Неохарактеризованный белок C1orf131 - это белок, который у человека кодируется геном C1orf131 . Первый ортолог этого белка был обнаружен у человека. [4] [5] Впоследствии, благодаря использованию алгоритмов и биоинформатики, гомологи C1orf131 были обнаружены у многих видов, и в результате название большинства белков в этом семействе белков - Неохарактеризованный гомолог белка C1orf131.
C1orf131 | |||||||||||||||||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
Идентификаторы | |||||||||||||||||||||||||
Псевдонимы | C1orf131 , открытая рамка считывания хромосомы 1 131 | ||||||||||||||||||||||||
Внешние идентификаторы | MGI : 1913773 HomoloGene : 11982 GeneCards : C1orf131 | ||||||||||||||||||||||||
| |||||||||||||||||||||||||
Ортологи | |||||||||||||||||||||||||
Разновидность | Человек | Мышь | |||||||||||||||||||||||
Entrez | |||||||||||||||||||||||||
Ансамбль |
| ||||||||||||||||||||||||
UniProt | |||||||||||||||||||||||||
RefSeq (мРНК) | |||||||||||||||||||||||||
RefSeq (белок) | |||||||||||||||||||||||||
Расположение (UCSC) | Chr 1: 231.22 - 231.24 Мб | н / д | |||||||||||||||||||||||
PubMed поиск | [2] | [3] | |||||||||||||||||||||||
Викиданные | |||||||||||||||||||||||||
|
Ген
У человека C1orf131 расположен на минусовой цепи хромосомы 1 и в цитогенетической полосе 1q42.2 вместе со 193 другими генами. [6] Примечательно, что ген перед C1orf131 представляет собой GNPAT , а ген ниже по течению от C1orf131 - TRIM67 . Когда этот ген транскрибируется у человека, C1orf131 чаще всего образует мРНК длиной 1458 пар оснований, которая состоит из семи экзонов. Есть по крайней мере девять других альтернативных форм сплайсинга у людей, которые продуцируют белки. Их размер варьируется от 129 пар оснований (2 экзона) до 1458 пар оснований (7 экзонов). [7]
Протеин
В семействе белков C1orf131 белки имеют длину от 93 до 450 аминокислот; однако большинство из них, как правило, имеют длину от 160 до 295 аминокислот. Они имеют молекулярную массу от 10,6 до 49,0 кДа, в большинстве случаев от 18,6 до 32,7 кДа. У них изоэлектрическая точка между 9,6 и 11,2. [8] Более 30 ортологов млекопитающих, птиц и ящериц были идентифицированы как имеющие сайт связывания поли (А) РНК. [9] Все ортологи этого семейства белков имеют домен с неизвестной функцией DUF4602. [9] [10] Было показано, что белок человека фосфорилирован и ацетилирован. [11] [12] [13] [14] [15] [16] Эти белки представляют собой богатые лизином заряженные аминокислоты ( D E H K R ) и основные заряженные аминокислоты ( H K R ). [17] Вторичная структура этих белков в основном состоит из альфа-спиралей и клубков с небольшим процентом бета-цепей. [18] Было показано, что C1orf131 взаимодействует с убиквитином [19] посредством аффинного захвата с последующей масс-спектрометрией и APP (белок-предшественник бета (А4) амилоида) [20] через восстановленный комплекс.
DUF4602
DUF4602 (PF15375) обычно состоит из 120+ аминокислот. [21] Обычно существует только один ген, содержащий этот домен DUF, однако домен DUF был идентифицирован в двух разных белках у нескольких видов. У Trichuris suis DUF4602 обнаружен как в гипотетическом белке M5114_09117, так и в тРНК псевдоуридинсинтазе D, а у Echinocuccus granulosus DUF4602 обнаружен в гипотетическом белке EGR 05135 и экспрессируется консервативным белком. DUF4602 был обнаружен в основном у эукариот; однако DUF4602 был идентифицирован в вирусе DRHN1 , Bacillus sp. UNC41MFS5 , Enterococcus faecalis и Enterococcus faecalis 13-SD-W-01 . В ортологах C1orf131 домены DUF обычно расположены в середине гена по направлению к С-концу в более крупных белках (250+ остатков), а в меньших ортологах (160-250 остатков) домен DUF расположен рядом с N-концом. . Также в более крупных ортологах есть области низкой сложности, которые могут указывать на то, что эти белки по своей природе являются неупорядоченными белками .
Эволюционная история
Это семейство генов существует только у эукариот. Паралогов этого гена нет; Однако, есть несколько псевдогенов из C1orf131 . До сих пор они были обнаружены только у орангутангов, мышей-лемуров и ленивцев. [10] Когда это семейство генов сравнивается с цитохромом С, медленно развивающимся геном, [22] и гамма-цепью фибриногена , быстро развивающимся геном [23], выясняется , что он развивается более быстрыми темпами, чем фибриноген.
Рекомендации
- ^ a b c GRCh38: Ensembl, выпуск 89: ENSG00000143633 - Ensembl , май 2017 г.
- ^ "Human PubMed Reference:" . Национальный центр биотехнологической информации, Национальная медицинская библиотека США .
- ^ «Ссылка на Mouse PubMed:» . Национальный центр биотехнологической информации, Национальная медицинская библиотека США .
- ^ Герхард Д.С., Вагнер Л. и др. (Октябрь 2004 г.). «Статус, качество и расширение проекта NIH полноразмерной кДНК: Коллекция генов млекопитающих (MGC)» . Геномные исследования . 14 (10b): 212–2127. DOI : 10.1101 / gr.2596504 . PMC 528928 . PMID 15489334 .
- ^ Ота, Т .; Suzuki, Y .; и другие. (21 декабря 2004 г.). «Полное секвенирование и характеристика 21 243 полноразмерных кДНК человека» . Генетика природы . 36 (1): 40–45. DOI : 10,1038 / нг1285 . PMID 14702039 .
- ^ «Обзор клонов кДНК ORF Homo sapiens по хромосоме 1, карта 1q42, страница 1» .
- ^ «AceView: Gene: C1orf131, исчерпывающая аннотация генов человека, мыши и червя с мРНК или ESTsAceView» .
- ^ Козловский, Л.П. (2016). «IPC - Калькулятор изоэлектрической точки» . Биология Директ . 11 (1): 55. DOI : 10,1186 / s13062-016-0159-9 . PMC 5075173 . PMID 27769290 . Архивировано из оригинала на 2013-04-29 . Проверено 8 мая 2015 .
- ^ а б «Uniprot Gene: C1orf131» . Проверено 7 мая 2015 года .
- ^ а б «БЛАТ» . Проверено 7 мая 2015 года .
- ^ Olsen JV, Vermeulen M, Santamaria A, Kumar C, Miller ML, Jensen LJ, Gnad F, Cox J, Jensen TS, Nigg EA, Brunak S, Mann M (январь 2010 г.). «Количественная фосфопротеомика выявляет широко распространенную занятость сайта полного фосфорилирования во время митоза». Научная сигнализация . 3 (104): ra3. DOI : 10.1126 / scisignal.2000475 . PMID 20068231 . S2CID 24775963 .
- ^ Ван Б., Малик Р., Нигг Е.А., Кёрнер Р. (декабрь 2008 г.). «Оценка низкоспецифичной протеазы эластазы для крупномасштабного анализа фосфопротеома» . Аналитическая химия . 80 (24): 9526–9533. DOI : 10.1126 / scisignal.2000475 . PMID 20068231 . S2CID 24775963 . Проверено 26 апреля 2015 года .
- ^ Мацуока С., Баллиф Б.А., Смогоржевска А., Макдональд Э.Р. 3-й, Хуров К.Э., Ло Дж., Бакаларски К.Э., Чжао З., Солимини Н., Леренталь Ю., Шайло И., Гиги С.П., Элледж С.Дж. (май 2007 г.). «Анализ субстрата ATM и ATR выявляет обширные белковые сети, реагирующие на повреждение ДНК». Наука . 316 (5828): 1160–1166. Bibcode : 2007Sci ... 316.1160M . DOI : 10.1126 / science.1140321 . PMID 17525332 . S2CID 16648052 .
- ^ Ким Д., Хан И (9 июля 2011 г.). «Идентификация новых сайтов модификации фосфорилирования в человеческих белках, возникших после расхождения человека и шимпанзе» . Биоинформатика . 27 (18): 2494–501. DOI : 10.1093 / биоинформатики / btr426 . PMID 21775310 .
- ^ Дефур Н., Чжоу С., Виллен Дж., Босолей С.А., Бакаларски С.Э., Элледж С.Дж., Гиги С.П. (август 2008 г.). «Количественный атлас митотического фосфорилирования» . Труды Национальной академии наук Соединенных Штатов Америки . 105 (31): 10762–10767. Bibcode : 2008PNAS..10510762D . DOI : 10.1073 / pnas.0805139105 . PMC 2504835 . PMID 18669648 .
- ^ Чоудхари К., Кумар С., Гнад Ф., Нильсен М.Л., Рехман М., Вальтер Т.К., Олсен Дж. В., Манн М. (август 2010 г.). «Ацетилирование лизина нацелено на белковые комплексы и ко-регулирует основные клеточные функции». Наука . 325 (5942): 834–40. Bibcode : 2009Sci ... 325..834C . DOI : 10.1126 / science.1175371 . PMID 19608861 . S2CID 206520776 .
- ^ Брендель В., Бухер П., Нурбахш И. Р., Блейсделл Б. Е., Карлин С. (март 1992 г.). «Методы и алгоритмы статистического анализа белковых последовательностей» . Труды Национальной академии наук Соединенных Штатов Америки . 89 (6): 2002–2006. Bibcode : 1992PNAS ... 89.2002B . DOI : 10.1073 / pnas.89.6.2002 . PMC 48584 . PMID 1549558 .
- ^ Гарнье Дж., Гибрат Дж. Ф., Робсон Б. (1996). Версия IV метода прогнозирования вторичной структуры газового фактора . Методы в энзимологии . 266 . С. 540–553. DOI : 10.1016 / S0076-6879 (96) 66034-0 . ISBN 9780121821678. PMID 8743705 .
- ^ Стес Э., Лага М., Уолтон А., Самин Н., Тиммерман Э., Де Смет I, Гурмахтиг С., Геваерт К. (июнь 2014 г.). «Протокол COFRADIC для изучения убиквитинирования белков» . J Proteome Res (3-е изд.). 13 (6): 3107–3113. DOI : 10.1021 / pr4012443 . PMID 24816145 .
- ^ Олах Дж., Винче О, Вирок Д., Саймон Д., Бозсо З., Токеси Н., Хорват I, Главанда Э, Ковач Дж., Мадьяр А., Сюч М., Орош Ф., Пенке Б., Овади Дж. (Сентябрь 2011 г.). «Взаимодействие патологических маркерных белков: полимеризация тубулина, стимулирующая белок / p25, бета-амилоид и альфа-синуклеин» . J. Biol. Chem. (39-е изд.). 286 (39): 34088–34100. DOI : 10,1074 / jbc.m111.243907 . PMC 3190826 . PMID 21832049 .
- ^ «Семья: DUF4602» . Проверено 8 мая 2015 года .
- ^ Дикерсон, Р. (1971). «Структура цитохрома с и скорости молекулярной эволюции». Журнал молекулярной эволюции (1-е изд.). 1 (1): 26–45. Bibcode : 1971JMolE ... 1 ... 26D . DOI : 10.1007 / bf01659392 . PMID 4377446 . S2CID 24992347 .
- ^ Причитко TM, Мур WS (2000). «Сравнительная эволюция митохондриального гена цитохрома b и интрона 7 ядерного бета-фибриногена у дятлов». Mol Biol Evol . 17 (7): 1101–11. DOI : 10.1093 / oxfordjournals.molbev.a026391 . PMID 10889223 .