В Hyphomicrobiales является порядком из грамотрицательных Alphaproteobacteria .
Hyphomicrobiales | |
---|---|
Agrobacterium (изображение СЭМ) | |
Научная классификация | |
Королевство: | |
Тип: | |
Класс: | |
Заказ: | Hyphomicrobiales Дуглас 1957 (утвержденные списки 1980) |
Семьи [1] | |
См. Текст | |
Синонимы [2] | |
|
Ризобии , который фиксирует азот и симбиотические корни растений, появляются в нескольких различных семействах. Четыре семейства Nitrobacteraceae , Hyphomicrobiaceae , Phyllobacteriaceae и Rhizobiaceae содержат по крайней мере несколько родов азотфиксирующих , клубенько -бобовых и микросимбиотических бактерий . Примерами являются роды Bradyrhizobium и Rhizobium . Виды Methylocystaceae - метанотрофы ; они используют метанол (CH 3 OH) или метан(CH 4 ) как их единственные источники энергии и углерода. Другими важными родами являются патогены человека Bartonella и Brucella , а также Agrobacterium (полезные в генной инженерии ).
Таксономия
Принятые семьи
- Aestuariivirgaceae Li et al . 2019 г.
- Afifellaceae Hördt и др . 2020 г.
- Ahrensiaceae Hördt и др . 2020 г.
- Alsobacteraceae Sun et al . 2018 г.
- Amorphaceae Hördt и др . 2020 г.
- Ancalomicrobiaceae Dahal и др . 2018 г.
- Aurantimonadaceae Hördt и др . 2020 г.
- Bartonellaceae Gieszczykiewicz 1939 (утвержденные списки 1980 г.)
- Beijerinckiaceae Garrity et al . 2006 г.
- Blastochloridaceae Hördt и др . 2020 г.
- Boseaceae Hördt и др . 2020 г.
- Breoghaniaceae Hördt и др . 2020 г.
- Brucellaceae Breed et al . 1957 г. (утвержденные списки 1980 г.)
- Chelatococcaceae Dedysh et al . 2016 г.
- Cohaesibacteraceae Hwang and Cho 2008 г.
- Devosiaceae Hördt и др . 2020 г.
- Hyphomicrobiaceae Babudieri 1950 (утвержденные списки 1980 г.)
- Kaistiaceae Hördt и др . 2020 г.
- Lichenibacteriaceae Pankratov et al . 2020 г.
- Lichenihabitantaceae Noh et al . 2019 г.
- Methylobacteriaceae Garrity et al . 2006 г.
- Methylocystaceae Bowman 2006 г.
- Nitrobacteraceae corrig. Бьюкенен, 1917 г. (утвержденные списки 1980 г.)
- Notoacmeibacteraceae Huang et al . 2017 г.
- Parvibaculaceae Hördt и др . 2020 г.
- Phreatobacteraceae Hördt и др . 2020 г.
- Phyllobacteriaceae Mergaert and Swings 2006 г.
- Pleomorphomonadaceae Hördt и др . 2020 г.
- Pseudoxanthobacteraceae Hördt и др . 2020 г.
- Rhabdaerophilaceae Ming et al . 2020 г.
- Rhizobiaceae Conn 1938 (утвержденные списки 1980 г.)
- Rhodobiaceae Garrity et al . 2006 г.
- Roseiarcaceae Kulichevskaya и др . 2014 г.
- Salinarimonadaceae Cole et al . 2018 г.
- Segnochrobactraceae Akter et al . 2020 г.
- Stappiaceae Hördt и др . 2020 г.
- Tepidamorphaceae Hördt и др . 2020 г.
- Xanthobacteraceae Lee et al . 2005 г.
Неназначенные роды
Следующий род не отнесен к семейству:
- Flaviflagellibacter Dong et al . 2019 [3]
Предварительные таксоны
Эти таксоны были опубликованы, но не прошли валидацию в соответствии с Бактериологическим кодексом :
- " Nordella " La Scola et al . 2004 [4]
- " Propylenellaceae " Liu et al . 2021 [5]
- " Propylenella " Liu et al . 2021 [5]
- " Propylenella binzhouense " Лю и др . 2021 [5]
- " Propylenella " Liu et al . 2021 [5]
- « Термопетробактер » Сислак 2013 [6]
Филогения
В настоящее время принятая таксономия основана на Списке названий прокариот, стоящих в номенклатуре [7], а филогения основана на полногеномных последовательностях. [2] [а]
| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Естественная генетическая трансформация
Сообщалось о естественной генетической трансформации по крайней мере четырех видов Hyphomicrobiales : Agrobacterium tumefaciens , [8] Methylobacterium organophilum , [9] Ensifer adhaerens , [10] и Bradyrhizobium japonicum . [11] Естественная генетическая трансформация - это половой процесс, включающий передачу ДНК от одной бактериальной клетки к другой через промежуточную среду и интеграцию донорной последовательности в геном реципиента путем гомологичной рекомбинации .
Смотрите также
- Lar1
Заметки
- ^ Aestuariivirgaceae , alsobacteraceae , Ancalomicrobiaceae , Lichenibacteriaceae , Lichenihabitantaceae , Rhabdaerophilaceae и Segnochrobactraceae не включены в это филогенетическое дерево.
- ^ Phyllobacterium отделена от остальных Phyllobacteriaceae .
- ^ Prosthecomicrobium отделен от остальной части Hyphomicrobiaceae .
Рекомендации
- ^ Parker CT, Garrity GM (1 января 2003). «Реферат по семействам: Mabikibacteraceae ». Рефераты NamesforLife . NamesforLife, ООО. DOI : 10.1601 / tx.30673 .
- ^ а б Hördt A, López MG, Meier-Kolthoff JP, Schleuning M, Weinhold LM, Tindall BJ, et al. (2020). «Анализ более 1000 геномов типовых штаммов значительно улучшает таксономическую классификацию Alphaproteobacteria » . Границы микробиологии . 11 : 468. DOI : 10,3389 / fmicb.2020.00468 . PMC 7179689 . PMID 32373076 .
- ^ Донг Л., Хан М.Х., Ван Д., Лю Ф., Асем доктор медицины, Цзяо Дж.Й., Сяо М., Салам Н., Ли В.Дж. (2019). « Flaviflagellibacter deserti gen. Nov., Sp. Nov., Новый член отряда Rhizobiales, выделенный из пустынной почвы». Антони Ван Левенгук . 112 : 947–954.CS1 maint: использует параметр авторов ( ссылка )
- ^ Ла Скола Б., Баррасси Л., Рауль Д. (2004). «Новая альфа-Proteobacterium, Nordella oligomobilis gen. Nov., Sp. Nov., Выделенная с использованием совместных культур амеб». Res Microbiol . 155 : 47–51.CS1 maint: использует параметр авторов ( ссылка )
- ^ а б в Лю ИЛ, Мэн Д., Ван Ф, Гун XF, Гу ПФ, Фань XY, Ду Цзы, Цзоу Дж.Д., Ли Кью (2021). « Propylenella binzhouense gen. Nov., Sp. Nov., Выделенная из активного ила, и предложение Propylenellaceae fam. Nov.». Антони ван Левенгук . 114 (3): 225–233. DOI : 10.1007 / s10482-020-01514-2 . PMID 33400070 .
- ^ Сислак CD (2013). Новые термофильные бактерии, изолированные из морских гидротермальных источников (MSc). Государственный университет Портленда. DOI : 10.15760 / etd.1485 . 1486.
- ^ Euzéby JP, Parte AC. « Hyphomicrobiales » . Список названий прокариот, стоящих в номенклатуре (LPSN) . Проверено 15 мая 2021 года .CS1 maint: использует параметр авторов ( ссылка )
- ^ Деманеш С., Кей Е., Гурбьер Ф., Симоне П. (июнь 2001 г.). «Естественная трансформация Pseudomonas fluorescens и Agrobacterium tumefaciens в почве» . Прикладная и экологическая микробиология . 67 (6): 2617–21. DOI : 10,1128 / AEM.67.6.2617-2621.2001 . PMC 92915 . PMID 11375171 .
- ^ О'Коннор М., Вопат А., Хэнсон Р.С. (январь 1977 г.). «Генетическая трансформация в Methylobacterium organophilum» . Журнал общей микробиологии . 98 (1): 265–72. DOI : 10.1099 / 00221287-98-1-265 . PMID 401866 .
- ^ Зунига-Сото Э, Муллинс Э, Дедикова Б (2015). «Трансформация, опосредованная Ensifer: эффективный протокол генетической модификации риса без использования Agrobacterium» . SpringerPlus . 4 : 600. DOI : 10,1186 / s40064-015-1369-9 . PMC 4628045 . PMID 26543735 .
- ^ Райна Дж. Л., Моди В. В. (август 1972 г.). «Связывание и трансформация дезоксирибонуклеата в Rhizobium jpaonicum» . Журнал бактериологии . 111 (2): 356–60. DOI : 10.1128 / JB.111.2.356-360.1972 . PMC 251290 . PMID 4538250 .
дальнейшее чтение
- Kuykendall LD, Dazzo FB (2005). « Аллоризобиум ». В Brenner DJ, Krieg NR, Staley JT, Garrity G (ред.). Альфа-, бета-, дельта- и эпсилонпротеобактерии, протеобактерии, часть C, Руководство Берджи по систематической бактериологии . 2 (2-е изд.). Спрингер, Нью-Йорк, штат Нью-Йорк. С. 345–346. ISBN 978-0-387-24144-9.
- Куйкендалл Л.Д. (2005). «Род Азорхизобиум ». В Brenner DJ, Krieg NR, Staley JT, Garrity G (ред.). Альфа-, бета-, дельта- и эпсилонпротеобактерии, протеобактерии, часть C, Руководство Берджи по систематической бактериологии . 2 (2-е изд.). Спрингер, Нью-Йорк, штат Нью-Йорк. С. 505–506. ISBN 978-0-387-24144-9.
- Куйкендалл Л.Д. (2005). "Род Bradyrhizobium , семья Bradyrhizobiaceae ' ". В Brenner DJ, Krieg NR, Staley JT, Garrity G (ред.). Альфа-, бета-, дельта- и эпсилонпротеобактерии, протеобактерии, часть C, Руководство Берджи по систематической бактериологии . 2 (2-е изд.). Спрингер, Нью-Йорк, штат Нью-Йорк. С. 438–443. ISBN 978-0-387-24144-9.
- Kuykendall LD, Young JM, Martínez-Romero, Kerr A, Sawada H (2005). «Род Rhizobium , сильно расходящийся род в пересмотренном семействе». В Brenner DJ, Krieg NR, Staley JT, Garrity G (ред.). Альфа-, бета-, дельта- и эпсилонпротеобактерии, протеобактерии, часть C, Руководство Берджи по систематической бактериологии . 2 (2-е изд.). Спрингер, Нью-Йорк, штат Нью-Йорк. С. 324–340. ISBN 978-0-387-24144-9.
- Чен В.X, Ван Э.Т., Куйкендалл Л.Д. (2005). " enus Mesorhizobium , семейство Photobacteriaceae.". В Brenner DJ, Krieg NR, Staley JT, Garrity G (ред.). Альфа-, бета-, дельта- и эпсилонпротеобактерии, протеобактерии, часть C, Руководство Берджи по систематической бактериологии . 2 (2-е изд.). Спрингер, Нью-Йорк, штат Нью-Йорк. С. 403–408. ISBN 978-0-387-24144-9.