Из Википедии, бесплатной энциклопедии
Перейти к навигации Перейти к поиску
BioGRID
Biogrid logo.png
Содержание
ОписаниеBioGRID - это хранилище биомедицинских взаимодействий с данными, собранными в результате комплексных усилий по курированию.
Типы данных
захвачены		Белковые взаимодействия , генетические взаимодействия , химические взаимодействия, посттрансляционные модификации .
Организмы80
Контакт
Исследовательский центрУниверситет Монреаля , Принстонский университет , Госпиталь на горе Синай (Торонто)
ЛабораторияInstitut de Recherche en Immunologie et en Cancérologie, Институт интегративной геномики Льюиса-Сиглера, Исследовательский институт Луненфельда-Таненбаума
АвторыЛорри Буше, Эштон Брайткройц, Бобби-Джо Брайткройц, Кристи Чанг, Эндрю Чатр-Арьямонтри, Кара Долински, Свен Хайнике, Надин Колас, Лара О'Доннелл, Сара Остер, Роуз Охтред, Дженнифер Раст, Аднан Селлам, Крис Старк , Чандра Тисфельд, Майк Тайерс.
Основное цитированиеСтарк и др. (2006) [1]
Доступ
Формат данныхПользовательские плоские файлы, PSI-MI, MITAB
Интернет сайтthebiogrid .org
Скачать URLзагружает .thebiogrid .org / BioGRID
URL-адрес веб-службыДа - wiki .thebiogrid .org / doku .php / biogridrest
Инструменты
ИнтернетРасширенный поиск, встроенная программа просмотра сети, пользовательские загрузки, массовое получение / загрузка
Разное
Управление версиямида

Частота выпуска данных		Ежемесячно (4 недели)
Версия4.2.193; 1 января 2021 г . ; 45 дней назад ( 2021-01-01 )
Политика курированияДа - ручной; Также сосредоточены усилия по курированию.
Добавляемые в закладки
объекты		Да - как отдельные результаты, так и поисковые запросы,

Биологические общее хранилище для взаимодействия наборов данных ( BioGRID ) является куратором биологической базой данных из белка -protein взаимодействий, генетических взаимодействий , химических взаимодействий, и посттрансляционных модификаций , созданных в 2003 году (первоначально называют просто в General Repository для взаимодействия наборов данных (GRID) [2] Майком Тайерсом, Бобби-Джо Брайткройцем и Крисом Старком из Исследовательского института Люненфельд-Таненбаум в больнице Маунт-Синай . Он стремится предоставить исчерпывающий кураторский ресурс для всех основных модельных организмов. видов при попытке удалить избыточность для создания единого отображения данных. Пользователи BioGRID могут искать интересующие их белки , химические вещества или публикации и извлекать аннотации, а также тщательно отобранные данные, полученные из первичной литературы и собранные собственными силами крупномасштабного куратора. BioGRID размещен в Торонто , Онтарио , Канада, и Далласе , Техас , США, и является партнером базы данных генома Saccharomyces , FlyBase , WormBase , PomBase., и Альянс ресурсов генома. BioGRID финансируется NIH и CIHR . BioGRID является членом-наблюдателем Международного консорциума молекулярного обмена (IMEx).

История [ править ]

BioGRID первоначально был опубликован и выпущен как просто General Repository для взаимодействия Datasets [2] , но позже был переименован в BioGRID [1] для того , чтобы более кратко описать проект, и помочь отличить его от нескольких Grid Computing проектов с похожим именем . Первоначально разделенная на базы данных по конкретным организмам , новейшая версия теперь предоставляет унифицированный интерфейс, позволяющий выполнять поиск по нескольким организмам одновременно. Изначально BioGRID был разработан как проект в научно-исследовательском институте Луненфельд-Таненбаум в больнице Mount Sinai.но с тех пор расширилась, включив в нее группы из Института исследований в области иммунологии и канцерологии в Университете Монреаля и Института интегративной геномики Льюиса-Сиглера в Принстонском университете . Первоначальный фокус BioGRID был на курировании бинарных белок-белковых и генетических взаимодействий, но был расширен несколькими обновлениями [1] [3] [4] [5] [6] [7] [8], чтобы включить кураторские посттрансляционные модификации данные, [9] [10] химическиеданные взаимодействия и сложные взаимодействия нескольких генов / белков. Более того, на ежемесячной основе BioGRID продолжает расширять курируемые данные, а также разрабатывать и выпускать новые инструменты, [9] [10] [11] [12] данные из комплексных целевых проектов по курированию [13], а также выполнять целевой научный анализ. [14]

Лечение генетических, белковых и химических взаимодействий [ править ]

Биологический общий репозиторий для наборов данных взаимодействия (BioGRID) - это база данных с открытым доступом, в которой хранятся генетические и белковые взаимодействия, собранные на основе первичной биомедицинской литературы для всех основных видов модельных организмов и людей. По состоянию на 18 октября 2020 года [15] BioGRID содержит 1 928 миллионов взаимодействий, взятых из 63083 публикаций, которые представляют 71 модельный организм. На начало 2021 года он уже содержал более 2,0 миллионов биологических взаимодействий, 29 023 химико-белковых взаимодействия и 506 485 посттрансляционных модификаций, собранных вместе из 75 988 публикаций для более чем 80 видов. [16]Данные BioGRID свободно распространяются через базы данных партнерских моделей организмов и мета-базы данных и напрямую загружаются в различных форматах. Курирование BioGRID координируется через систему управления взаимодействием (IMS), которая облегчает компиляцию записей взаимодействия с помощью структурированных кодов свидетельств, онтологий фенотипов и аннотаций генов. Архитектура BioGRID была улучшена для поддержки более широкого диапазона типов взаимодействия и посттрансляционных модификаций, чтобы обеспечить представление более сложных взаимодействий между несколькими генами и белками, для учета клеточных фенотипов с помощью структурированных онтологий, для ускорения курирования с помощью полу -автоматический поиск текстаподходов, а также для улучшения контроля качества курирования. Благодаря комплексным усилиям по курированию, BioGRID теперь включает практически полный набор взаимодействий, о которых на сегодняшний день сообщается в первичной литературе, для почкующихся дрожжей ( Saccharomyces cerevisiae ), кресс-салата ( Arabidopsis thaliana ) и делящихся дрожжей ( Schizosaccharomyces pombe ).

Тематические кураторские проекты [ править ]

Из-за огромного объема опубликованной научной литературы, содержащей человеческие ( Homo sapiens ) гены , белки и химические взаимодействия, BioGRID применяет целевой проектный подход к хранению данных о человеческом взаимодействии в управляемых коллекциях высокоэффективных данных. Эти тематическое курирование проекты представляют собой центральные биологические процессы , имеющие отношение заболевания , такие как хроматин модификация , аутофагию , и убиквитина - протеасомы системы или заболевания , представляющий интереса в том числе глиобластомы , анемии Фанкони , и COVID-19 . По состоянию на 18 октября 2020 г.[15] Усилия тематического курирующего проекта BioGRID привели к извлечению 424 631 взаимодействия с участием 2 361 белка из более чем 37 000 научных статей.

Курирование общегеномных экранов CRISPR [ править ]

В настоящее время в многочисленных публикациях сообщается о генетических скринингах на основе CRISPR, которые связывают функцию генов с жизнеспособностью клеток , химической устойчивостью , стрессоустойчивостью и другими фенотипами . Чтобы повысить доступность данных экрана CRISPR и упростить определение функции белка , BioGRID разработала встроенный ресурс под названием Открытый репозиторий экранов CRISPR (ORCS) [7] [15] для размещения и распространения тщательно отобранных вручную комплексных коллекций экранов данных CRISPR. с использованием Cas9 и других нуклеаз CRISPR . По состоянию на 18 октября 2020 г. [15]BioGRID-ORCS содержит более 1042 экранов CRISPR, созданных на основе 114 публикаций, представляющих более 60000 уникальных генов трех видов человека ( Homo sapiens ), плодовой мухи ( Drosophila melanogaster ) и домашней мыши ( Mus musculus ) в более чем 670 клеточных линиях и 17 фенотипах. .

Поддерживаемые организмы [ править ]

Следующие организмы в настоящее время поддерживаются в BioGRID , и для каждого из них есть данные о взаимодействии, доступные в соответствии с последней статистикой .

  • Anopheles gambiae PEST (африканский малярийный комар)
  • Apis mellifera (медоносная пчела)
  • Arabidopsis thaliana (тале кресс)
  • Bacillus subtilis 168
  • Bos taurus (корова)
  • Caenorhabditis elegans (нематодный червь)
  • Candida albicans SC5314
  • Canisiliaris (собака)
  • Cavia porcellus (морская свинка)
  • Chlamydomonas reinhardtii (зеленые водоросли)
  • Chlorocebus sabaeus (зеленая обезьяна)
  • Cricetulus griseus (китайский хомяк)
  • Данио рерио (рыба данио)
  • Dictyostelium discoideum AX4 (слизистая плесень)
  • Drosophila melanogaster (плодовая муха)
  • Emericella nidulans FGSC A4
  • Equus caballus (лошадь)
  • Escherichia coli ( кишечная палочка )
  • Felis catus (кошка)
  • Gallus gallus (курица)
  • Глицин макс (соя)
  • Вирус гепатита С
  • Homo sapiens (человек)
  • Вирус герпеса человека (1,2,3,4,5,6A, 6B, 7,8)
  • Вирус иммунодефицита человека 1 (ВИЧ-1)
  • Вирус иммунодефицита человека 2 (ВИЧ-2)
  • Вирус папилломы человека (ВПЧ, 10, 16, 32, 5, 6B, 7, 9)
  • Leishmania major
  • Macaca mulatta (макака-резус)
  • Meleagris gallopavo (индейка)
  • Коронавирус, связанный с ближневосточным респираторным синдромом (БВРС-КоВ)
  • Monodelphis domestica (серый короткохвостый опоссум)
  • Mus musculus (домовая мышь)
  • Микобактерии туберкулеза H37Rv
  • Mycoplasma pneumoniae M129
  • Neurospora crassa OR74A
  • Nicotiana tomentosiformis
  • Oryctolagus cuniculus (кролик)
  • Oryza sativa Japonica (японский рис)
  • Ovis aries (овца)
  • Пан троглодиты (шимпанзе)
  • Pediculus humanus (разновидность вошей , поражающая людей)
  • Plasmodium falciparum 3D7 (паразит малярии)
  • Rattus norvegicus (норвежская крыса)
  • Ricinus communis (клещевина)
  • Saccharomyces cerevisiae (почкующиеся дрожжи)
  • Schizosaccharomyces pombe (делящиеся дрожжи)
  • Selaginella moellendorffii
  • Коронавирус тяжелого острого респираторного синдрома (SARS-CoV)
  • Тяжелый острый респираторный синдром коронавирус 2 (SARS-CoV-2)
  • Вирус обезьяньего иммунодефицита
  • Solanum lycopersicum (помидор)
  • Solanum tuberosum (картофель)
  • Сорго двухцветное (сорго)
  • Streptococcus pneumoniae (пневмококк)
  • Strongylocentrotus purpuratus (пурпурный еж)
  • Sus scrofa (свинья)
  • Вирус табачной мозаики
  • Ustilago maydis 521 (головня кукурузная)
  • Вирус осповакцины
  • Vitis vinifera (виноградная лоза обыкновенная)
  • Xenopus laevis (африканская когтистая лягушка)
  • Zea mays (кукуруза)

Финансирование BioGRID [ править ]

BioGRID финансируется за счет грантов Национального института здоровья и Канадского института медицинских исследований.

Ссылки [ править ]

  1. ^ a b c Старк С., Брейткройц Б.Дж., Регули Т., Буше Л., Брейткройц А., Тайерс М. (январь 2006 г.). «BioGRID: общий репозиторий для наборов данных взаимодействия» . Исследования нуклеиновых кислот . 34 (90001): 535–539. DOI : 10.1093 / NAR / gkj109 . PMC 1347471 . PMID 16381927 .  
  2. ^ a b Breitkreutz BJ, Stark C, Tyers M (январь 2003 г.). «GRID: общий репозиторий для наборов данных взаимодействия» . Геномная биология . 4 (3): R23. DOI : 10.1186 / GB-2003-4-3-R23 . PMC 153463 . PMID 12620108 .  
  3. ^ Chatr-Aryamontri А, Breitkreutz BJ, Отред R, Букэр л, Хайнике S, D Чен, Старк С, Breitkreutz А, Н Колос, О'Доннель л, Регулы Т, Никсон Дж, Рамаж л, зимой, Sellam А, Чанг С., Хиршман Дж., Тисфельд К., Руст Дж., Ливстон М.С., Долински К., Тайерс М. (январь 2015 г.). «База данных взаимодействия BioGRID: обновление 2015 г.» . Исследования нуклеиновых кислот . 43 (выпуск базы данных): 470–478. DOI : 10.1093 / NAR / gku1204 . PMC 4383984 . PMID 25428363 .  
  4. ^ Chatr-Aryamontri А, Breitkreutz BJ, Хайнике S, Boucher л, зимой, Старк С, Никсон Дж, Рамаж л, Колос Н, О'Доннель л, Регулы Т, Breitkreutz А, Sellam А, Д Чен, Чанг С, Руст Дж. М., Ливстон М. С., Отред Р., Долински К., Тайерс М. (январь 2013 г.). «База данных взаимодействия BioGRID: обновление 2013 г.» . Исследования нуклеиновых кислот . 41 (выпуск базы данных): 816–823. DOI : 10.1093 / NAR / gks1158 . PMC 3531226 . PMID 23203989 .  
  5. ^ Старк С, Breitkreutz BJ, Chatr-Aryamontri А, Букэр л, Отред R, Livstone М.С., Никсон Дж, Ван Аукен К, Ван Х, Ши Х, Регулы Т, Ржавчина JM, зима А, Долинский К, Тайерс М (январь 2011). «База данных взаимодействия BioGRID: обновление 2011 г.» . Исследования нуклеиновых кислот . 39 (выпуск базы данных): 698–704. DOI : 10.1093 / NAR / gkq1116 . PMC 3013707 . PMID 21071413 .  
  6. ^ Breitkreutz BJ, Старк С, Т Регулы, Букэр л, Breitkreutz А, Livstone М, Отред R, Лэкнер DH, Bähler Дж, Вуд В, Долинском К, М Тайерса (январь 2008). «База данных взаимодействия BioGRID: обновление 2008 г.» . Исследования нуклеиновых кислот . 36 (выпуск базы данных): 637–640. DOI : 10.1093 / NAR / gkm1001 . PMC 2238873 . PMID 18000002 .  
  7. ^ a b Чатр-Арьямонтри, Эндрю; Oughtred, Роза; Баучер, Лорри; Руст, Дженнифер; Чанг, Кристи; Колас, Надин К .; О'Доннелл, Лара; Остер, Сара; Тисфельд, Чандра; Селлам, Аднане; Старк, Крис (2017-01-04). «База данных взаимодействия BioGRID: обновление 2017 г.» . Исследования нуклеиновых кислот . 45 (D1): D369 – D379. DOI : 10.1093 / NAR / gkw1102 . ISSN 1362-4962 . PMC 5210573 . PMID 27980099 .   
  8. ^ Oughtred, Роза; Старк, Крис; Брайткройц, Бобби-Джо; Руст, Дженнифер; Баучер, Лорри; Чанг, Кристи; Колас, Надин; О'Доннелл, Лара; Люн, Джинн; Макадам, Рошель; Чжан, Фредерик (1 августа 2019 г.). «База данных взаимодействия BioGRID: обновление 2019» . Исследования нуклеиновых кислот . 47 (D1): D529 – D541. DOI : 10.1093 / NAR / gky1079 . ISSN 1362-4962 . PMC 6324058 . PMID 30476227 .   
  9. ^ a b Старк С., Тинг-Ченг Су, Брайткройц А., Лоуренко П., Дахабие М., Брейткройц Б.Дж., Тайерс М., Садовски И. (январь 2010 г.). «PhosphoGRID: база данных экспериментально подтвержденных сайтов фосфорилирования белков in vivo из почкующихся дрожжей Saccharomyces cerevisiae» . База данных . 2010 : bap026. DOI : 10,1093 / базы данных / bap026 . PMC 2860897 . PMID 20428315 .  
  10. ^ a b Sadowski I, Breitkreutz BJ, Stark C, Su TC, Dahabieh M, Raithatha S, Bernhard W., Oughtred R, Dolinski K, Barreto K, Tyers M (май 2013 г.). «База данных сайта фосфорилирования белков PhosphoGRID Saccharomyces cerevisiae: обновление версии 2.0» . База данных . 2013 : bat026. DOI : 10,1093 / базы данных / bat026 . PMC 3653121 . PMID 23674503 .  
  11. ↑ Winter AG, Wildenhain J, Tyers M (апрель 2011 г.). «Сервис BioGRID REST, BiogridPlugin2 и BioGRID WebGraph: новые инструменты для доступа к данным взаимодействия в BioGRID» . Биоинформатика . 27 (7): 1043–1044. DOI : 10.1093 / биоинформатики / btr062 . PMC 3065694 . PMID 21300700 .  
  12. ^ Breitkreutz BJ, Старк C, Tyers M (январь 2003). «Оспри: система сетевой визуализации» . Геномная биология . 4 (3): R22. DOI : 10.1186 / GB-2003-4-3-R22 . PMC 153462 . PMID 12620107 .  
  13. ^ Регулы Т, Breitkreutz А, Букэр л, Breitkreutz BJ, Хон ГХ, Майерс CL, Парсонс А, Фризен Н, Отред R, Tong А, Старк С, Хо Y, Ботстайн D, Эндрюс В, Буна С, Troyanskya О.Г., Ideker Т, Долинский К., Батада Н.Н., Тайерс М (2006). «Комплексное курирование и анализ глобальных сетей взаимодействия в Saccharomyces cerevisiae» . Журнал биологической химии . 5 (4): 11. DOI : 10,1186 / jbiol36 . PMC 1561585 . PMID 16762047 .  
  14. ^ Breitkreutz А, Choi Н, Sharom JR, Букэр л, Neduva В, Ларсен В, Лин Зи, Breitkreutz BJ, Старк С, Лю G, Ahn Дж, Дьюара-Darch D, Регулы Т, Тан Х, Алмейда R, Цинь ZS , Поусон Т., Гинграс А.С., Несвижский А.И., Тайерс М. (май 2010 г.). «Глобальная сеть взаимодействия протеинкиназы и фосфатазы в дрожжах» . Наука . 328 (5981): 1043–1046. Bibcode : 2010Sci ... 328.1043B . DOI : 10.1126 / science.1176495 . PMC 3983991 . PMID 20489023 .  
  15. ^ a b c d Oughtred, Роза; Руст, Дженнифер; Чанг, Кристи; Брайткройц, Бобби-Джо; Старк, Крис; Виллемс, Эндрю; Баучер, Лорри; Люн, Джинн; Колас, Надин; Чжан, Фредерик; Долма, Сонам ​​(18.10.2020). «База данных BioGRID: исчерпывающий биомедицинский ресурс, посвященный изученным белковым, генетическим и химическим взаимодействиям» . Белковая наука . 30 (1): 187–200. DOI : 10.1002 / pro.3978 . ISSN 1469-896X . PMC 7737760 . PMID 33070389 .   
  16. ^ «Статистика сборки (4.2.193) - январь 2021 | BioGRID» . wiki.thebiogrid.org . Проверено 26 января 2021 .

Внешние ссылки [ править ]

  • Официальный веб-сайт
  • База данных CRISPR BioGRID-ORCS
  • Тематические кулинарные проекты
  • Домашняя страница лаборатории Майка Тайерса
  • Международный консорциум молекулярного обмена
  • Lunenfeld-Tanenbaum Research Institute
  • Institut de Recherche en iImmunologie et en Cancérologie
  • Университет Принстона