, и для катализа требуется по крайней мере еще один остаток, который может играть электрофильную роль. Из известных металлопротеаз около половины содержат мотив HEXXH, который, как было показано в кристаллографических исследованиях, является частью сайта связывания металла. [3] Мотив HEXXHявляется относительно распространенным, но может быть более строго определен для металлопротеаз как «abXHEbbHbc», где «a» чаще всего представляет собой валин или треонин и образует часть S1-субсайта в термолизине и неприлизине , «b» - незаряженный остаток и « c ' гидрофобный остаток . [4] Пролин никогда не встречается в этом сайте, возможно, потому, что он нарушил бы спиральную структуру, принятую этим мотивом в металлопротеазах. [3]
Металлопептидазы семейства M48 представляют собой интегральные мембранные белки, связанные с эндоплазматическим ретикулумом и Гольджи, связывающие один ион цинка на субъединицу. Эти эндопептидазы включают СА пренили протеазы 1, который протеолитический удаляет С-концевыми три остатков из farnesylated белков . [ необходима цитата ]
Ингибиторы металлопротеиназ обнаружены у многих морских организмов, включая рыб, головоногих моллюсков, водоросли и бактерии. [5]
Члены семейства металлопептидаз М50 включают протеазу сайта 2, связывающую стерин-регуляторный элемент, белок млекопитающих (SREBP) и протеазу Escherichia coli EcfE, белок FB стадии споруляции IV .