Из Википедии, бесплатной энциклопедии
Перейти к навигации Перейти к поиску

Штрих-кодирование ДНК при оценке диеты - это использование штрих-кодирования ДНК для анализа рациона организмов. [1] [2] и далее обнаруживать и описывать их трофические взаимодействия . [3] [4] Этот подход основан на идентификации потребляемых видов путем характеристики ДНК, присутствующей в образцах пищи [5], например, отдельные пищевые остатки, срыгивания, образцы кишечника и фекалий, гомогенизированное тело организма-хозяина, мишень для исследование диеты (например, на всем теле насекомых [6] ).

Секвенирование ДНК подход , который будет принято , зависит от диеты широты целевого потребителя. Для организмов, питающихся одним или несколькими видами, можно использовать традиционные методы секвенирования по Сэнгеру . Для многоядных видов, рацион которых труднее идентифицировать, можно определить все потребляемые виды, используя методологию NGS . [7]

В штрих - маркеры , используемые для усиления будет отличаться в зависимости от рациона питания организма - мишени. Для рационов травоядных стандартные локусы штрих-кода ДНК будут значительно отличаться в зависимости от таксономического уровня растений . [8] Таким образом, для идентификации растительной ткани на уровне таксономического семейства или рода используются маркеры rbcL и trn-L-интрон , которые отличаются от локусов ITS2 , matK , trnH-psbA (некодирующий межгенный спейсер), используемых для определения диеты. предметы по роду и видамуровень. [9] Что касается животных, то наиболее широко используемыми маркерами штрих-кода ДНК для идентификации рациона являются митохондриальная цитокром С-оксидаза ( COI ) и цитохром b ( cytb ). [10] Когда диета обширна и разнообразна, для идентификации большинства потребляемых продуктов используется метабаркодирование ДНК . [11]

Преимущества [ править ]

Основным преимуществом использования штрих-кодирования ДНК при оценке рациона является возможность обеспечить высокое таксономическое разрешение потребляемых видов. [12] Действительно, по сравнению с традиционным морфологическим анализом, штрих-кодирование ДНК позволяет более надежно разделить тесно связанные таксоны, снижая наблюдаемую систематическую ошибку. [13] [14] Кроме того, штрих-кодирование ДНК позволяет обнаруживать мягкие и хорошо переваренные предметы, не распознаваемые посредством морфологической идентификации. [15] Например, паукообразные питаются предварительно переваренными телами насекомых или других мелких животных, а содержимое их желудков слишком разложено и морфологически неузнаваемо при использовании традиционных методов, таких как микроскопия . [16]

При исследовании рациона травоядных животных метабаркодирование ДНК позволяет обнаруживать хорошо переваренные растения с большим количеством идентифицированных таксонов по сравнению с микрогистологией и макроскопическим анализом. [17] [18] Например, Nichols et al. (2016) подчеркнули таксономическую точность метабаркодирования содержимого рубца : в среднем 90% последовательностей ДНК идентифицируются на уровне рода или вида по сравнению с 75% фрагментов растений, распознаваемых с помощью макроскопии. Morevoer, еще одно эмпирически проверенное преимущество метабаркодирования по сравнению с традиционными трудоемкими методами, включает более высокую экономическую эффективность. [19] Наконец, благодаря высокому разрешению штрих-кодирование ДНК представляет собой важный инструмент вуправление дикой природой для выявления пищевых привычек исчезающих видов и животных, которые могут нанести ущерб окружающей среде в результате кормления. [20]

Проблемы [ править ]

С помощью штрих-кодирования ДНК невозможно получить информацию о поле или возрасте жертвы, что может иметь решающее значение. Это ограничение в любом случае можно преодолеть с помощью дополнительного этапа анализа с использованием микросателлитного полиморфизма и амплификации Y-хромосомы . [21] [22] Кроме того, ДНК предоставляет подробную информацию о самых последних событиях (например, 24–48 часов), но не может обеспечить более длительную перспективу питания, если не проводится непрерывный отбор образцов. [23] Кроме того, при использовании общих праймеровкоторые амплифицируют области «штрих-кода» из широкого диапазона видов пищи, амплифицируемая ДНК хозяина может значительно превосходить по численности ДНК жертвы, что затрудняет обнаружение добычи. Однако стратегией предотвращения амплификации ДНК хозяина может быть добавление специфичного для хищника блокирующего праймера . [24] [25] [26] Действительно, блокирующие праймеры для подавления амплификации ДНК хищников позволяют амплификацию других групп позвоночных и создают смеси ампликонов , которые преимущественно представляют собой пищевую ДНК. [27] [28]

Несмотря на улучшение оценки рациона с помощью штрих-кодирования ДНК, вторичное потребление (добыча, паразиты и т. Д.) По-прежнему является мешающим фактором. Фактически, некоторая вторичная жертва может привести к анализу как первичная добыча, что вносит систематическую ошибку . Однако из-за гораздо более низкой общей биомассы и более высокого уровня деградации ДНК вторичной жертвы может составлять лишь незначительную часть восстановленных последовательностей по сравнению с первичной добычей. [29]

Количественная интерпретация результатов штрих-кодирования ДНК непроста. [30] Были попытки использовать количество восстановленных последовательностей для оценки численности видов жертв в составе рациона (например, кишечник, фекалии). Например, если волк съел больше лося, чем кабан, в его кишечнике должно быть больше ДНК лося, и, таким образом, будет восстановлено больше лосейных последовательностей. Несмотря на доказательства общей корреляции между порядковым номером и биомассой, фактические оценки этого метода не увенчались успехом. [31] [32] Это можно объяснить тем фактом, что ткани изначально содержат ДНК разной плотности и могут по-разному перевариваться. [33]

Примеры [ править ]

Млекопитающие [ править ]

Диета млекопитающих широко изучается с помощью штрих-кодирования ДНК и метабаркода . Некоторые различия в методологии могут наблюдаться в зависимости от стратегии кормления целевого вида млекопитающего, т.е. от того, является ли оно травоядным , плотоядным или всеядным .

Для видов травоядных млекопитающих ДНК обычно извлекается из образцов фекалий [34] [35] [36] [37] или содержимого рубца, взятого у убитых на дороге или животных, убитых во время обычной охоты. [38] В ДНК - штрихкодирования, то TRN л подход может быть использован для идентификации видов растений, используя очень короткий , но информативный фрагмент из хлоропластов ДНК (P6 петлю хлоропласт TRNL (UAA) интрон ). [39] Потенциально это приложение применимо ко всем травоядным видам, питающимся покрытосеменными и голосеменными. [39] В качестве альтернативы trnL подход, маркеры rbcL , ITS2 , matK , trnH-psbA можно использовать для амплификации видов растений.

При изучении мелких травоядных животных с загадочным образом жизни, таких как полевки и лемминги , штрих-кодирование ДНК съеденных растений может быть важным инструментом, дающим точную картину использования пищи. [40] Кроме того, высокое разрешение идентификации растений, полученное с помощью штрих-кодирования ДНК, позволяет исследователям понять изменения в составе рациона с течением времени и вариабельность среди людей, как это наблюдается у альпийской серны (Rupicapra rupicapra). [41] В период с октября по ноябрь, анализируя состав фекалий с помощью штрих-кодирования ДНК, альпийская серна показала сдвиг в диетических предпочтениях. Кроме того, в течение каждого месяца среди людей наблюдались разные категории диеты. [42]

Фекалии волка (Canis lupus), собранные в Швеции

Для хищников использование неинвазивных подходов имеет решающее значение, особенно при работе с неуловимыми и исчезающими видами . Оценка рациона с помощью штрих-кодирования ДНК фекалий может иметь большую эффективность при обнаружении видов добычи по сравнению с традиционным анализом рациона, который в основном полагается на морфологическую идентификацию непереваренных твердых остатков в фекалиях. [43] Оценка разнообразия рациона позвоночных леопардовой кошки ( Prionailurus bengalensis ) в Пакистане, Shehzad et al. (2012) идентифицировали в общей сложности 18 таксонов добычи, используя штрих-кодирование ДНК на фекалиях. Сообщалось о восьми различных таксонах птиц, в то время как предыдущие исследования, основанные на традиционных методах, не выявили каких-либо видов птиц в рационе леопардовой кошки.[44] Другим примером является использование штрих-кодирования ДНК для идентификации мягких остатков добычи в содержимом желудков хищников, например серых тюленей ( Halichoerus grypus ) и морских свиней ( Phocoena phocoena ). [45]

Метабаркодирование ДНК меняет правила игры при изучении сложных диет, например, для всеядных хищников, питающихся множеством различных видов растений и животных. [46] [47] Эта методология не требует знаний о пище, потребляемой животными в среде обитания, которую они занимают. [48] В исследовании рациона бурого медведя ( Ursus arctos ) метабаркодирование ДНК позволило точно реконструировать широкий спектр таксономически различных элементов, присутствующих в образцах фекалий, собранных в полевых условиях. [49]

Птицы [ править ]

Рыба [ править ]

Членистоногие [ править ]

См. Также [ править ]

  • Штрих-кодирование ДНК рыб
  • Штрих-кодирование ДНК водных макробеспозвоночных
  • Штрих-кодирование микробной ДНК
  • Штрих-кодирование ДНК водорослей
  • Штрих-кодирование пыльцевой ДНК

Ссылка [ править ]

  1. ^ King RA, чтение DS, Трауготт M, Symondson WO (февраль 2008). «Молекулярный анализ хищничества: обзор лучших практик для подходов на основе ДНК». Молекулярная экология . 17 (4): 947–63. DOI : 10.1111 / j.1365-294X.2007.03613.x . PMID  18208490 . S2CID  44796921 .
  2. ^ Pompanon F, Deagle ВЕ, Symondson WO Браун DS, Jarman С.Н., Taberlet P (апрель 2012). «Кто что ест: оценка диеты с использованием секвенирования следующего поколения» . Молекулярная экология . 21 (8): 1931–50. DOI : 10.1111 / j.1365-294X.2011.05403.x . PMID 22171763 . S2CID 10013333 .  
  3. Перейти ↑ Sheppard SK, Harwood JD (октябрь 2005 г.). «Достижения в молекулярной экологии: отслеживание трофических связей через пищевые сети хищник-жертва» . Функциональная экология . 19 (5): 751–762. DOI : 10.1111 / j.1365-2435.2005.01041.x .
  4. ^ Кресс WJ, Гарсиа-Робледо С, Uriarte М, Эриксон DL (январь 2015). «Штрих-коды ДНК для экологии, эволюции и сохранения». Тенденции в экологии и эволюции . 30 (1): 25–35. DOI : 10.1016 / j.tree.2014.10.008 . PMID 25468359 . 
  5. ^ Pompanon F, Deagle ВЕ, Symondson WO Браун DS, Jarman С.Н., Taberlet P (апрель 2012). «Кто что ест: оценка диеты с использованием секвенирования следующего поколения» . Молекулярная экология . 21 (8): 1931–50. DOI : 10.1111 / j.1365-294x.2011.05403.x . PMID 22171763 . S2CID 10013333 .  
  6. ↑ Harwood JD, Desneux N, Yoo HJ, Rowley DL, Greenstone MH, Obrycki JJ, O'Neil RJ (октябрь 2007 г.). «Отслеживание роли альтернативной добычи в хищничестве соевой тли Orius insidiosus: молекулярный подход». Молекулярная экология . 16 (20): 4390–400. DOI : 10.1111 / j.1365-294x.2007.03482.x . PMID 17784913 . S2CID 21211301 .  
  7. ^ Pompanon F, Deagle ВЕ, Symondson WO Браун DS, Jarman С.Н., Taberlet P (апрель 2012). «Кто что ест: оценка диеты с использованием секвенирования следующего поколения» . Молекулярная экология . 21 (8): 1931–50. DOI : 10.1111 / j.1365-294x.2011.05403.x . PMID 22171763 . S2CID 10013333 .  
  8. ^ Кресс WJ, Гарсиа-Робледо С, Uriarte М, Эриксон DL (январь 2015). «Штрих-коды ДНК для экологии, эволюции и сохранения». Тенденции в экологии и эволюции . 30 (1): 25–35. DOI : 10.1016 / j.tree.2014.10.008 . PMID 25468359 . 
  9. ^ Кресс WJ, Гарсиа-Робледо С, Uriarte М, Эриксон DL (январь 2015). «Штрих-коды ДНК для экологии, эволюции и сохранения». Тенденции в экологии и эволюции . 30 (1): 25–35. DOI : 10.1016 / j.tree.2014.10.008 . PMID 25468359 . 
  10. Перейти ↑ Tobe SS, Kitchener A, Linacre A (декабрь 2009 г.). «Цитохром b или субъединица I цитохром с оксидазы для идентификации видов млекопитающих - ответ на дискуссию». Forensic Science International: Серия дополнений по генетике . 2 (1): 306–307. DOI : 10.1016 / j.fsigss.2009.08.053 . ISSN 1875-1768 . 
  11. ^ Jakubavičiūtė E, Bergström U, Эклоф JS, Хенель Q, Bourlat SJ (октябрь 2017). «Метабаркодирование ДНК выявляет разнообразный рацион трехиглой колюшки в прибрежной экосистеме» . PLOS ONE . 12 (10): e0186929. Bibcode : 2017PLoSO..1286929J . DOI : 10.1371 / journal.pone.0186929 . PMC 5653352 . PMID 29059215 .  
  12. ^ Garnick S, Барбос PS, Уокер JW (июль 2018). «Оценка методов на животных, используемых для оценки и мониторинга состава рациона пастбищных травоядных» . Экология и управление пастбищами . 71 (4): 449–457. DOI : 10.1016 / j.rama.2018.03.003 .
  13. ^ Сантос Т., Фонсека С., Баррос Т., Годиньо Р., Бастос-Сильвейра С., Бандейра В., Роча Р. Г. (2015-05-20). «Использование содержимого желудка для анализа диеты плотоядных животных с помощью штрих-кодирования ДНК». Биология дикой природы на практике . 11 (1). DOI : 10.2461 / wbp.2015.11.4 .
  14. ^ Валентини A, Pompanon F, Taberlet P (февраль 2009). «Штрих-кодирование ДНК для экологов». Тенденции в экологии и эволюции . 24 (2): 110–7. DOI : 10.1016 / j.tree.2008.09.011 . PMID 19100655 . 
  15. ^ Piñol Дж, Сан - Андрес В, Clare Е.Л., Мир G, Symondson WO (январь 2014). «Прагматический подход к анализу рационов универсальных хищников: использование секвенирования следующего поколения без блокирующих зондов» (PDF) . Ресурсы молекулярной экологии . 14 (1): 18–26. DOI : 10.1111 / 1755-0998.12156 . PMID 23957910 . S2CID 206946302 .   
  16. ^ Agustí N, Shayler SP, Харвуд JD, Vaughan IP, Sunderland KD, Symondson WO (2003). «Коллембола как альтернативная добыча пауков в пахотных экосистемах: обнаружение добычи у хищников с использованием молекулярных маркеров». Молекулярная экология . 12 (12): 3467–3475. DOI : 10.1046 / j.1365-294X.2003.02014.x . PMID 14629361 . S2CID 7985256 .  
  17. ^ Nichols RV, Åkesson M, Kjellander P (июнь 2016). «Оценка диеты, основанная на содержании рубца: сравнение между метабаркодированием ДНК и макроскопией» . PLOS ONE . 11 (6): e0157977. Bibcode : 2016PLoSO..1157977N . DOI : 10.1371 / journal.pone.0157977 . PMC 4913902 . PMID 27322387 .  
  18. ^ Soininen Е.М., Валентини А, Coissac Е, Микель С, Gielly л, Brochmann С, Brysting А.К., Sønstebø JH, Ims Р.А., Yoccoz Н.Г., Taberlet Р (август 2009 г.). «Анализ рациона мелких травоядных: эффективность штрих-кодирования ДНК в сочетании с высокопроизводительным пиросеквенированием для расшифровки состава сложных смесей растений» . Границы зоологии . 6 (1): 16. DOI : 10,1186 / 1742-9994-6-16 . PMC 2736939 . PMID 19695081 .  
  19. Перейти ↑ Stein ED, Martinez MC, Stiles S, Miller PE, Zakharov EV (апрель 2014 г.). Казираги М (ред.). «Действительно ли штрих-кодирование ДНК дешевле и быстрее, чем традиционные морфологические методы: результаты исследования усилий по биооценке пресной воды в Соединенных Штатах?» . PLOS ONE . 9 (4): e95525. Bibcode : 2014PLoSO ... 995525S . DOI : 10.1371 / journal.pone.0095525 . PMC 3995707 . PMID 24755838 .  
  20. ↑ Ando H, Fujii C, Kawanabe M, Ao Y, Inoue T, Takenaka A (октябрь 2018 г.). «Оценка загрязнения растений в анализе диеты с метабаркодированием травоядных» . Научные отчеты . 8 (1): 15563. Bibcode : 2018NatSR ... 815563A . DOI : 10.1038 / s41598-018-32845-ш . PMC 6197254 . PMID 30349088 .  
  21. ↑ Griffiths R, Tiwari B (декабрь 1993 г.). «Праймеры для дифференциальной амплификации гена Y области, определяющей пол, у ряда видов млекопитающих». Молекулярная экология . 2 (6): 405–6. DOI : 10.1111 / j.1365-294x.1993.tb00034.x . PMID 8162230 . S2CID 43323282 .  
  22. ^ Taberlet P, Luikart G (сентябрь 1999). «Неинвазивный генетический отбор и индивидуальная идентификация» . Биологический журнал Линнеевского общества . 68 (1–2): 41–55. DOI : 10.1111 / j.1095-8312.1999.tb01157.x . ISSN 0024-4066 . 
  23. ^ Томсен PF, Kielgast J, Айверсен LL, Меллер PR, Расмуссен M, Виллерслев E (август 2012). «Обнаружение разнообразной морской фауны рыб с использованием ДНК окружающей среды из образцов морской воды» . PLOS ONE . 7 (8): e41732. Bibcode : 2012PLoSO ... 741732T . DOI : 10.1371 / journal.pone.0041732 . PMC 3430657 . PMID 22952584 .  
  24. ^ Vestheim H, Jarman SN (июль 2008). «Блокирующие праймеры для усиления ПЦР-амплификации редких последовательностей в смешанных образцах - тематическое исследование ДНК жертвы в желудках антарктического криля» . Границы зоологии . 5 (1): 12. DOI : 10,1186 / 1742-9994-5-12 . PMC 2517594 . PMID 18638418 .  
  25. ^ Shehzad W, Riaz T, Наваз MA, Микель C, Poillot C, Shah SA, Pompanon F, Coissac E, Taberlet P (апрель 2012). «Анализ рациона хищников на основе секвенирования следующего поколения: применение к леопардовому коту (Prionailurus bengalensis) в Пакистане». Молекулярная экология . 21 (8): 1951–65. DOI : 10.1111 / j.1365-294x.2011.05424.x . PMID 22250784 . S2CID 205364612 .  
  26. ^ Джармэн С.Н., МакИннс JC, Поддельный С, Polanowski А.М., Marthick Дж, Deagle BE, Саутуэлл С, Эмерсон л (декабрь 2013 г. ). «Мониторинг рациона популяции пингвинов Адели путем анализа пищевой ДНК помета» . PLOS ONE . 8 (12): e82227. Bibcode : 2013PLoSO ... 882227J . DOI : 10.1371 / journal.pone.0082227 . PMC 3864945 . PMID 24358158 .  
  27. ^ Vestheim H, Jarman SN (июль 2008). «Блокирующие праймеры для усиления ПЦР-амплификации редких последовательностей в смешанных образцах - тематическое исследование ДНК жертвы в желудках антарктического криля» . Границы зоологии . 5 (1): 12. DOI : 10,1186 / 1742-9994-5-12 . PMC 2517594 . PMID 18638418 .  
  28. ^ Vestheim H, Deagle ВЕ, Jarman С.Н. (октябрь 2010). «Применение блокирующих олигонуклеотидов для улучшения отношения сигнал / шум в ПЦР». Протоколы ПЦР . Методы молекулярной биологии. 687 . Humana Press. С. 265–74. DOI : 10.1007 / 978-1-60761-944-4_19 . ISBN 9781607619437. PMID  20967615 .
  29. ^ Jakubavičiūtė Е, Бергстрёй U, Эклоф JS, Хенель Q, Bourlat SJ (2017-10-23). «Метабаркодирование ДНК выявляет разнообразный рацион трехиглой колюшки в прибрежной экосистеме» . PLOS ONE . 12 (10): e0186929. Bibcode : 2017PLoSO..1286929J . DOI : 10.1371 / journal.pone.0186929 . PMC 5653352 . PMID 29059215 .  
  30. ^ Валентини A, Pompanon F, Taberlet P (февраль 2009). «Штрих-кодирование ДНК для экологов». Тенденции в экологии и эволюции . 24 (2): 110–7. DOI : 10.1016 / j.tree.2008.09.011 . PMID 19100655 . 
  31. ^ Pompanon F, Deagle ВЕ, Symondson WO Браун DS, Jarman С.Н., Taberlet P (апрель 2012). «Кто что ест: оценка диеты с использованием секвенирования следующего поколения» . Молекулярная экология . 21 (8): 1931–50. DOI : 10.1111 / j.1365-294x.2011.05403.x . PMID 22171763 . S2CID 10013333 .  
  32. ^ Piñol Дж, Сан - Андрес В, Clare Е.Л., Мир G, Symondson WO (январь 2014). «Прагматический подход к анализу рационов универсальных хищников: использование секвенирования следующего поколения без блокирующих зондов» (PDF) . Ресурсы молекулярной экологии . 14 (1): 18–26. DOI : 10.1111 / 1755-0998.12156 . PMID 23957910 . S2CID 206946302 .   
  33. ^ Deagle ВЕ, Chiaradia А, МакИннс Дж, Джармэн С.Н. (2010-06-17). «Пиросеквенирование фекальной ДНК для определения диеты маленьких пингвинов: что входит, что выходит?». Сохранение генетики . 11 (5): 2039–2048. DOI : 10.1007 / s10592-010-0096-6 . ISSN 1566-0621 . S2CID 19992150 .  
  34. ^ Ковальчик Р, Р Taberlet, Coissac Е, Валентини А, Микель С, Т Камински, Вуйчик JM (февраль 2011). «Влияние хозяйственной практики на диету крупных травоядных - случай европейского зубра в Беловежской пуще (Польша)». Экология и управление лесами . 261 (4): 821–828. DOI : 10.1016 / j.foreco.2010.11.026 .
  35. ^ Soininen Е.М., Валентини А, Coissac Е, Микель С, Gielly л, Brochmann С, Brysting А.К., Sønstebø JH, Ims Р.А., Yoccoz Н.Г., Taberlet Р (август 2009 г.). «Анализ рациона мелких травоядных: эффективность штрих-кодирования ДНК в сочетании с высокопроизводительным пиросеквенированием для расшифровки состава сложных смесей растений» . Границы зоологии . 6 (1): 16. DOI : 10,1186 / 1742-9994-6-16 . PMC 2736939 . PMID 19695081 .  
  36. ^ Айт Baamrane М.А., Shehzad Вт, Ouhammou А, Аббад А, Нэйми М, Coissac Е, Taberlet Р, М Znari (2012-04-27). «Оценка пищевых привычек марокканской газели доркас в М'Сабих Талаа, западная центральная часть Марокко, с использованием подхода trnL» . PLOS ONE . 7 (4): e35643. Bibcode : 2012PLoSO ... 735643A . DOI : 10.1371 / journal.pone.0035643 . PMC 3338736 . PMID 22558187 .  
  37. ^ Риаз Т, Shehzad Вт, Viari А, Pompanon Р, Р Taberlet, Coissac Е (ноябрь 2011 года). «ecoPrimers: вывод новых маркеров штрих-кода ДНК на основе анализа последовательности всего генома» . Исследования нуклеиновых кислот . 39 (21): e145. DOI : 10.1093 / NAR / gkr732 . PMC 3241669 . PMID 21930509 .  
  38. ^ Nichols RV, Åkesson M, Kjellander P (июнь 2016). «Оценка диеты, основанная на содержании рубца: сравнение между метабаркодированием ДНК и макроскопией» . PLOS ONE . 11 (6): e0157977. Bibcode : 2016PLoSO..1157977N . DOI : 10.1371 / journal.pone.0157977 . PMC 4913902 . PMID 27322387 .  
  39. ^ a b Валентини А., Микель С., Наваз М.А., Бельмен Е., Куассак Е., Помпанон Ф, Жилли Л., Круод С., Насчетти Г., Винкер П., Свенсон Дж. Э., Таберле П. (январь 2009 г.). «Новые перспективы в анализе диеты на основе штрих-кодирования ДНК и параллельного пиросеквенирования: подход trnL». Ресурсы молекулярной экологии . 9 (1): 51–60. DOI : 10.1111 / j.1755-0998.2008.02352.x . PMID 21564566 . S2CID 5308081 .  
  40. ^ Soininen Е.М., Валентини А, Coissac Е, Микель С, Gielly л, Brochmann С, Brysting А.К., Sønstebø JH, Ims Р.А., Yoccoz Н.Г., Taberlet Р (август 2009 г.). «Анализ рациона мелких травоядных: эффективность штрих-кодирования ДНК в сочетании с высокопроизводительным пиросеквенированием для расшифровки состава сложных смесей растений» . Границы зоологии . 6 (1): 16. DOI : 10,1186 / 1742-9994-6-16 . PMC 2736939 . PMID 19695081 .  
  41. ^ Raye G, Микель С, Coissac Е, Redjadj С, Loison А, Taberlet Р (2010-11-23). «Новые данные о вариабельности рациона, выявленные с помощью штрих-кодирования ДНК и высокопроизводительного пиросеквенирования: диета из серны осенью в качестве примера». Экологические исследования . 26 (2): 265–276. DOI : 10.1007 / s11284-010-0780-5 . ISSN 0912-3814 . S2CID 20754195 .  
  42. ^ Raye G, Микель С, Coissac Е, Redjadj С, Loison А, Taberlet Р (2010-11-23). «Новые данные о вариабельности рациона, выявленные с помощью штрих-кодирования ДНК и высокопроизводительного пиросеквенирования: диета из серны осенью в качестве примера». Экологические исследования . 26 (2): 265–276. DOI : 10.1007 / s11284-010-0780-5 . ISSN 0912-3814 . S2CID 20754195 .  
  43. ^ Shehzad W, Riaz T, Наваз MA, Микель C, Poillot C, Shah SA, Pompanon F, Coissac E, Taberlet P (апрель 2012). «Анализ рациона хищников на основе секвенирования следующего поколения: применение к леопардовому коту (Prionailurus bengalensis) в Пакистане». Молекулярная экология . 21 (8): 1951–65. DOI : 10.1111 / j.1365-294x.2011.05424.x . PMID 22250784 . S2CID 205364612 .  
  44. ^ Shehzad W, Riaz T, Наваз MA, Микель C, Poillot C, Shah SA, Pompanon F, Coissac E, Taberlet P (апрель 2012). «Анализ рациона хищников на основе секвенирования следующего поколения: применение к леопардовому коту (Prionailurus bengalensis) в Пакистане». Молекулярная экология . 21 (8): 1951–65. DOI : 10.1111 / j.1365-294x.2011.05424.x . PMID 22250784 . S2CID 205364612 .  
  45. ^ Méheust Е, Alfonsi Е, Ле Menec Р, Хассани S, Юнг ДЛ (2014-11-19). «Штрих-кодирование ДНК для идентификации мягких остатков добычи в содержимом желудков серых тюленей (Halichoerus grypus) и морских свиней (Phocoena phocoena)». Исследования морской биологии . 11 (4): 385–395. DOI : 10.1080 / 17451000.2014.943240 . ISSN 1745-1000 . S2CID 83991013 .  
  46. ^ De Барба M, Микель C, F Бойер, Mercier C, Rioux D, E Coissac, Taberlet P (март 2014). «Мультиплексирование метабаркодирования ДНК и проверка точности данных для оценки диеты: применение к всеядной диете». Ресурсы молекулярной экологии . 14 (2): 306–23. DOI : 10.1111 / 1755-0998.12188 . PMID 24128180 . S2CID 25972059 .  
  47. ^ Clare EL, Fraser EE, Braid HE, Фентон MB, Эбер PD (июнь 2009). «Виды в меню универсального хищника, восточной красной летучей мыши (Lasiurus borealis): использование молекулярного подхода для обнаружения добычи членистоногих». Молекулярная экология . 18 (11): 2532–42. DOI : 10.1111 / j.1365-294x.2009.04184.x . PMID 19457192 . S2CID 3940026 .  
  48. ^ De Барба M, Микель C, F Бойер, Mercier C, Rioux D, E Coissac, Taberlet P (март 2014). «Мультиплексирование метабаркодирования ДНК и проверка точности данных для оценки диеты: применение к всеядной диете». Ресурсы молекулярной экологии . 14 (2): 306–23. DOI : 10.1111 / 1755-0998.12188 . PMID 24128180 . S2CID 25972059 .  
  49. ^ De Барба M, Микель C, F Бойер, Mercier C, Rioux D, E Coissac, Taberlet P (март 2014). «Мультиплексирование метабаркодирования ДНК и проверка точности данных для оценки диеты: применение к всеядной диете». Ресурсы молекулярной экологии . 14 (2): 306–23. DOI : 10.1111 / 1755-0998.12188 . PMID 24128180 . S2CID 25972059 .