| Место проникновения внутренней рибосомы вируса гепатита С | |
|---|---|
 Прогнозируемая вторичная структура и сохранение последовательности IRES_HCV | |
| Идентификаторы | |
| Условное обозначение | IRES_HCV |
| Альт. Символы | HCV_IRES |
| Рфам | RF00061 |
| Прочие данные | |
| Тип РНК | Цис-рег ; IRES |
| Домен (ы) | Вирусы |
| ИДТИ | ИДТИ: 0043022 |
| ТАК | ТАК: 0000243 |
| Структуры PDB | PDBe |
Внутренний сайт входа в рибосому вируса гепатита С , или IRES HCV , представляет собой структуру РНК в 5'UTR генома HCV, которая опосредует инициацию кэп-независимой трансляции.
Белковая трансляция большинства эукариотических мРНК происходит по кэп-зависимому механизму и требует ассоциации Met- тРНК i Met , нескольких эукариотических факторов инициации и GTP с 40S рибосомной субъединицей, рекрутирования в 5 'cap и сканирования вдоль 5' UTR. добраться до стартового кодона. Напротив, трансляция мРНК вируса гепатита С (HCV) инициируется по другому механизму, нежели обычная модель связывания с 5'-кэпом. [1] Этот альтернативный механизм основан на прямом связывании 40S субъединицы рибосомы с внутренним сайтом входа в рибосому.(IRES) в 5 'UTR РНК HCV. IRES HCV имеет сложную структуру и может значительно отличаться от элементов IRES, идентифицированных в пикорнавирусах . Было показано, что небольшое количество мРНК эукариот транслируется посредством внутреннего входа в рибосомы. [2] [3]
Структура IRES [ править ]
Считается, что нуклеотиды 1–40 мРНК HCV не участвуют в трансляции и скорее необходимы для репликации геномной РНК . Остальная часть 5'-UTR HCV состоит из трех доменов, а именно доменов II-IV (домен I расположен на 5'-конце мРНК).
Механизм действия [ править ]
IRES HCV независимо связывает два компонента механизма инициации трансляции эукариот, мультибелковый фактор инициации eIF3 и малую субъединицу рибосомы 40S . Более того, он связывает 40S таким образом, что кодон инициатора AUG располагается в Р-сайте рибосомы, поэтому сканирование рибосом не требуется. Следовательно , сканирующие факторы eIF1 и eIF1A необязательны для перевода HCV, так же как компоненты комплекса eIF4F ( eIF4A , eIF4E и eIF4G ) и eIF4B , которые , как правило , необходимые для связывания и раскручивание мРНК 5' - UTR . Инициаторная тРНК доставляется через eIF2или в стрессовых условиях, когда eIF2 инактивирован, eIF2A , eIF2D или, возможно, eIF5B , гомологом прокариотического белка IF2 .
См. Также [ править ]
- Эукариотический перевод
- Фактор инициации эукариот
Ссылки [ править ]
- ^ Лайтл JR, Wu L, Robertson HD (август 2002). «Домены на внутреннем сайте рибосомы вируса гепатита С для связывания 40-й субъединицы» . РНК . 8 (8): 1045–1055. DOI : 10.1017 / S1355838202029965 . PMC 1370315 . PMID 12212848 .
- ^ Beales LP, Rowlands DJ, Holzenburg A (май 2001). «Внутренний сайт входа рибосомы (IRES) вируса гепатита С, визуализированный с помощью электронной микроскопии» . РНК . 7 (5): 661–670. DOI : 10.1017 / S1355838201001406 . PMC 1370118 . PMID 11350030 .
- ^ Гальего J, Varani G (апрель 2002). «Внутренний сайт входа в рибосомы вируса гепатита С: новая цель для антивирусных исследований». Труды биохимического общества . 30 (2): 140–145. DOI : 10.1042 / BST0300140 . PMID 12023841 .
Дальнейшее чтение [ править ]
- Малыгин А.А., Косинова О.А., Шацкий И.Н., Карпова Г.Г. (октябрь 2013 г.). «IRES HCV взаимодействует с 18S рРНК для активации 40S рибосомы для последующих стадий инициации трансляции» . Исследования нуклеиновых кислот . 41 (18): 8706–8714. DOI : 10.1093 / NAR / gkt632 . PMC 3794592 . PMID 23873958 .
Внешние ссылки [ править ]
- Страница для вируса гепатита С внутренней рибосомы ввода сайта в Rfam
