Сигнал упаковки коронавируса

Сигнал упаковки коронавируса
Прогнозируемая вторичная структура и сохранение последовательности Corona_package
Идентификаторы
Символ	Corona_package
Рфам	RF00182
Прочие данные
Тип РНК	Снг
Домен (ы)	Вирусы
ТАК	ТАК: 0000233
Структуры PDB	PDBe

Сигнал упаковки коронавируса является сохраняющийся цис-регуляторных элементов найдены в Betacoronavirus (часть коронавируса подсемейства вирусов ). Он играет важную роль в регулировании упаковки вирусного генома в капсид . В рамках жизненного цикла вируса внутри инфицированной клетки вирусный геном связывается с вирусными белками и собирается в новые инфекционные потомки вирусов. Этот процесс называется упаковкой и жизненно важен для репликации вируса.

Сигнал упаковки обнаруживается в геноме одноцепочечной РНК с положительным смыслом . Он взаимодействует с вирусными белками (M и N) ^[1] и обеспечивает избирательную упаковку вирусной РНК в вирионы. ^[2]

Этот элемент РНК является консервативным в Embecovirus (ранее известном как линия Бетакоронавируса A ^[3] ), который включает вирус гепатита мышей (MHV), коронавирус крупного рогатого скота (BCoV) и человеческие коронавирусы, такие как HCoV-HKU1 и HCoV-OC43 . Примечательно, что этот элемент отсутствует в других вирусных линиях, у которых развились отдельные сигналы упаковки. Например, его нет у SARS-CoV и SARS-CoV-2 ^[1] (вопреки предыдущим утверждениям ^[4] , которые были опровергнуты ^[5] ).

Сигнал упаковки имеет консервативную вторичную структуру РНК с четырьмя мотивами внутренней петли AGC / GUAAU. ^[6] В вирусном геноме сигнал упаковки находится в неструктурном белке 15 (nsp15) и кодирует полипептид, который находится на поверхности белка nsp15. ^[7] Удаление сигнала упаковки или введение мутаций, которые нарушают его вторичную структуру, но не кодируемого пептида, приводят к потере специфичности упаковки. В то же время перемещение сигнала упаковки в другую часть генома не оказало отрицательного влияния на упаковку. ^[8]

Другие семейства РНК, идентифицированные в коронавирусе, включают цис-действующий элемент репликации SL-III (CRE) , элемент стимуляции сдвига рамки считывания коронавируса , коронавирусный 3'-подобный мотив стебель-петля II (s2m) , а также 5'- и Псевдоузел 3 ′ UTR .

См. Также [ править ]

Коронавирус 5 'UTR
Коронавирус 3 'UTR
Псевдоузел Coronavirus 3 ′ UTR
Мотив, подобный 3'-петле II коронавируса (s2m)
Элемент стимуляции сдвига кадра коронавируса

Ссылки [ править ]

^ a b Masters, PS (ноябрь 2019 г.). «Упаковка геномной РНК коронавируса» . Вирусология . 537 : 198–207. DOI : 10.1016 / j.virol.2019.08.031 . PMC 7112113 . PMID 31505321 .
Перейти ↑ Narayanan K, Makino S (2001). «Взаимодействие сигнала упаковки РНК и белка оболочки вируса в упаковке РНК коронавируса» . J. Virol . 75 (19): 9059–9067. DOI : 10,1128 / JVI.75.19.9059-9067.2001 . PMC 114474 . PMID 11533169 .
^ Вонг, Антонио CP; Ли, Синь; Лау, Сусанна КП; Ву, Патрик CY (февраль 2019 г.). «Глобальная эпидемиология коронавирусов летучих мышей» . Вирусы . 11 (2): 174. DOI : 10,3390 / v11020174 . ISSN 1999-4915 . PMC 6409556 . PMID 30791586 .
^ Цинь, Лэй; Сюн, Бен; Ло, Ченг; Го, Цзун-Мин; Хао, Пэй; Су, Цзюн; Нан, Пэн; Фэн, Инь; Ши И-Сян; Юй Сяо-Цзин; Ло, Сяо-Минь (июнь 2003 г.). «Идентификация вероятной геномной сигнальной последовательности упаковки из генома SARS-CoV с помощью биоинформатического анализа». Acta Pharmacologica Sinica . 24 (6): 489–496. ISSN 1671-4083 . PMID 12791173 .
^ Куо, Лили; Koetzner, Cheri A .; Hurst, Kelley R .; Мастерс, Пол С. (апрель 2014 г.). «Распознавание сигнала упаковки геномной РНК мышиного коронавируса зависит от второго РНК-связывающего домена белка нуклеокапсида» . Журнал вирусологии . 88 (8): 4451–4465. DOI : 10,1128 / JVI.03866-13 . ISSN 1098-5514 . PMC 3993769 . PMID 24501403 .
^ Чен, Ши-Ченг; ван ден Борн, Эрвин; ван ден Ворм, Sjoerd HE; Плейдж, Корнелис WA; Снайдер, Эрик Дж .; Олстхорн, Рене С.Л. (июнь 2007 г.). «Новая модель структуры для сигнала упаковки в геноме коронавирусов группы IIa» . Журнал вирусологии . 81 (12): 6771–6774. DOI : 10,1128 / JVI.02231-06 . ISSN 0022-538X . PMC 1900089 . PMID 17428856 .
^ Сюй, Сяолин; Чжай, Юйцзя; Сунь, Фэй; Лу, Чжиюн; Су, Дан; Сюй Юаньюань; Чжан, Жунгуан; Иоахимиак, Анджей; Чжан, Сюэцзюнь Ц .; Бартлам, Марк; Рао, Цзихэ (август 2006 г.). «Новая противовирусная мишень, обнаруженная с помощью гексамерной структуры неструктурного белка вируса гепатита мышей nsp15» . Журнал вирусологии . 80 (16): 7909–7917. DOI : 10,1128 / JVI.00525-06 . ISSN 0022-538X . PMC 1563835 . PMID 16873248 .
^ Куо, Лили; Мастерс, Пол С. (май 2013 г.). «Функциональный анализ сигнала упаковки геномной РНК коронавируса мышей» . Журнал вирусологии . 87 (9): 5182–5192. DOI : 10,1128 / JVI.00100-13 . ISSN 0022-538X . PMC 3624306 . PMID 23449786 .

Внешние ссылки [ править ]

Страница сигнала упаковки коронавируса в Rfam

Эта статья по молекулярной или клеточной биологии незавершена . Вы можете помочь Википедии, расширив ее .

[:0-1] Masters, PS (ноябрь 2019 г.). «Упаковка геномной РНК коронавируса» . Вирусология . 537 : 198–207. DOI : 10.1016 / j.virol.2019.08.031 . PMC 7112113 . PMID 31505321 .

[pmid11533169-2] Перейти ↑ Narayanan K, Makino S (2001). «Взаимодействие сигнала упаковки РНК и белка оболочки вируса в упаковке РНК коронавируса» . J. Virol . 75 (19): 9059–9067. DOI : 10,1128 / JVI.75.19.9059-9067.2001 . PMC 114474 . PMID 11533169 .

[3] Вонг, Антонио CP; Ли, Синь; Лау, Сусанна КП; Ву, Патрик CY (февраль 2019 г.). «Глобальная эпидемиология коронавирусов летучих мышей» . Вирусы . 11 (2): 174. DOI : 10,3390 / v11020174 . ISSN 1999-4915 . PMC 6409556 . PMID 30791586 .

[4] Цинь, Лэй; Сюн, Бен; Ло, Ченг; Го, Цзун-Мин; Хао, Пэй; Су, Цзюн; Нан, Пэн; Фэн, Инь; Ши И-Сян; Юй Сяо-Цзин; Ло, Сяо-Минь (июнь 2003 г.). «Идентификация вероятной геномной сигнальной последовательности упаковки из генома SARS-CoV с помощью биоинформатического анализа». Acta Pharmacologica Sinica . 24 (6): 489–496. ISSN 1671-4083 . PMID 12791173 .

[5] Куо, Лили; Koetzner, Cheri A .; Hurst, Kelley R .; Мастерс, Пол С. (апрель 2014 г.). «Распознавание сигнала упаковки геномной РНК мышиного коронавируса зависит от второго РНК-связывающего домена белка нуклеокапсида» . Журнал вирусологии . 88 (8): 4451–4465. DOI : 10,1128 / JVI.03866-13 . ISSN 1098-5514 . PMC 3993769 . PMID 24501403 .

[6] Чен, Ши-Ченг; ван ден Борн, Эрвин; ван ден Ворм, Sjoerd HE; Плейдж, Корнелис WA; Снайдер, Эрик Дж .; Олстхорн, Рене С.Л. (июнь 2007 г.). «Новая модель структуры для сигнала упаковки в геноме коронавирусов группы IIa» . Журнал вирусологии . 81 (12): 6771–6774. DOI : 10,1128 / JVI.02231-06 . ISSN 0022-538X . PMC 1900089 . PMID 17428856 .

[7] Сюй, Сяолин; Чжай, Юйцзя; Сунь, Фэй; Лу, Чжиюн; Су, Дан; Сюй Юаньюань; Чжан, Жунгуан; Иоахимиак, Анджей; Чжан, Сюэцзюнь Ц .; Бартлам, Марк; Рао, Цзихэ (август 2006 г.). «Новая противовирусная мишень, обнаруженная с помощью гексамерной структуры неструктурного белка вируса гепатита мышей nsp15» . Журнал вирусологии . 80 (16): 7909–7917. DOI : 10,1128 / JVI.00525-06 . ISSN 0022-538X . PMC 1563835 . PMID 16873248 .

[8] Куо, Лили; Мастерс, Пол С. (май 2013 г.). «Функциональный анализ сигнала упаковки геномной РНК коронавируса мышей» . Журнал вирусологии . 87 (9): 5182–5192. DOI : 10,1128 / JVI.00100-13 . ISSN 0022-538X . PMC 3624306 . PMID 23449786 .

[1]