GcvB РНК
Из Википедии, бесплатной энциклопедии
Перейти к навигации Перейти к поиску
GcvB РНК
RF00022.jpg
Прогнозируемая вторичная структура и сохранение последовательности GcvB
Идентификаторы
Условное обозначениеGcvB
РфамRF00022
Прочие данные
Тип РНКГен
Домен (ы)Бактерии
ТАКТАК: 0000379
Структуры PDBPDBe

GcvB РНК - ген кодирует небольшой некодирующий РНК , участвующий в регуляции ряда аминокислоты транспортных систем, а также аминокислоты биосинтетических генов. Ген GcvB обнаружен у кишечных бактерий, таких как Escherichia coli . GcvB регулирует гены, действуя в качестве антисмыслового связывающего партнера мРНК для каждого регулируемого гена. Это связывание зависит от связывания с белком, называемым Hfq . Транскрипция РНК GcvB активируется соседним геном GcvA и репрессируется геном GcvR. [1] Удаление РНК GcvB из Y. pestis изменило форму колонии, а также уменьшило рост. [2]Путем делеции гена было показано, что GcvB является регулятором кислотной устойчивости E. coli . GcvB увеличивает способность бактерии выживать при низком pH за счет повышения уровня альтернативного сигма-фактора RpoS. [3] Недавно была идентифицирована полимерная форма GcvB. [ необходима цитата ] Взаимодействие GcvB с малой РНК SroC запускает деградацию GcvB под действием РНКазы E , снимая GcvB-опосредованную репрессию мРНК его генов-мишеней. [4]

Цели GcvB

Было показано, что GcvB регулирует большое количество генов у видов E. coli и Salmonella. Было показано, что GcvB связывается с Oppa и DppA, которые транспортируют олигопептиды и дипептиды соответственно. [5] [6] Было показано, что он также регулирует gltL, argT, STM, livK, livJ, brnQ, sstT и cycA, которые участвуют в поглощении множества аминокислот. [7] [8] [9] РНК GcvB также участвует в регуляции различных генов, участвующих в биосинтезе аминокислот, таких как ilvC, gdhA, thrL и serA. [10] РНК GcvB связывает мРНК PhoPQ, которая кодирует двухкомпонентную систему, участвующую в гомеостазе магния . [11]

Полимеризация

Есть данные, что E. coli GcvB может образовывать полимеры. Родной электрофореза в полиакриламидном геле был использован , чтобы показать более высокую молекулярную полосу веса , соответствующего потенциального полимера. [12] Затем использовалась просвечивающая электронная микроскопия, чтобы идентифицировать нитевидную структуру полимера. Однако авторы предполагают, что эти длинные филаменты вряд ли будут иметь физиологическое значение. Было показано, что для полимеризации достаточно конструкции, содержащей только первые 61 нуклеотид, включая первую стебель-петлю. Подобные результаты были недавно показаны для РНК DsrA . [13] Физиологическое значение полимеризации неизвестно.

Распространение видов

РНК GcvB обнаружена у ряда бактерий, включая: [14]

использованная литература

  1. ^ Урбановский, ML; Stauffer LT; Штауфер Г.В. (2000). «Ген gcvB кодирует небольшую нетранслируемую РНК, участвующую в экспрессии дипептидных и олигопептидных транспортных систем в Escherichia coli». Mol Microbiol . 37 (4): 856–868. DOI : 10.1046 / j.1365-2958.2000.02051.x . PMID  10972807 .
  2. ^ а б МакАртур SD, Pulvermacher SC, Stauffer GV (2006). «Ген gcvB Yersinia pestis кодирует две небольшие регуляторные молекулы РНК» . BMC Microbiol . 6 : 52. DOI : 10,1186 / 1471-2180-6-52 . PMC 1557403 . PMID 16768793 .  
  3. ^ Jin Y, Вт RM, Даншен A, Huang JD (2009). «Малая некодирующая РНК GcvB - новый регулятор кислотной устойчивости Escherichia coli» . BMC Genomics . 10 : 165. DOI : 10.1186 / 1471-2164-10-165 . PMC 2676305 . PMID 19379489 .  
  4. ^ Миякоши, Масатоши; Чао, Яньцзе; Фогель, Йорг (2015-06-03). «Перекрестный разговор между мРНК транспортера ABC через губку, полученную из мРНК-мишени малой РНК GcvB» . Журнал EMBO . 34 (11): 1478–1492. DOI : 10.15252 / embj.201490546 . ISSN 1460-2075 . PMC 4474525 . PMID 25630703 .   
  5. ^ Urbanowski ML, Стауффер LT, Стауффер GV (август 2000). «Ген gcvB кодирует небольшую нетранслируемую РНК, участвующую в экспрессии дипептидных и олигопептидных транспортных систем в Escherichia coli». Мол. Microbiol . 37 (4): 856–868. DOI : 10.1046 / j.1365-2958.2000.02051.x . PMID 10972807 . 
  6. ^ Pulvermacher SC, Стауффер LT, Стауффер Г.В. (январь 2009). «Роль белка Hfq Escherichia coli в регуляции GcvB мРНК oppA и dppA». Микробиология . 155 (Pt 1): 115–123. DOI : 10.1099 / mic.0.023432-0 . PMID 19118352 . 
  7. ^ Шарма CM, Darfeuille F, TH Plantinga, Vogel J (ноябрь 2007). «Малая РНК регулирует множественные мРНК транспортера ABC, воздействуя на богатые C / A элементы внутри и выше сайтов связывания рибосом» . Genes Dev . 21 (21): 2804–2817. DOI : 10,1101 / gad.447207 . PMC 2045133 . PMID 17974919 .  
  8. ^ Pulvermacher SC, Стауффер LT, Стауффер Г.В. (январь 2009). «Малая РНК GcvB регулирует экспрессию мРНК sstT в Escherichia coli» . J. Bacteriol . 191 (1): 238–248. DOI : 10.1128 / JB.00915-08 . PMC 2612445 . PMID 18952787 .  
  9. ^ Pulvermacher SC, Стауффер LT, Стауффер Г.В. (январь 2009). «Роль мРНК GcvB в регуляции cycA в Escherichia coli» . Микробиология . 155 (Pt 1): 106–114. DOI : 10.1099 / mic.0.023598-0 . PMID 19118351 . 
  10. Перейти ↑ Vogel J (январь 2009 г.). «Примерное руководство по миру некодирующих РНК сальмонелл». Мол. Microbiol . 71 (1): 1–11. DOI : 10.1111 / j.1365-2958.2008.06505.x . PMID 19007416 . 
  11. ^ Coornaert, A; Кьяруттини, С; Springer, M; Гийе, М. (январь 2013 г.). «Посттранскрипционный контроль двухкомпонентной системы Escherichia coli PhoQ-PhoP с помощью множества мРНК включает новую область спаривания GcvB» . PLOS Genetics . 9 (1): e1003156. DOI : 10.1371 / journal.pgen.1003156 . PMC 3536696 . PMID 23300478 .  
  12. ^ Busi Р, Cayrol В, Лэвелл С, LeDerout Дж, Piétrement О, Ле Кулачковые Е, Ж Geinguenaud, Лакост Дж, Ренье Р, Arluison В (2009). «Самосборка как новый регуляторный механизм некодирующей РНК» . Клеточный цикл . 8 (6): 952–954. DOI : 10.4161 / cc.8.6.7905 . PMID 19221499 . 
  13. ^ Cayrol B, Geinguenaud F, Lacoste J и др. (2009). «Самосборка малой некодирующей РНК DsrA E. coli: молекулярные характеристики и функциональные последствия» . RNA Biol . 6 (4): 434–445. DOI : 10,4161 / rna.6.4.8949 . PMID 19535898 . 
  14. ^ Pulvermacher SC, Стауффер LT, Стауффер Г.В. (апрель 2008). «Роль малой регуляторной РНК GcvB в посттранскрипционной регуляции GcvB / мРНК oppA и dppA в Escherichia coli» . FEMS Microbiol. Lett . 281 (1): 42–50. DOI : 10.1111 / j.1574-6968.2008.01068.x . PMID 18312576 . 
  15. ^ Гулливер, Эмили Л .; Райт, Эми; Лукас, Дина Девесон; Мегроз, Марианна; Клейфельд, Одед; Schittenhelm, Ralf B .; Пауэлл, Дэвид Р .; Seemann, Torsten; Булитта, Юрген Б. (май 2018 г.). «Определение регулона малой РНК GcvB в грамотрицательном бактериальном патогене Pasteurella multocida и идентификация области связывания семян GcvB» . РНК . 24 (5): 704–720. DOI : 10,1261 / rna.063248.117 . ISSN 1469-9001 . PMC 5900567 . PMID 29440476 .   

дальнейшее чтение

  • Busi F, Le Derout J, Cerciat M, Régnier P, Hajnsdorf E (июль 2010 г.). «Является ли вторичный предполагаемый сайт взаимодействия РНК-РНК релевантным для GcvB-опосредованной регуляции мРНК oppA в Escherichia coli?». Биохимия . 92 (10): 1458–1461. DOI : 10.1016 / j.biochi.2010.06.020 . PMID  20603180 .
  • Stauffer LT, Stauffer GV (январь 2005 г.). «GcvA взаимодействует как с альфа-, так и с сигма-субъединицами РНК-полимеразы, чтобы активировать ген gcvB Escherichia coli и оперон gcvTHP» . FEMS Microbiol. Lett . 242 (2): 333–338. DOI : 10.1016 / j.femsle.2004.11.027 . PMID  15621456 .
  • Ян, Q; Фигероа-Босси, н. Босси, Л. (январь 2014 г.). «Повышение трансляции мотивов ACA и их молчание с помощью бактериальной малой регуляторной РНК» . PLOS Genetics . 10 (1): e1004026. DOI : 10.1371 / journal.pgen.1004026 . PMC  3879156 . PMID  24391513 .

внешние ссылки

  • Страница для РНК GcvB в Rfam
Источник « https://en.wikipedia.org/w/index.php?title=GcvB_RNA&oldid=994638914 »
Contribute a better translation