Из Википедии, свободной энциклопедии
Перейти к навигации Перейти к поиску
Мультигенный гаплотип, человек
HLA-mini.png
Область HLA на хромосоме 6
HLA A3-B7-DR15-DQ6
LociГенАллельСеротип

Центромерный класс I		HLA-C* 0702Cw7
HLA-B* 0702B7
HLA-DRHLA-DRB1* 1501DR15
HLA-DRB5* 0101DR51
HLA-DQHLA-DQA1* 0102DQ1
HLA-DQB1* 0602DQ6
Узлы
Максимум населенияFreq. Максимум
Западная Ирландия6.0%
Размер и расположение
ГеныРасположениеразмер (кбит / с)
-66п21.32500

HLA B7-DR15-DQ6 - это мультигенный гаплотип, который покрывает большую часть основного комплекса гистосовместимости человека на хромосоме 6 . Мультигенный гаплотип - это набор унаследованных аллелей, охватывающих несколько генов, или ген-аллели, общие мультигенные гаплотипы обычно являются результатом общего происхождения (имеют недавнего общего предка для этого сегмента хромосомы). Хромосомная рекомбинация фрагментирует мультигенные гаплотипы по мере того, как расстояние до этого предка увеличивается в количестве поколений.

HLA B7-DR15-DQ6 является представлением (по серотипу ) общего гаплотипа HLA, обнаруженного в Западной Евразии. Гаплотип можно записать в расширенной форме, охватывающей основные локусы гистосовместимости, следующим образом:

HLA Cw * 0702  : B * 0702  : DRB1 * 1501  : DQA1 * 0102  : DQB1 * 0602

В более ранней литературе этот гаплотип описывается двумя разными способами. Один B7-DR2-DQ6 происходит из того факта, что DR15 является расщепленным антигеном серотипа широкого антигена DR2. Другой B7-DR2-DQ1 проистекает из того факта, что DQ1 представляет собой серотип альфа-цепи, который теперь покрывается типами бета-цепей DQ5 и DQ6 (пары DQ1 с DQ5 и DQ6 путем спаривания цис-гаплотипов).

Существует два основных субгаплотипа: одному на его теломерной стороне предшествует HLA A * 0301, а другому - HLA A * 0201 . Гаплотип, несущий A * 0301 (HLA A3-B7-DR15-DQ6), описывается как самый длинный из известных мультигенных гаплотипов человека.

HLA A2-B7-DR15-DQ6 [ редактировать ]

Добавление гаплотипа B7 :: DQ6 создает гаплотип A2-B7 :: DQ6. Этот гаплотип часто встречается в Северной Испании, Швейцарии, Нидерландах.

HLA A * 0201 Cw * 0702  : B * 0702  : DRB1 * 1501  : DQA1 * 0102  : DQB1 * 0602

HLA A3-B7-DR15-DQ6 [ редактировать ]

Частоты гаплотипов HLA A3-B7
частотаРанг в
исх.численность населения(%)Поп.
[1]Швейцарский9.11
[2]Ирландия8,6
[3]Австрия7,41
[4]Северная Ирландия6.51
[5]Нидерланды6,6
[3]Бельгия6.01
[3]Шведский5,73
[6]Немецкий5,7
[3]Польский4.9
[3]румынский3.8
[3]Армения3,7
[3]португальский3,4
[3]Британский3,4
[3]Чешский3.1
[7]Сваны2,7
[3]Албания2,7
[8]Тосканская италия2,7
[3]испанский2,6
[3]Баскский2,5
[3]Италия1.6
[3]Греческий1.3
[9]Болгария1.1
1 Cw * 0702 (Европа)

Гено-аллельное представление гаплотипа:

HLA A * 0301 Cw * 0702  : B * 0702  : DRB1 * 1501  : DQA1 * 0102  : DQB1 * 0602

В настоящее время это считается самым длинным из широко распространенных предковых гаплотипов, его длина составляет 4,8 миллиона нуклеотидов и происходит от гена TRIM27. . . Гаплотип узловой в Ирландии, но также очень часто встречается в Швейцарии, он имеет подузел в Пасиегосе на севере Испании. Существует некоторая разница в распределении A3 :: DQ6 по сравнению с A1 :: DQ2 в большей степени смещения в сторону Центральной и Восточной Европы. Части гаплотипа распространяются в Восточную Азию и даже появляются в коренных популяциях Нового мира. DR15: пик частот DQ6 приходится на Центральную Азию, и есть подозрения, что это может быть точка евразийского распространения на запад в Европу.

Хотя есть некоторые заболевания, связанные с гаплотипом, частота ассоциации меньше по сравнению с A1 :: B8.

Ассоциации болезней [ править ]

Было обнаружено, что HLA B7-DR15-DQ6 связан с постменопаузальным остеопорозом у греческого населения. [10]

Было обнаружено, что DR2 (15 или 16) -DQ6.2 связан с (идиопатической) нарколепсией - катаплексией [11]. Дефицит гипокретинового лиганда в головном мозге и спинномозговой жидкости также связан с нарколепсией-катаплексией. DR15-DQ6 также показывает связь с факторами (включая генетический фактор на хромосоме 12p 12), участвующими в семейном рассеянном склерозе [12] [13] DR15-DQ6 тесно связан с развитием хориоидальных неоваскулярных поражений при предполагаемом синдроме глазного гистоплазмоза . [14]

Гаплотип DR15-DQ6 может обеспечить лучшую защиту от прогрессирования ВИЧ . [15] Однако гаплотип является фактором риска рака шейки матки . [16]

Ссылки [ править ]

  1. ^ Grundschober С, Санчес-Мазас А, Экскофьер л, Langaney А, Жаннет М, Tiercy J (1994). «Полиморфизм ДНК HLA-DPB1 в швейцарской популяции: неравновесие по сцеплению с другими локусами HLA и популяционная генетическая аффинность». Eur J Immunogenet . 21 (3): 143–57. DOI : 10.1111 / j.1744-313X.1994.tb00186.x . PMID  9098428 .
  2. ↑ Finch T, Lawlor E, Borton M, Barnes C, McNamara S, O'Riordan J, McCann S, Darke C (1997). «Распространение генов и гаплотипов HLA-A, B и DR в ирландской популяции». Exp Clin Immunogenet . 14 (4): 250–63. PMID 9523161 . 
  3. ^ Б с д е е г ч я J к л м н Sasazuki, Такэхико~d; Цудзи, Кимиёси; Айзава, Мики (1992). HLA 1991: Труды одиннадцатого Международного гистосовместимости семинара и конференции, состоявшейся в Иокогаме, Япония, 6-13 ноября 1991 . Оксфорд [Оксфордшир]: Издательство Оксфордского университета. ISBN 0-19-262390-7.
  4. ^ Миддлтон D, Уильямс F, Хэмилл М, Мина A (2000). «Частота аллелей HLA-B в европеоидной популяции, определяемая двухэтапной стратегией типирования ПЦР-SSOP». Hum Immunol . 61 (12): 1285–97. DOI : 10.1016 / S0198-8859 (00) 00186-5 . PMID 11163085 . 
  5. ^ Schipper R, G Schreuder, D'Амаро Дж, Аудсхорн М (1996). «Частота гена HLA и гаплотипов у голландских доноров крови». Тканевые антигены . 48 (5): 562–74. DOI : 10.1111 / j.1399-0039.1996.tb02670.x . PMID 8988539 . 
  6. ^ < Мюллер C, Энингер G, Гольдманн S (2003). «Частоты генов и гаплотипов для локусов hLA-A, hLA-B и hLA-DR на основе более чем 13 000 немецких доноров крови». Hum Immunol . 64 (1): 137–51. DOI : 10.1016 / S0198-8859 (02) 00706-1 . PMID 12507825 . 
  7. ^ Санчеса-Веласко P, Лейва-Cobian F (2001). «Частоты аллелей HLA I и II классов изучались на уровне ДНК в популяции Сванетии (Верхний Кавказ) и их связь с западноевропейскими популяциями». Тканевые антигены . 58 (4): 223–33. DOI : 10.1034 / j.1399-0039.2001.580402.x . PMID 11782273 . 
  8. ^ Маррони F, Curcio M, S Fornaciari, Lapi S, M Мариотти, Scatena F, Presciuttini S (2004). «Микрогеографические вариации частот гаплотипов HLA-A, -B и -DR в Тоскане, Италия: значение для набора доноров костного мозга». Тканевые антигены . 64 (4): 478–85. DOI : 10.1111 / j.1399-0039.2004.00292.x . PMID 15361126 . 
  9. ^ Иванова М, Роземуллер Э, Тюфекчиев Н, Михайлова А, Тиланус М, Наумова Э (2002). «Полиморфизм HLA у болгар, определенный методами типирования с высоким разрешением, по сравнению с другими популяциями». Тканевые антигены . 60 (6): 496–504. DOI : 10.1034 / j.1399-0039.2002.600605.x . PMID 12542743 . 
  10. ^ Douroudis K, Tarassi K, Athanassiades T и др. (Июнь 2007 г.). «Аллели HLA как факторы предрасположенности к постменопаузальному остеопорозу в греческой популяции». Тканевые антигены . 69 (6): 592–6. DOI : 10.1111 / j.1399-0039.2007.00833.x . PMID 17498269 . 
  11. ^ Нисино S, Kanbayashi T (август 2005). «Симптоматическая нарколепсия, катаплексия и гиперсомния и их влияние на гипоталамическую систему гипокретин / орексин». Sleep Med Rev . 9 (4): 269–310. DOI : 10.1016 / j.smrv.2005.03.004 . PMID 16006155 . 
  12. ^ Stickler M, Valdes AM, Gebel W и др. (Январь 2004 г.). «Гаплотип HLA-DR2 связан с повышенным пролиферативным ответом на иммунодоминантный CD4 (+) Т-клеточный эпитоп в человеческом интерфероне-бета» . Genes Immun . 5 (1): 1–7. DOI : 10.1038 / sj.gene.6364027 . PMID 14735143 . 
  13. ^ Vitale E, Cook S, Sun R и др. (Февраль 2002 г.). «Анализ сцепления, обусловленный статусом HLA в крупной североамериканской родословной, подтверждает наличие локуса восприимчивости к рассеянному склерозу на хромосоме 12p12» . Гм. Мол. Genet . 11 (3): 295–300. DOI : 10.1093 / HMG / 11.3.295 . PMID 11823448 . 
  14. ^ Dabil Н, Каплан HJ, Даффи Б. Ф., Фелэн Д.Л., Mohanakumar Т, Джарамилло А (октябрь 2003 г.). «Связь гаплотипа HLA-DR15 / HLA-DQ6 с развитием хориоидальных неоваскулярных поражений при предполагаемом синдроме глазного гистоплазмоза». Гм. Иммунол . 64 (10): 960–4. DOI : 10.1016 / S0198-8859 (03) 00175-7 . PMID 14522093 . 
  15. ^ Vyakarnam A, Sidebottom D, Murad S и др. (Май 2004 г.). «Обладание аллелями человеческого лейкоцитарного антигена DQ6 и скорость снижения CD4 T-клеток при инфекции вируса иммунодефицита человека-1» . Иммунология . 112 (1): 136–42. DOI : 10.1111 / j.1365-2567.2004.01848.x . PMC 1782463 . PMID 15096192 .  
  16. ^ Гадери М., Валлин К.Л., Виклунд Ф. и др. (Август 2002 г.). «Риск инвазивного рака шейки матки, связанный с полиморфными гаплотипами HLA DR / DQ». Int. J. Рак . 100 (6): 698–701. DOI : 10.1002 / ijc.10551 . PMID 12209609 .