Geobacillus stearothermophilus (ранее Bacillus stearothermophilus ) [1] [2] - палочковидная грамположительная бактерия, член подразделения Firmicutes . Бактерия является термофилом и широко распространена в почве, горячих источниках, океанических отложениях и является причиной порчи пищевых продуктов. Он будет расти в диапазоне температур от 30 до 75 ° C. Некоторые штаммы способны аэробно окислять окись углерода. Он обычно используется в качестве возбудителя длявалидационных исследований стерилизации и периодической проверки циклов стерилизации. Биологический индикатор содержит спорымикроорганизма на фильтровальной бумаге внутри флакона. После стерилизации крышка закрывается, ампула со средой для выращивания внутри флакона измельчается и весь флакон инкубируется . Изменение цвета и / или мутности указывает на результаты процесса стерилизации; отсутствие изменений указывает на то, что условия стерилизации были достигнуты, в противном случае рост спор указывает на то, что процесс стерилизации не был соблюден. Недавно для проверки стерилизации используется штамм с флуоресцентной меткой Rapid Readout (tm), поскольку видимая синяя флуоресценция появляется примерно за одну десятую времени, необходимого для изменения цвета индикатора pH, а недорогой датчик освещенности может обнаружить рост колонии.
Geobacillus stearothermophilus | |
---|---|
Научная классификация | |
Королевство: | |
Тип: | |
Класс: | |
Заказ: | |
Семья: | |
Род: | |
Разновидность: | G. stearothermophilus |
Биномиальное имя | |
Geobacillus stearothermophilus |
Биологические индикаторы используются вместе с химическими индикаторами и индикаторами процесса для проверки процессов стерилизации.
Она была впервые описана в 1920 г. , как Bacillus stearothermophilus , [3] , но, вместе с Bacillus thermoglucosidasius , он был классифицирован как член рода Geobacillus в 2001 году [4]
Приложения в молекулярной биологии
ДНК-полимераза
ДНК-полимераза I | ||||||
---|---|---|---|---|---|---|
Идентификаторы | ||||||
Организм | ||||||
Символ | PolA | |||||
PDB | 2XY5 | |||||
UniProt | E1C9K5 | |||||
|
Термостабильная интронная обратная транскриптаза группы II GsI-IIC | ||||||
---|---|---|---|---|---|---|
Идентификаторы | ||||||
Организм | ||||||
Символ | TRT | |||||
PDB | 6AR1 | |||||
UniProt | E2GM63 | |||||
|
В последнее время ДНК-полимераза, полученная из этих бактерий, Bst- полимераза, стала важной в приложениях молекулярной биологии.
Bst полимеразы обладает геликазом -like активности, что делает его способным UNWIND нитей ДНК. Оптимальная рабочая температура составляет от 60 до 65 ° C, а денатурирование происходит при температурах выше 70 ° C. Эти особенности делают его полезным для петлевой изотермической амплификации (LAMP) . [5] LAMP аналогичен полимеразной цепной реакции (ПЦР), но не требует высокотемпературной (96 ° C) стадии, необходимой для денатурирования ДНК.
Обратная транскриптаза
В 2013 году было обнаружено, что термостабильная обратная транскриптаза интрона группы II (TGIRT), GsI-IIC-MRF, из G. stearothermophilus сохраняет активность до 70 ° C, демонстрирует высокую процессивность и низкую частоту ошибок. [6] Эти свойства делают этот фермент полезным для обратной транскрипции длинных и / или высокоструктурированных молекул РНК . Способ определения вторичной структуры РНКА , DMS-MaPseq, использует этот фермент , так как он преобразует нормальный РНК в ДНК , но точно вводит мутации в неспаренных основаниях , которые были метилированные по диметилсульфату , и мутации могут быть идентифицированы с помощью секвенирования . [7]
Рекомендации
- ^ Coorevits, A; Динсдейл, AE; Халкет, G; Леббе, Л; Де Вос, П; Ван Ландсхут, А; Логан, Северная Каролина (июль 2012 г.). "Таксономическая ревизия рода Geobacillus: исправление Geobacillus, G. stearothermophilus, G. jurassicus, G. toebii, G. thermodenitrificans и G. thermoglucosidans (ном. Корриг., Ранее" термоглюкозидаз "); перенос Bacillus gen. как G. thermantarcticus comb. nov .; предложение Caldibacillus debilis gen. nov., comb. nov .; перенос G. tepidamans на Anoxybacillus как A. tepidamans comb. nov .; и предложение Anoxybacillus caldiproteolyticus sp. nov " . Международный журнал систематической и эволюционной микробиологии . 62 (Pt 7): 1470–85. DOI : 10.1099 / ijs.0.030346-0 . PMID 21856988 .
- ^ «Уведомление о появлении новых имен и новых комбинаций в части 2 тома 50 IJSEM» (PDF) . Международный журнал систематической и эволюционной микробиологии . 51 (3): 795–6. 2001. DOI : 10.1099 / 00207713-51-3-795 . PMID 11411700 . Архивировано из оригинального (PDF) 26 марта 2009 года . Проверено 7 сентября 2007 .
- ^ DONK PJ: высокоустойчивый термофильный организм » Journal of Bacteriology 1920; 5, 373-374.
- ^ Т. Н. Назина; Турова Т.П .; А.Б. Полтараус; Е.В. Новикова; А.А. Григорян; А.Е. Иванова; А.М. Лысенко; В.В. Петруняка; Осипов Г.А. С.С. Беляев, М.В. Иванов (2001). «Таксономическое изучение аэробных термофильных бацилл: описание Geobacillus subterraneus gen. Nov., Sp. Nov. И Geobacillus uzenensis sp. Nov. Из нефтяных резервуаров и перенос Bacillus stearothermophilus, Bacillus thermocatenulatus, Bacillus thermolemoleovorans, Bacillus thermoleovorans, как новые комбинации G. stearothermophilus, G. th » . Международный журнал систематической и эволюционной микробиологии . 51 (2): 433–446. DOI : 10.1099 / 00207713-51-2-433 . PMID 11321089 .
- ^ Мори Y, Хирано Т., Нотоми Т. (2006). «Последовательное визуальное обнаружение реакций LAMP путем добавления катионных полимеров» . BMC Biotechnol . 6 : 3. DOI : 10,1186 / 1472-6750-6-3 . PMC 1373654 . PMID 16401354 .
- ^ Mohr, S .; Ghanem, E .; Smith, W .; Sheeter, D .; Qin, Y .; King, O .; Polioudakis, D .; Айер, ВР; Hunicke-Smith, S .; Swamy, S .; Куэрстен, С. (01.07.2013). «Термостабильные слитые белки с обратной транскриптазой интрона группы II и их использование в синтезе кДНК и секвенировании РНК следующего поколения» . РНК . 19 (7): 958–970. DOI : 10,1261 / rna.039743.113 . ISSN 1355-8382 . PMC 3683930 . PMID 23697550 .
- ^ Зубрадт, Меган; Гупта, Паромита; Персад, Ситара; Ламбовиц, Алан М; Вайсман, Джонатан С; Рускин, Сильви (07.11.2016). «DMS-MaPseq для полногеномного или целевого исследования структуры РНК in vivo» . Природные методы . 14 (1): 75–82. DOI : 10.1038 / nmeth.4057 . ISSN 1548-7091 . PMC 5508988 . PMID 27819661 .
Внешние ссылки
- Типовой штамм Geobacillus stearothermophilus в Bac Dive - база метаданных по бактериальному разнообразию