Page extended-protected
Из Википедии, бесплатной энциклопедии
  (Перенаправлено с вируса COVID-19 )
Перейти к навигации Перейти к поиску
Эта статья о вирусе, вызывающем COVID-19. Информацию о вирусе, вызывающем атипичную пневмонию, см. В разделе Коронавирус тяжелого острого респираторного синдрома . Информацию о видах, к которым принадлежат оба вируса, см. В разделе Коронавирус, связанный с тяжелым острым респираторным синдромом .

Тяжелый острый респираторный синдром коронавирус 2
Electron micrograph of SARS-CoV-2 virions with visible coronae
Просвечивающая электронная микрофотография вирионов SARS-CoV-2 с видимыми коронами
Illustration of a SARS-CoV-2 virion
Иллюстрация вириона SARS-CoV-2 [1]
  Красные выступы: белки-шипы (S) [1]
  Серый налет: оболочка , состоящая в основном из липидов, которую можно разрушить спиртом или мылом [1]
  Желтые отложения: белки оболочки (E) [1]
  Апельсиновые отложения: мембранные белки (M) [1]
Классификация вирусов e
(без рейтинга):Вирус
Царство :Рибовирия
Королевство:Орторнавиры
Тип:Писувирикота
Класс:Pisoniviricetes
Заказ:Нидовиралес
Семья:Coronaviridae
Род:Бетакоронавирус
Подрод:Сарбековирус
Разновидность:
Коронавирус, связанный с тяжелым острым респираторным синдромом
Вирус:
Тяжелый острый респираторный синдром коронавирус 2
Варианты
Синонимы
  • 2019-nCoV

Коронавирус 2 тяжелого острого респираторного синдрома ( SARS ‑ CoV ‑ 2 ) [2] [3] - это вирус , вызывающий COVID-19 (коронавирусное заболевание 2019 г.), респираторное заболевание, ответственное за пандемию COVID-19 . [4] Также в просторечии известный просто как коронавирус , ранее он назывался временным названием , новый коронавирус 2019 года ( 2019-nCoV ), [5] [6] [7] [8], а также назывался человеческим коронавирусом 2019 года. ( HCoV-19 илиhCoV-19 ). [9] [10] [11] [12] Всемирная организация здравоохранения объявила о вспышке общественного здравоохранения чрезвычайной ситуации в области 30 января 2020, а пандемию 11 марта 2020 г. [13] [14]

SARS ‑ CoV ‑ 2 - вирус с одноцепочечной РНК с положительным смыслом [15] [16] (и, следовательно, класс IV по Балтимору [17] ), заразный для людей. [18] Как описано Национальным институтом здравоохранения США , это преемник SARS-CoV-1 , [11] [19] вируса, вызвавшего вспышку SARS в 2002–2004 годах .

Таксономически SARS ‑ CoV ‑ 2 является вирусом разновидности коронавируса, связанного с тяжелым острым респираторным синдромом (SARSr-CoV). [2] Считается, что он имеет зоонозное происхождение и имеет близкое генетическое сходство с коронавирусами летучих мышей, что позволяет предположить, что он произошел от вируса, переносимого летучими мышами . [10] [20] [21] [22] Продолжаются исследования относительно того, произошел ли SARS ‑ CoV ‑ 2 напрямую от летучих мышей или косвенно через каких-либо промежуточных хозяев. [23] [24] Вирус демонстрирует небольшое генетическое разнообразие , что указывает на то, что вторичный эффектЗаражение человека SARS ‑ CoV ‑ 2, вероятно, произошло в конце 2019 года [25].

Эпидемиологические исследования показывают, что каждая инфекция вызывает в среднем от 2,39 до 3,44 новых, когда ни один из членов сообщества не имеет иммунитета и не принимаются никакие профилактические меры . [26] Вирус в основном распространяется между людьми при тесном контакте и через респираторные капли, образующиеся при кашле или чихании. [27] [28] Он в основном проникает в клетки человека путем связывания с ангиотензинпревращающим ферментом 2 (ACE2). [20] [29] [30] [31]

Терминология

Название «2019-nCoV» используется на трехъязычной вывеске в медицинском учреждении Лиссабона в феврале 2020 года.

Во время первоначальной вспышки в Ухане , Китай, для вируса использовались различные названия; некоторые имена, используемые разными источниками, включали «коронавирус» или «коронавирус Ухани». [32] [33] В январе 2020 года Всемирная организация здравоохранения рекомендовала «Новый коронавирус 2019 года» (2019-nCov) [6] [34] в качестве временного названия вируса. Это соответствовало руководству ВОЗ от 2015 г. [35] против использования географических местоположений, видов животных или групп людей в названиях болезней и вирусов. [36] [37]

11 февраля 2020 года Международный комитет по таксономии вирусов принял официальное название «коронавирус тяжелого острого респираторного синдрома 2» (SARS ‑ CoV ‑ 2). [38] Чтобы избежать путаницы с заболеванием SARS , ВОЗ иногда называет SARS ‑ CoV ‑ 2 «вирусом COVID-19» в сообщениях общественного здравоохранения [39] [40], а название HCoV-19 было включено в некоторые исследования. статьи. [9] [10] [11]

Широкая общественность часто называет и вирус, и вызываемое им заболевание «коронавирусом». Президент США Дональд Трамп неоднократно называл вирус «китайским вирусом» в твитах, [41] интервью, [42] и брифингах для прессы в Белом доме [43], которые вызвали некоторую критику за то, что он клеймил болезнь расовым или националистическим подтекстом. . [44] [45] [46]

Вирусология

Инфекция и передача

Основная статья: Передача COVID-19

Передача SARS ‑ CoV ‑ 2 от человека к человеку была подтверждена 20 января 2020 года во время пандемии COVID-19 . [18] [47] [48] [49] Первоначально предполагалось, что передача происходит главным образом через дыхательные капли при кашле и чихании на расстоянии около 1,8 метра (6 футов). [28] [50] Эксперименты по рассеянию лазерного света показывают, что речь является дополнительным способом передачи [51] [52] и далеко идущим [53] и недостаточно исследованным [54] способом в помещении с небольшим потоком воздуха. [55] [56]Другие исследования показали, что вирус также может передаваться по воздуху, а аэрозоли потенциально могут передавать вирус. [57] [58] [59] Считается, что при передаче от человека к человеку в среднем 1000 инфекционных вирионов SARS ‑ CoV ‑ 2 инициируют новую инфекцию. [60] [61]

Косвенный контакт через загрязненные поверхности - еще одна возможная причина заражения. [62] Предварительные исследования показывают, что вирус может оставаться жизнеспособным на пластике ( полипропилен ) и нержавеющей стали ( AISI 304 ) до трех дней, но не сохраняется на картоне более одного дня или на меди более четырех часов; [11] вирус инактивируется мылом, которое дестабилизирует его липидный бислой . [63] [64] Вирусная РНК также была обнаружена в образцах стула и сперме инфицированных людей. [65] [66]

Степень заразности вируса во время инкубационного периода неясна, но исследования показали, что пиковая вирусная нагрузка в глотке достигается примерно через четыре дня после заражения [67] [68] или в первую неделю появления симптомов, а затем снижается. [69]

Исследование, проведенное группой исследователей из Университета Северной Каролины, показало, что носовая полость, по-видимому, является доминирующим начальным местом заражения с последующим посевом вируса, вызванным аспирацией, в легкие при патогенезе SARS ‑ CoV ‑ 2. [70] Они обнаружили, что существует градиент инфекции от высокого в проксимальном к низкому в дистальных легочных эпителиальных культурах, с очаговой инфекцией в реснитчатых клетках и пневмоцитах 2 типа в дыхательных путях и альвеолярных областях соответственно. [70]

Имеются некоторые свидетельства передачи SARS ‑ CoV ‑ 2 от человека животному, в том числе примеры у кошачьих . [71] [72] Некоторые учреждения рекомендовали инфицированным SARS ‑ CoV ‑ 2 ограничить контакт с животными. [73] [74]

Бессимптомная передача

1  февраля 2020 года Всемирная организация здравоохранения (ВОЗ) указала, что «передача в бессимптомных случаях, вероятно, не является основным фактором передачи». [75] Один метаанализ показал, что 17% инфекций протекают бессимптомно, а у бессимптомных людей вероятность передачи вируса на 42% ниже. [76]

Однако эпидемиологическая модель начала вспышки в Китае предполагает, что «предсимптоматическое выделение может быть типичным среди задокументированных инфекций» и что субклинические инфекции могли быть источником большинства инфекций. [77] Это может объяснить, как из 217 на борту круизного лайнера , пришвартовавшегося в Монтевидео , только 24 из 128, у которых был обнаружен положительный результат на вирусную РНК, проявили симптомы. [78]Точно так же исследование девяноста четырех пациентов, госпитализированных в январе и феврале 2020 года, показало, что пациенты выделяют наибольшее количество вируса за два-три дня до появления симптомов, и что «значительная часть передачи, вероятно, произошла до появления первых симптомов в индексном случае ». [79]

Реинфекция

Существует неуверенность в отношении повторного заражения и долговременного иммунитета. [80] Неизвестно, насколько распространено повторное заражение, но в отчетах указано, что это происходит с разной степенью тяжести. [80]

Первым зарегистрированным случаем повторного заражения стал 33-летний мужчина из Гонконга, у которого первый положительный результат был получен 26 марта 2020 года, он был выписан 15 апреля 2020 года после двух отрицательных тестов и снова дал положительный результат 15 августа 2020 года (142 дня спустя). , что было подтверждено полногеномным секвенированием, показывающим, что вирусные геномы между эпизодами принадлежат к разным кладам . [81] Результаты показали, что коллективный иммунитет не может уничтожить вирус, если повторное заражение не является редкостью, и что вакцины не могут обеспечить пожизненную защиту от вируса. [81]

В другом тематическом исследовании был описан 25-летний мужчина из Невады, у которого 18 апреля 2020 года и 5 июня 2020 года был получен положительный результат на SARS ‑ CoV ‑ 2 (с разделением на два отрицательных теста). Поскольку геномный анализ показал значительные генетические различия между вариантом SARS ‑ CoV ‑ 2, отобранным в эти две даты, авторы тематического исследования определили, что это было повторное заражение. [82] Вторая инфекция мужчины была симптоматически более серьезной, чем первая инфекция, но механизмы, которые могли это объяснить, неизвестны. [82]

Резервуарное и зоонозное происхождение

Передача SARS-CoV-1 и SARS ‑ CoV ‑ 2 от млекопитающих в качестве биологических носителей человеку

Первые известные инфекции SARS ‑ CoV ‑ 2 были обнаружены в Ухане, Китай. [20] Первоначальный источник передачи вируса человеку остается неясным, равно как и то, стал ли вирус патогенным до или после события распространения . [25] [83] [10] Поскольку многие из первых инфицированных были работниками на рынке морепродуктов Хуанань , [84] [85] было высказано предположение, что вирус мог появиться на рынке. [10] [86] Однако другие исследования показывают, что посетители, возможно, занесли вирус на рынок, что затем способствовало быстрому распространению инфекций. [25] [87] В отчете ВОЗ от марта 2021 года о совместном исследовании ВОЗ и Китая говорится, что наиболее вероятным объяснением является распространение инфекции на человека через промежуточного животного-хозяина, а на втором месте - прямое распространение от летучих мышей. Еще одним возможным, но менее вероятным объяснением считалось внедрение через цепочку поставок продуктов питания и рынок морепродуктов Хуанань. [88]

Филогенетический сетевой анализ 160 ранних геномов коронавируса, отобранных с декабря 2019 года по февраль 2020 года, показал, что тип вируса, наиболее тесно связанный с коронавирусом летучих мышей, был наиболее распространен в Гуандуне , Китай, и обозначен как тип «А». Преобладающий тип среди образцов из Ухани, «B», более отдаленно связан с коронавирусом летучих мышей, чем наследственный тип «A». [89] [90]

Исследование естественного резервуара вируса, вызвавшего вспышку атипичной пневмонии в 2002–2004 годах , привело к открытию многих коронавирусов летучих мышей, подобных атипичной пневмонии , большинство из которых происходят из рода подковообразных летучих мышей Rhinolophus . Филогенетический анализ показывает, что образцы, взятые у Rhinolophus sinicus, показывают 80% сходство с SARS ‑ CoV ‑ 2. [22] [91] [92] Филогенетический анализ также показывает, что вирус Rhinolophus affinis , собранный в провинции Юньнань и обозначенный как RaTG13 , на 96% похож на SARS ‑ CoV ‑ 2. [20] [93]Последовательность вируса RaTG13 является ближайшей известной последовательностью к SARS-CoV-2. [88]

Образцы, взятые у Rhinolophus sinicus , вида подковообразных летучих мышей , на 80% похожи на SARS ‑ CoV ‑ 2.

Летучие мыши считаются наиболее вероятным естественным резервуаром SARS ‑ CoV ‑ 2 [94] [95], но различия между коронавирусом летучих мышей и SARS ‑ CoV ‑ 2 предполагают, что люди были инфицированы через промежуточного хозяина. [86]

Хотя изначально предполагалась роль панголинов как промежуточного хозяина (исследование, опубликованное в июле 2020 г., показало, что панголины являются промежуточным хозяином коронавирусов, подобных SARS ‑ CoV ‑ 2 [96] [97] ), последующие исследования не подтвердили их вклад к переливам. [88] Доказательства против этой гипотезы включают тот факт, что образцы вируса панголина слишком далеки от SARS-CoV-2: изоляты, полученные от панголинов, изъятых в провинции Гуандун, были только на 92% идентичны по последовательности геному SARS ‑ CoV ‑ 2. Кроме того, несмотря на сходство в нескольких важных аминокислотах [98] образцы вируса панголина демонстрируют плохое связывание с человеческим рецептором ACE2. [99]

Все имеющиеся данные свидетельствуют о том, что SARS ‑ CoV ‑ 2 имеет естественное животное происхождение и не является генетически модифицированным . [100] Тем не менее, на ранней стадии пандемии в социальных сетях распространились теории заговора, в которых утверждалось, что вирус был создан биоинженерией Китая в Уханьском институте вирусологии . [101] Хотя некоторые, в том числе бывший директор CDC Роберт Р. Редфилд , утверждали, что вирус, возможно, был изучен Институтом и ускользнул из него, [102] большинство вирусологов, изучавших коронавирусы, считают эту возможность очень маловероятной, и март 2021 года В отчете ВОЗ о совместном исследовании ВОЗ и Китая говорится, что такое объяснение «крайне маловероятно». [102][88]

Филогенетика и систематика

Геномная информация
Геномная организация изолята Wuhan-Hu-1, самого раннего секвенированного образца SARS-CoV-2
Идентификатор генома NCBI86693
Размер генома29,903 базиса
Год окончания2020 г.
Браузер генома ( UCSC )

SARS ‑ CoV ‑ 2 принадлежит к широкому семейству вирусов, известных как коронавирусы . [33] Это вирус с одноцепочечной РНК с положительным смыслом (+ оцРНК) с одним линейным сегментом РНК. Другие коронавирусы способны вызывать различные заболевания, от простуды до более серьезных заболеваний, таких как ближневосточный респираторный синдром (MERS, летальность ~ 34%). Это седьмой известный коронавирус заражать людей, после 229Е , NL63 , OC43 , HKU1 , МЭРС-CoV , и оригинальный SARS-CoV . [103]

Как и связанный с атипичной пневмонией коронавирус, участвовавший в вспышке атипичной пневмонии в 2003 году, SARS ‑ CoV ‑ 2 является представителем подрода Sarbecovirus ( линия бета-CoV B). [104] [105] Коронавирусы также часто подвергаются рекомбинации. [106] Его последовательность РНК составляет приблизительно 30 000 оснований в длину, [15] относительно длинная для коронавируса. ТОРС-коронавирус-2 является уникальным среди известных betacoronaviruses в его включении многоосновного сайта расщепляется фуриным , [107] характерный известно, повышают патогенность и пропускаемость в других вирусах. [10] [108] [109]

Имея достаточное количество секвенированных геномов , можно восстановить филогенетическое дерево истории мутаций семейства вирусов. К 12 января 2020 года пять геномов SARS ‑ CoV ‑ 2 были выделены в Ухане, о чем было сообщено Китайским центром по контролю и профилактике заболеваний (CCDC) и другими учреждениями; [15] [110] количество геномов увеличилось до 42 к 30 января 2020 года. [111] Филогенетический анализ этих образцов показал, что они были «тесно связаны не более чем с семью мутациями относительно общего предка », что означает, что первый человек заражение произошло в ноябре или декабре 2019 г. [111] По состоянию на 7 мая 2020 г.4 690 геномов SARS ‑ CoV ‑ 2, взятых на шести континентах, были общедоступны. [112] [ требуется пояснение ]

11 февраля 2020 года Международный комитет по таксономии вирусов объявил, что согласно существующим правилам, которые вычисляют иерархические отношения между коронавирусами на основе пяти консервативных последовательностей нуклеиновых кислот, различия между тем, что тогда называлось 2019-nCoV, и вирусом из SARS 2003 года. вспышки были недостаточны, чтобы выделить их в отдельные вирусные виды . Таким образом, они идентифицировали 2019-nCoV как вирус коронавируса, связанного с тяжелым острым респираторным синдромом . [113]

В июле 2020 года ученые сообщили, что более заразный вариант SARS ‑ CoV ‑ 2 с вариантом шипованного белка G614 заменил D614 в качестве доминирующей формы в пандемии. [114] [115] В октябре 2020 года ученые сообщили в препринте, что вариант 20A.EU1 был впервые обнаружен в Испании в начале лета и стал наиболее частым вариантом во многих европейских странах . Они также иллюстрируют появление и распространение других частых кластеров последовательностей с использованием Nextstrain . [116] [117]

В октябре 2020 года исследователи обнаружили возможный перекрывающийся ген под названием ORF3d в геноме SARS ‑ CoV ‑ 2 . Неизвестно, выполняет ли белок, продуцируемый ORF3d , какую-либо функцию, но он вызывает сильный иммунный ответ. ORF3d был идентифицирован ранее в варианте коронавируса, который поражает ящеров . [118] [119]

Варианты

Основная статья: Варианты SARS-CoV-2
Ложных цвета трансмиссионных электронный микроскоп из B.1.1.7 варианта коронавируса. Считается, что повышенная трансмиссивность этого варианта связана с изменениями в структуре белков-шипов, показанных здесь зеленым цветом.

Существует много тысяч вариантов SARS-CoV-2, которые можно сгруппировать в гораздо более крупные клады . [120] Было предложено несколько различных номенклатур клад . Nextstrain делит варианты на пять кладов (19A, 19B, 20A, 20B и 20C), а GISAID делит их на семь (L, O, V, S, G, GH и GR). [121]

В конце 2020 года появилось несколько примечательных вариантов SARS-CoV-2.

  • Линия B.1.1.7 (ранее известная как вариант, вызывающий озабоченность 202012/01 (VOC 202012/01)), как полагают, возникла в Соединенном Королевстве в сентябре 2020 года. Эпидемиологические маркеры предполагают, что этот вариант является более передаточным и летальным. Среди нескольких мутаций этого варианта есть одна мутация в рецептор-связывающем домене белка-шипа, которая меняет аспарагин в положении 501 на тирозин (N501Y). Эта мутация может привести к более тесному связыванию вируса с рецептором ACE2. В настоящее время он распространен по всему миру.
  • Вариант 501.V2 , имеющий ту же мутацию N501Y, возник независимо в Южной Африке . Он был обнаружен в образцах пациентов, собранных в начале октября 2020 года и в настоящее время распространился по всему миру.
  • Вариант B.1.207 появился в Нигерии. Он имеет мутацию в белке шипа (P681H), который также обнаружен в варианте VOC 202012/01. P681H расположен рядом с сайтом расщепления фурином S1 / S2. Нет никаких доказательств того, что мутации увеличивают трансмиссивность варианта. [122]
  • Первые случаи заражения Lineage B.1.525 были выявлены в декабре 2020 года в Великобритании и Нигерии . В настоящее время он распространен по всему миру.
  • Вариант Кластера 5 появился среди норок и норковых фермеров в Дании. У него есть набор мутаций, которые не наблюдались в других вариантах, в том числе четыре изменения аминокислот в белке-шипе. Вариант умеренно сопротивляется нейтрализующим антителам . Считается, что после строгого карантина, запрета на разведение норок и кампании по эвтаназии норок норки были ликвидированы. [123]
  • Линия P.1 впервые была обнаружена в Манаусе , Бразилия и уже распространилась по всему миру, препринты показали, что этот вариант является более передаваемым и имеет более высокий уровень смертности, чем линии B.1.1.28 и B.1.195.

Структурная биология

Структура вириона SARSr-CoV

Каждый вирион SARS-CoV-2 имеет диаметр 50–200 нанометров . [85] Как и другие коронавирусы, SARS-CoV-2 имеет четыре структурных белка, известных как S ( шип ), E (оболочка), M ( мембрана ) и N ( нуклеокапсид ); белок N содержит геном РНК, а белки S, E и M вместе образуют вирусную оболочку . [124] Спайк-белок, который был отображен на атомном уровне с помощью криогенной электронной микроскопии , [125] [126] является белком, ответственным за то, что позволяет вирусу прикрепляться и сливаться с мембраной клетки-хозяина; [124]в частности, его субъединица S1 катализирует прикрепление, слияние субъединицы S2. [127]

ТОРС-коронавирус-2 шипа гомотример с одним белковой субъединицей выделен. Связывающий домен ACE2 имеет пурпурный цвет.

Эксперименты по моделированию протеина на шиповом белке вируса вскоре показали, что SARS ‑ CoV ‑ 2 обладает достаточным сродством к рецептору ангиотензинпревращающего фермента 2 (ACE2) на клетках человека, чтобы использовать их в качестве механизма входа в клетки . [128] К 22 января 2020 года группа в Китае, работающая с полным геномом вируса, и группа в Соединенных Штатах, использующая методы обратной генетики, независимо и экспериментально продемонстрировали, что ACE2 может действовать как рецептор для SARS ‑ CoV ‑ 2. [20] [129] [29] [130] Исследования показали, что SARS ‑ CoV ‑ 2 имеет более высокое сродство к человеческому ACE2, чем исходный вирус SARS. [125] [131] SARS ‑ CoV ‑ 2 также может использоватьbasigin для помощи при входе в клетки. [132]

Первоначальное праймирование белка шипа трансмембранной протеазой серин 2 (TMPRSS2) необходимо для проникновения SARS ‑ CoV ‑ 2. [30] Хозяйский белок нейропилин 1 (NRP1) может способствовать проникновению вируса в хозяйскую клетку с использованием ACE2. [133] После того, как вирион SARS ‑ CoV ‑ 2 прикрепляется к клетке-мишени, клеточная протеаза TMPRSS2 разрезает спайковый белок вируса, обнажая гибридный пептид в субъединице S2 и рецептор хозяина ACE2. [127] После слияния вокруг вириона образуется эндосома , отделяющая его от остальной части клетки-хозяина. Вирион улетучивается, когда pH эндосомы падает или когда катепсин, цистеиновая протеаза хозяина , расщепляет его. [127] Затем вирион высвобождает РНК в клетку и заставляет клетку производить и распространять копии вируса , которые инфицируют больше клеток. [134]

SARS ‑ CoV ‑ 2 продуцирует по крайней мере три фактора вирулентности, которые способствуют выделению новых вирионов из клеток-хозяев и подавляют иммунный ответ . [124] Включают ли они подавление ACE2, как это наблюдается у аналогичных коронавирусов, остается в стадии расследования (по состоянию на май 2020 г.). [135]

Окрашенные в цифровую форму сканирующие электронные микрофотографии вирионов SARS-CoV-2 (желтого цвета), появляющихся из клеток человека, культивируемых в лаборатории

Эпидемиология

Основная статья: пандемия COVID-19
Просвечивающая электронная микрофотография вирионов SARS ‑ CoV ‑ 2 (красный), выделенных у пациента во время пандемии COVID-19

Основываясь на низкой вариабельности известных геномных последовательностей SARS ‑ CoV ‑ 2 , органы здравоохранения, вероятно, обнаружили вирус в течение нескольких недель после его появления среди населения в конце 2019 года. [25] [136] Самый ранний известный в настоящее время случай инфекции датирован до 1 декабря 2019 года, хотя более ранний случай мог произойти 17 ноября 2019 года. [137] [138] Впоследствии вирус распространился на все провинции Китая и более чем в 150 других стран мира. [139] Передача вируса от человека человеку подтверждена во всех этих регионах. [140] 30 января 2020 года SARS ‑ CoV ‑ 2 был признан чрезвычайной ситуацией в области общественного здравоохранения, имеющей международное значение.ВОЗ [141] [13], а 11 марта 2020 года ВОЗ объявила это пандемией . [14] [142]

Ретроспективные тесты, собранные в рамках китайской системы эпиднадзора, не выявили четких указаний на существенную нераспознанную циркуляцию SARS ‑ CoV ‑ 2 в Ухане во второй половине 2019 года [143].

Основной номер воспроизводства ( ) вируса, по оценкам, составит около 5,7. [144] Это означает, что каждая инфекция от вируса, как ожидается, приведет к 5,7 новым инфекциям, когда ни один из членов сообщества не обладает иммунитетом и не принимаются никакие профилактические меры . Число репродукций может быть выше в густонаселенных условиях, например на круизных лайнерах . [145] В определенных обстоятельствах могут применяться многие формы профилактических мер, чтобы уменьшить распространение вируса. [146]

В материковом Китае зарегистрировано около 96 000 подтвержденных случаев заражения. [139] Хотя доля инфекций, которые приводят к подтвержденным случаям или прогрессированию до диагностируемого заболевания, остается неясной, [147] одна математическая модель подсчитала, что 75 815 человек были инфицированы 25 января 2020 года только в Ухане, в то время как количество подтвержденных случаев во всем мире было всего 2015. [148] До 24 февраля 2020 года более 95% всех смертей от COVID-19 в мире произошло в провинции Хубэй , где расположен Ухань. [149] [150] По состоянию на 7 мая 2021 года процент снизился до 0,099%. [139]

По состоянию на 7 мая 2021 года в рамках продолжающейся пандемии было зарегистрировано 156 077 747 подтвержденных случаев инфекции SARS ‑ CoV ‑ 2. [139] Общее число смертей, приписываемых вирусу, составило 3 256 034 человека. [139] Многие случаи выздоровления как от подтвержденных, так и от непроверенных инфекций не регистрируются, поскольку некоторые страны не собирают эти данные, но по крайней мере 92 301 898 человек выздоровели от подтвержденных инфекций. [139]

Рекомендации

  1. ^ a b c d e Giaimo C (1 апреля 2020 г.). «Колючая клякса, которую видели во всем мире» . Нью-Йорк Таймс . Архивировано 2 апреля 2020 года . Проверено 6 апреля 2020 .
  2. ^ а б Горбаленя А.Е., Бейкер С.К., Барик Р.С., де Гроот Р.Дж., Дростен С., Гуляева А.А. и др. (Март 2020 г.). «Виды Коронавирус, связанный с тяжелым острым респираторным синдромом: классификация 2019-nCoV и присвоение ему названия SARS-CoV-2» . Природная микробиология . 5 (4): 536–544. DOI : 10.1038 / s41564-020-0695-Z . PMC 7095448 . PMID 32123347 .  
  3. ^ «Коронавирусная болезнь под названием Covid-19» . BBC News Online . 11 февраля 2020. Архивировано 15 февраля 2020 года . Дата обращения 15 февраля 2020 .
  4. ↑ Zimmer C (26 февраля 2021 г.). «Тайная жизнь коронавируса - маслянистый пузырь генов шириной 100 нанометров убил более двух миллионов человек и изменил мир. Ученые не совсем понимают, что с этим делать» . Проверено 28 февраля 2021 года .
  5. ^ Определения случаев эпиднадзора за инфицированием человека новым коронавирусом (nCoV): временное руководство, версия 1, январь 2020 г. (Отчет). Всемирная организация здоровья. Январь 2020 г. hdl : 10665/330376 . WHO / 2019-nCoV / Surveillance / v2020.1.
  6. ^ a b «Медицинские работники: часто задаваемые вопросы и ответы» . Центры США по контролю и профилактике заболеваний (CDC) . 11 февраля 2020. Архивировано 14 февраля 2020 года . Дата обращения 15 февраля 2020 .
  7. ^ «О новом коронавирусе (2019-nCoV)» . Центры США по контролю и профилактике заболеваний (CDC) . 11 февраля 2020. Архивировано 11 февраля 2020 года . Проверено 25 февраля 2020 года .
  8. ↑ Harmon A (4 марта 2020 г.). «Мы поговорили с шестью американцами с коронавирусом» . Нью-Йорк Таймс . Архивировано 13 марта 2020 года . Дата обращения 16 марта 2020 .
  9. ^ а б Вонг Джи, Би Й.Х., Ван Ч.В., Чен Х.В., Чжан З.Г., Яо Й.Г. (май 2020 г.). «Зоонозное происхождение коронавируса человека 2019 (HCoV-19 / SARS-CoV-2): почему эта работа важна?» . Зоологические исследования . 41 (3): 213–219. DOI : 10.24272 / j.issn.2095-8137.2020.031 . PMC 7231470 . PMID 32314559 .  
  10. ^ Б с д е е Andersen KG, Rambaut A, Липкина WI, Holmes EC, Garry РФ (17 марта 2020). «Переписка: проксимальное происхождение SARS-CoV-2» . Природная медицина . 26 (4): 450–452. DOI : 10.1038 / s41591-020-0820-9 . PMC 7095063 . PMID 32284615 .  
  11. ^ а б в г ван Дормален Н., Бушмейкер Т., Моррис Д.Х., Холбрук М.Г., Гэмбл А., Уильямсон Б.Н. и др. (Апрель 2020 г.). «Аэрозоль и стабильность поверхности SARS-CoV-2 по сравнению с SARS-CoV-1» . Медицинский журнал Новой Англии . 382 (16): 1564–1567. DOI : 10.1056 / NEJMc2004973 . PMC 7121658 . PMID 32182409 .  
  12. ^ «База данных hCoV-19» . Китайский национальный генетический банк. Архивировано 17 июня 2020 года . Дата обращения 2 июня 2020 .
  13. ^ a b «Заявление на втором заседании Комитета по чрезвычайным ситуациям Международных медико-санитарных правил (2005 г.) в связи со вспышкой нового коронавируса (2019-nCoV)» . Всемирная организация здравоохранения (ВОЗ) (пресс-релиз). 30 января 2020 года. Архивировано 31 января 2020 года . Проверено 30 января 2020 года .
  14. ^ a b «Вступительное слово Генерального директора ВОЗ на брифинге для СМИ по COVID-19 - 11 марта 2020 г.» . Всемирная организация здравоохранения (ВОЗ) (пресс-релиз). 11 марта 2020. Архивировано 11 марта 2020 года . Проверено 12 марта 2020 .
  15. ^ а б в «CoV2020» . GISAID EpifluDB . Архивировано 12 января 2020 года . Проверено 12 января 2020 года .
  16. ^ Machhi J, Herskovitz J, Senan AM, Dutta D, Nath B, Oleynikov MD, et al. (Сентябрь 2020 г.). «Естественная история, патобиология и клинические проявления инфекций SARS-CoV-2» . Журнал нейроиммунной фармакологии . 15 (3): 359–386. DOI : 10.1007 / s11481-020-09944-5 . PMC 7373339 . PMID 32696264 .  
  17. ^ Подоконники ES, Wood SH (10 ноября 2020 г.). «Экспериментальная модель периконцептуальной потери беременности из-за COVID-19 и предлагаемые меры по оптимизации результатов» . Международный журнал молекулярной и клеточной медицины . 9 (3): 180–187. DOI : 10.22088 / IJMCM.BUMS.9.3.180 . PMC 7703664 . PMID 33274180 .  .
    Оригинальную статью Балтимора см. В Baltimore D (сентябрь 1971 г.). «Экспрессия геномов вирусов животных» . Бактериологические обзоры . 35 (3): 235–41. DOI : 10.1128 / MMBR.35.3.235-241.1971 . PMC 378387 . PMID 4329869 .  
  18. ^ а б Чан Дж. Ф., Юань С., Кок К. Х., То К. К., Чу Х, Ян Дж. и др. (Февраль 2020 г.). «Семейный кластер пневмонии, связанный с новым коронавирусом 2019 года, указывающий на передачу от человека к человеку: исследование семейного кластера» . Ланцет . 395 (10223): 514–523. DOI : 10.1016 / S0140-6736 (20) 30154-9 . PMC 7159286 . PMID 31986261 .  
  19. ^ «Новый коронавирус, устойчивый на поверхности в течение нескольких часов» . Национальные институты здоровья (NIH) . NIH.gov. 17 марта 2020. Архивировано 23 марта 2020 года . Дата обращения 4 мая 2020 .
  20. ^ а б в г д Чжоу П., Ян XL, Ван XG, Ху Б., Чжан Л., Чжан В. и др. (Февраль 2020 г.). «Вспышка пневмонии, связанная с новым коронавирусом, вероятно, происхождения летучих мышей» . Природа . 579 (7798): 270–273. Bibcode : 2020Natur.579..270Z . DOI : 10.1038 / s41586-020-2012-7 . PMC 7095418 . PMID 32015507 .  
  21. ↑ Perlman S (февраль 2020 г.). «Еще одно десятилетие, еще один коронавирус» . Медицинский журнал Новой Англии . 382 (8): 760–762. DOI : 10.1056 / NEJMe2001126 . PMC 7121143 . PMID 31978944 .  
  22. ^ а б Бенвенуто Д., Джованетти М., Чиккоцци А., Спото S, Анджелетти С., Чиккоцци М. (апрель 2020 г.). «Эпидемия нового коронавируса в 2019 году: свидетельства эволюции вируса» . Журнал медицинской вирусологии . 92 (4): 455–459. DOI : 10.1002 / jmv.25688 . PMC 7166400 . PMID 31994738 .  
  23. ^ Новый коронавирус (2019-nCoV): отчет о ситуации, 22 (Отчет). Всемирная организация здравоохранения . 11 февраля 2020 г. hdl : 10665/330991 .
  24. ↑ Shield C (7 февраля 2020 г.). «Коронавирус: от летучих мышей до ящеров, как вирусы достигают нас?» . Deutsche Welle . Архивировано 4 июня 2020 года . Проверено 13 марта 2020 .
  25. ^ а б в г Коэн Дж (январь 2020 г.). «Рынок морепродуктов в Ухане не может быть источником глобального распространения нового вируса». Наука . DOI : 10.1126 / science.abb0611 .
  26. ↑ Billah MA, Miah MM, Khan MN (11 ноября 2020 г.). «Репродуктивное число коронавируса: систематический обзор и метаанализ, основанный на доказательствах глобального уровня» . PLOS ONE . 15 (11): e0242128. Bibcode : 2020PLoSO..1542128B . DOI : 10.1371 / journal.pone.0242128 . PMC 7657547 . PMID 33175914 .  
  27. ^ «Вопросы и ответы о коронавирусах (COVID-19)» . Всемирная организация здравоохранения (ВОЗ) . 11 февраля 2020. Архивировано 20 января 2020 года . Проверено 24 февраля 2020 года .
  28. ^ a b «Как распространяется COVID-19» . Центры США по контролю и профилактике заболеваний (CDC) . 27 января 2020 года. Архивировано 28 января 2020 года . Проверено 29 января 2020 года .
  29. ^ a b Letko M, Marzi A, Munster V (февраль 2020 г.). «Функциональная оценка входа в клетки и использования рецепторов для SARS-CoV-2 и других бета-коронавирусов линии B» . Природная микробиология . 5 (4): 562–569. DOI : 10.1038 / s41564-020-0688-у . PMC 7095430 . PMID 32094589 .  
  30. ^ a b Hoffmann M, Kleine-Weber H, Schroeder S, Krüger N, Herrler T, Erichsen S и др. (Апрель 2020 г.). «Вхождение клеток SARS-CoV-2 зависит от ACE2 и TMPRSS2 и блокируется клинически подтвержденным ингибитором протеазы» . Cell . 181 (2): 271–280.e8. DOI : 10.1016 / j.cell.2020.02.052 . PMC 7102627 . PMID 32142651 .  
  31. ↑ Wu KJ (15 апреля 2020 г.). «Во Вселенной больше вирусов, чем звезд. Почему только некоторые заражают нас? - На Земле существует более квадриллиона квадриллионов отдельных вирусов, но большинство из них не готовы проникнуть в людей. Сможем ли мы найти те, которые есть?» . Национальное географическое общество . Архивировано 23 апреля 2020 года . Дата обращения 18 мая 2020 .
  32. ↑ Хуан П. (22 января 2020 г.). «Чем отличается уханьский коронавирус с MERS, SARS и простудой?» . NPR . Архивировано 2 февраля 2020 года . Дата обращения 3 февраля 2020 .
  33. ^ a b Fox D (January 2020). "What you need to know about the novel coronavirus". Nature. doi:10.1038/d41586-020-00209-y. PMID 33483684.
  34. ^ World Health Organization (30 January 2020). Novel Coronavirus (2019-nCoV): situation report, 10 (Report). World Health Organization. hdl:10665/330775.
  35. ^ "World Health Organization Best Practices for the Naming of New Human Infectious Diseases" (PDF). WHO. May 2015. Archived (PDF) from the original on 12 February 2020.
  36. ^ «Новый коронавирус под названием« Covid-19 »: ВОЗ» . СЕГОДНЯ онлайн. Архивировано 21 марта 2020 года . Дата обращения 11 февраля 2020 .
  37. ^ «Коронавирус распространяет расизм против этнических китайцев и среди них» . Экономист . 17 февраля 2020. Архивировано 17 февраля 2020 года . Дата обращения 17 февраля 2020 .
  38. ^ "Naming the coronavirus disease (COVID-2019) and the virus that causes it". World Health Organization. Archived from the original on 28 February 2020. Retrieved 14 December 2020. ICTV announced “severe acute respiratory syndrome coronavirus 2 (SARS-CoV-2)” as the name of the new virus on 11 February 2020. This name was chosen because the virus is genetically related to the coronavirus responsible for the SARS outbreak of 2003. While related, the two viruses are different.
  39. ↑ Hui M (18 марта 2020 г.). «Почему ВОЗ не назовет коронавирус по имени SARS-CoV-2?» . Кварц . Архивировано 25 марта 2020 года . Проверено 26 марта 2020 года .
  40. ^ «Название коронавирусной болезни (COVID-2019) и вируса, который ее вызывает» . Всемирная организация здоровья. Архивировано 28 февраля 2020 года . Проверено 14 декабря 2020 года . С точки зрения информирования о рисках использование названия SARS может иметь непредвиденные последствия с точки зрения создания ненужного страха для некоторых групп населения. ... По этой и другим причинам ВОЗ начала называть вирус «вирусом, ответственным за COVID-19» или «вирусом COVID-19» при общении с общественностью. Ни одно из этих обозначений [sic] не предназначено для замены официального названия вируса, согласованного ICTV. 
  41. ^ Новости, ABC «Твит Трампа« Китайский вирус »помог увеличить расистский антиазиатский контент в Твиттере: Исследование» . ABC News . Проверено 7 апреля 2021 года .
  42. ^ «Трамп призывает американцев сделать вакцину от COVID эксклюзивно для Fox News» . Fox News . Проверено 7 апреля 2021 года . Мы были предметом зависти всего мира, а затем, когда мы были поражены, как я его называю, «китайским вирусом» - COVID - он, очевидно, рухнул вместе с любой другой экономикой.
  43. ^ "Президент Трамп проводит пресс-конференцию | C-SPAN.org" . www.c-span.org . Проверено 7 апреля 2021 года . У нас был колоссальный рост, пока нас не поразил китайский вирус.
  44. ^ Gstalter М (19 марта 2020). «Официальный представитель ВОЗ предостерегает от называть это« китайским вирусом », говорит, что« в этом нет никакой вины » » . Холм . Архивировано 18 апреля 2020 года . Проверено 21 марта 2020 .
  45. ^ Shinkman P (17 March 2020). "Trump Fires Back at Complaints He's Stigmatizing China Over Coronavirus". US News. Archived from the original on 29 March 2020. Retrieved 21 March 2020.
  46. ^ Steakin W (20 June 2020). "Trump heads to Tulsa for return rally amid pandemic, despite mounting warnings from health experts". Archived from the original on 20 June 2020. Retrieved 20 June 2020.
  47. ^ Li JY, You Z, Wang Q, Zhou ZJ, Qiu Y, Luo R, Ge XY (March 2020). "The epidemic of 2019-novel-coronavirus (2019-nCoV) pneumonia and insights for emerging infectious diseases in the future". Microbes and Infection. 22 (2): 80–85. doi:10.1016/j.micinf.2020.02.002. PMC 7079563. PMID 32087334.
  48. ↑ Kessler G (17 апреля 2020 г.). «Ложное заявление Трампа о том, что ВОЗ заявила, что коронавирус« не передается » » . Вашингтон Пост . Архивировано из оригинала 17 апреля 2020 года . Проверено 17 апреля 2020 .
  49. ↑ Kuo L (21 января 2020 г.). «Китай подтверждает передачу коронавируса от человека к человеку» . Хранитель . Архивировано 22 марта 2020 года . Проверено 18 апреля 2020 .
  50. ^ Edwards E (25 January 2020). "How does coronavirus spread?". NBC News. Archived from the original on 28 January 2020. Retrieved 13 March 2020.
  51. ^ Anfinrud P, Stadnytskyi V, Bax CE, Bax A (May 2020). "Visualizing Speech-Generated Oral Fluid Droplets with Laser Light Scattering". The New England Journal of Medicine. 382 (21): 2061–2063. doi:10.1056/NEJMc2007800. PMC 7179962. PMID 32294341.
  52. ^ Stadnytskyi В, Бакс CE, Бакс А, Anfinrud Р (июнь 2020). «Время жизни маленьких речевых капель в воздухе и их потенциальное значение в передаче SARS-CoV-2» . Труды Национальной академии наук Соединенных Штатов Америки . 117 (22): 11875–11877. DOI : 10.1073 / pnas.2006874117 . PMC 7275719 . PMID 32404416 .  
  53. ^ Klompas M, Baker MA, Rhee C (4 August 2020). "Airborne Transmission of SARS-CoV-2". JAMA. 324 (5): 441. doi:10.1001/jama.2020.12458. S2CID 220500293. Retrieved 23 January 2021. Investigators have demonstrated that speaking and coughing produce a mixture of both droplets and aerosols in a range of sizes, that these secretions can travel together for up to 27 feet, that it is feasible for SARS-CoV-2 to remain suspended in the air and viable for hours, that SARS-CoV-2 RNA can be recovered from air samples in hospitals, and that poor ventilation prolongs the amount of time that aerosols remain airborne.
  54. ^ Asadi S, Bouvier N, Wexler AS, Ristenpart WD (2 June 2020). "The coronavirus pandemic and aerosols: Does COVID-19 transmit via expiratory particles?". Aerosol Science and Technology. 54 (6): 635–638. Bibcode:2020AerST..54..635A. doi:10.1080/02786826.2020.1749229. PMC 7157964. PMID 32308568. It is unclear which of these mechanisms plays a key role in transmission of COVID-19. Much airborne disease research prior to the current pandemic has focused on ‘violent’ expiratory events like sneezing and coughing
  55. ^ Rettner R (21 января 2021). «Говорить хуже, чем кашлять, из-за распространения COVID-19 в помещении» . livescience.com . Проверено 23 января 2021 года .В одном смоделированном сценарии исследователи обнаружили, что после непродолжительного кашля количество инфекционных частиц в воздухе быстро снижается через 1–7 минут; напротив, после разговора в течение 30 секунд только через 30 минут количество инфекционных частиц упадет до аналогичного уровня; и по прошествии одного часа большое количество частиц все еще оставалось во взвешенном состоянии. Другими словами, доза вирусных частиц, способная вызвать инфекцию, будет оставаться в воздухе намного дольше после речи, чем при кашле. (В этом смоделированном сценарии во время 0,5-секундного кашля было выпущено такое же количество капель, как и в течение 30 секунд речи.)
  56. ^ de Oliveira PM, Mesquita LC, Gkantonas S, Giusti A, Mastorakos E (January 2021). "Evolution of spray and aerosol from respiratory releases: theoretical estimates for insight on viral transmission". Proceedings of the Royal Society A: Mathematical, Physical and Engineering Sciences. 477 (2245): 20200584. Bibcode:2021RSPSA.47700584D. doi:10.1098/rspa.2020.0584. PMC 7897643. PMID 33633490. S2CID 231643585.
  57. ^ Mandavilli A (4 July 2020). "239 Experts With One Big Claim: The Coronavirus Is Airborne – The W.H.O. has resisted mounting evidence that viral particles floating indoors are infectious, some scientists say. The agency maintains the research is still inconclusive". The New York Times. Archived from the original on 17 November 2020. Retrieved 5 July 2020.
  58. ^ Tufekci Z (30 July 2020). "We Need to Talk About Ventilation". The Atlantic. Archived from the original on 17 November 2020. Retrieved 8 September 2020.
  59. ^ Lewis D (July 2020). "Mounting evidence suggests coronavirus is airborne - but health advice has not caught up". Nature. 583 (7817): 510–513. Bibcode:2020Natur.583..510L. doi:10.1038/d41586-020-02058-1. PMID 32647382. S2CID 220470431. Retrieved 9 October 2020.
  60. ^ Попа А., Дженгер Дж. В., Николсон М. Д., Пенц Т., Шмид Д., Аберл С. В. и др. (Декабрь 2020 г.). «Геномная эпидемиология сверхраспространения событий в Австрии раскрывает мутационную динамику и свойства передачи SARS-CoV-2» . Трансляционная медицина науки . 12 (573): eabe2555. DOI : 10.1126 / scitranslmed.abe2555 . PMC 7857414 . PMID 33229462 .  
  61. ^ Prentiss MG, Chu A, Berggren KK (23 October 2020). "Superspreading Events Without Superspreaders: Using High Attack Rate Events to Estimate Nº for Airborne Transmission of COVID-19". medRxiv. doi:10.1101/2020.10.21.20216895. S2CID 225040713. Retrieved 1 December 2020.
  62. ^ "Getting your workplace ready for COVID-19" (PDF). World Health Organization. 27 February 2020. Archived (PDF) from the original on 2 March 2020. Retrieved 3 March 2020.
  63. ↑ Yong E (20 марта 2020 г.). «Почему коронавирус стал таким успешным» . Атлантика . Архивировано 20 марта 2020 года . Проверено 20 марта 2020 года .
  64. ^ Gibbens S (18 марта 2020). «Почему мыло предпочтительнее отбеливателя в борьбе с коронавирусом» . National Geographic . Архивировано 2 апреля 2020 года . Дата обращения 2 апреля 2020 .
  65. ^ Holshue ML, DeBolt C, Lindquist S, Lofy KH, Wiesman J, Bruce H и др. (Март 2020 г.). «Первый случай нового коронавируса 2019 года в США» . Медицинский журнал Новой Англии . 382 (10): 929–936. DOI : 10.1056 / NEJMoa2001191 . PMC 7092802 . PMID 32004427 .  
  66. ↑ Li D, Jin M, Bao P, Zhao W, Zhang S (май 2020 г.). «Клинические характеристики и результаты тестов спермы у мужчин с коронавирусной болезнью 2019» . Сеть JAMA открыта . 3 (5): e208292. DOI : 10,1001 / jamanetworkopen.2020.8292 . PMC 7206502 . PMID 32379329 .  
  67. ^ Wölfel R, Corman VM, Guggemos W, Seilmaier M, Zange S, Müller MA и др. (Апрель 2020 г.). «Вирусологическая оценка госпитализированных пациентов с COVID-2019» . Природа . 581 (7809): 465–469. Bibcode : 2020Natur.581..465W . DOI : 10.1038 / s41586-020-2196-х . PMID 32235945 . 
  68. ^ Kupferschmidt K (февраль 2020). «Исследование, утверждающее, что новый коронавирус может передаваться от людей без симптомов, было ошибочным». Наука . DOI : 10.1126 / science.abb1524 .
  69. ^ To KK, Tsang OT, Leung WS, Tam AR, Wu TC, Lung DC, et al. (May 2020). "Temporal profiles of viral load in posterior oropharyngeal saliva samples and serum antibody responses during infection by SARS-CoV-2: an observational cohort study". The Lancet. Infectious Diseases. 20 (5): 565–574. doi:10.1016/S1473-3099(20)30196-1. PMC 7158907. PMID 32213337. Archived from the original on 17 April 2020. Retrieved 21 April 2020.
  70. ^ a b Hou YJ, Okuda K, Edwards CE, Martinez DR, Asakura T, Dinnon KH, et al. (July 2020). "SARS-CoV-2 Reverse Genetics Reveals a Variable Infection Gradient in the Respiratory Tract". Cell. 182 (2): 429–446.e14. doi:10.1016/j.cell.2020.05.042. PMC 7250779. PMID 32526206.
  71. ^ "Questions and Answers on the COVID-19: OIE – World Organisation for Animal Health". www.oie.int. Archived from the original on 31 March 2020. Retrieved 16 April 2020.
  72. ^ Goldstein J (6 April 2020). "Bronx Zoo Tiger Is Sick with the Coronavirus". The New York Times. Archived from the original on 9 April 2020. Retrieved 10 April 2020.
  73. ^ "USDA Statement on the Confirmation of COVID-19 in a Tiger in New York". United States Department of Agriculture. 5 April 2020. Archived from the original on 15 April 2020. Retrieved 16 April 2020.
  74. ^ "If You Have Animals—Coronavirus Disease 2019 (COVID-19)". Centers for Disease Control and Prevention (CDC). 13 April 2020. Archived from the original on 1 April 2020. Retrieved 16 April 2020.
  75. ^ World Health Organization (1 February 2020). Novel Coronavirus (2019-nCoV): situation report, 12 (Report). World Health Organization. hdl:10665/330777.
  76. ^ Nogrady B (18 November 2020). "What the data say about asymptomatic COVID infections". Nature. 587 (7835): 534–535. Bibcode:2020Natur.587..534N. doi:10.1038/d41586-020-03141-3. PMID 33214725.
  77. ^ Li R, Pei S, Chen B, Song Y, Zhang T, Yang W, et al. (16 March 2020). "Substantial undocumented infection facilitates the rapid dissemination of novel coronavirus (SARS-CoV2)". Science. 368 (6490): 489–493. Bibcode:2020Sci...368..489L. doi:10.1126/science.abb3221. PMC 7164387. PMID 32179701.
  78. ^ Daily Telegraph, Thursday 28 May 2020, page 2 column 1, which refers to the medical journal Thorax; Thorax May 2020 article COVID-19: in the footsteps of Ernest Shackleton Archived 30 May 2020 at the Wayback Machine
  79. ^ He X, Lau EH, Wu P, Deng X, Wang J, Hao X, et al. (May 2020). "Temporal dynamics in viral shedding and transmissibility of COVID-19". Nature Medicine. 26 (5): 672–675. doi:10.1038/s41591-020-0869-5. PMID 32296168. Retrieved 21 April 2020.
  80. ^ a b Ledford H (September 2020). "Coronavirus reinfections: three questions scientists are asking". Nature. 585 (7824): 168–169. doi:10.1038/d41586-020-02506-y. PMID 32887957. S2CID 221501940. Archived from the original on 17 November 2020. Retrieved 9 October 2020.
  81. ^ a b To KK, Hung IF, Ip JD, Chu AW, Chan WM, Tam AR, et al. (August 2020). "COVID-19 re-infection by a phylogenetically distinct SARS-coronavirus-2 strain confirmed by whole genome sequencing". Clinical Infectious Diseases: ciaa1275. doi:10.1093/cid/ciaa1275. PMC 7499500. PMID 32840608. S2CID 221308584.
  82. ^ a b Tillett RL, Sevinsky JR, Hartley PD, Kerwin H, Crawford N, Gorzalski A, et al. (January 2021). "Genomic evidence for reinfection with SARS-CoV-2: a case study". The Lancet. Infectious Diseases. 21 (1): 52–58. doi:10.1016/S1473-3099(20)30764-7. PMC 7550103. PMID 33058797.
  83. ^ Eschner K (28 January 2020). "We're still not sure where the Wuhan coronavirus really came from". Popular Science. Archived from the original on 30 January 2020. Retrieved 30 January 2020.
  84. ^ Huang C, Wang Y, Li X, Ren L, Zhao J, Hu Y, et al. (15 February 2020). "Clinical features of patients infected with 2019 novel coronavirus in Wuhan, China". The Lancet. 395 (10223): 497–506. doi:10.1016/S0140-6736(20)30183-5. PMC 7159299. PMID 31986264. Archived from the original on 31 January 2020. Retrieved 26 March 2020.
  85. ^ a b Chen N, Zhou M, Dong X, Qu J, Gong F, Han Y, et al. (15 February 2020). "Epidemiological and clinical characteristics of 99 cases of 2019 novel coronavirus pneumonia in Wuhan, China: a descriptive study". The Lancet. 395 (10223): 507–513. doi:10.1016/S0140-6736(20)30211-7. PMC 7135076. PMID 32007143. Archived from the original on 31 January 2020. Retrieved 9 March 2020.
  86. ^ a b Cyranoski D (26 February 2020). "Mystery deepens over animal source of coronavirus". Nature. 579 (7797): 18–19. Bibcode:2020Natur.579...18C. doi:10.1038/d41586-020-00548-w. PMID 32127703.
  87. ^ Yu WB, Tang GD, Zhang L, Corlett RT (21 February 2020). "Decoding evolution and transmissions of novel pneumonia coronavirus using the whole genomic data". ChinaXiv. doi:10.12074/202002.00033 (inactive 5 January 2021). Archived from the original on 23 February 2020. Retrieved 25 February 2020.CS1 maint: DOI inactive as of January 2021 (link)
  88. ^ a b c d "WHO-convened global study of origins of SARS-CoV-2: China Part". www.who.int. Retrieved 31 March 2021.
  89. ^ Forster P, Forster L, Renfrew C, Forster M (8 April 2020). "Phylogenetic network analysis of SARS-CoV-2 genomes" (PDF). PNAS. 117 (17): 9241–9243. doi:10.1073/pnas.2004999117. PMC 7196762. PMID 32269081. Archived (PDF) from the original on 16 April 2020. Retrieved 17 April 2020.
  90. ^ "COVID-19: genetic network analysis provides 'snapshot' of pandemic origins". Cambridge University. 9 April 2020. Archived from the original on 16 April 2020. Retrieved 17 April 2020.
  91. ^ "Bat SARS-like coronavirus isolate bat-SL-CoVZC45, complete genome". National Center for Biotechnology Information (NCBI). 15 February 2020. Archived from the original on 4 June 2020. Retrieved 15 February 2020.
  92. ^ "Bat SARS-like coronavirus isolate bat-SL-CoVZXC21, complete genome". National Center for Biotechnology Information (NCBI). 15 February 2020. Archived from the original on 4 June 2020. Retrieved 15 February 2020.
  93. ^ "Bat coronavirus isolate RaTG13, complete genome". National Center for Biotechnology Information (NCBI). 10 February 2020. Archived from the original on 15 May 2020. Retrieved 5 March 2020.
  94. ^ Report of the WHO-China Joint Mission on Coronavirus Disease 2019 (COVID-19) (PDF) (Report). World Health Organization (WHO). 24 February 2020. Archived (PDF) from the original on 29 February 2020. Retrieved 5 March 2020.
  95. ^ Lu R, Zhao X, Li J, Niu P, Yang B, Wu H, et al. (February 2020). "Genomic characterisation and epidemiology of 2019 novel coronavirus: implications for virus origins and receptor binding". The Lancet. 395 (10224): 565–574. doi:10.1016/S0140-6736(20)30251-8. PMC 7159086. PMID 32007145.
  96. ^ Xiao K, Zhai J, Feng Y, Zhou N, Zhang X, Zou JJ, Li N, Guo Y, Li X, Shen X, Zhang Z, Shu F, Huang W, Li Y, Zhang Z, Chen RA, Wu YJ, Peng SM, Huang M, Xie WJ, Cai QH, Hou FH, Chen W, Xiao L, Shen Y (July 2020). "Isolation of SARS-CoV-2-related coronavirus from Malayan pangolins". Nature. 583 (7815): 286–289. Bibcode:2020Natur.583..286X. doi:10.1038/s41586-020-2313-x. PMID 32380510. S2CID 218557880.
  97. ^ Zhao J, Cui W, Tian BP (2020). "The Potential Intermediate Hosts for SARS-CoV-2". Frontiers in Microbiology. 11: 580137. doi:10.3389/fmicb.2020.580137. PMC 7554366. PMID 33101254.
  98. ^ Hu B, Guo H, Zhou P, Shi ZL (October 2020). "Characteristics of SARS-CoV-2 and COVID-19". Nature Reviews Microbiology. 19 (3): 141–154. doi:10.1038/s41579-020-00459-7. PMC 7537588. PMID 33024307.
  99. ^ Giovanetti M, Benedetti F, Campisi G, Ciccozzi A, Fabris S, Ceccarelli G, Tambone V, Caruso A, Angeletti S, Zella D, Ciccozzi M (November 2020). "Evolution patterns of SARS-CoV-2: Snapshot on its genome variants". Biochemical and Biophysical Research Communications. 538: 88–91. doi:10.1016/j.bbrc.2020.10.102. PMC 7836704. PMID 33199021. S2CID 226988090.
  100. ^ "Origin of SARS-CoV-2". www.who.int. Archived from the original on 17 November 2020. Retrieved 14 October 2020.
  101. ^ Zoumpourlis V, Goulielmaki M, Rizos E, Baliou S, Spandidos DA (October 2020). "The COVID-19 pandemic as a scientific and social challenge in the 21st century". Mol Med Rep (Review). 22 (4): 3035–3048. doi:10.3892/mmr.2020.11393. PMC 7453598. PMID 32945405.
  102. ^ a b Gorman, James; Barnes, Julian E. (26 March 2021). "The C.D.C.'s ex-director offers no evidence in favoring speculation that the coronavirus originated in a lab". The New York Times. ISSN 0362-4331. Retrieved 29 April 2021.
  103. ^ Zhu N, Zhang D, Wang W, Li X, Yang B, Song J, et al. (February 2020). "A Novel Coronavirus from Patients with Pneumonia in China, 2019". The New England Journal of Medicine. 382 (8): 727–733. doi:10.1056/NEJMoa2001017. PMC 7092803. PMID 31978945.
  104. ^ "Phylogeny of SARS-like betacoronaviruses". nextstrain. Archived from the original on 20 January 2020. Retrieved 18 January 2020.
  105. ^ Wong AC, Li X, Lau SK, Woo PC (February 2019). "Global Epidemiology of Bat Coronaviruses". Viruses. 11 (2): 174. doi:10.3390/v11020174. PMC 6409556. PMID 30791586.
  106. ^ Singh, Devika; Yi, Soojin V. (16 April 2021). "On the origin and evolution of SARS-CoV-2". Experimental & Molecular Medicine. doi:10.1038/s12276-021-00604-z.
  107. ^ Andersen KG, Rambaut A, Lipkin WI, Holmes EC, Garry RF (April 2020). "The proximal origin of SARS-CoV-2". Nature Medicine. 26 (4): 450–452. doi:10.1038/s41591-020-0820-9. PMC 7095063. PMID 32284615.
  108. ^ Walls AC, Park YJ, Tortorici MA, Wall A, McGuire AT, Veesler D (9 March 2020). "Structure, function and antigenicity of the SARS-CoV-2 spike glycoprotein". Cell. 181 (2): 281–292.e6. doi:10.1016/j.cell.2020.02.058. PMC 7102599. PMID 32155444.
  109. ^ Coutard B, Valle C, de Lamballerie X, Canard B, Seidah NG, Decroly E (February 2020). "The spike glycoprotein of the new coronavirus 2019-nCoV contains a furin-like cleavage site absent in CoV of the same clade". Antiviral Research. 176: 104742. doi:10.1016/j.antiviral.2020.104742. PMC 7114094. PMID 32057769.
  110. ^ "Initial genome release of novel coronavirus". Virological. 11 January 2020. Archived from the original on 12 January 2020. Retrieved 12 January 2020.
  111. ^ a b Bedford T, Neher R, Hadfield N, Hodcroft E, Ilcisin M, Müller N. "Genomic analysis of nCoV spread: Situation report 2020-01-30". nextstrain.org. Archived from the original on 15 March 2020. Retrieved 18 March 2020.
  112. ^ "Genomic epidemiology of novel coronavirus - Global subsampling". Nextstrain. Archived from the original on 20 April 2020. Retrieved 7 May 2020.
  113. ^ Gorbalenya AE, Baker SC, Baric RS, de Groot RJ, Drosten C, Gulyaeva AA, et al. (March 2020). "The species Severe acute respiratory syndrome-related coronavirus: classifying 2019-nCoV and naming it SARS-CoV-2". Nature Microbiology. 5 (4): 536–544. doi:10.1038/s41564-020-0695-z. PMC 7095448. PMID 32123347.
  114. ^ "New, more infectious strain of COVID-19 now dominates global cases of virus: study". medicalxpress.com. Archived from the original on 17 November 2020. Retrieved 16 August 2020.
  115. ^ Korber B, Fischer WM, Gnanakaran S, Yoon H, Theiler J, Abfalterer W, et al. (August 2020). "Tracking Changes in SARS-CoV-2 Spike: Evidence that D614G Increases Infectivity of the COVID-19 Virus". Cell. 182 (4): 812–827.e19. doi:10.1016/j.cell.2020.06.043. PMC 7332439. PMID 32697968.
  116. ^ Meredith S (29 October 2020). "A new coronavirus variant is seen spreading across Europe, research says". CNBC. Retrieved 10 November 2020.
  117. ^ Hodcroft EB, Zuber M, Nadeau S, Crawford KH, Bloom JD, Veesler D, et al. (November 2020). "Emergence and spread of a SARS-CoV-2 variant through Europe in the summer of 2020". MedRxiv: 2020.10.25.20219063. doi:10.1101/2020.10.25.20219063. PMC 7709189. PMID 33269368.
  118. ^ Dockrill P (11 November 2020). "Scientists Just Found a Mysteriously Hidden 'Gene Within a Gene' in SARS-CoV-2". ScienceAlert. Archived from the original on 17 November 2020. Retrieved 11 November 2020.
  119. ^ Nelson CW, et al. (1 October 2020). "Dynamically evolving novel overlapping gene as a factor in the SARS-CoV-2 pandemic". eLife. 9. doi:10.7554/eLife.59633. PMC 7655111. PMID 33001029. Archived from the original on 17 November 2020. Retrieved 11 November 2020.
  120. ^ Koyama T, Platt D, Parida L (July 2020). "Variant analysis of SARS-CoV-2 genomes". Bulletin of the World Health Organization. 98 (7): 495–504. doi:10.2471/BLT.20.253591. PMC 7375210. PMID 32742035. We detected in total 65776 variants with 5775 distinct variants.
  121. ^ Alm E, Broberg EK, Connor T, Hodcroft EB, Komissarov AB, Maurer-Stroh S, Melidou A, Neher RA, O'Toole Á, Pereyaslov D (August 2020). "Geographical and temporal distribution of SARS-CoV-2 clades in the WHO European Region, January to June 2020". Euro Surveillance. 25 (32). doi:10.2807/1560-7917.ES.2020.25.32.2001410. PMC 7427299. PMID 32794443.
  122. ^ "Emerging SARS-CoV-2 Variants". Centers for Disease Control and Prevention. 30 December 2020. Retrieved 30 December 2020.
  123. ^ "SARS-CoV-2 mink-associated variant strain – Denmark". WHO. 3 December 2020. Retrieved 30 December 2020.
  124. ^ a b c Wu C, Liu Y, Yang Y, Zhang P, Zhong W, Wang Y, et al. (February 2020). "Analysis of therapeutic targets for SARS-CoV-2 and discovery of potential drugs by computational methods". Acta Pharmaceutica Sinica B. 10 (5): 766–788. doi:10.1016/j.apsb.2020.02.008. PMC 7102550. PMID 32292689.
  125. ^ a b Wrapp D, Wang N, Corbett KS, Goldsmith JA, Hsieh CL, Abiona O, et al. (February 2020). "Cryo-EM structure of the 2019-nCoV spike in the prefusion conformation". Science. 367 (6483): 1260–1263. Bibcode:2020Sci...367.1260W. doi:10.1126/science.abb2507. PMC 7164637. PMID 32075877.
  126. ^ Mandelbaum RF (19 February 2020). "Scientists Create Atomic-Level Image of the New Coronavirus's Potential Achilles Heel". Gizmodo. Archived from the original on 8 March 2020. Retrieved 13 March 2020.
  127. ^ a b c Aronson JK (25 March 2020). "Coronaviruses – a general introduction". Centre for Evidence-Based Medicine, Nuffield Department of Primary Care Health Sciences, University of Oxford. Archived from the original on 22 May 2020. Retrieved 24 May 2020.
  128. ^ Xu X, Chen P, Wang J, Feng J, Zhou H, Li X, et al. (March 2020). "Evolution of the novel coronavirus from the ongoing Wuhan outbreak and modeling of its spike protein for risk of human transmission". Science China. Life Sciences. 63 (3): 457–460. doi:10.1007/s11427-020-1637-5. PMC 7089049. PMID 32009228.
  129. ^ Letko M, Munster V (January 2020). "Functional assessment of cell entry and receptor usage for lineage B β-coronaviruses, including 2019-nCoV" (PDF). bioRxiv (preprint). doi:10.1101/2020.01.22.915660. PMC 7217099. PMID 32511294. Archived (PDF) from the original on 22 April 2020. Retrieved 5 May 2020.
  130. ^ El Sahly HM. "Genomic Characterization of the 2019 Novel Coronavirus". The New England Journal of Medicine. Archived from the original on 17 February 2020. Retrieved 9 February 2020.
  131. ^ "Novel coronavirus structure reveals targets for vaccines and treatments". National Institutes of Health (NIH). 2 March 2020. Archived from the original on 1 April 2020. Retrieved 3 April 2020.
  132. ^ Wang K, Chen W, Zhou YS, Lian JQ, Zhang Z, Du P, et al. (14 March 2020). "SARS-CoV-2 invades host cells via a novel route: CD147-spike protein" (PDF). bioRxiv (preprint). doi:10.1101/2020.03.14.988345. S2CID 214725955. Archived (PDF) from the original on 11 May 2020. Retrieved 5 May 2020.
  133. ^ Zamorano Cuervo N, Grandvaux N (November 2020). "ACE2: Evidence of role as entry receptor for SARS-CoV-2 and implications in comorbidities". eLife. 9. doi:10.7554/eLife.61390. PMC 7652413. PMID 33164751.
  134. ^ "Anatomy of a Killer: Understanding SARS-CoV-2 and the drugs that might lessen its power". The Economist. 12 March 2020. Archived from the original on 14 March 2020. Retrieved 14 March 2020.
  135. ^ Beeching NJ, Fletcher TE, Fowler R (22 May 2020). "BMJ Best Practice: Coronavirus Disease 2019 (COVID-19)" (PDF). BMJ. Archived (PDF) from the original on 13 June 2020. Retrieved 25 May 2020.
  136. ^ Oberholzer M, Febbo P (19 February 2020). "What We Know Today about Coronavirus SARS-CoV-2 and Where Do We Go from Here". Genetic Engineering and Biotechnology News. Archived from the original on 14 March 2020. Retrieved 13 March 2020.
  137. ^ The First 50 days of COVID-19: A Detailed Chronological Timeline and Extensive Review of Literature Documenting the Pandemic. Elsevier. 2020. ISBN 978-0-12-824313-8.
  138. ^ Ma J (13 March 2020). "Coronavirus: China's first confirmed Covid-19 case traced back to November 17". South China Morning Post. Archived from the original on 13 March 2020. Retrieved 16 March 2020.
  139. ^ a b c d e f "COVID-19 Dashboard by the Center for Systems Science and Engineering (CSSE) at Johns Hopkins University (JHU)". ArcGIS. Johns Hopkins University. Retrieved 7 May 2021.
  140. ^ Coronavirus disease 2019 (COVID-19) Situation Report – 69 (Report). World Health Organization. 29 March 2020. hdl:10665/331615.
  141. ^ Wee SL, McNeil Jr. DG, Hernández JC (30 January 2020). "W.H.O. Declares Global Emergency as Wuhan Coronavirus Spreads". The New York Times. Archived from the original on 30 January 2020. Retrieved 30 January 2020.
  142. ^ McKay B, Calfas J, Ansari T (11 March 2020). "Coronavirus Declared Pandemic by World Health Organization". The Wall Street Journal. Archived from the original on 11 March 2020. Retrieved 12 March 2020.
  143. ^ "WHO-convened Global Study of Origins of SARS-CoV-2: China Part. Joint Report" (PDF). World Health Organization. World Health Organization. Retrieved 30 March 2021.
  144. ^ Sanche S, Lin YT, Xu C, Romero-Severson E, Hengartner N, Ke R (July 2020). "High Contagiousness and Rapid Spread of Severe Acute Respiratory Syndrome Coronavirus 2". Emerging Infectious Diseases. 26 (7): 1470–1477. doi:10.3201/eid2607.200282. PMC 7323562. PMID 32255761.
  145. ^ Rocklöv J, Sjödin H, Wilder-Smith A (February 2020). "COVID-19 outbreak on the Diamond Princess cruise ship: estimating the epidemic potential and effectiveness of public health countermeasures". Journal of Travel Medicine. 27 (3). doi:10.1093/jtm/taaa030. PMC 7107563. PMID 32109273.
  146. ^ Dhama K, Khan S, Tiwari R, Sircar S, Bhat S, Malik YS, et al. (September 2020). "Coronavirus Disease 2019-COVID-19". Clinical Microbiology Reviews. 33 (4). doi:10.1128/CMR.00028-20. PMC 7405836. PMID 32580969.
  147. ^ Branswell H (30 January 2020). "Limited data on coronavirus may be skewing assumptions about severity". STAT. Archived from the original on 1 February 2020. Retrieved 13 March 2020.
  148. ^ Wu JT, Leung K, Leung GM (February 2020). "Nowcasting and forecasting the potential domestic and international spread of the 2019-nCoV outbreak originating in Wuhan, China: a modelling study". The Lancet. 395 (10225): 689–697. doi:10.1016/S0140-6736(20)30260-9. PMC 7159271. PMID 32014114.
  149. ^ Boseley S, McCurry J (30 January 2020). "Coronavirus deaths leap in China as countries struggle to evacuate citizens". The Guardian. Archived from the original on 6 February 2020. Retrieved 10 March 2020.
  150. ^ Paulinus A (25 February 2020). "Coronavirus: China to repay Africa in safeguarding public health". The Sun. Archived from the original on 9 March 2020. Retrieved 10 March 2020.

Further reading

  • Bar-On YM, Flamholz A, Phillips R, Milo R (31 March 2020). "SARS-CoV-2 (COVID-19) by the numbers". eLife. 9. arXiv:2003.12886. Bibcode:2020arXiv200312886B. doi:10.7554/eLife.57309. PMC 7224694. PMID 32228860.
  • Brüssow H (March 2020). "The Novel Coronavirus – A Snapshot of Current Knowledge". Microbial Biotechnology. 2020 (3): 607–612. doi:10.1111/1751-7915.13557. PMC 7111068. PMID 32144890.
  • Cascella M, Rajnik M, Cuomo A, Dulebohn SC, Di Napoli R (January 2020). "Features, Evaluation and Treatment Coronavirus (COVID-19)". StatPearls. PMID 32150360. Archived from the original on 6 April 2020. Retrieved 4 April 2020.
  • Laboratory testing for coronavirus disease 2019 (COVID-19) in suspected human cases (Report). World Health Organization. 2 March 2020. hdl:10665/331329.
  • Zoumpourlis V, Goulielmaki M, Rizos E, Baliou S, Spandidos DA (October 2020). "The COVID-19 pandemic as a scientific and social challenge in the 21st century". Mol Med Rep (Review). 22 (4): 3035–3048. doi:10.3892/mmr.2020.11393. PMC 7453598. PMID 32945405.

External links

  • "Coronavirus Disease 2019 (COVID-19)". Centers for Disease Control and Prevention (CDC). 11 February 2020.
  • "Coronavirus disease (COVID-19) Pandemic". World Health Organization (WHO).
  • "SARS-CoV-2 (Severe acute respiratory syndrome coronavirus 2) Sequences". National Center for Biotechnology Information (NCBI).
  • "COVID-19 Resource Centre". The Lancet.
  • "Coronavirus (Covid-19)". The New England Journal of Medicine.
  • "Covid-19: Novel Coronavirus Outbreak". Wiley.
  • "SARS-CoV-2". Virus Pathogen Database and Analysis Resource.
  • "SARS-CoV-2 related protein structures". Protein Data Bank.
Classification
D
  • ICD-10: U07.1
  • MeSH: C000656484
  • SNOMED CT: 840533007